L'impact de l'acide rétinoïque sur le développement cellulaire
L'acide rétinoïque dirige les cellules souches vers des neurones spécialisés et des cellules cérébrales.
Ariel Galindo-Albarrán, Aysis Koshy, Maria Grazia Mendoza-Ferri, Marco Antonio Mendoza-Parra
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Table des matières
- C'est quoi l'acide rétinoïque ?
- Les différents types de RAR
- Que se passe-t-il quand les RAR ne fonctionnent pas bien ?
- Regarder les cellules sous le microscope
- Le rôle des neurones et autres types de cellules
- Aller au fond des choses
- Le voyage dans le temps pseudo
- Plongée plus profonde avec l'épigénétique
- La puissance des organoïdes cérébraux 3D
- Suivi des progrès dans les cultures d'organoïdes
- Cartographie spatiale des types de cellules
- Attendre l'inattendu : les résultats
- L'avenir de cette recherche
- Un dernier mot
- Source originale
- Liens de référence
Dans le monde de la biologie, les cellules sont les briques de la vie, et elles ont des manières vraiment fascinantes de réagir à leur environnement. Imagine une ville animée où les signaux agissent comme des feux de circulation, guidant les voitures (ou dans ce cas, les cellules) sur où aller et ce qu'elles doivent devenir. C'est un peu comme ça que les cellules reçoivent des signaux pour décider de leur lignée, les transformant en types spécifiques dont les organes et les tissus ont besoin. Un acteur crucial dans ce processus est un petit composé connu sous le nom d'Acide rétinoïque, qui est dérivé de la vitamine A.
C'est quoi l'acide rétinoïque ?
L'acide rétinoïque, c'est comme ce pote qui ramène toujours des snacks à la fête-tout le monde veut qu'il soit là parce qu'il joue un rôle vital dans le développement. Quand il s'agit de construire un système nerveux chez les vertébrés, l'acide rétinoïque est un ingrédient de premier choix. Il interagit avec des récepteurs spécifiques dans les cellules, connus sous le nom de récepteurs d'acide rétinoïque (RAR). Pense aux RAR comme des videurs dans le club du développement cellulaire, ne laissant entrer que certains invités (signaux) pour faire leur boulot.
Les différents types de RAR
Il y a trois types principaux de RAR : RARα, RARβ et RARγ. Chacun a ses traits uniques et est exprimé différemment dans le corps, un peu comme les membres d'un groupe de rock célèbre, chacun avec son style. Ils travaillent ensemble pendant le développement du cerveau et de la moelle épinière, orchestrant comment les cellules se différencient en Neurones et autres types de cellules importantes.
Que se passe-t-il quand les RAR ne fonctionnent pas bien ?
Imagine si les videurs d'un club décidaient de prendre des vacances ; le chaos s'ensuivrait ! De la même manière, quand les RAR ne fonctionnent pas ou ne réagissent pas correctement à l'acide rétinoïque, ça peut entraîner des problèmes sérieux, y compris des maladies comme le cancer.
Regarder les cellules sous le microscope
Pour étudier comment l'acide rétinoïque impacte la différenciation cellulaire, les chercheurs utilisent différentes configurations expérimentales, y compris le traitement de cellules souches avec des agonistes RAR spécifiques. Un agoniste est une substance qui active un récepteur, un peu comme allumer un interrupteur. Dans une étude récente, des cellules souches embryonnaires ont été traitées avec des agonistes spécifiques aux RAR pour voir quels types de cellules elles allaient devenir.
Avec un agoniste RARα spécifique (BMS753), les cellules souches se sont transformées en précurseurs neuronaux en seulement 48 heures. Cependant, lorsqu'elles étaient traitées avec des agonistes RARβ ou RARγ, la différenciation ne se produisait tout simplement pas. C'était comme si les membres du groupe avaient oublié leurs instruments !
Le rôle des neurones et autres types de cellules
À travers diverses expériences, les chercheurs ont découvert qu'activer plusieurs RAR simultanément pouvait produire une gamme de types de cellules différents. Par exemple, dans certaines conditions de traitement, non seulement des neurones émergaient mais aussi des précurseurs d'oligodendrocytes (les cellules qui aident à isoler les neurones) et des astrocytes (cellules de soutien dans le cerveau).
Aller au fond des choses
Pour comprendre cette différenciation cellulaire complexe, les scientifiques ont utilisé une technique appelée transcriptomique unicellulaire. Cette méthode high-tech permet aux chercheurs de regarder l'expression des gènes à un niveau unicellulaire, révélant comment chaque cellule répond à l'acide rétinoïque au fil du temps. Ils ont trouvé 17 clusters cellulaires distincts, chacun représentant des types différents de cellules formées pendant l'expérience.
En examinant les résultats, il est devenu évident que chaque condition de traitement produisait des clusters spécifiques de cellules. Par exemple, un cluster apparaissait de manière proéminente dans un traitement précoce à ATRA mais était plus significatif dans un traitement tardif à BMS753, suggérant comment différents RAR contribuent à la spécialisation cellulaire.
