Proteínas efectoras en interacciones bacteria-anfitrión
Explorando los roles de las proteínas efectoras en las bacterias y sus huéspedes.
― 8 minilectura
Tabla de contenidos
- Proteínas Efectores: Su Papel en las Interacciones Bacterianas
- El Descubrimiento de los Efectores TAL
- La Diversidad de los Efectores TAL
- La Relación Entre Mycetohabitans y Hongos
- El Estudio de las Proteínas Btl
- Descubriendo Nuevos Genes Btl
- Entendiendo las Relaciones Genómicas
- Análisis Filogenético de las Proteínas Btl
- Proteínas Btl y Sus Funciones
- Conclusión
- Fuente original
- Enlaces de referencia
Las bacterias interactúan con sus huéspedes de varias maneras. Algunas bacterias causan enfermedades, mientras que otras tienen una relación mutual con sus anfitriones. Ciertas proteínas conocidas como proteínas efectores juegan un papel importante en estas interacciones. Pueden manipular el comportamiento del huésped, ya sea para promover enfermedades o ayudar a que las bacterias prosperen junto al huésped. Los investigadores estudian estas proteínas efectores para entender cómo funcionan, su historia y cómo influyen en sus anfitriones.
Proteínas Efectores: Su Papel en las Interacciones Bacterianas
Las proteínas efectores son usadas por las bacterias para influir en el comportamiento de sus huéspedes. Pueden causar enfermedades, ayudar en la resistencia a enfermedades, o incluso apoyar una relación beneficiosa entre las bacterias y el huésped. Los científicos analizan las familias de estas proteínas efectores para descubrir cómo funcionan y cómo han evolucionado con el tiempo. Algunas de estas proteínas son comunes en diferentes especies bacterianas, mientras que otras son únicas o se encuentran en grupos pequeños.
Un tipo de proteína efector es el efector tipo activador de transcripción (TAL), que fue descubierto por primera vez en una bacteria que infecta plantas. Estos efectores TAL actúan como interruptores para activar genes específicos en la planta huésped, ayudando a las bacterias a infectar y sobrevivir. Tienen una característica específica de reconocimiento de ADN que les indica qué genes activar.
El Descubrimiento de los Efectores TAL
Los efectores TAL se identificaron por primera vez en Xanthomonas euvesicatoria, una bacteria que afecta a plantas de pimiento y tomate. Desde entonces, los científicos han encontrado efectores TAL en otras bacterias relacionadas. Ayudan a estas bacterias a activar genes específicos en la planta huésped, haciendo que la planta sea más favorable para el crecimiento de las bacterias.
Cada efector TAL tiene una parte central compuesta por una estructura repetitiva que es vital para reconocer el ADN. Las partes únicas de estas repeticiones determinan qué secuencias de ADN específicas puede unirse el efector. Los investigadores pueden predecir qué genes del huésped activará un efector TAL basándose en estas partes únicas.
Los efectores TAL han sido reconocidos como una forma en que algunas bacterias promueven enfermedades al activar genes que llevan a la susceptibilidad de la planta. Por ejemplo, pueden activar genes responsables del transporte de azúcares, que las bacterias pueden usar para obtener energía.
La Diversidad de los Efectores TAL
No todas las bacterias tienen los mismos efectores TAL. Algunas cepas de Xanthomonas y Ralstonia tienen diferentes cantidades de estas proteínas. Algunas cepas pueden tener varios efectores TAL, mientras que otras pueden no tener ninguno.
Curiosamente, también se han descubierto proteínas similares a TAL en otros ambientes, como en el océano. Estas proteínas, llamadas proteínas MorTL, muestran similitudes con los efectores TAL y se han encontrado en organismos marinos. De manera similar, se han identificado proteínas Btl en un grupo de bacterias llamado Burkholderia, que a menudo viven dentro de hongos.
La Relación Entre Mycetohabitans y Hongos
Un ejemplo de bacterias que tienen una relación cercana con los hongos es una cepa llamada Mycetohabitans rhizoxinica. Esta cepa vive dentro de un hongo llamado Rhizopus microsporus, que puede causar enfermedades en plantas y humanos. Mycetohabitans y este tipo de hongo trabajan juntos, y los investigadores están interesados en cómo interactúan.
