La pression pour la transparence dans la recherche épidémiologique
Les études épidémiologiques cherchent à avoir des pratiques plus claires et à partager les données.
Timo Roettger, Adrian Dahl Askelund, Viktoria Birkenæs, Ludvig Daae Bjørndal, Agata Bochynska, Bernt Damian Glaser, Tamara Kalandadze, Max Korbmacher, Ivana Malovic, Julien Mayor, Pravesh Parekh, Daniel S. Quintana, Laurie J. Hannigan
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Table des matières
- La Complexité de l'Analyse des Données
- L'Importance de la Science Transparente
- L'État Actuel des Pratiques Transparentes
- Évaluer la Transparence dans les Études MoBa
- Rendre la Science Plus Transparente
- Les Avantages des Pratiques Transparentes
- Défis et Perspectives
- Perspectives d'Avenir
- Source originale
- Liens de référence
La Recherche épidémiologique, c'est l'étude de comment les maladies et les troubles apparaissent et se propagent au fil du temps. Imagine suivre un virus qui passe de personne en personne ou comprendre pourquoi certains problèmes de santé sont plus fréquents dans certaines populations. Ce domaine de recherche nous aide à comprendre la santé publique, en influençant tout, des stratégies de vaccination aux politiques de santé.
Une étude bien connue dans ce domaine est l'Étude de Cohorte Mère, Père et Enfant Norvégienne, aussi appelée MoBa. Lancée il y a environ 25 ans, cette étude suit environ 100 000 mères, leurs enfants et leurs partenaires. Une tonne d'infos a été recueillie, touchant à divers sujets comme la fertilité, le développement du cerveau et la santé infantile. Les chercheurs utilisent ces Données pour obtenir des insights sur de nombreuses questions de santé importantes.
La Complexité de l'Analyse des Données
Les ensembles de données Épidémiologiques, comme MoBa, ne sont pas simples. Ils contiennent de nombreuses variables — pense à elles comme des pièces d'un puzzle — et offrent de nombreux chemins à explorer. Quand les chercheurs analysent ces ensembles de données, ils font face à plein de choix sur la manière d'interpréter l'info. Cette flexibilité peut donner lieu à des résultats différents selon l'approche de chaque chercheur.
Les nombreux choix que les chercheurs font peuvent être bénéfiques. Ça permet des perspectives uniques et ça peut mener à de nouvelles idées ou découvertes. Cependant, cette flexibilité peut aussi être un double tranchant. Des choix différents peuvent donner des interprétations différentes, menant potentiellement à de la confusion ou à des résultats contradictoires. Certaines études ont montré que lorsque des analystes indépendants examinent le même ensemble de données avec des méthodes différentes, ils peuvent tirer des conclusions très différentes.
Par exemple, dans un examen récent, des chercheurs regardant les mêmes résultats épidémiologiques ont obtenu des résultats qui ne correspondaient pas à cause des chemins d'analyse différents pris. Ça montre l'importance de méthodes claires en recherche pour éviter les interprétations trompeuses.
L'Importance de la Science Transparente
En réponse à ces défis, un mouvement connu sous le nom de « Science Ouverte » a émergé. L'idée, c'est de rendre la recherche plus ouverte et transparente, permettant au public et à la communauté scientifique d'évaluer les résultats de manière critique. Certaines pratiques clés incluent la publication des plans de recherche à l'avance, le partage de données et de scripts d'analyse, et la mise à disposition de matériaux d'étude.
La Transparence en recherche est cruciale. Ça renforce la crédibilité des résultats et aide d'autres chercheurs à vérifier les conclusions. Quand les chercheurs documentent clairement leurs méthodes et les partagent, ça réduit la confusion et augmente la confiance dans les résultats.
Certaines pratiques aident spécifiquement à traiter la flexibilité à laquelle les chercheurs font face. En préenregistrant les Analyses — en gros, en disant à l'avance ce qui sera examiné — les chercheurs peuvent aider à réduire les problèmes qui se posent à cause des décisions post hoc (après coup). Cette pratique aide aussi à mettre en lumière tout changement effectué dans l'analyse après, ce qui peut être important pour comprendre comment les conclusions ont été atteintes.
Adopter des pratiques transparentes peut accélérer le progrès de la recherche. En partageant des matériaux et des données, les scientifiques peuvent collaborer plus efficacement, apprendre des résultats des autres, et réduire la duplication des efforts. En retour, ça rend la recherche plus efficace et durable.
