La menace cachée d'Enterobacter dans le secteur de la santé
Les espèces d'Enterobacter posent de sérieux risques d'infection dans les hôpitaux à cause de leur résistance aux médicaments.
Faith I. Oni, Ayorinde O. Afolayan, Anderson O. Oaikhena, Erkison Ewomazino Odih, Odion O. Ikhimiukor, Veronica O. Ogunleye, Aaron O. Aboderin, Olatunde F. Olabisi, Adewale A. Amupitan, Abayomi Fadeyi, Rasaki A. Raheem, Bashirat A. Olanipekun, Charles J. Elikwu, Oluwadamilola A. Sadare, Phillip O. Oshun, Oyinlola O. Oduyebo, Folashade Ojo, Abolaji T. Adeyemo, Ifeanyi E Mba, Abiodun Egwuenu, Tochi Okwor, Anthony Underwood, Silvia Argimón, Chikwe Ihekweazu, David M. Aanensen, Iruka N. Okeke
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Table des matières
- Où Est-ce Qu'elles Se Cache ?
- Les Problèmes Qu'elles Causent
- Complexe Enterobacter cloacae
- Pourquoi L'Identification Est Dure
- La Solution : Séquençage Du Génome Complet
- L'Histoire Récente D'Enterobacter
- Collecte De Données
- Ré-Identification Des Bactéries
- L'Importance D'une Identification Précise
- Résultats Sur La Résistance Antimicrobienne
- Diversité Des Espèces D'Enterobacter
- Regroupements et Épidémies
- La Nécessité de Vigilance
- Distribution Géographique
- Enterobacter : Le Nouveau Défi Clinique
- L'Avenir De La Recherche Sur Enterobacter
- Conclusion
- Source originale
- Liens de référence
Enterobacter, c'est un groupe de bactéries qu'on trouve surtout dans les intestins des humains et des animaux. Elles font partie d'une grande famille de bactéries appelée Enterobacteriaceae. Même si ces petites bêtes font partie de notre flore intestinale normale, elles peuvent parfois causer des soucis, entraînant des infections. On pourrait les voir comme des invités indésirables à une fête – elles débarquent sans prévenir et foutent le bazar.
Où Est-ce Qu'elles Se Cache ?
On peut croiser des Enterobacter dans pas mal d'endroits en dehors de nos intestins. Elles kiffent traîner dans l'eau, les eaux usées, le sol, et même sur les plantes. Leur capacité à s'adapter les rend omniprésentes, et c'est pour ça qu'elles peuvent parfois poser problèmes dans les hôpitaux et ailleurs.
Les Problèmes Qu'elles Causent
Les espèces d'Enterobacter sont connues pour causer plusieurs infections, surtout chez les personnes déjà faibles ou malades. Ces infections peuvent apparaître dans différentes parties du corps, comme les voies urinaires, les plaies, les poumons, et même le sang. Leur Résistance à plusieurs médicaments rend la tâche des médecins encore plus compliquée. Pense à elles comme les "mauvais garçons" du monde bactérien, dévalant les hôpitaux et semant le chaos.
Complexe Enterobacter cloacae
Parmi les différentes sortes d'Enterobacter, y'a un groupe particulier connu sous le nom de complexe Enterobacter cloacae, qui inclut plusieurs espèces. On trouve Enterobacter cloacae, Enterobacter asburiae, et quelques autres. Identifier ces espèces peut être vraiment casse-tête pour les pros de la santé. C'est comme essayer de trouver une aiguille dans une botte de foin, sauf que l'aiguille change toujours de forme !
Identification Est Dure
Pourquoi L'Identifier ces bactéries avec précision, c'est pas de la tarte. Les méthodes traditionnelles, comme certains tests biochimiques, échouent souvent à identifier le type exact d'Enterobacter impliqué. Parfois, elles peuvent même être mal identifiées comme quelque chose de complètement différent ! Les systèmes automatisés censés aider à l'identification peuvent aussi mélanger les pinceaux. Ça peut entraîner des traitements inappropriés, et franchement, personne ne veut ça.
La Solution : Séquençage Du Génome Complet
Une solution moderne à ce défi d'identification, c'est le séquençage du génome complet (WGS). Cette technique permet aux scientifiques de lire l'ensemble de la composition génétique des bactéries. Le WGS, c'est comme avoir une loupe high-tech qui révèle exactement à quoi on a à faire. Grâce à cette méthode, les chercheurs ont pu repérer des espèces cachées qui étaient auparavant confondues avec d'autres types. Ça ouvre un vrai coffre aux trésors d'infos sur ces bactéries.
L'Histoire Récente D'Enterobacter
Une étude menée sur des espèces d'Enterobacter isolées de infections sanguines dans des hôpitaux nigérians entre 2014 et 2020 a révélé des résultats frappants. Les chercheurs ont utilisé le WGS pour identifier les bactéries et en apprendre plus sur elles. Sur des milliers d'échantillons, un petit nombre a été identifié comme des espèces d'Enterobacter, mettant en lumière l'importance de ce groupe parmi les infections hospitalières.
