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# Biologie # Biologie moléculaire

Voir les gènes à l'œuvre : une nouvelle façon d'étudier l'expression

Des chercheurs utilisent de l'ADN nu pour observer l'expression des gènes sans nuire aux animaux.

Saubhik Som, Gopalapura J Vishalakshi, Lekha E Manjunath, Debraj Manna, Kirtana Vasu, Anumeha Singh, Sandeep M Eswarappa

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Expression génique Expression génique dévoilée vivants. comportement des gènes chez des sujets De nouvelles techniques révèlent le
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L’expression des gènes, c’est un truc super important en biologie qui détermine comment l’info génétique se transforme en produits fonctionnels, comme des protéines. C’est un peu comme suivre une recette pour faire un gâteau : d’abord, tu rassembles les ingrédients (ADN), ensuite tu les mélanges (Transcription), tu les fais cuire (traduction), et enfin, tu obtiens un gâteau délicieux (protéines). Mais comme en cuisine, ça peut mal tourner. Si un ingrédient manque ou est pas bon, tu peux finir avec un goût bizarre, ou pire, un gâteau qui ne cuit pas du tout. Dans notre cas biologique, quand l’expression des gènes se trompe, ça peut mener à des maladies, comme le cancer.

Niveaux de Régulation de l’Expression Génétique

L’expression des gènes peut être régulée à plusieurs niveaux, depuis la transcription initiale de l’ADN jusqu'à la dégradation finale des protéines. Voyons ça de manière simple :

  1. Transcription : C’est la première étape où l’ADN est copié en ARN messager (ARNm). Pense à l’ARNm comme à la feuille de commande que tu prends en cuisine. Si le personnel de la cuisine ne comprend pas la commande, le gâteau est raté.

  2. Traduction : C’est là où l’ARNm est transformé en protéines. Les ribosomes dans les cellules sont comme les boulangers qui suivent ta commande pour faire le gâteau. S’ils se trompent dans la commande, le mauvais gâteau sort.

  3. Dégradation des protéines : Après que les protéines soient faites, elles ne restent pas là pour toujours. Elles finissent par être décomposées et recyclées. C’est comme nettoyer ta cuisine après avoir fait le gâteau : si tu laisses le bazar, tout se gâte.

Méthodes pour Étudier la Régulation de l’Expression Génétique

Les scientifiques ont développé plusieurs outils et méthodes pour regarder comment l’expression des gènes est régulée. Chaque méthode est comme un gadget de cuisine différent qui aide pour une partie spécifique du processus de pâtisserie :

  • Acides Aminés Radioactifs et Fluorescents : Pense à ça comme à des colorants alimentaires fancy qui aident les scientifiques à voir les protéines en action.

  • Séquençage d'ARN : Cette méthode permet aux scientifiques de lire les recettes (gènes) et de voir lesquelles sont suivies à un moment donné.

  • Profilage des Ribosomes : Imagine pouvoir écouter les boulangers pour voir comment ils interprètent ta commande. Cette méthode montre quels ARNm sont traduits en protéines.

  • Spectrométrie de Masse Quantitative : C’est la méthode high-tech pour peser et mesurer les produits de pâtisserie finaux pour voir combien de chaque protéine est présente.

  • Tests de Reporters et Western Blotting : Ces méthodes sont comme donner aux boulangers un tampon d’approbation ou une note sur leur façon de suivre la recette. Elles aident à confirmer si certaines protéines sont produites.

Bien que ces méthodes soient géniales, elles peuvent parfois être un peu intrusives. Par exemple, elles nécessitent souvent d’utiliser des animaux vivants, ce qui signifie que les scientifiques doivent parfois prendre des échantillons en sacrifiant l’animal. Pas super, hein ? Donc, les chercheurs sont toujours à la recherche de méthodes meilleures et plus simples.

Une Nouvelle Approche pour Étudier l’Expression Génétique

C’est là que ça devient intéressant. Les chercheurs ont trouvé une nouvelle façon, moins intrusive, d’étudier l’expression des gènes en utilisant ce qu’on appelle l'« ADN nu ». Non, ce n’est pas ce que ça sonne ! L’ADN nu fait référence à de l’ADN qui n’est pas enfermé dans une cellule ou un virus. En injectant cet ADN nu dans des souris, les scientifiques peuvent voir comment les gènes s’expriment sans nuire aux animaux.

La première démonstration réussie de cette méthode remonte à 1990 quand des scientifiques ont injecté des plasmides nus (ADN circulaire) codant des protéines comme la Luciférase (le truc qui fait briller les lucioles) dans les muscles de souris. Ils ont trouvé que les souris commençaient à exprimer ces protéines dans leurs tissus musculaires. C’était une découverte importante, menant au développement de vaccins ADN.

Les chercheurs ont désormais poussé ce concept plus loin. Ils ont utilisé des injections d’ADN nu pour produire de la luciférase chez des souris et mesurer son activité avec des techniques d’imagerie avancées. De cette façon, ils peuvent voir comment les gènes se comportent sans avoir à sacrifier les souris. Après une simple injection, ils peuvent utiliser des caméras spéciales pour détecter la lueur de la luciférase, comme s’ils cherchaient un trésor caché !

Résultats de la Nouvelle Méthode

Avec cette nouvelle technique, les chercheurs ont pu voir comment l’expression des gènes change selon différents facteurs.

Détection de l’Expression des Gènes en Action

Ils ont d’abord testé si l’injection d’ADN nu pouvait produire des signaux visibles (comme briller) sans nuire à la souris. Ils ont injecté un plasmide codant pour la luciférase de luciole dans la queue des souris. Quelques heures plus tard, ils ont donné de la luciférine (le substrat dont la luciférase a besoin pour briller) et utilisé un système d’imagerie pour voir combien les souris brillaient.

