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Nuove scoperte sull'origine della vita

I ricercatori simulano le condizioni per la replicazione precoce degli acidi nucleici.

Dieter Braun, P. Schwintek, E. Eren, C. B. Mast

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La questione di come sia iniziata la vita sulla Terra è ancora un mistero per gli scienziati. I ricercatori credono che questo evento sia avvenuto circa 3,7-4,5 miliardi di anni fa. I segni di vita più antichi che abbiamo sono isotopi di carbonio fossilizzati, che risalgono a circa 3,7 miliardi di anni fa. Per capire come si sia formata la vita primordiale prima di questo periodo, è importante identificare gli ambienti geologici giusti che potrebbero supportare i processi che portano alla vita.

Una teoria popolare suggerisce che il processo di evoluzione abbia aiutato a creare molecole informative, che erano fondamentali per l'origine della vita. Tra queste, gli Acidi Nucleici come l'RNA sono importanti perché possono immagazzinare informazioni genetiche e replicarsi formando strutture a doppia elica. Questa capacità consente all'RNA di mutare e adattarsi, aiutando nello sviluppo delle proteine essenziali per la vita di oggi.

Tuttavia, c'è una grande sfida con la diluizione. Affinché i processi di vita primordiale funzionino, hanno bisogno di alte concentrazioni di certi materiali. Grandi corpi d'acqua, come gli oceani, sono troppo uniformi e mancano di fonti di energia locali per alimentare le reazioni necessarie. Di conseguenza, non sono posti probabili per la formazione della vita primitiva.

D'altra parte, condizioni fisiche specifiche non uniformi possono concentrare molecole come gli acidi nucleici in vari ambienti geologici. Ad esempio, luoghi con differenze di temperatura nelle rocce, cicli di evaporazione e adsorbimento su minerali possono portare all'accumulo di molecole.

Tuttavia, raccogliere sali e molecole presenta i suoi problemi. Gli acidi nucleici a singolo filamento possono trasformarsi in forme a doppio filamento, ma questi devono essere separati di nuovo affinché il processo di Replicazione continui. Questa Separazione diventa più difficile man mano che accumulano più molecole, poiché la temperatura necessaria per fondere i filamenti cambia in base alla concentrazione di Sale. Anche se sono necessarie alte concentrazioni di magnesio per la replicazione, possono anche aumentare la temperatura a livelli dannosi per gli acidi nucleici.

Quindi, abbiamo bisogno di altri modi per separare i filamenti di acidi nucleici senza applicare troppo calore. Un modo potenziale è attraverso cambiamenti di pH, che possono verificarsi a causa di variazioni di temperatura o durante i cicli di congelamento-scongelamento. Un altro esempio sono le gocce di rugiada nelle rocce che possono abbassare temporaneamente la concentrazione di sale, facilitando la separazione.

In questo studio, gli scienziati hanno esaminato uno scenario semplice in cui l'acqua scorre attraverso un poro di roccia e viene asciugata dal flusso di gas a temperatura costante. Questa situazione potrebbe verificarsi vicino a vulcani sottomarini o in rocce porose esposte al vento. Condizioni del genere sarebbero state comuni sulle isole vulcaniche nella Terra primordiale, fornendo l'ambiente giusto per la sintesi dell'RNA.

Per comprendere meglio questo contesto, i ricercatori hanno creato un modello di laboratorio che rappresenta questo tipo di poro di evaporazione e hanno studiato come i Flussi di gas e acqua potessero portare alla replicazione precoce degli acidi nucleici. Hanno prima analizzato come le molecole si accumulano al punto di incontro dei flussi di gas e acqua. Poi, hanno osservato come si comportavano gli acidi nucleici durante questo processo e infine hanno mostrato come questi fattori potessero aiutare la replicazione in condizioni di temperatura stabili.

Accumulo di Molecole Dove Gas Incontra Acqua

In laboratorio, gli scienziati hanno costruito un modello per somigliare a un poro roccioso, concentrandosi su due fattori principali: l'acqua che si muove verso l'alto e si evapora dove incontra un flusso di gas. Questa evaporazione provoca l'accumulo di materiali disciolti poiché non possono evaporare con l'acqua. Allo stesso tempo, il flusso di gas crea movimento circolare nell'acqua, che spinge alcune molecole verso il basso.

Hanno esaminato uno scenario in cui l'acqua contenente importanti biomolecole evapora a causa del flusso di gas. Poiché il flusso di gas provoca correnti di convezione nell'acqua, gli acidi nucleici e i sali disciolti si accumulano all'interfaccia gas-acqua grazie ai movimenti vorticosi. Questo ambiente può creare diverse concentrazioni di sale, aiutando gli acidi nucleici a separarsi e replicarsi.

Gli scienziati hanno monitorato il comportamento di molecole fluorescenti per vedere come si muovessero e interagissero in questo ambiente. Hanno notato che le molecole all'interfaccia si muovevano più velocemente a causa del flusso di gas, creando schemi vorticosi. Hanno scoperto che dopo poco tempo, la concentrazione di DNA a questa interfaccia aumentava notevolmente grazie all'evaporazione costante e alla dinamica del flusso di gas.