Collecte De Données
Les chercheurs ont collecté des échantillons de six hôpitaux, examinant des cultures sanguines prélevées chez des patients. Ils ont recueilli des métadonnées, ou des infos de base sur chaque isolat. Malgré une variété d'échantillons, beaucoup étaient mal étiquetés. Ça montre bien l'importance d'une identification soignée pour prévenir d'éventuels foyers d'infection.
Ré-Identification Des Bactéries
Après avoir isolé les souches d'Enterobacter, les chercheurs les ont nettoyées et ré-identifiées en utilisant des méthodes modernes. Ils ont aussi vérifié la sensibilité de ces souches à divers Antibiotiques. Utiliser des systèmes à jour a permis de s'assurer que les infos recueillies étaient précises. Les résultats étaient plus clairs qu'une journée ensoleillée !
L'Importance D'une Identification Précise
Découvrir la vraie identité des espèces d'Enterobacter impliquées est crucial car ça influence les décisions de traitement. Savoir précisément quelles bactéries sont présentes aide les pros de la santé à choisir les bons médicaments pour les combattre. Imagine aller au resto et commander le "plat du chef", juste pour découvrir qu'ils n'ont pas les ingrédients – c'est ce qui arrive quand on mal identifie des bactéries !
Résultats Sur La Résistance Antimicrobienne
Un des soucis majeurs pour Enterobacter, c'est leur résistance aux antibiotiques. L'étude a identifié plusieurs gènes qui contribuent à cette résistance. Ça peut rendre le traitement des infections beaucoup plus compliqué. La présence de ces gènes de résistance est un signe qu'Enterobacter peut être des clients difficiles, surtout quand il s'agit de médicaments.
Diversité Des Espèces D'Enterobacter
L'étude a révélé une diversité significative parmi les souches d'Enterobacter. Ils ont trouvé différents types et même quelques nouvelles souches pas documentées auparavant. Chaque hôpital avait son propre mélange unique d'espèces d'Enterobacter, ce qui montre la complexité de ces bactéries.
Regroupements et Épidémies
Deux potentiels foyers d'épidémie ont été détectés dans l'étude. Ça indique que les bactéries se propageaient parmi les patients dans les mêmes hôpitaux, ce qui est alarmant. Identifier de tels groupes est essentiel pour agir et prévenir d'autres infections.
La Nécessité de Vigilance
Les confusions sur l'identification des Enterobacter soulignent le besoin de meilleures pratiques dans les labos. Il ne s'agit pas juste de lire un résultat ; il faut comprendre ce que ces résultats signifient pour les soins aux patients. Avec des méthodes améliorées, les hôpitaux peuvent mieux protéger leurs patients et prévenir la propagation des infections.
Distribution Géographique
La recherche a aussi examiné la façon dont les espèces d'Enterobacter se répartissent à travers le Nigéria. Il se trouve que différentes zones ont des mélanges différents de ces bactéries, rendant certaines régions plus vulnérables à des infections spécifiques. Cartographier où ces bactéries prospèrent aide les pros de la santé à se préparer et à répondre efficacement.
Enterobacter : Le Nouveau Défi Clinique
L'importance de traiter les espèces d'Enterobacter dans les milieux cliniques ne peut pas être sous-estimée. À mesure que d'autres souches deviennent résistantes aux antibiotiques, la lutte contre ces bactéries nécessitera une vigilance constante et de l'innovation. On ne peut pas baisser la garde, sinon on risque de se retrouver dans de beaux draps !
L'Avenir De La Recherche Sur Enterobacter
Les résultats de cette recherche suggèrent qu'il faut continuer à surveiller les espèces d'Enterobacter dans le milieu de la santé. Comprendre comment ces bactéries évoluent et se propagent est essentiel pour développer de meilleurs traitements et méthodes de prévention. C'est une bataille qui ne se gagnera pas facilement, mais avec détermination et les bons outils, on peut avancer.
Conclusion
Les espèces d'Enterobacter sont des petites bactéries sournoises qui peuvent causer des gros problèmes, surtout dans les milieux de santé. Elles sont capables de duper les méthodes de diagnostic traditionnelles, rendant l'identification précise un vrai défi. Mais avec des techniques modernes comme le séquençage du génome complet, les chercheurs commencent à éclairer ces personnages difficiles. La route à venir nécessite une attention continue et une capacité d'adaptation pour combattre la menace toujours présente posée par ces bactéries. Rappelle-toi juste, garder un œil sur la bande d'Enterobacter est crucial pour un environnement de santé plus sûr !
Titre: Whole genome Sequencing Reveals Enterobacter hormaechei as a key Bloodstream Pathogen in six tertiary care hospitals in southwestern Nigeria.
