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Perspectivas sobre la comunicación celular durante la sanación

Un estudio revela cómo los tejidos se coordinan y responden a las lesiones a través de la señalización de calcio.

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La información y cómo se procesa son clave en las funciones biológicas. Esto es especialmente importante al observar cómo funcionan las células del cerebro, o neuronas. Recientemente, los científicos han estado utilizando métodos de la teoría de la información para medir y entender cómo se comunican y funcionan juntas las neuronas. Estos métodos han proporcionado valiosos conocimientos sobre cómo grupos de neuronas toman decisiones, cómo se conectan a largas distancias y cómo se comportan sus redes durante diferentes transiciones.

Sin embargo, la idea de Comunicación y procesamiento de información no se limita solo a las neuronas. Todas las células en organismos multicelulares se comunican y trabajan juntas para asegurarse de que diversas tareas esenciales se completen, como formar patrones durante el desarrollo, sanar Heridas e incluso regular comportamientos. El intercambio de información también puede suceder entre diferentes especies, como plantas y animales trabajando juntas o en relaciones simbióticas como hongos y algas.

Hay muchas formas en que los científicos han mirado cómo las células se coordinan entre sí. Estas incluyen el uso de arreglos de múltiples electrodos, el análisis de la orientación celular y el estudio de cómo se distribuyen diferentes marcadores en los tejidos. Estos métodos nos han ayudado a entender funciones específicas a nivel celular, como cómo disparan las neuronas, cómo se alinean las células en un tejido y cómo se comparten las señales entre las células. Sin embargo, sigue habiendo un desafío en monitorear cómo se procesa la información durante períodos más largos y a través de espacios más grandes para entender completamente cómo funcionan los tejidos y organismos enteros.

Una forma de observar esto durante períodos más largos es a través de redes de conectividad funcional (FC). Estas redes, creadas a partir de análisis de señales, ayudan a los investigadores a ver cómo fluye la información entre diferentes partes de un tejido. En neurociencia, estas redes nos ayudan a entender cómo diferentes regiones del cerebro trabajan juntas, incluso si no están físicamente cerca. La teoría de la información nos da herramientas matemáticas útiles para medir estas conexiones, lo que nos permite descubrir patrones complejos que no son visibles en imágenes simples.

Tradicionalmente, los investigadores se han centrado en conexiones fijas entre partes del cuerpo. Pero las redes FC permiten la observación de conexiones que pueden cambiar y evolucionar con el tiempo. Al aplicar los mismos métodos utilizados en el estudio de neuronas, podemos usar redes FC para aprender más sobre otros tipos de tejidos. Comprender mejor los tejidos a través de esta lente puede conducir a nuevos conocimientos sobre funciones biológicas.

El Calcio (Ca2+) es una molécula de señalización clave que se encuentra en casi todos los organismos vivos. Existe tanto dentro como fuera de las células y es fundamental para rastrear cómo las células responden rápidamente a varios cambios. Monitorear los niveles de calcio en el tejido puede proporcionar información sobre cómo fluye la información y se utiliza dentro de las redes celulares. En neurociencia, se utilizan extensamente reporteros de calcio para rastrear funciones celulares y entender redes neuronales. El calcio también juega un papel en la curación de tejidos epiteliales en varias especies. Sin embargo, la mayoría de las investigaciones solo han examinado eventos a corto plazo, dejando una brecha en nuestra comprensión de las interacciones a larga distancia.

En este trabajo, se presenta evidencia de interacciones a larga distancia dentro de los tejidos utilizando redes FC. El enfoque estuvo en un sistema de Organoides creado a partir de la piel de embriones de rana, que sirve como modelo para estudiar el comportamiento celular durante la curación. Este sistema permite observar cómo las redes celulares responden a una lesión, específicamente una herida. Al utilizar técnicas de imagen avanzadas, los investigadores pueden capturar videos de estos organoides y rastrear los niveles de calcio a lo largo del tiempo.

A través de este proceso, se pueden mapear las conexiones e interacciones entre las células, y su comportamiento puede ser analizado. Este análisis ayuda a entender cómo las células de la piel responden al daño y qué estructuras se pueden ver tanto antes como después de la lesión.

Configuración Experimental

Esta investigación implica rastrear la señalización de calcio en un modelo de piel utilizando embriones de rana como sujetos. Cuando los embriones están en una etapa específica de desarrollo, se les inyecta mRNA que contiene el código para un reportero de calcio. Esto permite a los investigadores visualizar los movimientos de calcio dentro de las células. Los embriones de rana se mantienen en un ambiente controlado hasta que alcanzan la etapa de desarrollo deseada.

