Comment les bactéries séparent leur ADN pendant la division
La ségrégation de l'ADN bactérien est influencée par les conditions de croissance et la dynamique cellulaire.
Christine Jacobs-Wagner, A. Papagiannakis, Q. Yu, S. K. Govers, W.-H. Lin, N. S. Wingreen
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Dans chaque cellule, l'ADN joue un rôle crucial pour transmettre l'information génétique à la génération suivante pendant la division cellulaire. Chez les Bactéries, ce processus est moins clair que dans les cellules plus complexes appelées eucaryotes. Alors que les cellules eucaryotes utilisent une structure appelée fuseau mitotique pour séparer leurs chromosomes, les bactéries n'ont pas un tel système. À la place, leur ADN est organisé dans une région connue sous le nom de nucléotide, qui n'a pas de membrane.
Les cellules bactériennes utilisent un système appelé ParABS pour aider à séparer une partie de leur ADN pendant la division. Ce système fonctionne généralement près de l'origine de la réplication de l'ADN. Cependant, cette première étape n'explique pas totalement comment la longueur entière de l'ADN est séparée. Des recherches montrent que les premières étapes de la Séparation de l'ADN ne sont peut-être pas aussi nécessaires pour la vie de la cellule qu'on le pensait. En fait, certaines bactéries, comme E. coli, n'ont même pas de système ParABS et réussissent quand même à séparer leur ADN avec précision.
Même quand le système qui aide normalement à séparer l'ADN est retiré, de nombreuses cellules bactériennes parviennent encore à se diviser sans problèmes graves. D'autres mécanismes semblent aider dans cette tâche de base. Par exemple, les changements dans l'environnement de la cellule peuvent influencer comment et quand le nucléotide se sépare. Les bactéries peuvent modifier le timing de la séparation du nucléotide en fonction des nutriments disponibles. Quand les ressources sont abondantes, les cellules peuvent commencer ce processus plus tôt dans leurs cycles de division.
Au fil des ans, les scientifiques ont proposé différentes idées sur la façon dont les cellules bactériennes parviennent à séparer leur ADN. Une idée précoce suggérait que la croissance de la cellule elle-même pouvait aider au mouvement des chromosomes. Cependant, cette notion a été mise de côté quand on a découvert que les bactéries allongent leurs cellules de manière plus uniforme que ce qu'on pensait auparavant. Bien que certains avancent que la croissance cellulaire pourrait aider, la vitesse à laquelle l'ADN est séparé suggère que d'autres facteurs contribuent aussi.
Une idée intrigante est que l'acte de réplication de l'ADN aide à pousser l'ADN à se séparer, mais cela ne clarifie pas à lui seul tout le processus. Des simulations indiquent également que certaines propriétés de l'ADN pourraient influencer son comportement lors de la séparation. Par exemple, à mesure que l'ADN est répliqué, des forces à l'intérieur de la cellule peuvent aider à la séparation des brins d'ADN. Ces interactions pourraient être influencées par divers composants dans le cytoplasme de la cellule, comme des protéines et de l'ARN.
Les conditions d'encombrement à l'intérieur d'une cellule bactérienne entrent aussi en jeu. Les bactéries sont remplies de nombreuses macromolécules qui prennent de la place et peuvent potentiellement affecter comment l'ADN est structuré et fonctionne. Par exemple, les Polysomes, qui consistent en ARN et ribosomes, peuvent créer des conditions qui aident soit à compacter l'ADN, soit à aider à sa séparation. Ces interactions pourraient mener à une distribution inégale de l'ADN et d'autres composants cellulaires.
Le défi réside dans la façon dont ces dynamiques fonctionnent ensemble. Des expériences ont montré un lien significatif entre le comportement des polysomes et les actions du nucléotide. La concentration de polysomes au centre de la cellule semble interagir dynamiquement avec le nucléotide, influençant quand et comment il se divise. Cette corrélation vient probablement du fait que les deux processus sont liés à la croissance et à l'état métabolique de la bactérie.
Pour mieux comprendre comment ces processus se déroulent, des chercheurs ont développé des installations expérimentales pour observer des cellules bactériennes vivantes. En marquant l'ADN et les polysomes avec des marqueurs fluorescents, ils peuvent voir comment ces composants se comportent en temps réel pendant que les cellules croissent et se divisent. Grâce à une analyse minutieuse de ces dynamiques, les scientifiques peuvent établir comment des changements dans le cytoplasme mènent à des changements observables dans la séparation de l'ADN.
Le timing et la quantité d'accumulation de polysomes au centre de la cellule sont étroitement liés au timing de la séparation du nucléotide. Dans des conditions de nutriments plus riches, les bactéries montrent une accumulation plus précoce de polysomes par rapport à la séparation du nucléotide. En revanche, dans des conditions de nutriments plus pauvres, ce processus est retardé.
