Nouveaux virus trouvés dans les abattoirs de volaille

La Chine est un pays leader dans l'élevage de bétail et de volaille, ainsi que dans la consommation de ces viandes. La consommation totale de viande en Chine frôle les 100 millions de tonnes, représentant environ 27 % du total mondial. En 2022, la production de viande en Chine a atteint 92,27 millions de tonnes. Parmi cela, la viande de volaille a contribué à environ 24,43 millions de tonnes, soit environ 26,5 % de la production mondiale de viande de volaille.

#Importance des abattoirs

Les abattoirs sont super importants pour le processus qui fait passer la viande des fermes aux consommateurs. C’est aussi des endroits où des micro-organismes nuisibles peuvent se propager. La volaille, qui est très mobile et vient de différentes sources, peut transporter divers agents Pathogènes, ces microbes qui peuvent provoquer des maladies. Quand la volaille arrive aux abattoirs, les conditions peuvent favoriser la contamination, affectant ainsi l'environnement et les travailleurs. Les déchets produits pendant l'abattage et le traitement créent aussi de bonnes conditions pour que ces micro-organismes nuisibles prospèrent. La relation entre les animaux, l'environnement et les travailleurs crée un cycle fermé pour la propagation des germes. Des études montrent que certains agents pathogènes, comme Campylobacter et Salmonella dans les bactéries et les virus de l'influenza aviaire, se trouvent plus fréquemment chez les travailleurs des abattoirs par rapport au grand public. Donc, faire des recherches sur les micro-organismes dans les abattoirs de volaille est super important.

#Bactériophages : un type de virus

Les bactériophages sont des virus qui infectent spécifiquement les bactéries. C’est la forme de vie la plus courante sur Terre, avec environ 10^31 particules. Notre groupe de recherche a trouvé beaucoup d'agents pathogènes dans des échantillons prélevés dans des abattoirs de volaille, et on a aussi identifié plein de nouveaux bactériophages. La présence de nombreux agents pathogènes dans les abattoirs crée un bon environnement pour que les bactériophages survivent. Étudier les différents types et Hôtes de ces bactériophages dans les abattoirs de volaille peut nous aider à comprendre la relation entre les agents pathogènes et les bactériophages dans cet environnement. En plus, les travailleurs dans ces abattoirs risquent des infections à cause de leur exposition à des bactéries nuisibles. Explorer et développer des espèces de bactériophages efficaces pourrait aider à purifier l'environnement et à prévenir la propagation de germes nuisibles, protégeant ainsi la santé publique.

#Examen des virus Microviridae

Microviridae est une famille de virus à ADN à simple brin. On les trouve dans diverses bactéries, y compris certaines qui peuvent provoquer des maladies. Traditionnellement, seules deux sous-familles de Microviridae étaient reconnues, mais des études récentes suggèrent qu’il en existe beaucoup plus. Cette étude se concentre sur un abattoir de volaille à Guangzhou, en Chine, en utilisant des méthodes spéciales pour collecter et examiner des virus de l'environnement. On a découvert une gamme variée de nouveaux virus appartenant à la famille des Microviridae. Notre analyse de génomes presque complets de ces virus a mené à l'identification d'au moins six nouvelles sous-familles et d'unités taxonomiques supérieures supplémentaires. En comparant nos découvertes avec des bases de données existantes sur les virus, il apparaît que notre classification est claire et précise. On a aussi trouvé plus de 20 hôtes potentiels pour ces microvirus, ce qui élargit notre compréhension de leur importance écologique.

#Méthode de collecte d'échantillons

Dans cette étude, on a collecté trois types d'échantillons dans un abattoir de volaille à Guangzhou : des échantillons d'animaux, des échantillons de travailleurs et des échantillons environnementaux. Les échantillons environnementaux incluaient de l'air, du sol, des boues, et des écouvillons de véhicules et de l'abattoir lui-même.

1. Échantillons d'animaux : On a pris des écouvillons stériles des bouches et cloaques des poules et des canards. Les écouvillons ont été mis dans un tampon spécial pour la conservation. On a mélangé les écouvillons de plusieurs animaux pour créer des échantillons composites.
2. Échantillons de travailleurs : On a collecté des écouvillons nasaux chez les travailleurs de l'abattoir, en utilisant encore des écouvillons stériles et les plaçant dans un tampon de conservation.
3. Échantillons d'air : On a mis en place un équipement spécial pour capturer des échantillons de l'air dans différentes zones de l'abattoir pendant plusieurs jours.
4. Échantillons de sol : On a utilisé une méthode spécifique pour collecter des échantillons de sol à divers endroits autour de l'abattoir.
5. Échantillons de boues : On a collecté des eaux usées des coins de la zone de drainage.
6. Échantillons d'écouvillon environnementaux : On a aussi pris des écouvillons de différentes surfaces dans plusieurs zones autour de l'abattoir.

Après avoir collecté les échantillons, ils ont été soigneusement stockés et transportés pour des tests.

#Analyse des échantillons

Pour analyser le contenu viral des échantillons, on a créé des pools en combinant des échantillons de la même source. Cela incluait la combinaison d'écouvillons d'animaux, de travailleurs et de zones environnementales. On a enrichi les échantillons en séparant les particules ressemblant à des virus en fonction de leurs propriétés, puis on a extrait des acides nucléiques pour des tests supplémentaires.