La parte superior de los embriones, conocida como la capa animal, se retira quirúrgicamente para crear un organoide similar a la piel. Los tejidos removidos se dejan sanar y desarrollar en una forma esférica. Este proceso tiene lugar bajo condiciones específicas para mejorar la calidad de imagen.

Los organoides se colocan luego bajo un microscopio, donde se capturan imágenes a intervalos regulares. La actividad del calcio se monitorea antes y después de crear una herida en el organoide. La configuración permite una vista clara de cómo cambian los niveles de calcio en respuesta a la lesión.

Observando la Actividad del Calcio

La señalización de calcio en estos tejidos muestra patrones variados cuando se monitorea durante períodos de tiempo más largos. Inicialmente, la actividad del calcio se registra en segmentos cortos, pero al observar intervalos más largos, pueden emerger estructuras más complejas. El análisis indica que se pueden observar cambios significativos en cómo se comportan las señales de calcio días después de la lesión.

Utilizando técnicas de imagen, se pueden rastrear eventos individuales de calcio a lo largo del tiempo, revelando cómo las células responden a perturbaciones como heridas. A través de un monitoreo cuidadoso, los investigadores pueden visualizar estos cambios y procesarlos para un análisis posterior.

Analizando Datos y Señales

Después de capturar los datos, el siguiente paso es analizarlos para obtener información significativa. El primer paso implica separar las grabaciones en segmentos previos y posteriores a la lesión. Esta separación ayuda a examinar cómo se comporta el tejido antes y después de la herida.

Se aplican varias técnicas para garantizar que los datos sean limpios e interpretables. Esto incluye corregir cualquier artefacto que puede haberse introducido durante el proceso de imagen, asegurando que solo se analicen señales relevantes.

Después de refinar los datos, se utilizan medidas de información mutua para evaluar las conexiones entre las células. Este enfoque ayuda a identificar cuánta información puede proporcionar la actividad de una célula sobre la actividad de otra célula. Sienta las bases para construir redes de conectividad funcional que detallan las interacciones entre las células.

Construyendo Redes de Conectividad Funcional

Las redes de conectividad funcional se construyen utilizando los datos refinados. En estas redes, los nodos representan células individuales, mientras que los bordes representan las conexiones entre ellas basadas en su actividad de calcio. Las redes permiten a los investigadores visualizar cuán activas son las conexiones en un momento dado.

Estas redes se analizan por su estructura, revelando patrones que a menudo son indicativos de un comportamiento no aleatorio. Esto significa que la forma en que las células se conectan y comunican no es simplemente por casualidad, sino que sigue patrones identificables.

Es particularmente interesante observar que cuando ocurre una herida, la red cambia. Inicialmente, hay un aumento en las conexiones, sugiriendo que hay una mayor comunicación entre las células mientras responden a la lesión. Con el tiempo, estas conexiones se estabilizan, proporcionando información invaluable sobre cómo los tejidos se recuperan del daño.

Caracterizando Redes

Las propiedades de estas redes se pueden estudiar para obtener una mejor comprensión de cómo funcionan los tejidos. Al examinar el número de conexiones (o bordes) y cuántas conexiones tiene cada nodo (o célula), los investigadores pueden obtener información sobre cuán integrado está el tejido en un momento dado.

Se observa que las redes exhiben características conocidas en otros sistemas biológicos, como la presencia de nodos centrales que están altamente conectados en comparación con otros. Esto indica un nivel de organización que es crucial para la función del tejido.

Los algoritmos de detección de comunidades pueden revelar cómo las células se agrupan en módulos según sus conexiones. Algunos de estos módulos pueden representar células que están físicamente cerca, mientras que otros pueden conectar células que están lejos. Este agrupamiento no espacial sugiere interacciones complejas dentro del tejido.

La Respuesta a las Lesiones

Al examinar cómo las redes reaccionan a las lesiones, es evidente que hay una respuesta dinámica. Inicialmente, el tejido muestra una fuerte integración entre las células, indicando una comunicación aumentada tras la lesión. Sin embargo, también hay evidencia que sugiere que pueden desarrollarse conexiones a larga distancia como parte de esta respuesta.

El análisis revela que los patrones de comunicación pueden cambiar con el tiempo. Si bien las células más cercanas suelen mostrar más cooperación, las redes también muestran evidencia de coordinación a larga distancia. Esta flexibilidad en las conexiones celulares puede ayudar a entender cómo los tejidos se adaptan a los desafíos.

