Vagues de COVID-19 et propagation des variantes en Galice

SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, a été découvert pour la première fois en décembre 2019 à Wuhan, en Chine. Ce virus a entraîné une pandémie mondiale, avec l'Organisation mondiale de la santé déclarant une urgence de santé publique en janvier 2020. En juin 2023, environ 690 millions de personnes à travers le monde avaient été infectées, et plus de 6,8 millions de décès avaient été signalés à cause du virus. Les pays ont réagi de différentes manières pour contrôler la propagation du COVID-19, en mettant en place des mesures comme la distanciation sociale, les obligations de masque, les confinements, et plus tard, des campagnes de vaccination.

En Espagne, le virus a touché plus de 13,8 millions de personnes, entraînant environ 120,000 décès. Différentes stratégies ont été utilisées dans différentes régions d'Espagne, surtout dans les zones avec plus d'autonomie.

Cet article se concentre sur la propagation du SARS-CoV-2 en Galice, une région du nord-ouest de l'Espagne. La Galice a son propre système de santé et divise ses services de santé en sept grands districts, chacun ayant un hôpital principal. Les plus grandes villes sont A Coruña et Vigo, tandis que Saint-Jacques-de-Compostelle est la capitale et un site de pèlerinage populaire. Une grande partie de la population vit dans des petites villes et des zones rurales.

D'ici mars 2022, la Galice avait connu six vagues de COVID-19 depuis le début de la pandémie. La première vague a commencé en mars 2020, caractérisée par des mesures strictes comme un confinement national. La deuxième vague s'est produite pendant l'été 2020 quand les restrictions ont été assouplies, entraînant une augmentation des cas. Pendant la troisième vague, le variant Alpha s'est répandu à travers la Galice, alimenté par des rassemblements sociaux pendant la période de Noël.

#Évolution des vagues de COVID-19 en Galice

De février 2020 à mars 2022, le nombre de cas de COVID-19 en Galice a fluctué avec chaque vague. Les modèles d'infection ont été enregistrés grâce à des échantillons et des diagnostics par les autorités sanitaires. Les barres représentent les différents variants du virus, tandis que la ligne montre le total des cas diagnostiqués.

La quatrième vague a vu le variant Alpha dominer, tandis que les vaccinations ont commencé et plus de restrictions ont été imposées, entraînant moins de cas. L'émergence du variant Delta pendant l'été 2021 a déclenché la cinquième vague, entraînant une poussée d'infections. La sixième vague a commencé en octobre 2021 et a vu l'augmentation du variant Omicron, entraînant un nombre de cas sans précédent à une époque où les restrictions étaient plus relâchées.

Pour étudier la progression du COVID-19 en Galice, un consortium a été créé. Cette collaboration incluait des labos de trois universités et des départements de microbiologie des principaux hôpitaux du système de santé galicien. Entre mars 2020 et juin 2022, ce groupe a séquencé 4,199 échantillons de SARS-CoV-2, en se concentrant sur les variants Alpha, Delta et Omicron.

#Collecte et analyse des échantillons

Des échantillons ont été collectés auprès de patients suspectés d'avoir le COVID-19 dans des hôpitaux en Galice. Au total, 4,199 échantillons restants ont été examinés. Des métadonnées, comme le sexe, l'âge et la localisation, ont été collectées quand c'était possible.

L'ARN de ces échantillons a été extrait et analysé pour mesurer la charge virale. Seuls les échantillons d'une certaine qualité ont été étudiés plus en détail. Suivant des protocoles spécifiques, l'ARN a été converti en ADNc, et une série de tests a été menée pour produire des centaines de segments du génome du SARS-CoV-2.

Chaque échantillon a subi des contrôles de qualité, et des séquences de consensus ont été créées pour identifier les variants présents. D'autres séquences en provenance de Galice ont été récupérées dans des bases de données pour fournir plus de contexte à l'étude.

#Introduction des variants en Galice

L'analyse a révélé de nombreuses introductions du variant Alpha en Galice, la plupart venant d'autres régions d'Espagne, Madrid étant la principale source. Une introduction significative en provenance de France a aussi été notée.

En examinant le variant Delta, il a été constaté qu'il y avait plus de 100 introductions en Galice, plusieurs venant du Portugal et des États-Unis. La saison estivale, avec ses pics de voyages, a probablement contribué à la propagation de ce variant.

Concernant le variant Omicron, seulement 39 introductions ont été notées, ce qui était considérablement moins que pour les variants précédents. Beaucoup de ces introductions étaient internationales, particulièrement venant de pays comme la France et le Portugal.

#Clusters de transmission

En regroupant les données, les chercheurs ont identifié des épidémies spécifiques en Galice. Cinq clusters ont été trouvés pour le variant Alpha, deux pour le Delta, et un pour l'Omicron. Ces clusters ont fourni des informations précieuses sur la manière dont le virus s'est propagé dans la région.

Pour Alpha, les clusters ont montré que le virus s'est principalement répandu des plus grandes villes vers les zones environnantes. Les clusters Delta avaient également leurs origines dans les villes principales, mais un cluster était plus localisé à Vigo. Le cluster Omicron était largement contenu à Vigo même, avec moins de connexions à d'autres endroits.

#Facteurs influençant la propagation

L'introduction et la propagation du virus en Galice ont été influencées par divers facteurs géographiques et sociaux. La localisation de la région, bordée par l'océan Atlantique et le Portugal, a affecté comment les gens circulaient. Les restrictions de voyage et les mesures de santé locales ont aussi dicté le flux du virus.

Pendant la vague Alpha, les déplacements provenaient principalement d'autres parties de l'Espagne, Madrid étant un contributeur significatif en raison de sa connectivité. La France a aussi joué un rôle dans l'introduction de ce variant, mais le Portugal a moins contribué aux introductions d'Alpha à cause des restrictions de frontière à cette période.

Le variant Delta est apparu durant un été de mesures relâchées, entraînant une augmentation des voyages et des taux de propagation plus élevés. Le Portugal était une source clé pour ce variant, contrairement aux mouvements plus restreints observés avec Alpha.

La vague Omicron a vu des contrôles plus stricts réinstaurés à cause de la saison des fêtes. Malgré ces mesures, le nombre d'introductions est resté relativement bas comparé aux variants plus anciens.

#Conclusion

Dans l'ensemble, l'analyse montre que, bien que de nombreuses introductions de variants SARS-CoV-2 aient eu lieu en Galice, beaucoup de ces cas ont entraîné peu d'infections subséquentes. Cela indique que les introductions externes n'ont pas significativement altéré la trajectoire de la pandémie dans la région. Les villes côtières ont agi comme des points vitaux tant pour la transmission locale que pour le mouvement du virus vers des villes plus petites.

La nature dynamique de la propagation du virus a été façonnée par de nombreux facteurs, y compris le timing des mesures, les interactions sociales et les connexions géographiques. Comprendre ces schémas peut aider à planifier des réponses futures à des crises de santé similaires.