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# Ciencias de la Salud# Oncología

Perspectivas sobre subtipos de cáncer de mama y resultados

Un estudio revela la conexión entre la pureza de subtipo y el pronóstico del cáncer de mama.

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El cáncer de mama no es solo una enfermedad; tiene muchos tipos, cada uno se comporta de manera diferente. Una manera de clasificar estos tipos es a través de una prueba llamada perfilado PAM50, que analiza la expresión genética a partir de muestras de tumores. Esta prueba ayuda a identificar diferentes categorías de cáncer de mama, revelando diferencias en las características del tumor y cómo se comporta el cáncer.

Aunque el perfilado PAM50 da una buena visión general, los cánceres individuales pueden mostrar una mezcla de características de diferentes tipos. A veces, un tumor puede contener rasgos de más de un subtipo. Esta mezcla puede influir en cómo el cáncer responde al tratamiento y su Pronóstico general.

Avances Recientes en el Análisis del Cáncer de Mama

Antes, los investigadores exploraron cómo los datos de expresión genética podrían ayudar a entender mejor estas mezclas. Crearon una nueva medida llamada Criterios de Ratio de Distancia (DRC), que analiza cuán similar es un tumor Luminal A (un subtipo considerado con mejor pronóstico) a otros tipos. Al hacerlo, pudieron distinguir entre diferentes casos de Luma según cuán relacionados estaban con un cáncer LumA típico.

En este estudio, los investigadores dieron un paso más al usar una técnica llamada factorización de matriz no negativa semisupervisada (ssNMF) en datos genéticos extensos de múltiples grupos de cáncer de mama. Esto les permitió ver cómo los casos individuales se relacionaban con los cuatro principales Subtipos de cáncer de mama. Al analizar muchos genes, pudieron crear una comprensión más detallada de los cánceres LumA, especialmente aquellos que mostraban características de otros tipos.

Grupos de Estudio

Los investigadores combinaron información de dos grandes grupos de investigación sobre cáncer de mama para formar su población de estudio. Recopilaron datos de más de 3,000 casos en total, enfocándose en casi 1,200 casos LumA. Prepararon cuidadosamente los datos para asegurar consistencia entre los grupos.

A cada caso se le asignó uno de los cinco subtipos PAM50 según métodos previamente establecidos, asegurándose de que cualquier caso normal se excluyera del estudio. El análisis se centró en entender cómo estos cánceres variaban entre sí.

La Técnica ssNMF

La factorización de matriz no negativa (NMF) es un método sólido para analizar datos genéticos. Permite a los investigadores descomponer la compleja expresión genética en componentes más simples que representan características subyacentes del tumor. El método ssNMF mejora el NMF básico al clasificar cada caso en uno de los subtipos PAM50 mientras reconstruye los datos originales.

El método ssNMF nos ayuda a entender cuánta cantidad de cada subtipo está presente dentro de una muestra de cáncer. En este estudio, los investigadores se centraron en los casos LumA para medir cuán “puros” eran estos casos en términos de su firma LumA. Analizaron las proporciones de otros subtipos presentes en cada caso para clasificarlos en consecuencia.

Examinando Características Clínicas y Supervivencia

Para determinar si los casos LumA con características de subtipos mezclados tenían peores resultados que los casos LumA puros, los investigadores compararon varias características. Miraron aspectos clínicos como la edad al diagnóstico, tamaño del tumor, etapa y estado de receptores hormonales. También evaluaron características moleculares, incluidos los puntajes de proliferación y prevalencia de mutaciones.

Los resultados mostraron que los casos LumA con menos pureza (más características mezcladas) tendían a ser mayores, menos propensos a ser positivos para receptores hormonales y más propensos a tener tumores más grandes y compromiso de ganglios linfáticos. Estos casos mezclados también tenían puntajes más altos que indican una mayor probabilidad de recurrencia del cáncer.

Los análisis mostraron una tendencia clara: a medida que mejoraba la pureza de la firma LumA, también mejoraban los resultados generales para los pacientes. Esto sugiere que tener un subtipo LumA puro está relacionado con un mejor pronóstico.

Análisis de Supervivencia General

El estudio también examinó cómo variaba la supervivencia entre los casos LumA. Los investigadores utilizaron curvas de supervivencia para visualizar las diferencias en resultados según la pureza del subtipo. Encontraron una diferencia significativa entre los casos con la pureza más baja y más alta, abriendo la puerta para entender mejor las probabilidades de supervivencia.

Los pacientes con mayor pureza tenían un riesgo de mortalidad mucho más bajo que aquellos con menor pureza. Estos hallazgos sugieren que mantener un perfil más parecido a LumA puede tener efectos favorables sobre la supervivencia.

Mirando Subtipos Alternativos

Los investigadores realizaron comparaciones adicionales entre casos LumA que eran puros y aquellos con características significativas de subtipos alternativos (LumB, HER2 o Basal). Encontraron que los casos con características LumB o HER2 tenían peores resultados en comparación con los casos LumA puros. Esto significa que los tumores que se mezclan con estos subtipos podrían representar desafíos más significativos para los pacientes.