Limitaciones y Direcciones Futuras

Aunque este estudio proporciona valiosos conocimientos, hay limitaciones a considerar. Los métodos de detección utilizados a veces pueden tener problemas con la calidad de imagen, especialmente cuando los límites celulares son menos claros debido a la borrosidad o señales intensas.

Además, la interrupción mecánica causada por el evento de la herida puede complicar la capacidad de rastrear cambios a lo largo del tiempo de manera continua. La segmentación de células a partir de las imágenes también puede afectar la precisión de los resultados, dificultando la comparación directa de datos antes y después de la lesión.

Los estudios futuros deberían buscar mejorar la calidad de los datos y explorar diferentes formas de rastrear células a lo largo del tiempo sin causar interrupciones significativas. Además, emplear otros métodos analíticos para evaluar conexiones más allá de las interacciones por pares podría proporcionar una comprensión más profunda de cómo fluye la información a través de los tejidos.

Comprender cómo cambian estas conexiones en respuesta a diferentes tipos de heridas, o cómo se ven afectadas por diferentes tipos de células, puede abrir nuevas puertas para explorar las complejidades del comportamiento de los tejidos.

Conclusión

En general, este enfoque destaca el potencial de usar la teoría de la información para analizar y entender las complejas dinámicas dentro de los tejidos multicelulares. Al desarrollar redes de conectividad funcional, los investigadores pueden obtener nuevos conocimientos sobre cómo las células se comunican y coordinan sus acciones, particularmente durante la recuperación de lesiones.

A medida que los métodos continúan evolucionando, habrá oportunidades para descubrir vías de señalización ocultas y comprender mejor las complejidades de la función del tejido. Estos hallazgos tienen implicaciones no solo para el conocimiento biológico básico, sino también para aplicaciones clínicas en medicina regenerativa y sanación de heridas. La combinación de técnicas avanzadas de imagen y análisis promete mejorar nuestra comprensión de cómo operan los tejidos a un nivel fundamental, iluminando el fascinante mundo de las interacciones celulares.

Fuente original

Título: Revealing non-trivial information structures in aneural biological tissues via functional connectivity

Resumen: A central challenge in the progression of a variety of open questions in biology, such as morphogenesis, wound healing, and development, is learning from empirical data how information is integrated to support tissue-level function and behavior. Information-theoretic approaches provide a quantitative framework for extracting patterns from data, but so far have been predominantly applied to neuronal systems at the tissue-level. Here, we demonstrate how time series of Ca2+ dynamics can be used to identify the structure and information dynamics of other biological tissues. To this end, we expressed the calcium reporter GCaMP6s in an organoid system of explanted amphibian epidermis derived from the African clawed frog Xenopus laevis, and imaged calcium activity pre- and post- a puncture injury, for six replicate organoids. We constructed functional connectivity networks by computing mutual information between cells from time series derived using medical imaging techniques to track intracellular Ca2+. We analyzed network properties including degree distribution, spatial embedding, and modular structure. We find organoid networks exhibit more connectivity than null models, with high degree hubs and mesoscale community structure with spatial clustering. Utilizing functional connectivity networks, we show the tissue retains non-random features after injury, displays long range correlations and structure, and non-trivial clustering that is not necessarily spatially dependent. Our results suggest increased integration after injury, possible cellular coordination in response to injury, and some type of generative structure of the anatomy. While we study Ca2+ in Xenopus epidermal cells, our computational approach and analyses highlight how methods developed to analyze functional connectivity in neuronal tissues can be generalized to any tissue and fluorescent signal type. Our framework therefore provides a bridge between neuroscience and more basal modes of information processing. Author summaryA central challenge in understanding several diverse processes in biology, including morphogenesis, wound healing, and development, is learning from empirical data how information is integrated to support tissue-level function and behavior. Significant progress in understanding information integration has occurred in neuroscience via the use of observable live calcium reporters throughout neural tissues. However, these same techniques have seen limited use in the non-neural tissues of multicellular organisms despite similarities in tissue communication. Here we utilize methods designed for neural tissues and modify them to work on any tissue type, demonstrating how non-neural tissues also contain non-random and potentially meaningful structures to be gleaned from information theoretic approaches. In the case of epidermal tissue derived from developing amphibians, we find non-trivial informational structure over greater spatial and temporal scales than those found in neural tissue. This hints at how more exploration into information structures within these tissue types could provide a deeper understanding into information processing within living systems beyond the nervous system.

Autores: Sara Imari Walker, D. Blackiston, H. Dromiack, C. Grasso, T. F. Varley, D. G. Moore, K. Srinivasan, O. Sporns, J. Bongard, M. Levin

Última actualización: 2024-05-14 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.09.593467

Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.09.593467.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

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