Forma celular y expresión de proteínas en la investigación del cáncer
Explorando la conexión entre la forma de las células y los niveles de proteínas en el diagnóstico del cáncer.
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Tabla de contenidos
Los patólogos han estado estudiando las células por más de 200 años usando microscopios. Mirando la forma y disposición de las células, hacen diagnósticos y deciden tratamientos. La apariencia de las células, que llamamos morfología celular, ayuda a realizar diferentes funciones. Los investigadores han encontrado que incluso la forma de un solo tipo de célula puede contarnos mucho sobre cómo se comporta, cómo se comunica y cómo podría propagarse en enfermedades como el cáncer.
Recientemente, nuevas tecnologías han permitido a los científicos ver muchas proteínas en las células al mismo tiempo. Estas tecnologías han abierto la puerta para entender cómo diferentes tipos de células trabajan juntas y cómo su disposición en los tejidos puede afectar la salud y la enfermedad. Por ejemplo, estudios muestran que las células vecinas pueden influir en cómo se comporta una célula individual y qué proteínas produce.
En este contexto, hemos aprendido que examinar la forma de células individuales junto con su Expresión de proteínas puede proporcionar información importante sobre enfermedades. Específicamente, estudiamos cómo la forma de la célula se relaciona con los niveles de proteínas en tejidos afectados por Cáncer de mama triple negativo y otras enfermedades. Nuestros hallazgos muestran que la forma de una célula puede ayudar a explicar las variaciones en la expresión de proteínas y puede ofrecer información sobre los estados de enfermedad.
Forma de la Célula y Enfermedad
La forma de la célula puede jugar un papel en la progresión del cáncer. En el cáncer de mama triple negativo, observamos muestras de tejido y encontramos que la forma de las células tumorales estaba vinculada a la cantidad de proteína p53 que expresaban. La proteína p53 es importante porque ayuda a controlar el ciclo celular y responde a señales de estrés. Las mutaciones en p53 son comunes en muchos cánceres, incluyendo el cáncer de mama, así que entender su relación con la forma de la célula puede proporcionar información valiosa sobre el comportamiento del cáncer y las respuestas a tratamientos.
Cuando analizamos diversas muestras de pacientes, vimos que las células tumorales más grandes a menudo tenían niveles más altos de p53. Este patrón fue consistente en diferentes grupos de pacientes y tipos de cáncer, indicando un vínculo entre el tamaño celular y la expresión de p53. Este hallazgo podría ayudar a identificar nuevas características en las células cancerosas que podrían afectar la agresividad de la enfermedad y cómo los pacientes responden a los tratamientos.
Analizando las Formas Celulares
Para estudiar la relación entre la forma celular y la expresión de proteínas, analizamos muestras de tejido de pacientes con cáncer de mama triple negativo. Identificamos diferentes tipos de células en estas muestras y medimos sus formas usando características específicas. Este análisis reveló que las células tumorales eran generalmente las más grandes y tenían las formas más variables en comparación con otros tipos de células.
Al observar cómo la forma celular se relacionaba con la expresión de proteínas en varias muestras de pacientes, establecimos que la forma de una célula puede dar pistas sobre las proteínas que produce. Usamos modelos de Aprendizaje automático para predecir los niveles de proteínas según la forma celular y viceversa, confirmando que existe una relación significativa entre ambos.
Tecnologías para Imágenes de Células Individuales
La introducción de tecnologías de imágenes de células individuales espaciales ha avanzado mucho nuestra comprensión de la biología celular. Usando estas herramientas, los investigadores pueden visualizar muchas proteínas a la vez y ver cómo las células interactúan entre sí en sus entornos naturales. Estas técnicas avanzadas de imaging permiten a los científicos obtener una imagen más clara de cómo la arquitectura del tejido influye en el comportamiento celular.
Por ejemplo, tecnologías como la imágenes de haz de iones multiplexados y Co-Detección por Indexación permiten el examen detallado de muestras de tejido. Permiten a los investigadores ver células individuales y sus proteínas asociadas, revelando interacciones complejas dentro de los tejidos que podrían afectar los resultados de enfermedades.
