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Communautés microbiennes et leur résistance aux envahisseurs

Examiner les dynamiques de la diversité microbienne et leur rôle dans la résistance aux invasions.

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Diversité microbienne etDiversité microbienne etrésistance à l'invasionla santé des communautés microbiennes.Comprendre comment la diversité façonne
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La Microbiote se compose de petites choses vivantes, comme des bactéries et des champignons, qui vivent dans et sur des organismes plus gros, comme les humains et les plantes. Ces minuscules organismes se développent souvent avec leurs hôtes, ce qui veut dire qu'ils grandissent et changent avec eux au fil du temps. La microbiote peut offrir divers avantages à ses hôtes, comme partager des nutriments, aider au développement et protéger contre des envahisseurs nuisibles.

Une caractéristique importante de la microbiote est sa capacité à résister à l'introduction d'espèces non natives, ce qu'on appelle la résistance à la colonisation. Ça veut dire que quand de nouvelles espèces, potentiellement nuisibles, essaient d'envahir, une microbiote saine peut aider à les empêcher de s'installer. La force de cette résistance dépend de plusieurs facteurs, comme l'environnement (température et ressources disponibles), la composition de la microbiote résidente (sa diversité et son nombre), les caractéristiques de l'envahisseur et la façon dont l'envahisseur interagit avec les organismes résidents.

La complexité des communautés microbiennes

La relation entre la diversité des communautés microbiennes et leur capacité à résister aux invasions est complexe et parfois contradictoire. Certaines études suggèrent qu'une plus grande variété d'espèces natives peut renforcer la résistance aux envahisseurs, tandis que d'autres montrent qu'une diversité accrue peut offrir plus d'opportunités aux envahisseurs pour réussir. Cette incohérence est connue sous le nom de paradoxe de l'invasion.

En regardant dans l'histoire, les premiers écologistes ont noté que les écosystèmes simples sont souvent plus vulnérables aux invasions. Ils pensaient que si un écosystème a beaucoup d'espèces différentes, il y aura moins de places ouvertes pour que les envahisseurs exploitent. Dans ce sens, une plus grande diversité dans une communauté microbienne pourrait mener à une résistance plus forte face aux envahisseurs, car il y a plus d'organismes qui se battent pour les mêmes ressources, rendant plus difficile l'établissement de nouveaux venus.

Le rôle de la diversité dans les communautés microbiennes

Cependant, il y a des cas où plus de diversité signifie une plus grande invasibilité. Des recherches dans divers écosystèmes ont montré que des zones avec un mélange d'espèces natives et non natives peuvent parfois supporter un plus grand nombre d'organismes divers. Quand de nouvelles espèces sont introduites dans des environnements contrôlés, les parcelles avec plus d'espèces résidentes ont souvent des envahisseurs plus réussis, tandis que celles avec moins d'espèces résistent généralement mieux.

Les raisons derrière ces observations sont encore en cours d'étude. Une idée est que des communautés diversifiées créent différents microenvironnements qui pourraient être plus adaptés aux envahisseurs. Cependant, quand les chercheurs examinent la composition des envahisseurs dans des zones très diversifiées, ils constatent souvent qu'ils ne correspondent pas à ceux des zones moins diversifiées, compliquant ainsi les explications.

Enquête sur le paradoxe de l'invasion

Pour comprendre ces résultats contradictoires, les chercheurs ont essayé de clarifier comment la diversité et la résistance à la colonisation fonctionnent ensemble. Certains suggèrent que la relation positive entre diversité et résistance se voit à petite échelle, comme dans des expériences contrôlées, tandis que la relation négative apparaît dans des contextes communautaires plus larges. D'autres facteurs, comme des perturbations dans l'environnement, la pression pour introduire de nouvelles espèces, et des variations dans la composition des espèces, pourraient jouer un rôle dans ces tendances observées.

Alors que certaines études se concentrent sur la proportion d'espèces non natives pour évaluer la vulnérabilité à l'invasion, cette méthode peut ignorer les changements dans la communauté native à mesure que les envahisseurs arrivent. L'introduction d'envahisseurs peut modifier la dynamique des communautés établies, impactant la façon dont elles réagissent aux nouveaux défis.

Utilisation de modèles mathématiques pour comprendre les interactions microbiennes

Pour comprendre comment la diversité impacte la résistance, les chercheurs se sont tournés vers des modèles mathématiques. Ils ont examiné comment différents designs communautaires influencent la résistance aux invasions. Ces modèles sont souvent construits en utilisant des interactions simples entre les espèces et prennent en compte divers facteurs, y compris comment les communautés réagissent aux nouveaux envahisseurs.

Par exemple, un modèle explicite de médiation permet aux scientifiques de suivre comment les espèces résidentes interagissent entre elles, ainsi que leurs relations avec les envahisseurs. Ce modèle aide à découvrir les résultats lorsqu'un envahisseur est introduit, comme si les espèces résidentes survivent ou sont déplacées. En simulant une gamme de scénarios, les chercheurs peuvent analyser les tendances et les motifs sous-jacents.

