El papel en auge del aprendizaje automático en la investigación de enfermedades neurodegenerativas
El aprendizaje automático está moldeando rápidamente el panorama de investigación de las enfermedades neurodegenerativas.
― 8 minilectura
Tabla de contenidos
- La necesidad de opciones de tratamiento mejoradas
- Uso creciente del aprendizaje automático
- Metodología de la revisión
- Proceso de extracción de datos
- Hallazgos sobre el aprendizaje automático en enfermedades neurodegenerativas
- Perspectivas sobre el tipo de datos y los objetivos clínicos
- Técnicas de aprendizaje automático identificadas
- Discusión sobre brechas en la investigación
- Conclusión
- Fuente original
A medida que la población mundial envejece, nos enfrentamos a desafíos importantes en el cuidado de la salud. Uno de los problemas más urgentes es el aumento de enfermedades crónicas, especialmente las Enfermedades neurodegenerativas. Estas enfermedades dañan las células nerviosas en el cerebro y la médula espinal, causando síntomas que empeoran con el tiempo. Algunas enfermedades neurodegenerativas comunes son la enfermedad de Alzheimer (EA), la enfermedad de Parkinson (EP), la esclerosis múltiple (EM), la esclerosis lateral amiotrófica (ELA) y la enfermedad de Huntington (EH). Estas condiciones a menudo resultan en una pérdida total de independencia para las personas, causando un gran sufrimiento emocional y físico.
Sin nuevas formas de cambiar el rumbo de estas enfermedades, se prevé que las demandas de atención sigan creciendo. Los gobiernos y los sistemas de salud tendrán que prepararse para este futuro, especialmente para condiciones como Alzheimer y Parkinson, que están volviéndose más comunes a medida que la población envejece.
La necesidad de opciones de tratamiento mejoradas
Ante estos desafíos, muchos investigadores están trabajando duro para encontrar nuevas formas de predecir y tratar estas enfermedades. Buscan cambiar el enfoque hacia lo que se conoce como medicina predictiva. Este enfoque busca mirar las características individuales de los pacientes para entender mejor sus procesos de enfermedad específicos y cómo podrían responder a diferentes Tratamientos.
Los objetivos de esta investigación incluyen:
- Comprender las causas subyacentes de las enfermedades neurodegenerativas.
- Crear mejores herramientas para diagnosticar estas enfermedades y predecir su progresión.
- Recopilar información detallada sobre cómo se desarrollan estas enfermedades con el tiempo.
- Encontrar y probar métodos de tratamiento efectivos.
Una parte importante de este trabajo implica recopilar y analizar datos. Campos como las matemáticas y la informática están convergiendo en una nueva área conocida como ciencia de datos. Dentro de este campo, la inteligencia artificial (IA) y el Aprendizaje automático (AA) están ayudando a los investigadores a analizar grandes cantidades de datos de manera rápida y eficiente.
Uso creciente del aprendizaje automático
La investigación muestra que el uso del aprendizaje automático en el estudio de enfermedades neurodegenerativas está en aumento. Los investigadores se dieron cuenta de que había necesidad de una visión general sobre cómo se están aplicando estos métodos. Se llevó a cabo una revisión para analizar artículos que usaron técnicas de aprendizaje automático en el contexto de las cinco enfermedades neurodegenerativas más comunes.
La revisión tuvo como objetivo recopilar tanta información como fuera posible sobre los enfoques de aprendizaje automático en esta área. Los investigadores establecieron criterios específicos para los artículos que examinaron. Incluyeron estudios relacionados con EA, EM, ELA, EP o EH que involucraran datos de pacientes y usaran aprendizaje automático para análisis. Se centraron en estudios que buscaban mejorar el Diagnóstico, el pronóstico o las predicciones de tratamiento.
