Nouvelles découvertes sur l'origine de la vie
Des chercheurs simulent les conditions pour la réplication précoce des acides nucléiques.
Dieter Braun, P. Schwintek, E. Eren, C. B. Mast
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La question de comment la vie a commencé sur Terre reste un mystère pour les scientifiques. Les chercheurs pensent que cet événement a eu lieu il y a environ 3,7 à 4,5 milliards d'années. Les plus anciens signes de vie que nous avons sont des isotopes de carbone fossilisés, qui datent d'environ 3,7 milliards d'années. Pour comprendre comment la vie primitive s'est formée avant cette époque, il est crucial d'identifier les bons environnements géologiques qui pourraient soutenir les processus menant à la vie.
Une théorie populaire suggère que le processus de l'évolution a aidé à créer des molécules d'information, qui étaient essentielles à l'origine de la vie. Parmi celles-ci, les Acides nucléiques comme l'ARN sont importants car ils peuvent stocker des informations génétiques et se répliquer en formant des structures à double brin. Cette capacité permet à l'ARN de muter et de s'adapter, ce qui a aidé au développement des protéines qui sont essentielles à la vie aujourd'hui.
Cependant, il y a un gros défi avec la dilution. Pour que les processus de la vie primitive fonctionnent, ils ont besoin de concentrations élevées de certains matériaux. Les grandes étendues d'eau, comme les océans, sont trop uniformes et manquent de sources d'énergie locales pour déclencher les réactions nécessaires. Par conséquent, ce ne sont pas des lieux probables pour que la vie primitive se soit formée.
D'un autre côté, des conditions physiques non uniformes spécifiques peuvent concentrer des molécules comme les acides nucléiques dans divers environnements géologiques. Par exemple, des endroits avec des différences de température dans les roches, des cycles d'évaporation, et des adsorptions sur des minéraux peuvent conduire à une accumulation de molécules.
Pourtant, rassembler des Sels et des molécules pose ses propres problèmes. Les acides nucléiques à brin simple peuvent se transformer en formes à double brin, mais celles-ci doivent être séparées à nouveau pour que le processus de réplication continue. Cette Séparation devient plus difficile à mesure que plus de molécules s'accumulent, car la température nécessaire pour faire fondre les brins change en fonction de la concentration en sel. Même si de fortes concentrations de magnésium sont nécessaires pour la réplication, elles peuvent aussi augmenter la température à des niveaux qui sont nuisibles pour les acides nucléiques.
Donc, on a besoin d'autres moyens pour séparer les brins d'acides nucléiques sans appliquer trop de chaleur. Un moyen potentiel est à travers des changements de pH, qui peuvent se produire à cause de changements de température ou lors de cycles de gel-dégel. Un autre exemple est la condensation de gouttelettes de rosée dans les roches qui peuvent temporairement réduire la concentration en sel, facilitant la séparation.
Dans cette étude, les scientifiques ont examiné un scénario simple où l'eau s'écoule à travers un pore rocheux et s'évapore grâce à un Flux de gaz à température constante. Cette situation pourrait se produire près de volcans sous-marins ou dans des roches poreuses exposées au vent. De telles conditions auraient été courantes sur des îles volcaniques à l'époque de la Terre primitive, offrant le bon environnement pour la synthèse d'ARN.
Pour mieux comprendre ce cadre, les chercheurs ont créé un modèle en laboratoire représentant ce type de pore d'évaporation et ont étudié comment les flux de gaz et d'eau pouvaient mener à une réplication précoce des acides nucléiques. Ils ont d'abord analysé comment les molécules s'accumulaient au point de rencontre des flux de gaz et d'eau. Ensuite, ils ont observé comment les acides nucléiques se comportaient durant ce processus et enfin, ils ont montré comment ces facteurs pouvaient aider à la réplication dans des conditions de température stables.
Accumulation de molécules où le gaz rencontre l'eau
Au laboratoire, les scientifiques ont construit un modèle pour ressembler à un pore rocheux, en se concentrant sur deux facteurs principaux : l'eau qui monte et s'évapore là où elle rencontre un flux de gaz. Cette évaporation provoque l'accumulation de matériaux dissous puisque ceux-ci ne peuvent pas s'évaporer avec l'eau. En même temps, le flux de gaz crée un mouvement circulaire dans l'eau, ce qui pousse certaines molécules vers le bas.
Ils ont examiné un scénario où l'eau contenant des biomolécules importantes s'évapore à cause du flux de gaz. Comme le flux de gaz provoque des courants de convection dans l'eau, les acides nucléiques dissous et les sels s'accumulent à l'interface gaz-eau à cause des mouvements tourbillonnants. Cet environnement peut créer différentes concentrations de sel, aidant les acides nucléiques à se séparer et se répliquer.
