Suivi des épidémies de virus du Nil occidental en Italie

Le Virus du Nil occidental (WNV) est une maladie qui touche aussi bien les humains que les animaux, surtout les oiseaux et les chevaux. Ce virus se propage généralement par les Moustiques. Le but de ce document est de présenter la création d'une nouvelle base de données qui suit les épidémies de virus du Nil occidental en Italie de 2012 à 2022. Cette base de données compile des infos provenant de différentes sources et est conçue pour être publique, permettant aux chercheurs et aux autorités sanitaires d'analyser les données et de surveiller la situation efficacement.

#Contexte

Le WNV a été découvert pour la première fois en Ouganda en 1937. Depuis, des épidémies ont eu lieu dans divers pays, y compris en Italie, où le virus a été détecté pour la première fois en 1998 dans la région de la Toscane. Au fil des ans, le WNV s'est répandu dans différentes régions d'Italie, avec des épidémies notables chaque été.

Au début, les épidémies de WNV entraînaient des cas bénins. Cependant, des cas plus graves sont apparus dans les années suivantes, notamment des complications neurologiques qui ont même causé des décès. En Italie, les régions autour du delta du fleuve Po, comme l'Émilie-Romagne et le Vénétie, ont été particulièrement touchées.

Des facteurs comme les changements climatiques, la croissance urbaine et la mobilité accrue ont contribué à la propagation du WNV. Les variations de température peuvent influencer les populations de moustiques et les patterns du virus lui-même, ce qui rend essentiel de comprendre ces dynamiques.

#Collecte de données

Pour mieux suivre le WNV, nous avons créé une base de données complète, appelée WNVDB, qui inclut des détails sur les épidémies de virus en Italie de septembre 2012 à novembre 2022. La WNVDB est construite à partir des bulletins publiés par l'Institut national de santé italien. Ces bulletins contiennent des infos précieuses sur les types d'infections, les régions touchées et les espèces hôtes spécifiques.

Les données collectées couvrent divers aspects du WNV, y compris :

• Type d'hôte infecté (ex : humains, chevaux, oiseaux, moustiques)
• Localisation géographique des cas
• Infos sur le type d'infection et la gravité des cas

Cette base de données vise à fournir une source d'infos centralisée qui est accessible et transparente. Les données ouvertes permettent aux chercheurs et au public de consulter, analyser et utiliser ces infos pour améliorer les politiques de santé publique et les stratégies de réponse.

#Structure de la base de données

La WNVDB est organisée en plusieurs dossiers selon l'année, avec des sous-dossiers pour différents types de Données de surveillance. Chaque dossier inclut :

1. Bulletins : Ces fichiers PDF originaux contiennent des mises à jour sur la surveillance du WNV.
2. Données nationales sur les tendances : Ces données donnent un aperçu des cas de WNV dans toute l'Italie.
3. Données de surveillance : Sous-dossiers séparés pour les humains, les équidés (chevaux), les oiseaux et les moustiques, détaillant le nombre d'infections par région et province.

Cette structure permet aux utilisateurs de localiser facilement des informations sur des espèces hôtes spécifiques ou des zones géographiques.

#Données sur les infections humaines

Des infections humaines par le WNV ont été signalées depuis juin 2012, avec des statistiques détaillées collectées chaque année. Les données incluent :

• Cas d'infection hebdomadaires par région
• Types d'infection (neuro-invasives, liées à la fièvre et cas de donneurs de sang)
• Répartition par âge des infections

L'analyse des données montre que les personnes âgées, surtout celles de plus de 75 ans, ont un risque plus élevé de cas graves. La plupart des cas d'infections neuro-invasives sont signalés chez les personnes âgées, suggérant que des problèmes de santé liés à l'âge peuvent contribuer à la gravité des infections par le WNV.

#Surveillance des moustiques

Les moustiques sont les principaux vecteurs de transmission du WNV. La WNVDB contient des enregistrements détaillés sur les infections de moustiques au niveau provincial, aidant à comprendre comment le virus se propage à travers les populations de moustiques.

Les données mettent en évidence que des régions spécifiques comme l'Émilie-Romagne, le Vénétie et la Lombardie ont des taux d'infection de moustiques plus élevés. Surveiller ces régions aide à planifier des initiatives de contrôle des moustiques et des réponses de santé publique.