Las bacterias Mycetohabitans utilizan un tipo de sistema de secreción para mover sus proteínas al hongo huésped. Sin embargo, las funciones específicas de las proteínas que envían al hongo no se comprenden del todo. Algunos estudios han mostrado que estas bacterias pueden influir en cómo se reproduce y crece el hongo.
El Estudio de las Proteínas Btl
Los científicos se han centrado en una proteína Btl específica de Mycetohabitans, conocida como Btl19-13. Aunque esta proteína no es necesaria para que las bacterias vivan en el hongo, parece afectar cómo funciona el hongo y le ayuda a resistir el estrés. Otra proteína Btl de una cepa diferente (Btl18-14) no pudo asumir la misma función que Btl19-13, lo que indica diferentes roles para estas proteínas dentro de sus respectivas cepas.
Además de estos estudios, los investigadores investigaron la presencia de genes Btl en varias cepas de Mycetohabitans. Encontraron que los genes Btl están presentes en muchas cepas, pero el número y la estructura pueden variar mucho de una cepa a otra.
Descubriendo Nuevos Genes Btl
Para aprender más sobre las proteínas Btl, los investigadores secuenciaron varios Genomas de Mycetohabitans usando nuevas técnicas. No solo reexaminaron cepas estudiadas previamente, sino que también buscaron nuevas cepas para encontrar más proteínas Btl.
A través de este trabajo, identificaron múltiples proteínas Btl y fragmentos de genes en diferentes cepas. Esto les ayudó a ver cuán extendidas están las proteínas Btl y cuánta variación hay entre ellas. Descubrieron que, aunque algunas proteínas eran similares, otras eran bastante diferentes, lo que sugiere que estas proteínas pueden desempeñar roles únicos en diferentes relaciones bacteriano-hongos.
Entendiendo las Relaciones Genómicas
Para ver cómo están relacionadas las diferentes cepas de Mycetohabitans, los investigadores crearon un mapa de sus genomas. Examinaron qué tan estrechamente relacionadas están estas cepas y si hay patrones en su distribución según el lugar donde fueron recolectadas.
Encontraron que las cepas de Mycetohabitans podrían agruparse en diferentes categorías según sus características genómicas. Algunas cepas estaban más estrechamente relacionadas entre sí, indicando caminos evolutivos compartidos, mientras que otras mostraban más divergencia.
Análisis Filogenético de las Proteínas Btl
Para entender mejor las relaciones evolutivas entre las proteínas Btl, los investigadores compararon sus secuencias entre diferentes cepas. Encontraron que, aunque algunas proteínas tenían secuencias muy similares, otras eran altamente variables. Esto sugiere que las proteínas Btl están evolucionando en respuesta a sus entornos específicos e interacciones con hongos huéspedes.
Al observar la distribución de estas proteínas, los investigadores pudieron identificar patrones en la frecuencia con la que aparecían ciertas proteínas Btl en diferentes cepas de Mycetohabitans. Los resultados revelaron que algunas proteínas son conservadas, lo que significa que permanecen relativamente sin cambios a lo largo del tiempo, mientras que otras muestran una variación significativa.
Proteínas Btl y Sus Funciones
Las funciones específicas de las proteínas Btl siguen siendo un área de investigación activa. Aunque algunas proteínas han sido estudiadas en detalle, muchas aún requieren más investigación. El estudio de las proteínas Btl plantea preguntas sobre cómo estas proteínas ayudan a las bacterias a adaptarse a diferentes huéspedes y entornos.
Algunos investigadores sugieren que las proteínas Btl pueden apuntar a funciones similares en diferentes cepas, mientras que la secuencia de esas proteínas varía dependiendo del huésped. Entender estas dinámicas podría ayudar a arrojar luz sobre la evolución de estas proteínas y su papel en las interacciones bacteriano-hongos.
