Sorveglianza delle Acque Reflue: Un Nuovo Fronte nella Lotta contro la Resistenza agli Antibiotici
Analizzare le acque reflue offre spunti sulla salute pubblica e le tendenze della resistenza agli antibiotici.
Connor L. Brown, Monjura Afrin Rumi, Lauren McDaniel, Ayella Maile-Moskowitz, Justin Sein, Loc Nguyen, Minyoung Choi, Fadi Hindi, James Mullet, Muhit Emon, Nazifa Ahmad Moumi, Matthew F. Blair, Benjamin C. Davis, Jayashmina Rao, Anthony Baffoe-Bonnie, Peter Vikesland, Amy Pruden, Liqing Zhang
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Indice
- Cos'è la Resistenza agli Antibiotici?
- Perché WBS è Importante per AR?
- Sfide in WBS
- La Complessità delle Acque Reflue
- Il Ruolo dell'Uso di Antibiotici
- Modelli Stagionali di Prescrizione di Antibiotici
- Esaminare i Campioni di Acqua Reflua
- Risultati sui Geni di Resistenza agli Antibiotici
- Comprendere le Dinamiche Microbiche
- L'Influenza di Diverse Famiglie Batteriche
- Il Ruolo dei Biofilm
- Tendenze Stagionali nelle Popolazioni Batteriche
- Collegare Uso di Antibiotici e Resistenza
- Implicazioni per la Salute Pubblica
- Direzioni Future per la Ricerca
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
La Sorveglianza basata sulle acque reflue (WBS) è un metodo che analizza il materiale chimico e biologico presente nelle fogne per raccogliere informazioni sulla salute pubblica, soprattutto riguardo la Resistenza agli antibiotici. Questo metodo preleva campioni dagli impianti di trattamento delle acque reflue (WWTP) per identificare vari patogeni e capire come vengono usati gli antibiotici nelle comunità. È particolarmente utile perché i test clinici tradizionali potrebbero perdere alcune delle tendenze più ampie che accadono a livello comunitario.
Cos'è la Resistenza agli Antibiotici?
La resistenza agli antibiotici (AR) si verifica quando i batteri si modificano in risposta all'uso di medicinali progettati per eliminarli. Questo può rendere le infezioni più difficili da trattare, portando a soggiorni ospedalieri più lunghi, costi medici più elevati e un aumento del rischio di morte. Immagina che siano come batteri che indossano un mantello da supereroe per schivare il farmaco che cerca di eliminarli.
Perché WBS è Importante per AR?
WBS può fornire un sacco di informazioni sui livelli di batteri resistenti agli antibiotici in una comunità senza dover fare affidamento solo sui dati clinici. Questo metodo consente una visione più ampia, catturando una gamma di informazioni sulla salute che potrebbero andare perse nei test dei singoli pazienti. È come avere una foto di gruppo invece di un semplice selfie. Analizzando le acque reflue, gli scienziati possono identificare tendenze nel tempo e sgominare focolai di batteri resistenti prima che diventino diffusi.
Sfide in WBS
Anche se WBS ha un grande potenziale, non è privo di sfide. Innanzitutto, i patogeni resistenti agli antibiotici (ARPs) sono numerosi e variano molto nelle loro caratteristiche. Alcuni crescono meglio in certe condizioni di altri, rendendo complicato avere un quadro chiaro. Inoltre, i microbi umani nelle acque reflue sono solo una piccola parte del mix più grande di diversi tipi di microbi presenti nelle fogne. È come cercare un paio di calzini smarriti in un enorme cesto di biancheria pieno di vestiti.
La Complessità delle Acque Reflue
Le fogne municipali sono un cocktail disordinato di microbi, inclusi quelli provenienti dai rifiuti umani e altre fonti, come l'acqua piovana e i Biofilm che si formano nei tubi di scarico. Il microbioma—essenzialmente la comunità di microbi—che si trova nelle acque reflue è piuttosto complesso e può cambiare a seconda del periodo dell'anno. Questa variazione stagionale può influenzare i geni di resistenza presenti nell'acqua, rendendo difficile determinare i livelli accurati di AR.