#Données sur les infections chez les équidés et les oiseaux

Des infections chez les chevaux (équidés) et les oiseaux ont également été enregistrées depuis 2017. La base de données capture des infos importantes sur :

• Cas d'infection hebdomadaires par province
• Nombre d'animaux infectés
• Taux de mortalité parmi les équidés infectés

Les oiseaux, notamment les corbeaux et d'autres espèces sauvages, jouent un rôle vital dans la propagation du WNV. Les données montrent que certaines régions ont des taux d'infection chez les oiseaux plus élevés, ce qui peut indiquer des épidémies potentielles dans les populations humaines à proximité.

En surveillant à la fois les équidés et les oiseaux, les autorités sanitaires peuvent évaluer les niveaux de risque de transmission du WNV et mettre en œuvre des mesures préventives.

#Traitement des données et contrôle de la qualité

Pour garantir l'exactitude et la cohérence de la WNVDB, une étape de traitement des données complète a été entreprise. Cela incluait :

• Classifier les informations en catégories cohérentes pour une meilleure analyse
• Normaliser les informations géographiques pour améliorer l'interopérabilité avec d'autres ensembles de données

De plus, des contrôles de qualité ont été mis en place, avec vérification d'échantillons aléatoires pour s'assurer que les données correspondent aux bulletins originaux. Toute incohérence a entraîné une réévaluation et une correction des informations.

#Analyse statistique et tendances

L'analyse des données révèle des tendances des épidémies de WNV au fil des ans. Bien que les moyennes annuelles indiquent que la plupart des années ont des taux d'infection faibles, certaines années, comme 2018 et 2022, ont connu des pics significatifs. Cela souligne le potentiel d'épidémies et l'importance d'une surveillance continue.

Les données sur les infections humaines et animales sont essentielles pour comprendre les tendances globales. Par exemple, les données montrent que les cas de WNV chez les humains suivent souvent des patterns similaires à ceux observés dans les infections de moustiques, suggérant une relation étroite entre les populations de vecteurs et les conséquences sur la santé humaine.

#Facteurs environnementaux

Les conditions environnementales, comme la température et les précipitations, influencent significativement les populations de moustiques et la transmission du WNV. La base de données peut être liée aux données météorologiques pour évaluer comment ces facteurs pourraient impacter l'occurrence des épidémies de WNV.

Plus de recherches sur le lien entre les variables environnementales et les taux d'infection pourraient fournir des insights précieux pour prévenir de futures épidémies. Comprendre les conditions qui favorisent la reproduction des moustiques peut mener à de meilleures stratégies de lutte contre les nuisibles et des interventions de santé publique efficaces.

#Importance des données ouvertes

La WNVDB représente une étape cruciale en matière de surveillance de la santé publique. En rendant les données accessibles :

• Les chercheurs peuvent mener des études collaboratives, renforçant la compréhension des dynamiques du WNV.
• Les responsables de la santé publique peuvent adopter des approches basées sur les données pour gérer les épidémies et mettre en œuvre des mesures de contrôle efficaces.
• Les citoyens peuvent rester informés des risques sanitaires régionaux et des mesures de sécurité liées au WNV.

Promouvoir la transparence grâce aux données ouvertes encourage également la responsabilité dans les réponses de santé publique, renforçant la confiance au sein de la communauté.

#Conclusion

Le développement de la WNVDB est une contribution importante au suivi et à la compréhension des épidémies de virus du Nil occidental en Italie. En compilant des données étendues sur les infections humaines, animales et de moustiques, la base de données vise à soutenir les initiatives de recherche et les efforts de santé publique. Des mises à jour futures de la WNVDB garantiront qu'elle reste un outil pertinent pour suivre et combattre le WNV, protégeant finalement la santé des personnes et des animaux.

La collaboration entre chercheurs, autorités sanitaires et la communauté grâce à cette base de données souligne l'importance du partage des connaissances pour relever les défis de santé publique. Avec des efforts continus et un engagement, les risques associés au virus du Nil occidental peuvent être mieux gérés, créant un environnement plus sûr pour tous.