Curiosamente, los casos con características Basal mostraron un patrón diferente. Aunque tenían algunos rasgos peores, sus tasas de supervivencia general no eran significativamente diferentes de los casos LumA puros. Este hallazgo inesperado resalta la complejidad de los subtipos de cáncer de mama y la necesidad de una mayor investigación.

Perspectivas sobre las Características del Tumor

La investigación reveló que los tumores LumA podían exhibir una amplia gama de características según su pureza de subtipo. Los casos que eran más parecidos a LumA mostraron mejores rasgos clínicos y moleculares, mientras que aquellos que mostraban características significativas de otros subtipos enfrentaron un pronóstico más desafiante.

En particular, los casos LumA mezclados con LumB o HER2 tenían peores puntajes en indicadores clave del comportamiento del cáncer, lo que sugiere que estas mezclas podrían complicar las opciones de tratamiento. Los datos mostraron que cuanto más se asemejaba un caso a un tumor LumA, mejor era la probabilidad de resultados favorables.

Implicaciones para el Tratamiento

Estos hallazgos tienen implicaciones significativas para cómo se trata el cáncer de mama. Saber que ciertos subtipos mezclados en casos de LumA pueden llevar a peores resultados enfatiza la necesidad de enfoques de tratamiento personalizados. Es esencial entender el perfil específico del tumor de un paciente para optimizar la terapia y mejorar las posibilidades de supervivencia.

Además, la complejidad de la heterogeneidad intratumoral – la presencia de diversas características de cáncer dentro del mismo tumor – resalta la importancia de pruebas integrales. Una sola prueba puede no captar la imagen completa del comportamiento del cáncer, por lo que usar múltiples enfoques podría proporcionar una comprensión más clara del tumor de un paciente.

Direcciones Futuras

El estudio sugiere vías para futuras investigaciones, incluyendo investigar más a fondo las rutas subyacentes que conducen a la mezcla de subtipos. Al explorar estas rutas, los investigadores pueden entender mejor cómo emergen y evolucionan diferentes rasgos del cáncer.

Usar técnicas avanzadas, como la secuenciación de RNA a nivel de célula única, también puede ayudar a aclarar cómo las células tumorales interactúan e influyen entre sí. Los conocimientos obtenidos de tales estudios podrían refinar las estrategias de tratamiento y llevar a terapias más efectivas.

Conclusión

En resumen, el estudio ilumina el complejo panorama de los tipos de cáncer de mama y cómo los perfiles genéticos pueden mejorar nuestra comprensión del comportamiento del tumor. Destaca la importancia de la pureza del subtipo para predecir resultados y la necesidad de enfoques de tratamiento personalizados basados en perfiles moleculares detallados. Al entender mejor las complejidades del cáncer de mama, los investigadores pueden trabajar hacia la mejora de la atención al paciente y las tasas de supervivencia.

Fuente original

Título: Quantification of Subtype Purity in Luminal A Breast Cancer Predicts Clinical Characteristics and Survival

Resumen: PurposePAM50 profiling assigns each breast cancer to a single intrinsic subtype based on a bulk tissue sample. However, individual cancers may show evidence of admixture with an alternate subtype that could affect prognosis and treatment response. We developed a method to model subtype admixture using semi-supervised non-negative matrix factorization (ssNMF) of whole transcriptome data and associated it with tumor, molecular, and survival characteristics for Luminal A (LumA) samples. MethodsWe combined TCGA and METABRIC cohorts and obtained transcriptome, molecular, and clinical data, which yielded 11,379 gene transcripts in common, and 1,179 cases assigned to LumA. We used ssNMF to compute the subtype admixture proportions of the four major subtypes - pLumA, pLumB, pHER2 and pBasal - for each case and measured associations with tumor characteristics, molecular features, and survival. ResultsLuminal A cases with low pLumA transcriptomic proportion were likelier to have non-luminal pathology, higher clinical and genomic risk factors, and lower overall survival (log rank P < 10-5), independent of age, stage, and tumor size. We found positive associations between pHER2 and HER2-positivity by IHC or FISH; between pLumB and PR negativity; and between pBasal and younger age, node positivity, TP53 mutation, and EGFR expression. Predominant basal admixture, in contrast to predominant LumB or HER2 admixture, was not associated with shorter survival. ConclusionsBulk sampling for genomic analyses provides an opportunity to expose intratumor heterogeneity, as reflected by subtype admixture. Our results elucidate the striking extent of diversity among LumA cancers and suggest that determining the extent and type of admixture holds promise for refining individualized therapy. LumA cancers with a high degree of basal admixture appear to have distinct biological characterstics that warrant further study.

Autores: Amit Sethi, N. Kumar, P. H. Gann, S. McGregor

Última actualización: 2023-03-01 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.02.27.23286511

Fuente PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.02.27.23286511.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

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