L'influenza nascosta dei retrovirus nel nostro DNA
I retrovirus si infilano nel nostro DNA, plasmando l'evoluzione e l'immunità.
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Indice
- Un'eredità nascosta nei nostri geni
- La struttura di un retrovirus
- Virus difettosi e i loro amici
- L'albero genealogico dei retrovirus
- La sfida di dare un nome agli ERV
- Alla ricerca di nuovi tipi di ERV
- Intuizioni dall'allineamento del genoma
- La scoperta di ERV-Hako
- ERV correlati tra le specie
- Il caso intrigante di ERV-V
- Come gli ERV aiutano con l'immunità
- MER41 e il suo ruolo nell'evoluzione
- La ricerca continua
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
I retrovirus sono un tipo speciale di virus che possono trasformare il loro RNA in DNA dopo essere entrati in una cellula. Questo processo si chiama trascrizione inversa. Una volta che l'RNA è convertito, il nuovo DNA viene inserito nel materiale genetico della cellula, diventando quello che chiamiamo provirus. Se questa inserzione avviene nelle cellule riproduttive, il provirus può essere trasmesso alle generazioni future. Quando succede, il provirus è conosciuto come retrovirus endogeno (ERV).
Quindi, cosa significa tutto ciò? Significa che alcuni virus sono abbastanza furbi da diventare parte del nostro DNA e possono essere tramandati da genitore a figlio, proprio come quella mossa di danza imbarazzante che circola in famiglia.
Un'eredità nascosta nei nostri geni
Infatti, molti esseri viventi, compresi gli esseri umani, portano i resti di antichi ERV nel loro DNA. Negli umani, questi frammenti costituiscono circa l'8% del nostro genoma. Pensa a questi resti come a fossili che raccontano la storia della storia virale e dell'evoluzione. Alcuni di questi pezzi virali antichi si sono addirittura trasformati in geni importanti che ci aiutano a funzionare.
Immagina di trovare una vecchia scatola polverosa nel tuo attico etichettata "Cose Antiche" — alcuni oggetti potrebbero essere inutili ora, ma altri potrebbero rivelarsi tesori preziosi!
La struttura di un retrovirus
Un provirus retrovirale ha strutture uniche alle due estremità chiamate ripetizioni terminali lunghe (LTR). Tra queste LTR si trova l'area interna, che codifica per le proteine essenziali necessarie per il ciclo vitale del virus. La maggior parte del tempo, però, si trovano solo LTR singole come resti nel nostro DNA. Queste LTR singole probabilmente provengono da un processo chiamato ricombinazione omologa, che rimuove la regione interna e lascia solo una LTR.
Virus difettosi e i loro amici
A volte, un virus può mutare e perdere la capacità di replicarsi autonomamente, diventando quello che chiamiamo un virus "difettoso". Sorprendentemente, anche i virus difettosi possono sopravvivere prendendo in prestito elementi da un virus "aiutante" per continuare a diffondersi. Questo prestito può portare a nuove forme di virus che incorporano pezzi del materiale genetico dell'ospite.
Ad esempio, nei koala, è stata trovata una forma difettosa di un retrovirus chiamato RecKoRV. Alcune famiglie di koala sembrano avere solo RecKoRV, suggerendo che questi koala potrebbero aver avuto degli aiutanti in passato che portavano la versione completa del retrovirus. È un po' come avere bisogno di un amico per completare il tuo progetto di gruppo!
L'albero genealogico dei retrovirus
I retrovirus appartengono a una famiglia chiamata Retroviridae, che comprende vari gruppi come Alpharetrovirus, Betaretrovirus e altri. Gli scienziati classificano spesso gli ERV correlati a questi retrovirus in diversi gruppi. Ad esempio, gli ERV di gruppo I sono correlati ai Gamma- e Epsilonretrovirus, mentre il gruppo II è associato agli Alpha- e Betaretrovirus.
Classificare gli ERV può essere complesso, quasi come cercare di organizzare una grande reunion di famiglia senza un albero genealogico!
La sfida di dare un nome agli ERV
Dare un nome a questi ERV può essere confuso. Molti tipi hanno nomi criptici che non aiutano i non specialisti a capire cosa siano. Ad esempio, nomi come MER41E potrebbero sembrare il nome di un robot piuttosto che di un elemento biologico. Questa confusione può rendere più difficile imparare su questi elementi, specialmente per le persone in campi come la genetica. Gli scienziati hanno suggerito un sistema di denominazione più semplice per rendere le cose più chiare.
Alla ricerca di nuovi tipi di ERV
I ricercatori hanno condotto studi per trovare tipi sconosciuti di elementi mobili nel genoma umano. Si sono concentrati su aree che mancavano di chiare classificazioni, indicando la presenza di nuovi ERV. Questi sforzi hanno rivelato che non tutti i tipi di elementi mobili sono stati identificati ancora, il che è sorprendente considerando quanto studio ha ricevuto il genoma umano negli anni.
È un po' come cercare in tutta la tua casa per calze smarrite e trovare ancora alcune nascoste dietro il divano!