Les scientifiques ont surveillé le comportement des molécules fluorescentes pour voir comment elles se déplaçaient et interagissaient dans cet environnement. Ils ont constaté que les molécules à l'interface se déplaçaient plus rapidement à cause du flux de gaz, créant des motifs de vortex. Ils ont découvert qu'après un court laps de temps, la concentration d'ADN à cette interface augmentait considérablement grâce à l'évaporation constante et à la dynamique du flux de gaz.
Séparation des brins d'ADN
La séparation des brins d'ADN est cruciale pour que le processus de réplication soit efficace. Bien que la chaleur soit généralement utilisée à cet effet, cela peut entraîner des conditions nuisibles pour les acides nucléiques. Au lieu de cela, les scientifiques ont étudié comment des changements de concentration en sel pouvaient conduire à la séparation. Le flux circulaire des fluides fourni par le gaz pourrait mener à des zones avec des niveaux de sel variés, ce qui peut aider les brins à se séparer en fonction de leur concentration.
En utilisant des techniques photographiques spéciales, ils ont mesuré les interactions entre les brins d'ADN. Lorsque les brins sont liés, un signal fort est observé, tandis qu'un signal faible indique une séparation. Cela donne un aperçu des niveaux de concentration en sel puisque peu de sel peut favoriser la séparation des brins.
À partir de leurs expériences, ils ont trouvé que le flux de gaz induisait des motifs qui permettaient des cycles de réplication et de séparation des acides nucléiques. Ils ont également simulé comment les ions magnésium se comportaient dans le système, confirmant que la concentration de ces ions changeait à mesure que les acides nucléiques se déplaçaient à travers différentes conditions.
Processus de réplication isotherme
Étant donné que les acides nucléiques et les sels s'accumulaient près de l'interface gaz-eau, les concentrations étaient faibles dans les zones environnantes. Le mouvement des gaz créait des motifs qui piégeaient les molécules et entraînaient des changements dans les concentrations de sel et d'ADN. Ces changements permettaient une séparation périodique des acides nucléiques dans des conditions douces.
Les chercheurs étaient motivés pour voir s'ils pouvaient répliquer efficacement les acides nucléiques dans cet environnement. Ils ont utilisé des enzymes spécifiques qui pouvaient aider dans ce processus sans nécessiter de températures extrêmes pour séparer les brins. Au lieu de cela, ils ont maintenu une température constante et ont permis un afflux constant d'eau pure vers l'interface gaz-eau.
Au fur et à mesure que la réaction avançait, ils ont observé une augmentation de la fluorescence, indiquant la formation de structures d'ADN répliquées. Lorsqu'ils ont comparé cela à des expériences similaires sans flux de gaz et d'eau, il n'y avait pas de réaction notable, démontrant que les conditions étaient essentielles pour une réplication réussie.
Les scientifiques ont confirmé leurs résultats en testant divers échantillons et paramètres, s'assurant que le processus de réplication ne se produirait pas sans que les bonnes conditions soient réunies.
Implications et orientations futures
Cette recherche a mis en lumière un environnement potentiel où des processus de vie primitive auraient pu se produire. Au lieu de dépendre de différences de température extrêmes, qui peuvent être dures pour les systèmes moléculaires, ce cadre isotherme offre une façon douce pour les acides nucléiques de se répliquer. En comprenant ces conditions, les scientifiques peuvent explorer une plus grande variété d'endroits où la vie aurait pu potentiellement se développer sur la Terre primitive ou d'autres planètes.
Les résultats soutiennent l'idée que des environnements géologiques simples peuvent être suffisants pour les processus de vie primitive, suggérant des voies potentielles pour comprendre comment la vie a pris forme dans un contexte planétaire. De futures recherches peuvent examiner plus en détail ces environnements et d'autres facteurs qui pourraient influencer l'émergence de la vie.
À travers des études continues dans ce domaine, nous pourrions en apprendre davantage sur l'origine de la vie et les conditions qui ont permis son développement sur notre planète et peut-être au-delà.
Titre: Prebiotic gas flow environment enables isothermal nucleic acid replication
Résumé: Nucleic acid replication is a central process at the origin of life. On early Earth, replication is challenged by the dilution of molecular building blocks and the difficulty of separating daughter from parent strands, a necessity for exponential replication. While thermal gradient systems have been shown to address these problems, elevated temperatures lead to degradation. Also, compared to constant temperature environments, such systems are rare. The isothermal system studied here models an abundant geological environment of the prebiotic Earth, in which water is continuously evaporated at the point of contact with the gas flows, inducing up-concentration and circular flow patterns at the gas-water interface through momentum transfer. We show experimentally that this setting drives a 30-fold accumulation of nucleic acids and their periodic separation by a 3-fold reduction in salt and product concentration. Fluid dynamic simulations agree with observations from tracking fluorescent beads. In this isothermal system, we were able to drive exponential DNA replication with Taq polymerase. The results provide a model for a ubiquitous non-equilibrium system to host early Darwinian molecular evolution at constant temperature.
Auteurs: Dieter Braun, P. Schwintek, E. Eren, C. B. Mast
Dernière mise à jour: 2024-10-21 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.13.598889
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.13.598889.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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