Conclusión
La investigación en curso sobre las proteínas efectores, particularmente las proteínas TAL y Btl, es esencial para entender las complejas relaciones entre las bacterias y sus huéspedes. Al examinar la diversidad de estas proteínas y sus funciones, los científicos pueden obtener información sobre cómo las bacterias manipulan su entorno para prosperar. Las interacciones entre Mycetohabitans y hongos representan solo un aspecto de esta historia más amplia, y la exploración continua es vital para desentrañar los misterios de estas fascinantes relaciones biológicas.
Los hallazgos de estudios recientes no solo contribuyen a nuestro conocimiento de la evolución bacteriana, sino que también tienen implicaciones potenciales para la agricultura y la medicina. Al apuntar y comprender estas proteínas efectores, los investigadores podrían desarrollar nuevas estrategias para manejar enfermedades de las plantas o aprovechar bacterias beneficiosas para el uso agrícola. El camino para entender estas proteínas y su impacto en los ecosistemas está lejos de haber terminado, y queda mucho por aprender.
Título: Prevalence and diversity of TAL effector-like proteins in fungal endosymbiotic Mycetohabitans spp.
Resumen: Endofungal Mycetohabitans (formerly Burkholderia) spp. rely on a type III secretion system to deliver mostly unidentified effector proteins when colonizing their host fungus, Rhizopus microsporus. The one known secreted effector family from Mycetohabitans consists of homologs of transcription activator-like (TAL) effectors, which are used by plant pathogenic Xanthomonas and Ralstonia spp. to activate host genes that promote disease. These Burkholderia TAL-like (Btl) proteins bind corresponding specific DNA sequences in a predictable manner, but their genomic target(s) and impact on transcription in the fungus are unknown. Recent phenotyping of Btl mutants of two Mycetohabitans strains revealed that the single Btl in one M. endofungorum strain enhances fungal membrane stress tolerance, while others in a M. rhizoxinica strain promote bacterial colonization of the fungus. The phenotypic diversity underscores the need to assess the sequence diversity and, given that sequence diversity translates to DNA targeting specificity, the functional diversity of Btl proteins. Using a dual approach to maximize capture of Btl protein sequences for our analysis, we sequenced and assembled nine Mycetohabitans spp. genomes using long-read PacBio technology and also mined available short-read Illumina fungal-bacterial metagenomes. We show that btl genes are present across diverse Mycetohabitans strains from Mucoromycota fungal hosts yet vary in sequences and predicted DNA binding specificity. Phylogenetic analysis revealed distinct clades of Btl proteins and suggested that Mycetohabitans might contain more species than previously recognized. Within our data set, Btl proteins were more conserved across Mycetohabitans rhizoxinica strains than across Mycetohabitans endofungorum, but there was also evidence of greater overall strain diversity within the latter clade. Overall, the results suggest that Btl proteins contribute to bacterial-fungal symbioses in myriad ways. Impact StatementMany Mucoromycota fungi harbor endosymbiotic bacteria, including Rhizopus spp. that are food fermenters and pathogens of plants and immunocompromised people. Rhizopus microsporus has endofungal Mycetohabitans (formerly Burkholderia) spp. that deploy proteins related to DNA-binding transcription activator-like effectors of plant pathogens, which enter plant nuclei and activate disease susceptibility genes. By sequencing isolated bacteria and mining fungal holobiont sequences, we found Btl proteins in diverse Mycetohabitans strains, varying in predicted DNA binding specificity, thus in potential host targets. Btl proteins were more conserved within M. rhizoxinica, suggesting distinctions among the two named species. The results in the context of phenotypic differences observed in other studies suggest that Btl proteins contribute to symbiosis in diverse ways, providing insight into effector evolution and arguing for functional characterization of additional Btl proteins to understand establishment and maintenance of these important fungal-bacterial interactions.
Autores: Morgan E Carter, S. C. D. Carpenter, A. J. Bogdanove, B. Abbot, J. E. Stajich, J. Uehling, B. Lovett, M. T. Kasson
Última actualización: 2024-03-09 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.16.562584
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.16.562584.full.pdf
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