Metodología de la revisión
Para realizar la revisión, los investigadores utilizaron un enfoque sistemático. Crearon una estrategia de búsqueda con la ayuda de bibliotecarios médicos. Buscaron en múltiples bases de datos electrónicas que cubrían estudios publicados desde 2016 hasta 2020. Esta línea de tiempo fue elegida para asegurarse de que estaban mirando los métodos de aprendizaje automático actuales.
Los investigadores tuvieron que disminuir su búsqueda y decidieron incluir solo estudios publicados en inglés. Después de revisar más de 4,000 artículos, terminaron incluyendo un total de 1,485 artículos de texto completo en su revisión.
Proceso de extracción de datos
Para analizar estos artículos, el equipo de investigación desarrolló un formulario de extracción de datos. Tuvieron discusiones para decidir qué información buscar en cada estudio. Los datos incluían detalles sobre:
- Nombres de autores
- Tipo de enfermedad neurodegenerativa
- Año de publicación
- Tamaño de la muestra de pacientes
- Tipos de datos utilizados en el análisis de aprendizaje automático
- Objetivo clínico principal del estudio
- Métodos de aprendizaje automático utilizados
Luego, verificaron el proceso de extracción de datos para asegurar su precisión, con varias rondas de pruebas piloto para refinar sus métodos y alcanzar un alto nivel de acuerdo entre los revisores.
Hallazgos sobre el aprendizaje automático en enfermedades neurodegenerativas
La revisión mostró que el número de artículos que utilizan métodos de aprendizaje automático ha aumentado sustancialmente. Los datos revelaron tendencias a lo largo de los años de 2016 a 2020, con un aumento notable en los estudios publicados. Por ejemplo, hubo 172 artículos en 2016, aumentando a 490 en 2020, marcando un crecimiento del 185%.
Las enfermedades neurodegenerativas más estudiadas utilizando aprendizaje automático fueron Alzheimer y Parkinson, con cientos de artículos. En contraste, la enfermedad de Huntington tuvo significativamente menos estudios. La revisión también examinó los tipos de datos que se utilizan en el análisis de aprendizaje automático.
El tipo de datos predominante utilizado en estos estudios fue el de imágenes, que representó casi la mitad de los artículos. Otros tipos incluyeron datos funcionales, datos clínicos, materiales de biopsias y información genética, aunque estos se usaron con menos frecuencia.
Cuando se trató de los objetivos de los estudios, la mayoría buscaba mejorar el diagnóstico de la enfermedad, seguido por el pronóstico de la enfermedad y la predicción del tratamiento. Los datos de imágenes eran a menudo el tipo más común utilizado para el diagnóstico en diferentes enfermedades.
Perspectivas sobre el tipo de datos y los objetivos clínicos
Los hallazgos indicaron que se usaron diferentes tipos de datos según los objetivos clínicos de los estudios. Por ejemplo:
- Para el diagnóstico, los datos de imágenes fueron la clave.
- Para el pronóstico, se emplearon frecuentemente datos de imágenes y clínicos.
- Los datos funcionales se vieron principalmente al predecir efectos del tratamiento.
Se notó que, aunque los datos de imágenes eran prevalentes en muchos estudios, otros tipos de datos como los de biopsias y los moleculares recibieron mucha menos atención, particularmente en enfermedades como la esclerosis múltiple, ELA y enfermedad de Huntington.
Técnicas de aprendizaje automático identificadas
La revisión también identificó una variedad amplia de técnicas de aprendizaje automático que los investigadores usaron en sus estudios. En total, se encontraron 2,734 métodos de aprendizaje automático únicos entre los artículos de texto completo. Algunos de los métodos más comunes incluyeron máquinas de soporte vectorial, bosques aleatorios y redes neuronales convolucionales.
Los investigadores categorizaron estos métodos en temas más amplios para darle sentido a sus hallazgos. Las categorías más utilizadas fueron métodos supervisados y no supervisados, seguidas por técnicas de aprendizaje profundo.