Il Ruolo dell'Uso di Antibiotici
Curiosamente, la correlazione tra l'uso di antibiotici e lo sviluppo della resistenza non è così semplice. Anche se avrebbe senso che un aumento nelle prescrizioni di antibiotici porti a più batteri resistenti, gli studi mostrano che la relazione è spesso debole. Questo potrebbe dipendere da altri fattori, come il trasporto di microbi resistenti nella comunità da fonti esterne, piuttosto che solo dall'uso locale di antibiotici.
Modelli Stagionali di Prescrizione di Antibiotici
L'Uso degli antibiotici può variare, con modelli stagionali spesso influenzati da fattori come le infezioni virali che aumentano in certi periodi dell'anno. Per esempio, quando arriva la stagione dell'influenza, i medici potrebbero prescrivere più antibiotici per infezioni correlate, il che può temporaneamente aumentare la presenza di batteri resistenti nelle fogne. I ricercatori hanno scoperto che alcuni antibiotici sono prescritti più frequentemente nei mesi invernali, mentre altri raggiungono il picco in primavera e estate.
Esaminare i Campioni di Acqua Reflua
I team di ricerca raccolgono campioni dalle fogne più volte a settimana per periodi prolungati. Analizzano questi campioni utilizzando tecniche di sequenziamento avanzate per identificare i tipi di batteri e i geni di resistenza presenti. L'obiettivo è connettere i dati sulle prescrizioni di antibiotici con i livelli di resistenza trovati nelle fogne.
Risultati sui Geni di Resistenza agli Antibiotici
Nell'analisi dei campioni di acqua reflua, i ricercatori hanno trovato che specifici geni legati alla resistenza agli antibiotici corrispondevano effettivamente alle prescrizioni di antibiotici emesse nella comunità. Tuttavia, il tempismo conta—sembra esserci un ritardo tra l'aumento dell'uso di antibiotici e l'osservabile aumento dei geni di resistenza nelle fogne.
Comprendere le Dinamiche Microbiche
La comunità microbica presente nelle fogne cambia costantemente, influenzata da molti fattori come le condizioni ambientali e le attività umane. Questo significa che la relazione tra l'uso di antibiotici e la resistenza può variare ampiamente, non solo tra diversi antibiotici, ma anche a causa di diversi ospiti batterici.
L'Influenza di Diverse Famiglie Batteriche
Quando si analizzano i batteri nelle fogne, i ricercatori hanno notato una distinzione significativa tra due famiglie principali: Enterobacteriaceae e Pseudomonadaceae. I geni di resistenza associati a Enterobacteriaceae tendevano a rispondere più rapidamente all'uso di antibiotici, mentre quelli associati a Pseudomonadaceae mostrano una risposta ritardata. Questo suggerisce che alcuni batteri sono più reattivi alla pressione antibiotica di altri.
Il Ruolo dei Biofilm
I biofilm, che sono colonie di batteri che si attaccano alle superfici, possono complicare le dinamiche della resistenza agli antibiotici. Possono fungere da serbatoio, ospitando batteri e geni resistenti, e rilasciandoli nel flusso delle acque reflue. Pensa ai biofilm come a un locale clandestino per batteri—nascosti dal mondo esterno finché le condizioni non sono giuste per diffondersi.
Tendenze Stagionali nelle Popolazioni Batteriche
La ricerca ha mostrato che la popolazione di certi batteri nelle fogne non è statica. Cambia con le stagioni, influenzando la prevalenza delle ceppi resistenti. Esaminando come queste popolazioni si spostano, i ricercatori possono ottenere intuizioni su quanto bene funzionano specifici antibiotici e quali resistenze potrebbero essere in aumento.
Collegare Uso di Antibiotici e Resistenza
Analizzando meticolosamente la corrispondenza tra le prescrizioni di antibiotici e i geni di resistenza nelle fogne, i ricercatori hanno trovato associazioni significative. Per esempio, alcuni antibiotici mostrano una forte correlazione con specifici geni di resistenza, rafforzando l'idea che l'uso di antibiotici nella comunità influisce su ciò che accade nel sistema fognario locale.