Separazione dei Filamenti di DNA

La separazione dei filamenti di DNA è cruciale affinché il processo di replicazione sia efficace. Anche se il riscaldamento è solitamente usato per questo scopo, può portare a condizioni dannose per gli acidi nucleici. Invece, gli scienziati hanno esaminato come i cambiamenti nella concentrazione di sale potessero guidare la separazione. Il flusso circolare dei fluidi fornito dal gas poteva portare a aree con livelli di sale variabili, che potevano aiutare i filamenti a staccarsi in base alle loro concentrazioni.

Utilizzando tecniche fotografiche speciali, hanno misurato le interazioni tra i filamenti di DNA. Quando i filamenti sono legati insieme, si osserva un segnale forte, mentre un segnale debole indica separazione. Questo fornisce indicazioni sui livelli di concentrazione di sale poiché una bassa concentrazione di sale può promuovere la separazione dei filamenti.

Dai loro esperimenti, hanno scoperto che il flusso di gas induceva schemi che permettevano cicli di replicazione e separazione degli acidi nucleici. Hanno anche simulato come si comportavano gli ioni di magnesio nel sistema, confermando che la concentrazione di questi ioni cambiava mentre gli acidi nucleici si muovevano attraverso condizioni variabili.

Processo di Replicazione Isotermico

Dato che gli acidi nucleici e i sali si accumulavano vicino all'interfaccia gas-acqua, le concentrazioni erano basse nelle aree circostanti. Il movimento del gas creava schemi che intrappolavano le molecole e portavano a cambiamenti nelle concentrazioni di sale e DNA. Questi cambiamenti permettevano la separazione periodica degli acidi nucleici in condizioni dolci.

I ricercatori erano motivati a vedere se potessero replicare efficacemente gli acidi nucleici in questo ambiente. Hanno usato enzimi specifici che potevano aiutare in questo processo senza richiedere temperature estreme per separare i filamenti. Invece, hanno mantenuto una temperatura costante e hanno permesso un costante afflusso di acqua pura verso l'interfaccia gas-acqua.

Man mano che la reazione procedeva, osservavano un aumento della fluorescenza, indicando la formazione di strutture di DNA replicate. Quando hanno confrontato questo con esperimenti simili senza flusso di gas e acqua, non c'era alcuna reazione evidente, dimostrando che le condizioni erano essenziali per una replicazione riuscita.

Gli scienziati hanno confermato i loro risultati testando vari campioni e impostazioni, assicurandosi che il processo di replicazione non si verificasse senza che venissero soddisfatte le giuste condizioni.

Implicazioni e Direzioni Future

Questa ricerca ha messo in evidenza un potenziale ambiente dove potrebbero essersi verificati i processi di vita primordiale. Invece di dipendere da forti differenze di temperatura, che possono essere dure per i sistemi molecolari, questo ambiente isotermico fornisce un modo delicato per gli acidi nucleici di replicarsi. Comprendendo queste condizioni, gli scienziati possono esplorare una gamma più ampia di luoghi dove la vita potrebbe essersi sviluppata nella Terra primordiale o su altri pianeti.

I risultati sostengono l'idea che ambienti geologici semplici possano essere sufficienti per i processi di vita primordiale, suggerendo potenziali percorsi per capire come sia originata la vita in un contesto planetario. La ricerca futura può ulteriormente indagare su questi ambienti ed esaminare altri fattori che potrebbero influenzare l'emergere della vita.

Attraverso studi continui in quest'area, potremmo scoprire di più sull'origine della vita e sulle condizioni che hanno permesso il suo sviluppo sul nostro pianeta e possibilmente oltre.

Fonte originale

Titolo: Prebiotic gas flow environment enables isothermal nucleic acid replication

Estratto: Nucleic acid replication is a central process at the origin of life. On early Earth, replication is challenged by the dilution of molecular building blocks and the difficulty of separating daughter from parent strands, a necessity for exponential replication. While thermal gradient systems have been shown to address these problems, elevated temperatures lead to degradation. Also, compared to constant temperature environments, such systems are rare. The isothermal system studied here models an abundant geological environment of the prebiotic Earth, in which water is continuously evaporated at the point of contact with the gas flows, inducing up-concentration and circular flow patterns at the gas-water interface through momentum transfer. We show experimentally that this setting drives a 30-fold accumulation of nucleic acids and their periodic separation by a 3-fold reduction in salt and product concentration. Fluid dynamic simulations agree with observations from tracking fluorescent beads. In this isothermal system, we were able to drive exponential DNA replication with Taq polymerase. The results provide a model for a ubiquitous non-equilibrium system to host early Darwinian molecular evolution at constant temperature.

Autori: Dieter Braun, P. Schwintek, E. Eren, C. B. Mast

Ultimo aggiornamento: 2024-10-21 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.13.598889

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.13.598889.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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