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# Biologie # Biologie de l'évolution

Le monde caché des microorganismes du sol

Explorer le lien complexe entre les plantes et les bactéries du sol.

Caleb A. Hill, John G. McMullen II, Jay T. Lennon

― 6 min lire


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Le sol, c'est pas juste de la terre. C'est rempli de petites formes de vie qui peuvent vraiment aider les Plantes. En fait, certaines micro-organismes du sol, comme un type de Bactéries appelées Rhizobies, ont un lien spécial avec les plantes, surtout avec les légumineuses. Cette connexion aide les deux à prospérer, surtout quand l'environnement leur envoie des défis. Mais comme dans toute partenariat, il y a des coûts et des avantages.

Qu'est-ce qui se passe sous terre ?

Les plantes et les rhizobies dansent un peu sous la surface. Quand les racines d'une plante traînent dans le sol, elles libèrent des produits chimiques spéciaux appelés flavonoïdes. Ces produits attirent les rhizobies du sol. Une fois que les bactéries trouvent le chemin vers les racines, elles envahissent les poils racinaires et commencent à former de petites structures appelées Nodules. Certaines de ces bactéries vont s'installer dans les nodules, tandis que d'autres se transforment en une autre forme qui peut faire quelque chose d'incroyable : elles transforment l'Azote de l'air en une forme que les plantes peuvent utiliser. En retour, les plantes donnent aux bactéries un peu de sucre de leur processus de fabrication de nourriture.

Mais, comme dans toute relation, les choses peuvent devenir compliquées. Les besoins des plantes et des bactéries sont différents, et des changements environnementaux peuvent faire trébucher leur partenariat. Par exemple, s'il y a trop d'azote dans le sol (grâce aux engrais), les plantes peuvent décider qu'elles n'ont plus autant besoin des bactéries et commencer à prendre de l'azote directement du sol. Ce changement peut perturber leur relation, rendant la réussite plus difficile pour les deux sur le long terme.

L'importance de l'azote

L'azote, c'est super important pour les plantes. Elles en ont besoin pour grandir fort et en bonne santé. Sans azote, elles galèrent. Dans de nombreux cas, les plantes peuvent tirer de l'azote du sol, mais certaines légumineuses ont compris comment s'associer avec les rhizobies pour obtenir ce dont elles ont besoin. Cependant, les chercheurs ont découvert que quand trop d'azote est introduit dans le sol, ça change la donne.

Pour étudier ça, les scientifiques ont bossé avec une plante appelée luzerne. Ils ont présenté la luzerne à des rhizobies dans deux types de sol différents : un avec peu d'azote et un autre avec beaucoup d'azote. Ils ont utilisé une méthode spéciale pour voir quelles bactéries prospéraient dans ces conditions. Ils voulaient découvrir comment l'environnement influençait ces petites microbes et leurs partenariats avec les plantes.

Les résultats de l'expérience

Étonnamment, les plantes elles-mêmes n'ont pas montré beaucoup de changement de croissance à cause des niveaux d'azote. Cependant, les scientifiques ont observé que les types de rhizobies trouvés avec les plantes variaient pas mal entre les deux types de sol. Les bactéries qui prospéraient dans des conditions de haute azote étaient différentes et moins compétitives que celles dans le sol à faible azote.

En comparant les bactéries dans les nodules, les chercheurs ont remarqué des motifs intéressants. Certains gènes et fonctions étaient affectés par les niveaux d'azote, surtout dans les bactéries dans leur forme moins active appelée bactéroïdes. Cela suggère que l'environnement avait une forte influence sur quelles bactéries prospéraient et lesquelles avaient du mal.

Qu'ont-ils trouvé sur les gènes ?

En creusant plus, les chercheurs ont examiné des gènes particuliers qui jouent des rôles essentiels dans le fonctionnement de ces bactéries. Ils ont découvert que l'enrichissement en azote changeait la sélection pour certains traits dans les bactéries. Par exemple, certains gènes liés à la fabrication d'acides aminés-des éléments de base importants pour la croissance-montraient une efficacité réduite dans des conditions à haute azote. Cette découverte impliquait que les bactéries n'avaient pas besoin de rivaliser autant pour les ressources quand l'azote était en abondance.

Fait intéressant, les bactéries semblaient bien se porter dans des environnements riches en azote en réduisant les processus coûteux. Ça veut dire qu'avec moins de concurrence, elles pouvaient se détendre un peu et ne pas se soucier de maintenir tout le machinerie compliquée nécessaire à leur survie et croissance.

L'impact sur leur relation

L'équipe a réalisé que la relation entre les plantes et les bactéries pouvait être plus détendue en cas de haute azote. Ça veut dire que la pression intense pour performer à des niveaux élevés n'était plus là. Les bactéries pouvaient devenir moins réactives aux besoins de la plante et vice versa. Cela suggère que d'avoir trop d'une bonne chose-comme l'azote-peut en fait être néfaste aux avantages mutuels que les plantes et les microbes s'offrent.

