RNA Xist: Più di un regolatore del cromosoma
Nuove ricerche rivelano l'influenza di Xist sui geni oltre il cromosoma X.
Jeannie T Lee, S. Yao, Y. Jeon, B. Kesner
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Indice
- Ruolo di Xist nell'XCI
- Potenziale di Xist di Diffondersi Oltre il Cromosoma X
- Studio del Legame di Xist e dei Suoi Effetti
- Indagare il Ruolo del Legame di Xist
- Effetti dell'Overespressione di Xist e Uso di Inibitori
- Legame di Xist nelle Cellule Post-XCI
- Conclusioni e Implicazioni
- Direzioni Future
- Riferimenti
- Fonte originale
Nei mammiferi, i cromosomi sessuali sono diversi tra maschi e femmine. I maschi hanno un cromosoma X e uno Y (XY), mentre le femmine hanno due cromosomi X (XX). Per bilanciare l'Attività Genica del cromosoma X, le femmine usano un processo chiamato Inattivazione del cromosoma X (XCI). Questo significa che uno dei due cromosomi X in ogni cellula femminile viene spento, portando a un mix di cellule che usano il cromosoma X materno o paterno.
Xist nell'XCI
Ruolo diUn lungo RNA non codificante chiamato Xist gioca un ruolo cruciale nel processo di XCI. Quando inizia l'XCI, Xist viene prodotto dal cromosoma X che sarà inattivo. Si diffonde lungo questo cromosoma e aiuta a cambiare la sua struttura in modo che i geni su quel cromosoma X siano silenziati. Studi iniziali usando tecniche di imaging speciali hanno mostrato che Xist si lega solo al cromosoma X da cui produce RNA. Ulteriori esperimenti hanno dimostrato che quando Xist è stato introdotto in altri cromosomi, si localizza comunque solo al cromosoma X vicino, nonostante la presenza su altri cromosomi.
Recenti miglioramenti tecnologici nella mappatura dell'RNA hanno confermato i risultati precedenti su dove si lega Xist. Gli studi hanno mostrato che Xist ha un punto di partenza specifico sul cromosoma X che gli consente di diffondersi solo lungo quel cromosoma e non su altri. Tutte queste osservazioni supportano l'idea che Xist agisca principalmente sul cromosoma X.
Potenziale di Xist di Diffondersi Oltre il Cromosoma X
Tuttavia, alcuni studi hanno suggerito che in determinate condizioni, Xist può anche diffondersi oltre il cromosoma X. Ad esempio, se Xist è prodotto in quantità maggiori del normale, può attaccarsi ad altri cromosomi. Inoltre, se il punto di partenza per Xist viene cambiato, può legarsi anche a cromosomi al di fuori del cromosoma X. Ricerche recenti hanno suggerito che Xist potrebbe mirare a geni su altri cromosomi, suscitando interesse su come funziona il legame di Xist e quali effetti potrebbe avere sui geni e sul comportamento cellulare.
Studio del Legame di Xist e dei Suoi Effetti
Per capire meglio come funziona Xist, un team di ricerca ha studiato il suo comportamento in cellule staminali embrionali di topo e fibroblasti embrionali di topo. Hanno esaminato sia le fasi iniziali che quelle in corso dell'XCI. Remarkably, hanno identificato circa 100 posizioni su altri cromosomi in cui Xist si lega in entrambi i tipi di cellule, in particolare durante e dopo l'XCI. Hanno notato che Xist si lega a punti specifici invece di diffondersi su aree più ampie. L'analisi dell'attività genica ha mostrato un calo nell'espressione dei geni associati a Xist, ma non erano completamente spenti.
Per esaminare ulteriormente, i ricercatori hanno studiato una sezione di Xist chiamata Ripetizione B (RepB), che è essenziale per il ruolo di Xist nel legame. Hanno testato cosa succede al legame di Xist su altri cromosomi se RepB manca. Hanno scoperto che senza RepB, il legame di Xist sia al cromosoma X che ad altri cromosomi diminuiva.
Indagare il Ruolo del Legame di Xist
Riconoscendo che Xist si lega specificamente a parti dei geni, i ricercatori hanno iniziato a esplorare se Xist influisse sull'attività di questi geni associati. Hanno analizzato i livelli di attività genica in diversi giorni nelle cellule. Si è scoperto che Xist tende a legarsi a geni che sono attivamente espressi. Hanno categorizzato i geni in base ai loro livelli di attività e hanno scoperto che Xist preferiva aree vicine ai geni attivi.
Nota, il legame di Xist ha influenzato l'attività di questi geni autosomici, portando a una diminuzione dell'espressione. Il coinvolgimento di RepB è stato significativo in questo processo. Quando RepB è stato eliminato, si è registrato un aumento nell'espressione dei geni legati al cromosoma X, evidenziando il ruolo di RepB nel controllare l'attività genica.