L'influence de la richesse en espèces sur la résistance

Dans leurs investigations, les chercheurs ont constaté que lorsque le nombre d'espèces dans une communauté augmente, la chance de résister aux envahisseurs varie. Pour les communautés avec un nombre d'espèces plus faible, une plus grande richesse semble renforcer la résistance. Cependant, pour celles avec une haute richesse, la résistance diminue souvent, ce qui peut être lié à la probabilité croissante que les espèces résidentes soient remplacées par des envahisseurs.

Cette tendance met en évidence la tension entre l'augmentation, où les espèces résidentes restent et l'envahisseur prospère, et le déplacement, où les espèces résidentes sont perdues pour faire place à l'envahisseur. Dans de nombreux cas, les chercheurs ont observé que les perturbations et la stabilité communautaire sont étroitement liées à la capacité des communautés à résister aux envahisseurs.

Stabilité communautaire et résistance à l'invasion

Un aspect important de la dynamique communautaire est la stabilité. Les chercheurs ont examiné comment les communautés stables réagissent aux envahisseurs. Ils ont constaté que les communautés capables de résister aux perturbations ont tendance à être plus résistantes aux envahisseurs. En revanche, les communautés instables ont souvent du mal à se défendre contre les nouvelles arrivées.

En testant diverses conditions, les scientifiques ont déterminé que le niveau de stabilité joue un rôle significatif dans les résultats lors de l'introduction d'envahisseurs. Les communautés stables sont moins susceptibles de perdre des espèces résidentes et possèdent ainsi une défense plus forte contre les envahisseurs.

Interactions entre espèces et envahisseurs

Un autre facteur clé influençant la résistance est la nature des interactions entre les espèces au sein de la communauté, y compris leur relation avec l'envahisseur. Les chercheurs ont varié l'équilibre des interactions - que les espèces s'entraident ou se gênent - pour explorer comment ces dynamiques impactent la résistance.

Les communautés où les espèces résidentes ont tendance à faciliter l'envahisseur ont montré une résistance plus faible. À l'inverse, les communautés avec plus d'interactions inhibitrices entre résidents ont généralement maintenu des niveaux de résistance plus élevés. Cette connexion indique que la façon dont les membres résidents réagissent aux envahisseurs joue un rôle essentiel dans la santé globale de la communauté.

Facteurs supplémentaires de nutriments

La disponibilité des nutriments façonne également la relation entre diversité et résistance. Quand les nutriments sont pleinement utilisés par les espèces résidentes, un plus grand nombre d'espèces peut conduire à une résistance grâce à la compétition pour les ressources. Cependant, des nutriments non utilisés peuvent donner un avantage aux envahisseurs, augmentant les chances de perturbation dans des communautés plus diverses.

Des études suggèrent que lorsque les communautés résidentes utilisent efficacement les ressources partagées, elles gardent les envahisseurs à distance. Mais quand il y a des ressources supplémentaires disponibles que les résidents n'utilisent pas, l'équilibre change. Une plus grande diversité dans ces cas peut offrir plus d'opportunités aux envahisseurs pour réussir.

Conclusion

Comprendre la dynamique des communautés microbiennes et leur relation avec les invasions est essentiel pour maintenir la santé des écosystèmes. L'équilibre entre diversité et résistance est complexe, avec divers facteurs influençant les résultats. En utilisant des simulations et des modèles, les chercheurs peuvent explorer davantage ces relations et éclairer les mécanismes sous-jacents.

L'étude continue des interactions microbiennes apporte des insights précieux sur la manière de gérer et de protéger les écosystèmes contre les espèces envahissantes. En reconnaissant l'interconnexion des espèces, de leurs environnements et des forces qui conduisent le changement, on peut mieux comprendre la tapisserie complexe de la vie.

Source originale

Titre: Revisiting the invasion paradox: resistance-richness relationship is driven by augmentation and displacement trends

Résumé: Host-associated resident microbiota can protect their host from pathogen--a community-level trait called colonization resistance. The effect of the diversity of the resident community in previous studies has shown contradictory results, with higher diversity either strengthening or weakening colonization resistance. To control the confounding factors that may lead to such contradictions, we use mathematical simulations that focus on species interactions and their impact on colonization resistance. We use a mediator-explicit model that accounts for metabolite-mediated interactions to perform in silico invasion experiments. Our results state that colonization resistance often does not have a monotonic relationship with the species richness of the resident community. Instead, colonization outcomes are often the consequence of two underlying trends as the richness of the resident community increases: a decrease in instances of augmentation (invader species added, without driving out resident species) and an increase in instances of displacement (invader species added, driving out some of the resident species). We observe these two underlying trends hold consistently under different parameters, regardless of the number of compounds that mediate interactions between species or the proportion of the facilitative versus inhibitory interactions among species. Our results provide an explanation for the seemingly contradictory trend in the resistance-diversity relationship in previous reports.

Auteurs: Babak Momeni, Y. Zhu

Dernière mise à jour: 2024-01-15 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.12.575455

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.12.575455.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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