Le voyage dans le temps pseudo
Pour visualiser comment la différenciation cellulaire se déroulait au fil du temps, les chercheurs ont utilisé une méthode appelée analyse de pseudo-temps. Cette approche raconte essentiellement une histoire sur le développement des cellules, montrant comment elles passent d'un état à un autre au cours d'une chronologie. Il s'est avéré que différents traitements entraînaient des variations dans cette chronologie, certains chemins de signalisation bougeant plus vite que d'autres.
Plongée plus profonde avec l'épigénétique
Ce qui est encore plus intrigant, c'est comment l'épigénétique joue un rôle dans tout ça. Pense à l'épigénétique comme le manuel d'instructions pour les cellules. Les changements dans la façon dont les gènes sont exprimés, sans altérer l'ADN sous-jacent, peuvent dicter comment chaque cellule se développe. Les chercheurs ont examiné l'état de la chromatine (la structure qui emballe l'ADN) pour voir comment différents traitements influençaient l'activité des gènes.
Ils ont trouvé que l'activation de RARα entraînait un ensemble distinct de gènes actifs comparé à la combinaison des activations RARβ et RARγ. C'était crucial pour comprendre comment différents chemins régulent la croissance et la spécialisation des cellules cérébrales.
La puissance des organoïdes cérébraux 3D
Pour transformer leurs découvertes d'une culture 2D à quelque chose de plus représentatif du tissu cérébral réel, les chercheurs ont créé des organoïdes cérébraux 3D. Ces organoïdes imitent la complexité du cerveau et permettent une meilleure compréhension de comment l'acide rétinoïque impacte le développement cérébral dans un cadre plus réaliste.
Suivi des progrès dans les cultures d'organoïdes
Dans ces organoïdes, les chercheurs ont suivi divers marqueurs au fil du temps pour voir comment les cellules souches passaient à des neurones complètement différenciés. Ils ont noté une baisse significative des marqueurs de pluripotence (indiquant qu'ils n'étaient plus des cellules souches), tandis que les gènes associés à des fonctions neuronales spécialisées ont vu leur expression augmenter.
Cartographie spatiale des types de cellules
La Transcriptomique spatiale a été utilisée pour comprendre comment différents types de cellules étaient distribués à travers l'organoïde. Cette technique aide à visualiser où différents gènes sont exprimés les uns par rapport aux autres dans le tissu complexe. Ainsi, les scientifiques peuvent voir comment les différents types de cellules interagissent et se développent.
Attendre l'inattendu : les résultats
À la fin, les chercheurs ont découvert que les ligands spécifiques aux RAR pouvaient produire des tissus différenciés similaires à ceux trouvés dans le développement naturel du cerveau. Cela signifie que l'utilisation de ces composés synthétiques pourrait être une nouvelle approche pour étudier le développement cérébral et les troubles.
L'avenir de cette recherche
En regardant vers l'avenir, les études sur l'acide rétinoïque et ses récepteurs pourraient mener à des avancées dans les thérapies pour les troubles neurologiques ou à de meilleures méthodes pour générer des tissus cérébraux à des fins de recherche. Le potentiel d'utiliser ces découvertes pour créer des tissus spécialisés pour des greffes ou la médecine régénérative est une frontière excitante de la science.
Un dernier mot
Dans le grand schéma des choses, comprendre comment les cellules se développent à partir de cellules souches en neurones spécialisés est un voyage marqué par plus que juste la science-c'est une aventure folle à travers des signaux, des récepteurs, et une pincée de magie cellulaire. Donc, la prochaine fois que tu entendras parler de l'acide rétinoïque, souviens-toi qu'il se passe beaucoup plus sous la surface-une véritable ville de cellules attendant de réagir à leur environnement. Et qui sait ? Peut-être qu'il y a même une fête dansante quelque part dans ces tissus cérébraux !
Titre: Decoding transcriptional identity during Neuron-Astroglia Cell Fate driven by RAR-specific agonists
Résumé: How cells respond to different signals leading to defined lineages is an open question to understand physiological differentiation leading to the formation of organs and tissues. Among the various morphogens, retinoic acid signaling, via the RXR/RAR nuclear receptors activation, is a key morphogen of nervous system development and brain homeostasis. Here we analyze gene expression in [~]80,000 cells covering 16 days of monolayer mouse stem cell differentiation driven by the pan-RAR agonist all-trans retinoic acid, the RAR agonist BMS753 or the activation of both RAR{beta} and RAR{gamma} receptors (BMS641+BMS961). Furthermore, we have elucidated the role of these retinoids for driving nervous tissue formation within 90 days of brain organoid cultures, by analyzing > 8,000 distinct spatial regions over 28 brain organoids. Despite a delayed progression in BMS641+BMS961, RAR-specific agonists led to a variety of neuronal subtypes, astrocytes and oligodendrocyte precursors. Spatially-resolved transcriptomics performed in organoids revealed spatially distinct RAR isotype expression leading to specialization signatures associated to matured tissues, including a variety of neuronal subtypes, retina-like tissue structure signatures and even the presence of microglia.
Auteurs: Ariel Galindo-Albarrán, Aysis Koshy, Maria Grazia Mendoza-Ferri, Marco Antonio Mendoza-Parra
Dernière mise à jour: Dec 24, 2024
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.23.630055
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.23.630055.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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