L'État Actuel des Pratiques Transparentes
Malgré l'élan en faveur de la transparence, beaucoup d'études sont encore à la traîne. Des évaluations ont montré que dans des domaines comme la biomédecine, les sciences sociales et la psychologie, l'utilisation de pratiques transparentes reste faible. Cette situation est aussi vraie dans les études épidémiologiques, où des défis liés à la confidentialité et à la sensibilité des données peuvent freiner le partage.
Par exemple, les études épidémiologiques contiennent souvent des informations personnelles que les participants ne souhaitent pas partager largement. C'est un problème pour les chercheurs qui veulent partager leurs résultats tout en respectant la vie privée de leurs sujets.
L'objectif des discussions et enquêtes actuelles est d'améliorer l'adoption de ces pratiques, surtout dans les analyses de données de cohorte comme MoBa. En identifiant les obstacles et en proposant des solutions simples, les chercheurs peuvent être guidés vers des méthodes plus transparentes.
Évaluer la Transparence dans les Études MoBa
Pour mieux comprendre l'état des pratiques transparentes dans l'étude MoBa, les chercheurs ont analysé divers articles publiés qui ont utilisé les données. Ils ont recherché des pratiques considérées comme les meilleures pour la recherche ouverte, telles que le préenregistrement des analyses, le partage des données, et la fourniture de descriptions détaillées des méthodes.
Les résultats ont révélé un mélange. Moins de 1 % des articles échantillonnés ont rapporté avoir préenregistré leurs analyses, ce qui est surprenant compte tenu de l'utilité de cette pratique. De plus, le partage de données supplémentaires ou de protocoles d'analyse était également très faible. Cependant, une tendance positive a été observée dans les publications plus récentes, indiquant que les chercheurs commencent à comprendre l'importance de ces pratiques.
Lors de l'examen des vérifications de robustesse — des tests qui aident à confirmer si les résultats tiennent sous différentes hypothèses — environ un tiers des articles incluaient une forme d'analyse de sensibilité. C'est un bon signe, car ça montre que les chercheurs commencent à évaluer leurs conclusions avec soin.
Rendre la Science Plus Transparente
Pour aider les chercheurs à améliorer leurs pratiques, des exemples clairs et des modèles peuvent être inestimables. Un exemple hypothétique peut montrer comment un chercheur pourrait mener et rapporter une analyse de manière transparente. Dans ce cas, des chercheurs intéressés à étudier les effets de l'âge et de la durée de l'allaitement sur la taille des enfants pourraient exposer leurs plans à l'avance, y compris les variables clés qu'ils analysera.
Pendant l'analyse, si les données s'éloignent des attentes, ils pourraient signaler tout changement dans leur approche, maintenant ainsi la transparence. Ils documenteraient chaque déviation dans un tableau clair, montrant leur processus de pensée et leurs décisions. Une telle attention aux détails peut s'assurer que d'autres chercheurs peuvent suivre et reproduire les résultats si nécessaire.
Pour aborder ces moments d'émotion, les chercheurs pourraient partager leur code analytique de manière organisée, en utilisant peut-être des plateformes en ligne pour garantir un accès facile. Un fichier readme peut aider à guider les utilisateurs à travers les différents documents, offrant une clarté sur ce que fait chaque partie.
De plus, puisque le partage des données originales de MoBa est restreint en raison de préoccupations concernant la confidentialité, les chercheurs pourraient opter pour créer des données synthétiques. Cela implique de générer des données qui imitent les propriétés statistiques des données originales mais ne contiennent aucune information identifiable. En faisant cela, ils peuvent partager leur travail sans risquer la confidentialité des participants.
Les Avantages des Pratiques Transparentes
En adoptant des pratiques ouvertes et transparentes, les chercheurs peuvent renforcer la crédibilité de leur travail et s'assurer que leurs résultats peuvent être trustés et vérifiés. C'est surtout crucial dans des domaines comme l'épidémiologie, où les conclusions peuvent significativement impacter les décisions et les politiques de santé publique.
La transparence aide aussi les chercheurs à collaborer, ce qui mène à un processus de recherche plus rapide et plus innovant. Quand tout le monde a accès aux mêmes ressources et méthodes, le savoir collectif grandit, et des solutions aux défis de santé peuvent émerger plus rapidement.
Dans l'ensemble, l'objectif de la recherche épidémiologique est d'aider à améliorer les résultats de santé pour les individus et les communautés. Quand les chercheurs communiquent leurs résultats de manière claire et transparente, ça crée un pont entre la recherche et l'application pratique, bénéficiant en fin de compte aux patients et à leurs familles.