Aplicaciones Clínicas
La información obtenida del estudio de la forma celular y la expresión de proteínas tiene el potencial de mejorar los Resultados Clínicos. Al considerar cómo las formas celulares se relacionan con la expresión de proteínas específicas, los investigadores pueden desarrollar mejores modelos predictivos para el pronóstico de los pacientes. Esto puede ayudar a personalizar tratamientos para pacientes individuales, potencialmente llevando a mejores resultados.
En nuestros estudios, encontramos que incluir datos de forma celular mejoró la precisión de los modelos que predicen resultados clínicos. Por ejemplo, cuando usamos un tipo específico de red neuronal llamada Red Neuronal de Convolución de Grafos, pudimos hacer predicciones más precisas sobre la supervivencia de los pacientes y la recurrencia de la enfermedad.
Implicaciones para la Investigación del Cáncer
Los conocimientos obtenidos de nuestra investigación tienen importantes implicaciones para entender el cáncer. Al reconocer que la forma celular está relacionada con la expresión de proteínas, los investigadores pueden identificar nuevos subtipos celulares que pueden tener comportamientos diferentes en la progresión del cáncer. Esta comprensión puede resaltar nuevos objetivos terapéuticos y mejorar las estrategias de manejo de enfermedades.
Además, vincular la morfología celular con las funciones de las proteínas puede llevar a nuevos descubrimientos sobre la biología de las células cancerosas. A medida que recopilamos más datos, podemos comenzar a ver patrones que pueden ayudar a definir cómo diferentes proteínas están conectadas con formas y funciones celulares específicas.
Explorando Nuevas Direcciones
A medida que la tecnología sigue evolucionando, nuestra capacidad para estudiar la morfología celular y la expresión de proteínas solo mejorará. Anticipamos que los avances en las técnicas de imagen permitirán una mayor resolución y detalle. Esto permitirá a los científicos investigar más a fondo las conexiones entre la forma celular y la función.
Los estudios futuros pueden explorar cómo diferentes tratamientos afectan la forma celular y si los cambios en la forma pueden usarse como indicadores de respuesta al tratamiento. Esta área de investigación podría llevar a estrategias más efectivas para combatir el cáncer y mejorar la atención al paciente.
Conclusión
La relación entre la forma celular y la expresión de proteínas es un área clave de estudio para entender el cáncer y otras enfermedades. Al examinar cómo interactúan estos factores, los investigadores pueden obtener información que puede llevar a enfoques diagnósticos y terapéuticos mejorados. El desarrollo continuo de tecnologías de imagen avanzadas proporcionará nuevas oportunidades para explorar estas conexiones más a fondo y mejorar el potencial de medicina personalizada en oncología.
La exploración continua de la relación bidireccional entre la forma celular y la expresión de proteínas probablemente revelará muchas nuevas avenidas para el descubrimiento en el ámbito de la investigación del cáncer. A medida que refine nuestras herramientas y técnicas, la promesa de comprender y tratar mejor el cáncer y otras enfermedades sigue al alcance.
Título: Data-modeling the interplay between single cell shape, single cell protein expression, and tissue state
Resumen: Changes in cell shape are fundamentally involved in signaling, intracellular organization, function, and intercellular interactions within tissues, in health and disease. Investigating the interplay between cell shape and protein expression was limited, until recently, by the number of proteins that can be imaged simultaneously or by population averaging. We combined spatial multiplexed single cell imaging and machine learning to systematically investigate the intricate relationships between cell shape and protein expression in the context of heterogeneous human cells in their native state in human tissue samples in situ. Our analysis established a universal bi-directional link between the cells shape and its protein expression across different cell types, diseases, and disease states in human tissues, enabling new applications. Machine learning interpretability showed that the contribution of shape features to a prediction can potentially infer new protein functions. Unbiased screening of the links between all pairs consisting of one protein and one cell type identified a subpopulation of large p53-positive tumor cells across two cancers. Ultimately, inclusion of single cell shape properties enhanced Graph Neural Network disease state prediction. Our results open the door to unraveling the intricate connections between protein expression at the single cell level, cell shape, tissue organization, and tissue state in a physiological context.
Autores: Assaf Zaritsky, Y. Tamir, Y. Bussi, C. Owczare, L. Luque, G. Torrisi, L. A. Rose, O. Kliper-Gross, C. Sander, L. Schumacher, M. Parsons, L. Keren
Última actualización: 2024-05-30 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.29.595857
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.29.595857.full.pdf
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