Et les autres facteurs ?

Au-delà des niveaux d'azote, l'environnement dans lequel les plantes et les bactéries vivaient était aussi crucial. Les chercheurs ont noté que certaines fonctions métaboliques étaient importantes pour la survie. Par exemple, les compétences liées au traitement des glucides se démarquaient à travers différents niveaux d'azote. Cela suggère que peu importe la situation de l'azote, certaines fonctions sont essentielles pour la vie dans le sol.

Bien que certains gènes liés à la croissance n’aient pas bien fonctionné dans l’ensemble, ceux axés sur le métabolisme des glucides restaient vitaux. Ces découvertes mettent en lumière les interactions complexes qui se produisent dans le sol et les divers facteurs qui peuvent les influencer.

La vue d'ensemble

Cette recherche ouvre une porte pour comprendre comment les bactéries et les plantes interagissent et pourquoi leurs relations peuvent évoluer dans différentes conditions. Ces découvertes pourraient aider à améliorer les pratiques agricoles en montrant aux agriculteurs comment gérer les niveaux d'azote dans le sol. Un peu moins d'azote pourrait signifier de meilleures collaborations entre les plantes et leurs copains microbes, menant à des cultures plus saines.

Directions futures

Les scientifiques cherchent à élargir cette ligne de recherche. Ils s'intéressent à étudier d'autres organismes du sol, différents types de plantes, et comment divers facteurs environnementaux peuvent affecter ces partenariats au fil du temps. Le but ultime est de mieux comprendre ces dynamiques afin que les agriculteurs puissent utiliser ce savoir pour promouvoir des cultures plus fortes et plus durables.

Conclusion

En gros, la danse entre les plantes et les micro-organismes du sol est toujours en mouvement, influencée par des facteurs environnementaux comme les niveaux d'azote. Équilibrer ces relations pourrait mener à des plantes plus saines et à de meilleures pratiques agricoles. En comprenant comment garder ces partenariats solides, on peut s'assurer que les plantes et leurs petits aides prospèrent ensemble, peu importe les défis qui se présentent. Donc, la prochaine fois que tu vois une plante, souviens-toi qu'elle a toute une équipe de microbes qui l'encouragent sous le sol !

Source originale

Titre: Nitrogen enrichment alters selection on rhizobial genes

Résumé: 1Mutualisms evolve over time when individuals belonging to different species derive fitness benefits through the exchange of resources and services. Although prevalent in natural and managed ecosystems, mutualisms can be destabilized by environmental fluctuations that alter the costs and benefits of maintaining the symbiosis. In the rhizobia-legume mutualism, bacteria provide reduced nitrogen to the host plant in exchange for photosynthates that support bacterial metabolism. However, this relationship can be disrupted by the addition of external nitrogen sources to the soil, such as fertilizers. While the molecular mechanisms underpinning the rhizobia-legume symbiosis are well-characterized, the genome-wide fitness effects of nitrogen enrichment on symbiotic rhizobia are less clear. Here, we inoculated a randomly barcoded transposon-site sequencing (RB-TnSeq) library of the bacterium Ensifer (Sinorhizobium) meliloti into soils containing a host plant, alfalfa (Medicago sativa), under conditions of low and high nitrogen availability. Although plant performance remained robust to fertilization, nitrogen enrichment altered gene fitness for specific traits and functions in the rhizobial partner. Genes involved in carbohydrate metabolism showed increased fitness irrespective of soil nutrient content, whereas fitness gains in quorum-sensing genes were only observed in high-nitrogen environments. We also documented reductions in the fitness of nucleotide metabolism and cell-growth genes, while genes from oxidative phosphorylation and various amino-acid biosynthesis pathways were detrimental to fitness under elevated soil nitrogen, underscoring the complex trade-offs in rhizobial responses to nutrient enrichment. Our experimental functional genomics approach identified gene functions and pathways across all E. meliloti replicons that may be associated with the disruption of an agronomically important mutualism. 2 ImportanceUnderstanding the evolutionary dynamics of the rhizobia-legume mutualism is important for elucidating how plant-soil-microbe interactions operate in natural and managed ecosystems. Legumes constitute a significant portion of global food production and generate 25% of all terrestrially fixed nitrogen. The application of chemical fertilizers can disrupt the mutualism by altering the selective pressures experienced by symbiotic rhizobia, potentially affecting gene fitness throughout the microbial genome and leading to the evolution of less productive or cooperative mutualists. To investigate how exogenous nitrogen inputs influence gene fitness during the complex rhizobial lifecycle, we used a barcoded genome-wide mutagenesis screen to quantify gene-level fitness across the rhizobial genome during symbiosis and identify metabolic functions affected by nitrogen enrichment. Our findings provide genomic insight into potential eco-evolutionary mechanisms by which symbioses are maintained or degraded over time in response to changing environmental conditions.

Auteurs: Caleb A. Hill, John G. McMullen II, Jay T. Lennon

Dernière mise à jour: 2024-11-28 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.25.625319

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.25.625319.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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