Défis et Perspectives
Bien que le chemin vers une transparence accrue soit prometteur, il est important de reconnaître que des défis demeureront. Des questions comme la confidentialité, la complexité des données et l'adoption variable des pratiques selon les disciplines peuvent ralentir le progrès.
Pour soutenir davantage le mouvement vers la transparence, les parties prenantes comme les universités, les agences de financement et les revues scientifiques doivent investir dans l'infrastructure qui encourage ces pratiques. Cela peut inclure la formation des chercheurs sur comment préenregistrer leur travail ou développer des pratiques de partage transparent.
En incitant à la transparence, que ce soit par des opportunités de financement ou des politiques éditoriales, la communauté scientifique peut renforcer l'importance de ces pratiques. Garder la conversation vivante est vital pour s'assurer que le message reste clair : la recherche transparente profite à tout le monde à long terme.
Perspectives d'Avenir
Alors qu'on continue à évaluer l'état de la recherche épidémiologique, on observe des signes prometteurs de changement. La sensibilisation croissante à l'importance des pratiques transparentes est évidente dans les taux d'adoption en augmentation. Bien que de nombreuses barrières subsistent, les efforts collaboratifs peuvent ouvrir la voie à un environnement de recherche plus ouvert et crédible.
À mesure que les chercheurs avancent, l'espoir est que la transparence devienne la norme plutôt que l'exception. En adoptant ces meilleures pratiques, ils peuvent apporter des contributions significatives à l'avancement de la santé publique et à l'amélioration des vies.
En conclusion, les pratiques transparentes dans la recherche épidémiologique peuvent encore être à leurs débuts, mais avec des efforts et un engagement, elles ont le potentiel de transformer notre façon d'étudier la santé et la maladie. Maintenant, si seulement on pouvait aussi comprendre de manière transparente pourquoi les gens oublient toujours où ils ont garé leurs voitures !
Source originale
Titre: Transparency in epidemiological analyses of cohort data - A case study of the Norwegian Mother, Father, and Child cohort study (MoBa)
Résumé: BackgroundEpidemiological research is central to our understanding of health and disease. Secondary analysis of cohort data is an important tool in epidemiological research, but is vulnerable to practices that can reduce the validity and robustness of results. As such, adopting measures to increase the transparency and reproducibility of secondary data analysis is paramount to ensuring the robustness and usefulness of findings. The uptake of such practices has not yet been systematically assessed. MethodsUsing the Norwegian Mother, Father and Child Cohort study (MoBa; Magnus et al., 2006, 2016) as a case study, we assessed the prevalence of the following reproducible practices in publications between 2007-2023: preregistering secondary analyses, sharing of synthetic data, additional materials, and analysis scripts, conducting robustness checks, directly replicating previously published studies, declaring conflicts of interest and publishing publicly available versions of the paper. ResultsPreregistering secondary data analysis was only found in 0.4% of articles. No articles used synthetic data sets. Sharing practices of additional data (2.3%), additional materials (3.4%) and analysis scripts (4.2%) were rare. Several practices, including data and analysis sharing, preregistration and robustness checks became more frequent over time. Based on these assessments, we present a practical example for how researchers might improve transparency and reproducibility of their research. ConclusionsThe present assessment demonstrates that some reproducible practices are more common than others, with some practices being virtually absent. In line with a broader shift towards open science, we observed an increasing use of reproducible research practices in recent years. Nonetheless, the large amount of analytical flexibility offered by cohorts such as MoBa places additional responsibility on researchers to adopt such practices with urgency, to both ensure the robustness of their findings and earn the confidence of those using them. A particular focus in future efforts should be put on practices that help mitigating bias due to researcher degrees of freedom - namely, preregistration, transparent sharing of analysis scripts, and robustness checks. We demonstrate by example that challenges in implementing reproducible research practices in analysis of secondary cohort data - even including those associated with data sharing - can be meaningfully overcome.
Auteurs: Timo Roettger, Adrian Dahl Askelund, Viktoria Birkenæs, Ludvig Daae Bjørndal, Agata Bochynska, Bernt Damian Glaser, Tamara Kalandadze, Max Korbmacher, Ivana Malovic, Julien Mayor, Pravesh Parekh, Daniel S. Quintana, Laurie J. Hannigan
Dernière mise à jour: 2024-12-06 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.05.24318481
Source PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.05.24318481.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.
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