Intuizioni dall'allineamento del genoma
Esaminando le lacune nelle sequenze genetiche e come diversi elementi si allineano tra loro, gli scienziati hanno dedotto la presenza di nuovi ERV. Se una sequenza di DNA esiste in alcune specie ma non in altre, potrebbe suggerire che un'inserzione sia avvenuta nel loro antenato comune. Questo approccio aiuta a illustrare la storia genetica condivisa da diverse specie.
La scoperta di ERV-Hako
Una scoperta notevole è un ERV chiamato Hako. Questo ERV sembra essere stato inserito nel genoma dei nostri antenati dopo che si sono separati da altre linee di primati. Ciò che rende Hako particolarmente intrigante è che parti della sua struttura sono simili a un gene negli esseri umani, suggerendo che ha giocato un ruolo nella nostra composizione genetica nel tempo.
Se i geni fossero supereroi, Hako potrebbe essere il "compagno" furtivo che ha aiutato nell'ombra!
ERV correlati tra le specie
Interessantemente, i ricercatori hanno trovato anche ERV correlati in vari primati, compresi scimmie e lemuri. Questi elementi condivisi possono dirci che certi retrovirus sono entrati nei loro genomi in momenti simili, suggerendo una storia virale condivisa.
Immagina un albero genealogico che si dirama non solo con parenti ma anche con ospiti non invitati — i virus che hanno rovinato la festa genetica!
Il caso intrigante di ERV-V
Un altro ERV, chiamato ERV-V, ha due copie nel genoma umano e sembra avere funzioni collegate alla placenta. Alcuni ricercatori hanno osservato che questi elementi virali mostrano cambiamenti evolutivi che potrebbero contribuire alla fitness degli animali. Questa scoperta apre domande affascinanti su come i resti virali possano influenzare la salute e lo sviluppo.
È come scoprire che una vecchia ricetta di famiglia proviene da un antenato misterioso che non era nemmeno parte della famiglia fino a ora!
Come gli ERV aiutano con l'immunità
Alcune sequenze di ERV, come quelle della famiglia MER41, sono state collegate a importanti processi immunitari, aiutando a regolare le risposte alle infezioni. Altre sequenze possono anche servire come potenziatori per geni coinvolti nell'immunità.
Pensala come se avessi un familiare che porta sempre i migliori snack per difendersi da qualsiasi malattia durante i ritrovi di famiglia!
MER41 e il suo ruolo nell'evoluzione
Le sequenze MER41 sono state trovate importanti anche in altre specie. Sono entrate nei genomi di vari animali circa nello stesso periodo e possono offrire intuizioni su come diverse creature rispondano alle infezioni e si adattino nel tempo.
Molte di queste scoperte suggeriscono che, mentre alcuni ERV possono sembrare avanzi inutili, in realtà possono influenzare la nostra biologia e evoluzione.
La ricerca continua
Nonostante numerosi studi, gli scienziati continuano a cercare altri tipi di ERV. Le scoperte nelle versioni più recenti del genoma suggeriscono che c'è ancora molto da imparare.
Tenere traccia di tutti i diversi tipi di ERV è un po' come cercare di ricordare ogni personaggio in una lunga soap opera — proprio quando pensi di conoscerli tutti, ne appare un nuovo!
Conclusione
I retrovirus endogeni sono un'area entusiasmante di ricerca che ci aiuta a capire la nostra storia genetica. Ci mostrano come i virus possano insinuarsi nel nostro DNA e influenzare vari aspetti della nostra biologia. Anche se potrebbero essere resti di antiche infezioni, spesso giocano ruoli significativi nelle nostre vite oggi. La ricerca continua di nuovi tipi di ERV promette di rivelare ulteriori segreti sul passato e su come esso plasmi il nostro presente.
Man mano che i ricercatori proseguono il loro lavoro, potremmo scoprire che i nostri geni portano più storie di quanto avessimo mai pensato — quasi come un misterioso album di famiglia che credevamo di conoscere!
Fonte originale
Titolo: Further varieties of ancient endogenous retrovirus in human DNA
Estratto: A retrovirus inserts its genome into the DNA of a cell, occasionally a germ-line cell that gives rise to descendants of the host organism: it is then called an endogenous retrovirus (ERV). The human genome contains relics from many kinds of ancient ERV. Some relics contributed new genes and regulatory elements. This study finds further kinds of ancient ERV, in the thoroughly-studied human genome version hg38: ERV-Hako, ERV-Saru, ERV-Hou, ERV-Han, and ERV-Goku. It also finds many relics of ERV-V, previously known from just two copies on chromosome 19 with placental genes. It finds a type of ERV flanked by MER41E long terminal repeats (LTRs), with surprisingly little similarity to the known MER41 ERV. ERV-Hako has subtypes that contain sequence from host genes SUSD6 and SPHKAP : the SUSD6 variant was transferred between catarrhine and platyrrhine primates. A retrovirus uses tRNA to prime reverse transcription: Hako is the only human ERV relic that used tRNA-Trp (tryptophan, symbol W), and HERV-W is misnamed because it used tRNA-Arg, based on the Genomic tRNA Database. One ERV-Saru LTR is the previously-described enhancer of AIM2 in innate immunity. This study contributes to understanding primate ERV history, but also shows that related ERVs can have drastic differences, challenging the goal of clearly annotating all ERV relics in genomes.
Autori: Martin C. Frith
Ultimo aggiornamento: 2024-12-13 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.11.627920
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.11.627920.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.
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