Nouvelles découvertes sur la gestion des protéines dans les cellules de levure
Des recherches montrent comment les cellules de levure gèrent les protéines mal repliées sous stress.
Mark C Leake, S. Lecinski, J. A. L. Howard, C. MacDonald
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Table des matières
Les cellules ont un boulot pas facile. Elles doivent s'assurer que tout fonctionne bien, et ça inclut la gestion des protéines. Parfois, les protéines ne se replient pas correctement, surtout quand les cellules subissent du stress de leur environnement. Quand ces Protéines mal repliées s'accumulent, ça peut déranger le fonctionnement de la cellule. Pour gérer ce problème, les cellules ont développé des systèmes pour garder un œil sur les protéines. Ces systèmes identifient les protéines mal repliées et soit les aident à se replier correctement, soit les détruisent si elles sont endommagées. En plus de ces systèmes, les cellules ont d'autres moyens de se débarrasser des protéines, comme l'Autophagie, qui aide à garder l'intérieur de la cellule en bonne santé.
Quand les systèmes de contrôle qualité échouent et que les protéines mal repliées s'accumulent, elles forment des amas de tailles différentes. Ces amas peuvent être nuisibles, car ils prennent de la place et interfèrent avec d'autres protéines qui fonctionnent encore. Cette accumulation de protéines mal repliées peut mener à divers problèmes de santé, surtout des maladies neurodégénératives comme Parkinson et Alzheimer. Comprendre comment ces protéines deviennent nuisibles peut donner des infos sur les problèmes que rencontrent les cellules et ouvrir la voie à de nouveaux traitements.
Le Rôle de la Levure Bourgeonnante
La levure bourgeonnante, connue scientifiquement sous le nom de Saccharomyces cerevisiae, est un modèle utile pour étudier comment les protéines sont gérées dans les cellules. Les chercheurs peuvent facilement manipuler ces cellules de levure pour étudier de nombreux processus biologiques qui sont similaires dans toutes les cellules eucaryotes. Ça inclut des fonctions essentielles comme la réplication de l'ADN et les systèmes de gestion des protéines qui détectent et éliminent les protéines mal repliées.
Les chercheurs utilisent la levure parce qu'elle est facile à cultiver et à étudier sous un microscope. En marquant les protéines dans la levure, les scientifiques peuvent visualiser comment les protéines se comportent quand elles sont mal repliées. Les Protéines chaperons jouent un rôle clé dans ce processus, car elles réagissent rapidement aux protéines mal repliées pour soit aider à leur repliement, soit signaler leur dégradation.
Le Défi de Mesurer les Agrégats
Dans les études sur l'Agrégation des protéines, les chercheurs s'appuient souvent sur des marqueurs fluorescents qui peuvent parfois causer des complications. Par exemple, certains marqueurs fluorescents peuvent former des groupes, rendant difficile de déterminer combien d'agrégats sont présents avec précision. Pour améliorer la précision des mesures, les scientifiques ont développé de nouveaux marqueurs fluorescents qui ne forment pas de groupes. Ces nouveaux marqueurs sont importants pour étudier plus précisément comment les protéines se comportent dans des conditions stressantes.
Un exemple notable d'un marqueur utilisé dans cette recherche est une version modifiée de l'enzyme carboxypeptidase Y (CPY). Cette version altérée est sujette à des erreurs de repliement, ce qui en fait un excellent modèle pour étudier l'agrégation. En marquant cette version de CPY avec une protéine fluorescente, les chercheurs peuvent observer comment les protéines mal repliées s'accumulent dans les cellules de levure.
Modification du Rapporteur CPY
Le rapporteur CPY modifié est conçu pour pouvoir être exprimé facilement dans les cellules de levure sous des conditions contrôlées. Cette version modifiée est connue sous le nom de ΔssCPY*. Elle a une mutation spécifique qui provoque un repliement erroné et aide les scientifiques à suivre l'agrégation des protéines dans la cellule. Cette protéine est généralement exprimée à l'aide d'un promoteur qui peut être régulé, mais ça a ses défis car l'expression peut dépendre de divers facteurs environnementaux.
Pour résoudre ce problème, les chercheurs ont développé une nouvelle approche où ils ont utilisé un promoteur qui est induit par le cuivre. Cela permet une expression plus cohérente de la protéine rapporteur, qui peut ensuite être marquée avec une protéine fluorescente conçue pour rester comme une seule unité. Ce nouveau système facilite l'étude de comment et quand les protéines s'agrègent sous stress, fournissant des infos plus claires sur les processus impliqués dans le repliement erroné des protéines.