Les différences de comportement selon les conditions nutritionnelles suggèrent un niveau sophistiqué de régulation où les bactéries adaptent leurs processus internes aux changements externes. À mesure que les conditions de croissance fluctuent, l'équilibre de la production de ribosomes et du traitement de l'ADN change en conséquence, ce qui indique une relation étroitement tissée entre le taux de croissance et la séparation du nucléotide.
Cette relation est encore amplifiée par la taille et la forme de la cellule. Les dimensions physiques des cellules créent une structure qui affecte où les polysomes se rassemblent et comment le nucléotide est positionné. Par exemple, la largeur de la cellule fournit une limite qui dirige l'espace disponible pour le nucléotide et les polysomes environnants, orientant vers des mécanismes de séparation plus efficaces.
À mesure que les cellules grandissent, elles présentent une polarité et une asymétrie uniques-des différences distinctes entre les pôles " anciens " et " nouveaux " qui influencent comment l'ADN est compacté. Des observations indiquent que les protéines et les ribosomes sont plus nombreux au nouveau pôle, fournissant plus de poussée et d'influence sur le nucléotide situé à proximité. Il semble que la distance entre ces composants varie, conduisant à des densités différentes et affectant peut-être l'expression génique au sein de l'ADN.
À travers plusieurs expériences, les chercheurs ont noté que lorsque certaines protéines étaient produites en excès ou dirigées loin du nucléotide, cela pouvait complètement changer le comportement du nucléotide. Ces expériences illustrent comment le redéploiement des ressources à l'intérieur de la cellule peut entraîner des conséquences inattendues sur la dynamique de l'ADN.
Un autre facteur essentiel est comment la largeur de la cellule impacte ces processus. Les bactéries grandissent en s'allongeant plutôt qu'en s'élargissant, ce qui met en place un mécanisme de séparation naturel qui permet une meilleure organisation spatiale. Lorsque la largeur est contrôlée ou modifiée, les dynamiques spatiales changent, menant à des changements dans comment se développent les distributions de nucléotide et de polysomes.
Le résultat de ces diverses interactions est que la séparation du nucléotide bactérien est une chorégraphie complexe de composants moléculaires et de contraintes physiques. L'interaction des conditions de croissance, des structures cellulaires internes et des activités métaboliques dicte l'efficacité et l'efficacité avec lesquelles la séparation du nucléotide se produit.
En conclusion, comprendre comment les bactéries parviennent à séparer leur ADN éclaire des questions plus larges d'organisation et de fonction cellulaire. La relation entre la croissance, l'activité des ribosomes et la dynamique de l'ADN met en évidence l'extraordinaire adaptabilité des bactéries, montrant comment elles optimisent leurs processus internes pour prospérer dans divers environnements. De telles perspectives pourraient informer de futures recherches non seulement en microbiologie mais aussi en biologie synthétique et en médecine, où contrôler ou influencer ces mécanismes pourrait avoir des implications significatives.
Titre: DNA/polysome phase separation and cell width confinement couple nucleoid segregation to cell growth in Escherichia coli
Résumé: Chromosome segregation is essential for cellular proliferation. Unlike eukaryotes, bacteria lack cytoskeleton-based machinery to segregate their chromosomal DNA (nucleoid). The bacterial ParABS system segregates the duplicated chromosomal regions near the origin of replication. However, this function does not explain how bacterial cells partition the rest (bulk) of the chromosomal material. Furthermore, some bacteria, including Escherichia coli, lack a ParABS system. Yet, E. coli faithfully segregates nucleoids across various growth rates. Here, we provide theoretical and experimental evidence that polysome production during chromosomal gene expression helps compact, split, segregate, and position nucleoids in E. coli through phase separation, inherently coupling these processes to biomass growth across nutritional conditions. Halting polysome formation immediately stops sister nucleoid migration while ensuing polysome depletion gradually reverses nucleoid segregation. Redirecting gene expression away from the chromosome and toward plasmids arrests nucleoid segregation and causes ectopic polysome accumulations that drive aberrant nucleoid dynamics. Cell width perturbations show that radial confinement of polysomes and nucleoids spatially controls their phase separation to ensure that nucleoids split along the cell width and segregate along the cell length. Our findings suggest a built-in mechanism for coupling chromosome segregation to cell growth and highlight the importance of cell width regulation in nucleoid segregation.
Auteurs: Christine Jacobs-Wagner, A. Papagiannakis, Q. Yu, S. K. Govers, W.-H. Lin, N. S. Wingreen
Dernière mise à jour: 2024-10-22 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.08.617237
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.08.617237.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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