Étonnamment, l’injection dans la queue a donné une forte lueur, tandis que d’autres méthodes d’injection n’ont pas donné de si bons résultats. Ça pourrait vouloir dire que les cellules dans la queue sont plus réceptives à l’ADN ou que le signal peut être détecté mieux depuis cette zone. C’est un peu un mystère, mais un que les scientifiques sont impatients de résoudre !

Investigation de Différents Niveaux de Régulation des Gènes

Une fois que les chercheurs ont confirmé qu'ils pouvaient voir la lueur, ils ont voulu comprendre comment l’expression des gènes pouvait être régulée à différentes étapes :

  1. Régulation Transcriptionnelle : Ils ont testé s’ils pouvaient voir des différences dans la façon dont les gènes étaient exprimés en fonction des morceaux d’ADN (promoteurs) qu’ils utilisaient. En attachant un promoteur connu d’un virus appelé cytomégalovirus à leur gène de luciférase, ils ont créé une recette supercharge qui permettait une plus grande expression. En effet, quand ils ont injecté ce plasmide modifié, les souris brillaient beaucoup plus, prouvant que la recette était bien suivie.

  2. Régulation Post-Transcriptionnelle : Ensuite, ils ont regardé comment des petites molécules appelées MicroARN pouvaient réduire l’expression des gènes. Les microARN peuvent éteindre des gènes en se liant à leurs messagers. Les chercheurs ont marqué la luciférase avec des sites de liaison de microARN spécifiques et ont vu que la lueur diminuait chez les souris, confirmant que ces microARN réussissaient à éteindre l’expression des gènes.

  3. Régulation Traductionnelle : Ils ont ensuite exploré comment le processus de fabrication des protéines pouvait être régulé. Ils se sont concentrés sur un phénomène connu sous le nom de lecture au-delà du codon d'arrêt, où la machinerie cellulaire continue de fabriquer une protéine au-delà de son point d’arrêt habituel. Ils ont lié le gène de luciférase à une séquence qui encourage la lecture au-delà du codon d’arrêt, et voilà ! Ils pouvaient voir la lueur des souris, prouvant qu’elles produisaient ces protéines prolongées.

  4. Utilisation des Codons : Enfin, ils ont examiné comment le choix des codons (les éléments de base de l’ADN qui disent aux cellules comment fabriquer des protéines) affectait la production de protéines. En insérant des codons rares dans leur gène de luciférase, ils ont constaté que la lueur était beaucoup plus faible. Ça suggère que les cellules avaient du mal à traduire le gène à cause des codons rares, tout comme les boulangers pourraient avoir du mal à suivre une recette si elle était écrite dans une langue étrangère.

Pourquoi C’est Important ?

Cette nouvelle technique d’imagerie in vivo ouvre plein de possibilités pour les scientifiques. Elle leur permet d’étudier facilement la régulation de l’expression des gènes chez des animaux vivants sans avoir besoin de les sacrifier. C’est un gros plus pour le bien-être animal ! En plus, c’est une méthode rapide : les chercheurs peuvent voir les résultats en seulement 24 heures, ce qui est impressionnant comparé aux méthodes de laboratoire traditionnelles qui peuvent prendre beaucoup plus de temps.

Cette technique a aussi des implications potentielles pour le développement de médicaments. En utilisant cette méthode, les scientifiques peuvent tester comment de nouveaux médicaments affectent l’expression des gènes chez des animaux vivants, ouvrant la voie à de nouveaux traitements qui pourraient ajuster l’activité des gènes dans diverses maladies.

Conclusion

La régulation de l’expression des gènes est une partie cruciale pour comprendre comment les cellules fonctionnent. Avec des techniques innovantes comme les injections d’ADN nu et l’imagerie avancée, les chercheurs peuvent obtenir des aperçus plus profonds dans ce domaine complexe.

Alors, la prochaine fois que tu vois une luciole briller ou que tu manges un gâteau délicieux, souviens-toi de la science derrière l’expression des gènes. Depuis la transcription initiale de la recette jusqu’au produit final savoureux, tout est question de suivre les bonnes étapes dans le bon ordre. Et qui sait ? Peut-être qu’un jour tu pourras faire ton propre gâteau lumineux !

Source originale

Titre: IVISc-L: A quick and simple in vivo assay to study the regulation of gene expression

Résumé: Several methods are available to study the regulation of gene expression at cellular and molecular levels. Adaptation of these methods in vivo is cumbersome and often requires animal sacrifice. Here, we report an assay (IVISc-L, In Vivo Imaging of Subcutaneous Luminescence) to study gene regulation in vivo. This assay involves subcutaneous injection of a plasmid DNA encoding firefly luciferase, whose expression is under the regulatory mechanism to be investigated. We could infer its regulated expression by detecting the subcutaneous luminescence using an in vivo imaging system. Using this assay, we have demonstrated the regulation of gene expression mediated by a promoter, micro-RNAs, stop codon readthrough, and rare codons. This minimally invasive assay does not require animal sacrifice or any tissue extraction. The entire assay can be completed within 24 hours. Therefore, this assay will be useful in investigating the mechanisms of gene expression regulation, and screening molecules that can alter gene expression in vivo.

Auteurs: Saubhik Som, Gopalapura J Vishalakshi, Lekha E Manjunath, Debraj Manna, Kirtana Vasu, Anumeha Singh, Sandeep M Eswarappa

Dernière mise à jour: Dec 20, 2024

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.16.628807

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.16.628807.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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