La méthode d'accouchement influence le virome intestinal des bébés

Dans les premiers mois de vie, les bébés construisent leur microbiome intestinal, super important pour leur système immunitaire et leur métabolisme. Si ce processus est perturbé, ça peut causer des problèmes de réponse immunitaire et d'inflammation plus tard. Un facteur clé qui peut influencer la façon dont les bactéries colonisent le ventre d'un bébé, c'est le mode d'accouchement, que ce soit par voie vaginale ou par césarienne. La césarienne a été liée à un risque plus élevé de conditions inflammatoires quand les enfants grandissent.

Des recherches récentes ont mis en évidence la présence d'un tas de virus dans le ventre des bébés. Ces études ont trouvé différents types de virus dans le microbiome intestinal des bébés à un an. Bien qu'on sache que les virus intestinaux peuvent influencer la composition et le fonctionnement des bactéries intestinales et affecter le système immunitaire, la plupart des recherches se sont concentrées sur les bactéries elles-mêmes. Il semble que la manière dont les virus sont transmis de la mère au bébé soit différente de celle des bactéries, souvent plus influencée par l'alimentation et l'environnement que par un contact direct avec la mère. Pendant la première semaine après la naissance, le mode d'accouchement n'a pas eu d'impact sur la quantité de virome intestinal (la collection de virus) partagé entre la mère et le bébé, bien que certaines différences dans l'interaction entre les bactéries et les virus aient été observées.

Cependant, les effets à long terme du mode d'accouchement sur le virome pendant la petite enfance n'ont pas été complètement explorés. Cette recherche vise à examiner comment le mode d'accouchement impacte le virome intestinal des bébés pendant les deux premières années de vie.

#Design de l'étude et participants

Les mamans ont participé à l'étude après avoir donné leur consentement. Cette étude a été approuvée par un comité d'éthique et se concentre sur l'impact des 1000 premiers jours de vie. Des échantillons de selles des bébés ont été collectés à plusieurs moments clés : juste après la naissance et à 2, 6, 12 et 24 mois. La plupart des échantillons ont été envoyés au labo après avoir été collectés à domicile. Des infos sur les expériences de grossesse des mamans, le mode d'accouchement, l'utilisation d'antibiotiques et les méthodes d'alimentation des bébés ont été recueillies via des questionnaires et des dossiers médicaux.

Pour voir s'il y avait des liens entre le mode d'accouchement et divers facteurs, les chercheurs ont utilisé des tests statistiques spécifiques.

#Analyse des échantillons

L'ADN a été extrait des échantillons de selles à l'aide d'un kit spécifique. L'ADN extrait a subi un processus de séquençage pour analyser le matériel génétique présent. Des contrôles positifs et négatifs ont permis de s'assurer que les résultats étaient fiables.

Les données ont été nettoyées et traitées pour identifier les séquences virales. Ces séquences ont ensuite été organisées en groupes selon leurs similarités. Les chercheurs ont aussi examiné les hôtes bactériens pour ces séquences virales et ont classé l'ensemble du microbiote à l'aide d'outils logiciels spécialisés.

Pour comparer la diversité du microbiome intestinal entre différents groupes au fil du temps, diverses méthodes statistiques ont été utilisées.

#Résultats

Un total de 272 échantillons de selles provenant de 55 bébés a été analysé. Sur ces bébés, 60 % sont nés par voie vaginale. On a remarqué que les bébés nés par césarienne étaient plus susceptibles d'avoir été exposés aux antibiotiques autour de la naissance. Il n'y avait pas de différences significatives en termes de sexe, de race ou de pratiques d'allaitement entre ceux nés par voie vaginale et ceux nés par césarienne.

L'analyse a révélé une gamme diversifiée de virus ADN dans les échantillons. Un grand nombre de grappes virales uniques ont été identifiées, mais seule une petite partie pouvait être catégorisée. La plupart d'entre elles étaient des Bactériophages, un type de virus qui infecte les bactéries. Les familles de ces virus les plus courantes étaient Siphoviridae, Myoviridae et Podoviridae, avec un nombre de gènes identifiés qui augmentait avec le temps.

Les chercheurs ont examiné comment la diversité du virome changeait selon le mode d'accouchement et l'âge. Globalement, la diversité montrait une augmentation à mesure que les bébés grandissaient. Les bébés nés par voie vaginale avaient une diversité de virus plus élevée par rapport à ceux nés par césarienne à la naissance et à deux mois. Malgré les changements initiaux, aucune différence de diversité n'a été notée entre les deux groupes à des moments ultérieurs.

Les résultats ont aussi montré que le mélange des communautés virales chez les bébés changeait avec le temps, mais pas forcément en fonction du mode d'accouchement. Cependant, dans des périodes spécifiques, des différences dans la structure des communautés virales ont été identifiées en prenant en compte l'exposition aux antibiotiques pendant la naissance.

Les chercheurs ont examiné l'abondance de certains phages et des bactéries qu'ils sont susceptibles d'infecter au fil du temps et selon le mode d'accouchement. La majorité des grappes virales se sont révélées être des bactériophages. Certains phages ont montré des différences significatives en abondance selon le mode d'accouchement au moment de deux mois, tous étant plus nombreux chez les bébés nés par voie vaginale. De plus, certaines bactéries qui servent d'hôtes pour ces phages étaient différemment abondantes en fonction du mode d'accouchement dans les premiers mois. Au fil du temps, plus de différences ont été notées dans les bactéries associées aux accouchements par césarienne.

#Analyse fonctionnelle

Les chercheurs ont aussi examiné des gènes et des voies fonctionnels potentiels liés au virome identifié au fil du temps, selon le mode d'accouchement. Ils ont trouvé très peu de voies, et celles-ci ne variaient pas selon le type d'accouchement. Cependant, des différences dans certains gènes métaboliques auxiliaires ont été observées à différents moments. Certains gènes associés au métabolisme des sucres étaient plus présents chez les bébés nés par césarienne, tandis que d'autres liés à la réponse immunitaire humaine étaient plus abondants chez ceux nés par voie vaginale.

Les raisons des différences observées dans la colonisation virale et la fonctionnalité selon le mode d'accouchement restent incertaines. Une possibilité est que les mères qui accouchent par césarienne ne transmettent pas leurs virus aussi efficacement en raison de l'absence du processus de naissance naturel. Bien qu'on sache que le lait maternel peut influencer le virome intestinal, il n'y avait pas de différences significatives dans les pratiques d'allaitement entre les deux groupes de livraison dans cette étude. Les différences dans la colonisation bactérienne liées au mode d'accouchement pourraient aussi expliquer les variations dans la présence de bactériophages, puisque les hôtes bactériens prévus correspondaient étroitement à la composition microbienne globale.

Enfin, on a noté que les bébés nés par césarienne sont souvent soumis à des taux plus élevés d'antibiotiques, ce qui peut contribuer à des différences dans la composition du virome, surtout en prenant en compte l'exposition aux antibiotiques.

#Conclusion

Cette étude examine comment le mode d'accouchement impacte le virome intestinal des bébés pendant leurs deux premières années de vie, offrant des perspectives importantes sur les interactions entre génétique, bactéries et virus. Les différences observées soulignent l'importance de considérer divers éléments, y compris le rôle des bactériophages, lorsqu'on examine comment le mode d'accouchement pourrait mener à des problèmes inflammatoires plus tard dans la vie. D'autres recherches sont nécessaires pour explorer les implications de ces résultats dans un contexte plus large et pour comprendre le rôle d'autres types de virus dans le microbiome intestinal.