Observation de la Dynamique de l'Agrégation des Protéines
Après avoir créé ce nouveau rapporteur d'agrégation des protéines, les chercheurs ont mené des expériences pour voir à quel point il fonctionnait bien. En exposant les cellules de levure à différentes températures, ils pouvaient voir à quelle vitesse et facilement les agrégats se formaient. Par exemple, quand les cellules étaient chauffées à des températures plus élevées, plus d'agrégats se formaient par rapport aux conditions de contrôle à température ambiante. Cette augmentation de l'agrégation indique comment les cellules réagissent sous stress.
L'étude a aussi examiné comment les agrégats de protéines sont distribués dans les cellules de levure. Quand les cellules de levure se divisent, les agrégats ont tendance à rester dans la cellule mère plutôt que d'être transmis aux cellules filles. Cette observation suggère qu'il pourrait y avoir des mécanismes en place qui aident la cellule mère à retenir les agrégats tout en permettant aux cellules filles d'hériter d'autres composants vitaux comme le noyau et la vacuole.
Importance des Résultats
Les résultats de cette recherche sont significatifs pour plusieurs raisons. D'abord, le nouveau rapporteur d'agrégation des protéines permet un meilleur suivi de la façon dont les protéines se comportent sous stress. Cela peut donner aux scientifiques des indications sur comment l'agrégation des protéines impacte la fonction cellulaire, ce qui est crucial pour comprendre les maladies liées au repliement erroné des protéines.
De plus, comme cette méthode est adaptable, elle peut être appliquée à d'autres domaines de recherche, comme le vieillissement et d'autres maladies où l'agrégation des protéines joue un rôle. En rendant ces outils disponibles à la communauté scientifique, les chercheurs peuvent enquêter sur diverses questions biologiques avec plus de précision.
Conclusion
En résumé, gérer l'agrégation des protéines dans les cellules est essentiel pour maintenir la santé cellulaire. Le développement de nouveaux outils, comme le rapporteur ΔssCPY*, améliore notre capacité à suivre et à étudier ces processus. En utilisant la levure bourgeonnante comme système modèle, les chercheurs peuvent déchiffrer la dynamique complexe de l'agrégation des protéines, fournissant des informations précieuses qui pourraient mener à de nouvelles stratégies thérapeutiques pour les maladies causées par le repliement erroné des protéines. Le travail réalisé dans ce domaine promet d'avancer notre compréhension des processus cellulaires et de contribuer à la lutte contre diverses maladies liées à l'âge et neurodégénératives.
Titre: iPAR: a new reporter for eukaryotic cytoplasmic protein aggregation
Résumé: Cells employ myriad regulatory mechanisms to maintain protein homeostasis, termed proteostasis, to ensure correct cellular function. Dysregulation of proteostasis, which is often induced by physiological stress and ageing, often results in Protein Aggregation in cells. These aggregated structures can perturb normal physiological function, compromising cell integrity and viability, a prime example being early onset of several neurodegenerative diseases. Understanding aggregate dynamics in vivo is therefore of strong interest for biomedicine and pharmacology. However, factors involved in formation, distribution and clearance of intracellular aggregates are not fully understood. Here, we report an improved methodology for production of fluorescent aggregates in model budding yeast which can be detected, tracked and quantified using fluorescence microscopy in live cells. This new openly-available technology, iPAR (inducible Protein Aggregation Reporter), involves monomeric fluorescent protein reporters fused to a {Delta}ssCPY* aggregation biomarker, with expression controlled under the copper-regulated CUP1 promoter. Monomeric tags overcome challenges associated with non-physiological reporter aggregation, whilst CUP1 provides more precise control of protein production. We show that iPAR and the associated bioimaging methodology enables quantitative study of cytoplasmic aggregate kinetics and inheritance features in vivo. We demonstrate that iPAR can be used with traditional epifluorescence and confocal microscopy as well as single-molecule precise Slimfield millisecond microscopy. Our results indicate that cytoplasmic aggregates are mobile and contain a broad range of number of iPAR molecules, from tens to several hundred per aggregate, whose mean value increases with extracellular hyperosmotic stress. Time lapse imaging shows that although larger iPAR aggregates associate with nuclear and vacuolar compartments, and for the first time we show directly that these proteotoxic accumulations are not inherited by daughter cells, unlike nuclei and vacuoles. If suitably adapted, iPAR offers new potential for studying diseases relating to protein oligomerization processes in other model cellular systems.
Auteurs: Mark C Leake, S. Lecinski, J. A. L. Howard, C. MacDonald
Dernière mise à jour: Dec 20, 2024
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.29.577793
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.29.577793.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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