On a utilisé des techniques avancées pour préparer ces échantillons pour le séquençage, permettant de lire les informations génétiques des virus présents. Ce processus de séquençage a révélé un nombre significatif de séquences virales pouvant être analysées pour des informations supplémentaires.

#Découverte de nouvelles sous-familles de Microviridae

Après avoir terminé l'analyse, on a identifié neuf clusters de virus Microviridae, avec deux clusters correspondant à des sous-familles connues, Bullavirinae et Gokushovirinae. Les sept clusters restants représentent probablement de nouvelles sous-familles. En se basant sur nos découvertes, on a classé ces virus en cinq groupes principaux. Parmi ces groupes, certains sont constitués de virus auparavant non classifiés, suggérant qu'il pourrait y avoir beaucoup plus de subdivisions de Microviridae à explorer.

#Expansion des connaissances sur les hôtes de microvirus

On a aussi fait des analyses pour déterminer les hôtes potentiels des microvirus nouvellement découverts. Nos résultats montrent que, bien que certains hôtes connus comme Bdellovibrio et Chlamydia soient communs, il y a probablement beaucoup plus d'hôtes non reconnus. Cette large gamme d'hôtes indique le potentiel des microvirus à interagir avec diverses bactéries, dont beaucoup sont des agents pathogènes significatifs.

L'analyse des échantillons a montré que les microvirus étaient plus abondants dans les échantillons de sol et de boues. Notamment, des espèces comme Bdellovibrio bacteriovorus et Caulobacter vibrioides apparaissaient comme hôtes communs. Les résultats indiquent une relation étroite entre les microvirus et leurs hôtes bactériens, mettant en évidence des schémas spécifiques parmi les différents types d'échantillons.

#Caractéristiques génomiques des microvirus

La taille et le contenu génétique des virus peuvent varier. Dans cette étude, on a examiné la taille du génome et le contenu en GC des microvirus identifiés. Les résultats indiquaient une taille de génome cohérente au sein de chaque cluster, mais des différences significatives entre les clusters. Par exemple, la sous-famille Bullavirinae affichait des caractéristiques de génome distinctes par rapport aux autres.

Ces caractéristiques génomiques soutiennent notre approche de classification et montrent la diversité des microvirus à travers différents environnements.

#Relations phylogénétiques des microvirus

Pour explorer davantage les relations entre les microvirus identifiés, on a construit des arbres phylogénétiques. Cette analyse permet de comprendre comment différents microvirus ont évolué au fil du temps. Les résultats ont montré que certains clusters contenaient des virus avec des hôtes communs et des structures génétiques similaires.

Par exemple, un cluster était principalement associé à des hôtes typiques comme Escherichia coli. Cependant, certains virus étaient liés à des hôtes non rapportés auparavant, indiquant une plus grande diversité de bactéries que ces microvirus pourraient potentiellement infecter.

#Comparaison des microvirus à travers différentes sources

Une comparaison plus large incluait des microvirus déjà rapportés dans diverses études. Cette comparaison a montré que, bien que les microvirus nouvellement identifiés dans cette étude soient divers, ils pourraient encore représenter un domaine sous-exploré au sein de tout le spectre des microvirus.

Notre analyse a montré que beaucoup des microvirus nouvellement découverts appartenaient à des groupes spécifiques bien représentés dans des environnements humains, mais le lien avec les abattoirs de volaille apporte de nouvelles perspectives sur cette famille virale.

#Spécificité des hôtes des microvirus

En examinant la spécificité des hôtes des microvirus, on a trouvé que certains clusters montraient des préférences claires pour certains hôtes bactériens. Par exemple, des clusters spécifiques étaient principalement associés à Bdellovibrio bacteriovorus, tandis que d'autres étaient liés à des espèces comme Bacillus halmapalus. Les préférences variées des hôtes suggèrent des différences dans la façon dont les microvirus peuvent s'adapter à différents environnements.

Nos résultats mettent aussi en lumière l'importance de comprendre l'interaction entre les microvirus et leurs hôtes, car cette connaissance peut éclairer des applications potentielles en biologie et en médecine.

#Conclusion et perspectives futures

Cette recherche a réussi à identifier et analyser une variété de nouveaux microvirus d'un abattoir de volaille, révélant au moins six nouvelles sous-familles. Les résultats contribuent à une meilleure compréhension de la diversité de Microviridae et de son rôle écologique.

À mesure que davantage de recherches sont menées, il est probable que de nouveaux groupes taxonomiques soient reconnus au sein de cette famille, menant à des ajustements supplémentaires de classification. Étant donné les hôtes potentiels identifiés, y compris des agents pathogènes importants, il pourrait également y avoir des applications pratiques dans le contrôle des maladies grâce à la thérapie par bactériophages.

Dans l'ensemble, cette étude offre une nouvelle perspective sur le paysage viral dans les environnements avicoles, soulignant la nécessité de recherches continues pour découvrir toute la gamme d'interactions entre les microvirus et leurs hôtes.