Effetti dell'Overespressione di Xist e Uso di Inibitori
Per confermare ulteriormente l'influenza di Xist sui geni al di fuori del cromosoma X, i ricercatori hanno studiato cosa succede quando Xist è artificialmente sovraprodotto. In questo caso, si è riscontrato che Xist riduceva sostanzialmente l'attività sia dei geni legati al cromosoma X che di quelli autosomici rispetto ai livelli normali. Questo ha dimostrato che Xist può esercitare un'influenza sull'espressione genica oltre il cromosoma X.
Hanno anche esaminato gli effetti di una piccola molecola chiamata X1 che inibisce Xist. Quando le cellule sono state trattate con X1, hanno visto che sia i target legati al cromosoma X che quelli autosomici aumentavano in attività. Questo suggeriva che il legame di Xist fosse essenziale per mantenere bassi questi livelli genici.
Legame di Xist nelle Cellule Post-XCI
Successivamente, i ricercatori hanno concentrato la loro attenzione sui fibroblasti embrionali di topo, che avevano già completato l'XCI. Hanno cercato di determinare se Xist continuasse a legarsi agli stessi geni dopo che era stato stabilito l'XCI. Infatti, mentre Xist manteneva il suo legame sia con il cromosoma X che con siti specifici su altri cromosomi, l'influenza sull'espressione genica sembrava meno chiara.
In queste cellule post-XCI, i ricercatori hanno trovato meno picchi di legame di Xist sui geni autosomici rispetto a quando l'XCI era attivo. Inoltre, i ricercatori hanno esplorato cosa sarebbe successo se un'altra parte di Xist, Ripetizione E, fosse stata eliminata. Simile a RepB, l'eliminazione di RepE ha diminuito il legame di Xist al cromosoma X. Tuttavia, la relazione tra Xist e l'attività genica autosomica è rimasta invariata, suggerendo che potrebbero entrare in gioco altri fattori nelle cellule post-XCI.
Conclusioni e Implicazioni
I risultati di questo studio gettano nuova luce sulla funzione dell'RNA Xist. Hanno messo in discussione le credenze precedenti secondo cui Xist lavorasse solo sul cromosoma X. Invece, la ricerca suggerisce che Xist può anche mirare a un piccolo gruppo di geni al di fuori del cromosoma X, portando a una diminuzione della loro espressione.
Questi risultati hanno implicazioni più ampie per comprendere i processi di regolazione cellulare. Sottolineano l'importanza di Xist nel controllare i geni durante lo sviluppo cellulare e potrebbero avere anche collegamenti con malattie quando la funzione di Xist è interrotta. Ricerche future potrebbero fornire preziosi approfondimenti su come i geni sono regolati e quale ruolo potrebbe avere Xist in vari contesti biologici, incluso il cancro e altri disturbi.
Direzioni Future
Questo studio apre numerose strade per future ricerche. Comprendere i meccanismi esatti con cui Xist interagisce con i geni sugli autosomi aiuterà a decifrare i complessi ruoli regolatori che Xist svolge nella funzione cellulare. Inoltre, indagare le potenziali applicazioni terapeutiche di targeting Xist potrebbe promettere nel trattamento di malattie legate ad anomalie nella regolazione genica.
In generale, questa ricerca approfondisce la nostra comprensione di Xist oltre il suo ruolo noto nell'XCI, enfatizzando la sua influenza sui geni autosomici e suggerendo la necessità di ulteriori esplorazioni in quest'area.
Riferimenti
Titolo: Xist RNA binds select autosomal genes and depends on Repeat B to regulate their expression
Estratto: Xist, a pivotal player in X chromosome inactivation (XCI), has long been perceived as a cis-acting long noncoding RNA that binds exclusively to the inactive X chromosome (Xi). However, Xists ability to diffuse under select circumstances has also been documented, leading us to suspect that Xist RNA may have targets and functions beyond the Xi. Here, using female mouse embryonic stem cells (ES) and mouse embryonic fibroblasts (MEF) as models, we demonstrate that Xist RNA indeed can localize beyond the Xi. However, its binding is limited to [~]100 genes in cells undergoing XCI (ES cells) and in post-XCI cells (MEFs). The target genes are diverse in function but are unified by their active chromatin status. Xist binds discretely to promoters of target genes in neighborhoods relatively depleted for Polycomb marks, contrasting with the broad, Polycomb-enriched domains reported for human XIST RNA. We find that Xist binding is associated with down-modulation of autosomal gene expression. However, unlike on the Xi, Xist binding does not lead to full silencing and also does not spread beyond the target gene. Over-expressing Xist in transgenic ES cells similarly leads to autosomal gene suppression, while deleting Xists Repeat B motif reduces autosomal binding and perturbs autosomal down-regulation. Furthermore, treating female ES cells with the Xist inhibitor, X1, leads to loss of autosomal suppression. Altogether, our findings reveal that Xist targets [~]100 genes beyond the Xi, identify Repeat B as a crucial domain for its in-trans function in mice, and indicate that autosomal targeting can be disrupted by a small molecule inhibitor.
Autori: Jeannie T Lee, S. Yao, Y. Jeon, B. Kesner
Ultimo aggiornamento: 2024-10-17 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.23.604772
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.23.604772.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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