Implicazioni per la Salute Pubblica
Comprendere le dinamiche della resistenza agli antibiotici nelle fogne può avere importanti implicazioni per la salute pubblica. Monitorando queste tendenze, i funzionari della salute possono meglio anticipare focolai e sviluppare strategie per combattere la resistenza prima che diventi un problema più grande. WBS può fungere da sistema di allerta precoce, dando alle comunità la possibilità di affrontare queste minacce di petto.
Direzioni Future per la Ricerca
Sebbene ci sia molto da imparare dalla sorveglianza delle acque reflue riguardo la resistenza agli antibiotici, è necessaria più ricerca. Gli studi futuri mireranno a comprendere le complessità delle interazioni microbiche nelle fogne, la stabilità degli antibiotici in diversi ambienti e di più su come si sviluppa la resistenza. Man mano che la tecnologia migliora, così farà anche la precisione delle nostre analisi.
Conclusione
La sorveglianza basata sulle acque reflue offre una finestra unica sulla salute delle comunità e sulla crescente minaccia della resistenza agli antibiotici. Anche se rimangono sfide, le intuizioni ottenute possono guidare gli sforzi per affrontare la resistenza in modo efficace. Con una continua ricerca e le giuste strategie, possiamo invertire la rotta contro la resistenza agli antibiotici, assicurando che gli antibiotici rimangano strumenti efficaci nella lotta contro le infezioni. E chissà, magari un giorno scopriremo come convincere quei fastidiosi batteri a rinunciare per sempre ai loro mantelli da supereroe.
Fonte originale
Titolo: Metagenomics disentangles epidemiological and microbial ecological associations between community antibiotic use and antibiotic resistance indicators measured in sewage
Estratto: Wastewater-based surveillance (WBS) is proving to be a valuable source of information regarding pathogens circulating in the community, but complex microbial ecological processes that underlie antibiotic resistance (AR) complicate the prospect of extending WBS for AR monitoring. The epidemiological significance of observed relative abundances of antibiotic resistance genes (ARGs) in sewage is unclear, in part due to multiple sources and in-sewer processes that shape the ARG signal at the entry to the wastewater treatment plant (WWTP). Differentiating between human-derived signals of resistance and those associated with downstream physical and ecological processes could help amplify public health value of WBS of AR by removing noise. In particular, autochthonous sewage microbiota--microbes stably associated with sewage collection networks independent of human/fecal input--could influence profiles of antibiotic resistance via seasonality, temperature, or other factors that alter human community-level AR signals at a given time point. Here we address this fundamental challenge by differentiating distinct associations between sewage-borne antibiotic resistant bacteria and outpatient antibiotic use in the community served by the sewershed. This was made possible using a unique dataset of outpatient antibiotic prescription rates encompassing the majority of antibiotic use over a 5-year period. Leveraging a yearlong 2x weekly sampling of a conventional WWTP with deep metagenomic sequencing (average 29 Gbp/sample) and extensive bioinformatics analysis, we identify striking associations between sewage-borne ARGs and antibiotic usage depending on the putative bacterial host and the presumed environmental stability of the antibiotic. It was found that a subset of ARGs, predominantly associated with Enterobacteriaceae, displayed a direct correlation with antibiotic usage, while ARGs predominantly associated with Pseudomonadaceae displayed a lagged relationship with antibiotic usage (between 1-3 months). Nested statistical modeling was applied to model the relationship between Pseudomonas metagenome assembled genomes and lagged sulfamethoxazole/trimethoprim use while jointly considering sewage characteristics and seasonality. This effort demonstrates the utility of WBS for understanding epidemiological dimensions of AR and provides a framework for accomplishing this purpose by considering microbial ecological factors that contribute to the corresponding signals in sewage.
Autori: Connor L. Brown, Monjura Afrin Rumi, Lauren McDaniel, Ayella Maile-Moskowitz, Justin Sein, Loc Nguyen, Minyoung Choi, Fadi Hindi, James Mullet, Muhit Emon, Nazifa Ahmad Moumi, Matthew F. Blair, Benjamin C. Davis, Jayashmina Rao, Anthony Baffoe-Bonnie, Peter Vikesland, Amy Pruden, Liqing Zhang
Ultimo aggiornamento: 2024-12-12 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.11.24318846
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.11.24318846.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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