Discusión sobre brechas en la investigación
La revisión destacó la falta de terminología y clasificación estándar en el campo del aprendizaje automático en relación con las enfermedades neurodegenerativas. Aunque existen muchas clasificaciones disponibles, ninguna ha ganado aceptación universal, lo que dificulta la comunicación de los hallazgos de manera efectiva.
Además, los autores señalaron la necesidad de más investigación sobre la integración de diferentes tipos de datos y la resolución de problemas de precisión versus interpretabilidad en el aprendizaje automático.
Conclusión
En resumen, la revisión de alcance demostró un creciente interés en aplicar técnicas de aprendizaje automático a las enfermedades neurodegenerativas. A medida que la población envejece y la carga de estas enfermedades aumenta, hay una necesidad de mejores herramientas diagnósticas, métodos Pronósticos y predicciones de tratamiento. Los hallazgos sugieren que son necesarios más estudios centrados en el pronóstico de enfermedades y la predicción del tratamiento, particularmente en áreas poco investigadas.
De cara al futuro, es esencial que los investigadores sigan construyendo bases de datos que incluyan varios tipos de datos y maximicen el uso de métodos de aprendizaje automático en la investigación de enfermedades neurodegenerativas. Esto ayudará a abordar los desafíos críticos de atención médica que plantean estas condiciones y mejorará la calidad de vida de las personas afectadas.
Título: The use of machine learning methods in neurodegenerative disease research: A scoping review
Resumen: Machine learning (ML) methods are increasingly used in clinical research, but their extent is complex and largely unknown in the field of neurodegenerative diseases (ND). This scoping review describes state-of-the-art ML in ND research using MEDLINE (PubMed), Embase (Ovid), Central (Cochrane), and Institute of Electrical and Electronics Engineers Xplore. Included articles, published between January 1, 2016, and December 31, 2020, used patient data on Alzheimers disease, multiple sclerosis, amyotrophic lateral sclerosis, Parkinsons disease, or Huntingtons disease that employed ML methods during primary analysis. One reviewer screened citations for inclusion; 5 conducted data extraction. For each article, we abstracted the type of ND; publication year; sample size; ML algorithm data type; primary clinical goal (disease diagnosis/prognosis/prediction of treatment effect); and ML method type. Quantitative and qualitative syntheses of the results were conducted. After screening 4,471 citations and searching 1,677 full-text articles, 1,485 articles were included. The number of articles using ML methods in ND research increased from 172 in 2016 to 490 in 2020, with most of those in Alzheimers disease. The most common data type was imaging data (46.9% of articles), followed by functional (20.6%), clinical (14.2%), biospecimen (6.2%), genetic (5.9%), electrophysiological (5.1%), and molecular (1.1%). Overall, 68.5% of imaging data studies were in Alzheimers disease and 75.9% of functional data studies were in Parkinsons disease. Disease diagnosis was the most common clinical aim in studies using ML methods (73.5%), followed by disease prognosis (21.4%) and prediction of treatment effect (13.5%). We extracted 2,734 ML methods, with support vector machine (n=651, 23.8%), random forest (n=310, 11.3%), and convolutional neural network (n=166, 6.1%) representing the majority. Finally, we identified 322 unique ML methods. There are opportunities for additional research using ML methods for disease prognosis and prediction of treatment effect. Addressing these utilization gaps will be important in future studies. Author SummaryFew state-of-the-art scientific updates have been targeted for broader readerships without indulging in technical jargon. We have learned a lot from Judea Pearl on how to put things into context and make them clear. In this review paper, we identify machine learning methods used in the realm of neurodegenerative diseases and describe how the use of these methods can be enhanced in neurodegenerative disease research.
Autores: Fabio Pellegrini, A. Ciampi, J. Rouette, G. Simoneau, B. Caba, A. Gafson, C. de Moor, S. Belachew
Última actualización: 2023-07-31 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.31.23293414
Fuente PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.31.23293414.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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