Nuevo método vincula la genética con los resultados de salud
Este estudio revela cómo los factores genéticos influyen en la salud a través de un nuevo método analítico.
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Tabla de contenidos
La Randomización Mendeliana es un método que se usa para entender si un cambio en un factor puede causar un cambio en resultados de salud. Utiliza variaciones en genes que pasan de padres a hijos para hacer esto. Al mirar cómo estos Factores Genéticos influyen en la salud, los investigadores pueden obtener pistas sobre si cambiar algo, como la dieta o el ejercicio, afectará la salud.
¿Cómo Funciona?
Cuando las personas tienen hijos, los genes que transmiten son al azar. Esta aleatoriedad puede ser útil, casi como un experimento controlado, lo que ayuda a los investigadores a ver los efectos de factores específicos en la salud sin preocuparse mucho por otras variables que podrían confundir los resultados.
Según los principios de la genética, los hermanos comparten similitudes que no deberían verse afectadas por influencias externas. Por lo tanto, cualquier asociación entre factores genéticos y rasgos debería representar una relación real de causa y efecto. Si hay una conexión entre un factor genético y un resultado de salud, sugiere que el factor puede influir en ese resultado de salud por medio de vías específicas.
Cuando los investigadores estudian grandes grupos de personas, han encontrado que los factores genéticos a menudo funcionan como muestras aleatorias. Esto significa que los investigadores pueden sacar conclusiones más precisas sobre causa y efecto, incluso al analizar datos complejos de poblaciones.
En ensayos aleatorios, los investigadores miden el efecto promedio de una exposición en un grupo. Sin embargo, las respuestas individuales a esa exposición pueden diferir. Para abordar esto, los investigadores a menudo dividen la población en grupos más pequeños basados en ciertas características y examinan los efectos por separado en cada grupo.
Sin embargo, hay que tener cuidado al crear estos grupos más pequeños. Si los investigadores dividen la población en base a una variable que es influenciada por el resultado, puede crear correlaciones falsas y sesgar los resultados. En ensayos clínicos, hay pautas estrictas sobre cómo crear estos grupos para evitar tales sesgos.
En la randomización mendeliana, la "aleatorización" genética ocurre en la concepción. Por lo tanto, al mirar factores que podrían afectar el resultado, todas las variables deben ser consideradas cuidadosamente, ya que muchas podrían ser influenciadas por cambios genéticos.
Limitaciones y Desafíos
Las investigaciones han mostrado que dividir datos en grupos más pequeños puede llevar a sesgos en las estimaciones de la randomización mendeliana. Estos sesgos a veces pueden dar resultados engañosos. Para ayudar a reducir estos sesgos, se han desarrollado dos enfoques: el método residual y el método doblemente clasificado.
El método residual calcula valores restantes basados en una variable y usa estos valores para crear grupos. El método doblemente clasificado, por otro lado, divide la población en base a variaciones genéticas primero y luego crea los grupos más pequeños según otro factor. Este segundo método es menos sensible a variaciones que podrían confundir los resultados.
En este trabajo, exploramos una nueva forma de adaptar el método doblemente clasificado para examinar varios factores. Al usar un enfoque de "random forest", podemos analizar cómo diferentes factores afectan los resultados de salud basándonos en una amplia gama de datos. Este método ayuda a los investigadores a obtener estimaciones más precisas de las relaciones entre factores y resultados de salud, especialmente al manejar grandes conjuntos de datos.
Probamos este método a través de estudios de simulación y un ejemplo de la vida real relacionado con el índice de masa corporal (IMC) y la Función Pulmonar. Nuestro objetivo es averiguar cómo el IMC se relaciona con la función pulmonar en diferentes grupos de personas. Nuestros hallazgos muestran que el IMC afecta la función pulmonar de manera diferente dependiendo de las características individuales.
Metodología
Random Forest de Q Trees
Utilizamos datos a nivel individual que incluyen factores como exposición, resultado, información genética y varias covariables. Se construye un árbol Q dividiendo la población en grupos según varios factores. En cada paso, elegimos qué variable usar para dividir en base a cuán bien ayuda a mostrar diferencias en efectos entre grupos.
El proceso continúa hasta que se cumplen ciertas reglas, como cuando un grupo se vuelve demasiado pequeño o las diferencias entre grupos no son significativas. Al final de este proceso, podemos calcular las estimaciones de randomización mendeliana para cada grupo.
Para mejorar la precisión, combinamos información de múltiples árboles Q para formar un "random forest" de árboles Q. Este método ayuda a estabilizar resultados y proporciona mejores estimaciones.
Estudio de Simulación
Realizamos un estudio de simulación para ver qué tan bien funcionan nuestros métodos. Miramos tres escenarios en los que los verdaderos efectos de la exposición sobre el resultado cambiaban según varios factores.