Résumé: Enterobacter spp. are an important cause of healthcare-associated bloodstream infections uncommonly reported in Africa. This study used whole genome sequencing (WGS) to characterise Enterobacter spp. from hospitals in Nigerias antimicrobial resistance (AMR) surveillance system. Blood-culture isolates of Enterobacter from six such tertiary-care hospitals recovered between 2014 and 2020 were re-identified and antimicrobial susceptibility-tested using VITEK2. Illumina technology provided whole genome sequences for genome nomenclature, antimicrobial resistance gene prediction, Single Nucleotide Polymorphism (SNP) phylogeny, and multi-locus sequence typing via publicly available bioinformatics pipelines. Initial biochemical delineation often misclassified Enterobacter, necessitating whole-genome sequencing for accurate classification. Among 98 Enterobacter received, Enterobacter hormaechei subspecies xiangfangensis predominated (43), followed by other E. hormachei subspecies (18), E. cloacae (26), E. roggenkampii (4), E. bugandensis (3), E. kobei (2), E. asburiae (1) and E. cancerogenous (1). Cephalosporins, aminoglycoside, chloramphenicol, macrolide, and carbapenem resistance in E. hormaechei was attributed to known resistance genes. They belonged to clusters III, IV, and VIII based on hsp60 typing and clades A, B, C, and D according to Sutton and Cos nomenclature. These isolates and other Enterobacter species recently reported from Nigeria reveal extensive E. hormaechei diversity, as well as clusters representing potential outbreaks. Enterobacter hormaechei, often misidentified and rarely reported from Nigeria, is this studys most common blood culture isolated Enterobacter spp. Uncovering underappreciated species as important bloodstream pathogens and retrospective detection of likely outbreaks emphasise the value of genomic surveillance in resource-limited settings. DATA SUMMARYAll sequence reads were submitted to the European Nucleotide Archive (ENA) under the project ID PRJEB29739 (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB29739). Accessions can be found in Table S1. IMPACT STATEMENTAccurate identification of Enterobacter is essential in healthcare settings as misidentification can lead to selecting antimicrobials to the genus is intrinsically resistant resistant before susceptibility testing results are available. Also, misidentification can compromise microbiology support for infection prevention and control. We show that E. hormaechei, which is never reported from clinical laboratories in Nigeria, is frequently misidentified using conventional methods like tube- or strip biochemical testing and VITEK systems. Whole genome sequence data demonstrates that E. hormaechei and E. cloacae are the most common Enterobacter isolated from bloodstream infections in Nigeria. Enhanced identification methods for surveillance play pivotal roles in improving patient care, optimising antibiotic stewardship, and combating the evolving challenges posed by this pathogen. Overall, this study reveals the effectiveness of WGS in correctly identifying this important pathogen.
Auteurs: Faith I. Oni, Ayorinde O. Afolayan, Anderson O. Oaikhena, Erkison Ewomazino Odih, Odion O. Ikhimiukor, Veronica O. Ogunleye, Aaron O. Aboderin, Olatunde F. Olabisi, Adewale A. Amupitan, Abayomi Fadeyi, Rasaki A. Raheem, Bashirat A. Olanipekun, Charles J. Elikwu, Oluwadamilola A. Sadare, Phillip O. Oshun, Oyinlola O. Oduyebo, Folashade Ojo, Abolaji T. Adeyemo, Ifeanyi E Mba, Abiodun Egwuenu, Tochi Okwor, Anthony Underwood, Silvia Argimón, Chikwe Ihekweazu, David M. Aanensen, Iruka N. Okeke
Dernière mise à jour: 2024-12-02 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.02.626058
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.02.626058.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.
Merci à biorxiv pour l'utilisation de son interopérabilité en libre accès.
Liens de référence
- https://www.protocols.io/view/ghru-genomic-surveillance-of-antimicrobial-resista-bp2l6b11kgqe/v4
- https://gitlab.com/antunderwood/bactinspector
- https://pathogen.watch/
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP017183.1
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009756.1
- https://arxiv.org/abs/1303.3997
- https://github.com/samtools/bcftools
- https://gitlab.com/antunderwood/fastadist
- https://www.protocols.io/view/ghru-genomic-surveillance-of-antimicrobial-resista-bpn6mmhe
- https://github.com/karubiotools/hsp60ECCtool
- https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SAMEA7472464?show=reads
- https://github.com/ParBLiSS/FastANI
- https://pubmlst.org/bigsdb?db=pubmlst_ecloacae_seqdef
- https://itol.embl.de/tree/197211635839451656920611#
- https://github.com/TongZhou2017/itol.toolkit
- https://docs.ropensci.org/naijR/articles/nigeria-maps.html
- https://cran.r-project.org/web/packages/sf/index.html
- https://cran.r-project.org/web/packages/tmap/index.html
- https://cran.r-project.org/web/packages/feather/index.html