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# Biologie# Microbiologie

L'impact des prédateurs sur le succès de la bioaugmentation

Une étude révèle comment les prédateurs du sol affectent la survie des bactéries introduites dans des environnements pollués.

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La pollution causée par les activités humaines est un vrai problème qui affecte l'environnement, nuisant aux écosystèmes et à la variété de vie qu'ils abritent. Une solution pour gérer ce problème, c'est la Bioaugmentation, qui consiste à ajouter des microorganismes capables de dégrader des substances nuisibles dans le sol. Ce truc est particulièrement utile pour traiter les polluants persistants, comme certains produits chimiques appelés hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP).

Le succès de la bioaugmentation repose sur la capacité des microorganismes introduits à survivre et à fonctionner dans le nouvel environnement. Leur aptitude à prospérer dépend de différents défis, comme la disponibilité des ressources et la concurrence des microorganismes natifs. Même si les chercheurs ont souvent étudié la compétition pour les ressources, l'impact des organismes du sol plus gros qui se nourrissent de Bactéries - appelés prédateurs - a été négligé. Comprendre comment ces prédateurs interagissent avec les microorganismes introduits peut nous donner des infos précieuses sur l'efficacité de la bioaugmentation.

Le Rôle des Prédateurs dans le Sol

Dans les écosystèmes du sol, les petits prédateurs, comme certains protistes (organismes unicellulaires) et certaines bactéries, jouent un rôle important. Ils aident à contrôler les populations de bactéries par Prédation, ce qui peut affecter la survie des microbes introduits. Les gros organismes du sol consomment souvent des bactéries, mais leurs effets sur les microorganismes nouvellement ajoutés n'ont pas été largement étudiés.

La présence de ces prédateurs peut influencer les types de bactéries qui s'établissent dans le sol. Quand la population de bactéries change, cela peut affecter toute la communauté d'organismes du sol. Donc, quand tu introduis de nouvelles bactéries, la communauté de prédateurs peut aussi réagir, ce qui peut impacter le succès du processus de bioaugmentation.

Différents types de sol ont différentes communautés de prédateurs, et leur présence peut mener à des résultats variés lors des efforts de bioremédiation. Par exemple, un sol contaminé depuis longtemps peut héberger des prédateurs différents par rapport à un sol qui a été récemment pollué. Comprendre ces différences est crucial pour améliorer les stratégies de bioaugmentation.

Objectif de l'Étude

L'objectif de cette étude était d'examiner les effets de la prédation sur la survie des bactéries introduites et d'identifier quels organismes prédateurs pouvaient consommer ces microbes. Pour cela, les chercheurs ont inoculé des échantillons de sol avec un mélange spécifique de bactéries capables de dégrader les HAP. Ils ont observé comment ces bactéries interagissaient avec les deux types de sol - l'un avec une longue histoire de contamination et l'autre avec une courte histoire de contamination.

Types de Sol

Deux types de sol ont été utilisés dans l'expérience. Un type a été collecté dans une zone polluée, tandis que l'autre provenait d'un parc urbain non contaminé. Le sol contaminé avait été traité auparavant avec des boues pétrochimiques, ce qui a entraîné un mélange de divers HAP. L'équipe de recherche a contaminé artificiellement le sol non pollué avec un mélange d'HAP spécifiques pour créer un environnement contrôlé pour étudier le processus de dégradation.

Introduction des Bactéries

Les chercheurs ont utilisé une combinaison de deux bactéries, Sphingobium sp. et Burkholderia sp., connues pour leur capacité à dégrader les HAP. Ces bactéries ont été marquées avec un isotopes de carbone spécial, permettant à l'équipe de suivre leur présence et activité dans le sol.

Configuration Expérimentale

L'expérience consistait à établir de petits environnements de sol, appelés microcosmes, pour observer comment bien les bactéries inoculées allaient survivre et fonctionner au fil du temps. Les microcosmes contenaient des échantillons de sol qui ont été surveillés pendant 30 jours après l'introduction des bactéries. Les chercheurs vérifiaient régulièrement l'humidité du sol, la température, et tout changement dans les populations bactériennes.

Quantification des HAP

Pendant l'expérience, la concentration des HAP dans le sol a été mesurée à différents moments pour voir à quel point les bactéries introduites réussissaient à dégrader ces substances nuisibles. En comparant les niveaux de HAP avant et après l'introduction des bactéries, les chercheurs pouvaient évaluer le succès du processus de bioaugmentation.

Examen des Communautés de Prédateurs

Pour mieux comprendre les interactions dans le sol, les chercheurs ont également regardé les communautés de prédateurs présentes dans les deux types de sol. Ils ont utilisé des techniques pour extraire et analyser l'ADN microbien, ce qui a aidé à identifier quels organismes étaient présents et comment ils étaient impliqués dans la dégradation des polluants.