- En el primer escenario, los efectos variaban según factores que no estaban influenciados por otras variables.
- En el segundo escenario, algunos factores estaban influenciados por otras variables.
- El tercer escenario involucró relaciones más complicadas, donde múltiples factores interactuaron de maneras complejas.
Comparamos diferentes métodos para la formación de grupos y estimaciones, incluyendo agrupamiento ingenuo, el método residual y el método doblemente clasificado. Los resultados mostraron que nuestro enfoque de random forest superó a los otros en la mayoría de los casos.
Aplicación: Índice de Masa Corporal y Función Pulmonar
Para ilustrar nuestros métodos, analizamos datos de un gran estudio basado en el Reino Unido que se centraba en el IMC y la función pulmonar. Usamos datos genéticos de varios individuos y medimos el IMC y la función pulmonar a través de pruebas estandarizadas.
Dividimos a los participantes en grupos de entrenamiento y prueba y utilizamos nuestro enfoque de random forest para analizar los datos. Calculamos cómo los cambios en el IMC afectaban la función pulmonar en diferentes grupos.
Nuestros resultados mostraron que, aunque un IMC mayor generalmente llevaba a una función pulmonar reducida para la mayoría de los individuos, un subconjunto de individuos mostró respuestas diferentes. El análisis reveló que el impacto del IMC en la función pulmonar estaba fuertemente influenciado por factores como la circunferencia de la cadera y el peso.
Hallazgos y Discusión
Nuestro análisis destaca que el IMC no afecta a todas las personas de la misma manera. Individuos con circunferencias de cadera más estrechas mostraron efectos neutros o menos negativos en la función pulmonar, mientras que aquellos con circunferencias más amplias experimentaron una reducción significativa en la función pulmonar a medida que el IMC aumentaba.
Estos hallazgos se alinean con investigaciones previas, sugiriendo que el IMC impacta negativamente en la función pulmonar, particularmente en individuos más grandes. Entender estas variaciones puede ayudar a diseñar intervenciones dirigidas a grupos específicos que podrían beneficiarse de cambios en el IMC.
Implicaciones para la Salud Pública
Nuestros métodos pueden aplicarse a varios problemas de salud, proporcionando valiosos conocimientos sobre cómo diferentes factores influyen en los resultados de salud. Identificar subgrupos que sean más propensos a beneficiarse de intervenciones puede guiar los esfuerzos de salud pública, haciéndolos más efectivos.
En el contexto del desarrollo de medicamentos, entender cómo las diferencias genéticas afectan los resultados de tratamientos es crucial. Nuestro enfoque puede ayudar a refinar ensayos clínicos al enfocarse en subgrupos poblacionales relevantes y asegurar que los hallazgos sean válidos y aplicables.
Conclusión
En resumen, hemos introducido un nuevo método para examinar cómo factores como el IMC afectan los resultados de salud en un marco de randomización mendeliana. Nuestro enfoque de random forest permite a los investigadores evaluar los efectos de rasgos complejos en la salud, ofreciendo ideas sobre mecanismos de enfermedades e informando estrategias de salud pública.
La capacidad de identificar qué grupos de individuos se benefician más de intervenciones específicas puede aumentar la efectividad del tratamiento. En general, nuestro trabajo contribuye a los esfuerzos continuos para entender la etiología de enfermedades y mejorar los resultados de salud para diversas poblaciones.
Título: A data-adaptive method for investigating effect heterogeneity with high-dimensional covariates in Mendelian randomization
Resumen: Mendelian randomization is a popular method for causal inference with observational data that uses genetic variants as instrumental variables. Similarly to a randomized trial, a standard Mendelian randomization analysis estimates the population-averaged effect of an exposure on an outcome. Dividing the population into subgroups can reveal effect heterogeneity to inform who would most benefit from intervention on the exposure. However, as covariates are measured post-"randomization", naive stratification typically induces collider bias in stratum-specific estimates. We extend a previously proposed stratification method (the "doubly-ranked method") to form strata based on a single covariate, and introduce a data-adaptive random forest method to calculate stratum-specific estimates that are robust to collider bias based on a high-dimensional covariate set. We also propose measures to assess heterogeneity between stratum-specific estimates (to understand whether estimates are more variable than expected due to chance alone) and variable importance (to identify the key drivers of effect heterogeneity). We show that the effect of body mass index (BMI) on lung function is heterogeneous, depending most strongly on hip circumference and weight. While for most individuals, the predicted effect of increasing BMI on lung function is negative, it is positive for some individuals and strongly negative for others.
Autores: Haodong Tian, B. D. M. Tom, S. Burgess
Última actualización: 2023-10-30 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.10.28.23297706
Fuente PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.10.28.23297706.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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