Résultats : Impact de la Bioaugmentation

Dans le sol récemment contaminé, les bactéries introduites ont réussi à éliminer les HAP en 30 jours. En revanche, les bactéries n'ont pas montré la même efficacité dans le sol pollué depuis longtemps. Cette différence a mis en évidence l'impact de l'histoire de contamination plus longue, qui a probablement influencé les types de prédateurs présents et leurs interactions avec les bactéries introduites.

Changements dans les Populations Bactériennes

Après l'introduction des bactéries, les chercheurs ont observé un changement dans les populations des bactéries introduites et natives. Dans le sol contaminé à court terme, les bactéries introduites ont initialement prospéré, mais leurs nombres ont diminué avec le temps. En revanche, dans le sol contaminé à long terme, les bactéries introduites ont eu du mal à survivre, soulignant le défi posé par la communauté de prédateurs établie.

Communautés Microbiennes Enrichies

L'expérience a révélé plusieurs types de bactéries différents qui ont augmenté en nombre après l'introduction des souches inoculées. Cela comprenait des organismes eucaryotes et bactériens qui interagissaient avec les microbes introduits. L'étude a montré comment ces communautés ont changé au fil du temps, indiquant les relations complexes dans le sol.

Dans le sol contaminé à court terme, les bactéries introduites ont rapidement été intégrées dans la chaîne alimentaire. Plusieurs organismes eucaryotes, principalement des protistes, ont rapidement réagi à la présence des nouvelles bactéries, indiquant leur rôle dans le cycle des nutriments. Dans le sol contaminé à long terme, la réponse était différente, avec divers organismes amiboïdes et autres prédateurs prenant plus de temps pour incorporer les bactéries introduites.

Points Clés

Cette étude souligne l'importance des communautés de prédateurs dans le succès de la bioaugmentation. Elle montre que les facteurs environnementaux peuvent affecter la survie et le fonctionnement des bactéries introduites dans les Sols contaminés. Dans les sols pollués à court terme, les bactéries introduites étaient plus efficaces, mais dans les sols pollués à long terme, les prédateurs établis limitaient considérablement leur capacité à prospérer.

En plus, comprendre les dynamiques des relations prédateur-proie dans les écosystèmes du sol peut aider les chercheurs à développer de meilleures stratégies de bioremédiation. En identifiant les principaux groupes de prédateurs et en comprenant leurs comportements, les futurs efforts de bioaugmentation peuvent être ajustés pour augmenter les chances de réussite dans l'élimination des polluants.

Conclusion

Les résultats de cette recherche soulignent qu’introduire des microorganismes peut être une stratégie prometteuse pour nettoyer les environnements pollués, mais le succès de ces efforts dépend largement des interactions avec la communauté du sol existante. En étudiant ces relations, les scientifiques peuvent améliorer leurs approches pour gérer la pollution et restaurer efficacement les écosystèmes.

Source originale

Titre: Analysis of predation-driven inoculum loss and carbon flow in bioaugmented soils through DNA-SIP

Résumé: Bioaugmentation is considered as a sustainable and cost-effective methodology to recover contaminated environments, but its outcome is highly variable. Predation is a key top-down control mechanism affecting inoculum establishment, however its effects on this process have received little attention. This study focused on the impact of trophic interactions on bioaugmentation success in two soils with different pollution exposure histories We inoculated a 13C-labelled pollutant-degrading consortium in these soils and tracked the fate of the labelled biomass through stable isotope probing (SIP) of DNA. We identified active bacterial and eukaryotic inoculum-biomass consumers through amplicon sequencing of 16S rRNA and 18S rRNA genes coupled to modified enrichment factor calculation. Inoculation effectively increased PAH removal in short-term polluted soils but not in long-term polluted soils. A decrease in the relative abundance of the inoculated genera was observed already on day 15 in the long-term polluted soil, while growth of these genera was observed in the short-term polluted soil, indicating establishment of the inoculum. In both soils, eukaryotic genera dominated as early incorporators of 13C-labelled biomass, while bacteria incorporated the labelled biomass at the end of the incubation period, probably through cross-feeding. We also found different successional patterns between the two soils. In the short-term polluted soil, Cercozoa and Fungi genera predominated as early incorporators, whereas Ciliophora, Ochrophyta and Amoebozoa were the predominant genera in the long-term polluted soil. Our results showed differences in the inoculum establishment and predator community behaviours, affecting bioaugmentation efficiency. This highlights the need to further study predation effects on inoculum survival to increase the applicability of inoculation-based technologies.

Auteurs: Esteban Emanuel Nieto, S. D. Jurburg, N. Steinbach, S. Festa, I. S. Morelli, B. Coppotelli, A. Chatzinotas

Dernière mise à jour: 2024-04-02 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.02.587735

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.02.587735.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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