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Entendiendo los ritmos circadianos en C. elegans

La investigación revela patrones únicos de expresión génica relacionados con cambios ambientales.

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Tabla de contenidos

Los ritmos biológicos son patrones en los seres vivos que ayudan a coordinar actividades a lo largo del tiempo. Uno de los ejemplos más comunes de estos ritmos es el ritmo circadiano, un ciclo de aproximadamente 24 horas que afecta muchos procesos fisiológicos. Los Ritmos Circadianos se pueden encontrar en una variedad de organismos, desde animales y plantas hasta hongos y bacterias diminutas. Estos ritmos ayudan a regular funciones importantes como el sueño, la alimentación y la liberación de hormonas.

En muchos animales, incluidos los humanos, los ritmos circadianos están estrechamente relacionados con la expresión genética. Esto significa que ciertos genes se activan o desactivan en diferentes momentos del día. Por ejemplo, estudios en moscas de la fruta han demostrado que cientos de genes pueden mostrar patrones rítmicos de expresión. De manera similar, en ratones, se encontró que más del 40% de los genes que codifican proteínas tienen tales ritmos.

El papel del gen per

Dentro del grupo de animales, hay mecanismos específicos que ayudan a impulsar estas expresiones rítmicas de los genes. Un jugador clave es un gen conocido como el gen period (per), que se encuentra en muchas especies, incluidos los humanos. Este gen es parte de un circuito de retroalimentación que implica una combinación de niveles de ARN y proteínas que regulan su propia expresión. El gen per controla la producción de proteínas que, en última instancia, llevan a la supresión de su propia expresión. Esto crea un ciclo que resulta en los patrones rítmicos observados.

En términos simples, cuando los niveles de ciertas proteínas aumentan, impiden la transcripción del gen per, y cuando esas proteínas se descomponen, el gen puede volver a expresarse. Este ciclo se alinea aproximadamente con el día de 24 horas, produciendo los ritmos circadianos observados.

El caso de C. Elegans

El nematodo Caenorhabditis elegans sirve como un caso de estudio interesante en el campo del tiempo biológico. Aunque exhibe muchos comportamientos y ritmos fisiológicos que se alinean con el reloj circadiano, no tiene un circuito de retroalimentación transcripcional bien definido como otros animales. Esto plantea preguntas sobre cómo ocurre el comportamiento rítmico en este organismo.

Se ha observado que C. elegans tiene ritmos circadianos en varias funciones, incluida la Expresión Génica, el movimiento e incluso las respuestas a olores. Si bien algunos de estos ritmos son evidentes, pueden ser inconsistentes y variar entre grupos del organismo. Esta inconsistencia ha llevado a los investigadores a preguntarse si estos ritmos son lo suficientemente robustos como para ser considerados verdaderos ritmos circadianos.

Curiosamente, los estudios muestran que C. elegans posee una versión del gen per llamada lin-42. Sin embargo, lin-42 no muestra la misma expresión rítmica en nematodos adultos que se observa en otras especies. En cambio, parece desempeñar un papel durante el desarrollo.

Señales Ambientales y sensibilidad a la luz

C. elegans es sensible a señales ambientales, especialmente la luz y la temperatura. La luz es el factor predominante que influye en los ritmos circadianos en muchos organismos, y C. elegans reacciona a la luz moviéndose hacia ella. Sin embargo, a diferencia de otros organismos, C. elegans solo tiene una proteína sensible a la luz conocida, LITE-1. Notablemente, no posee las proteínas criptocromos comúnmente conservadas que se encuentran en otras especies, que son esenciales para regular los ritmos circadianos basados en la exposición a la luz.

El entorno natural de C. elegans también complica su comportamiento circadiano. Estos nematodos viven en hábitats variados, y sus interacciones con los cambios diarios en su entorno no están del todo claras. A menudo entran en un estado llamado dauer, que es una forma menos activa que les ayuda a sobrevivir cuando las condiciones se vuelven desfavorables.

Investigando patrones de expresión génica

Para entender mejor los ritmos en C. elegans, los investigadores realizaron un experimento centrado en la expresión génica a lo largo de un ciclo circadiano. Exponían a los nematodos a ciclos alternos de luz y temperatura, simulando un ciclo de día y noche para ver cómo este entorno afectaba la actividad génica.

Durante el experimento, se recolectaron nematodos en varios momentos para analizar su expresión génica utilizando secuenciación de ARN. El objetivo era identificar genes que mostraran oscilaciones claras o patrones rítmicos en respuesta a las señales ambientales.

Los investigadores tomaron muestras cada cuatro horas durante el experimento y utilizaron métodos analíticos avanzados para identificar genes que tenían cambios significativos en la expresión. Descubrieron varios genes que mostraron un ritmo de aproximadamente 24 horas en su actividad.

Hallazgos sobre ritmos y funciones génicas

Al analizar los datos, los investigadores encontraron que muchos genes exhibieron comportamientos rítmicos influenciados más por ciclos ambientales que por cualquier reloj circadiano intrínseco. Esto sugiere que los ritmos observados en C. elegans pueden no ser tan típicos como los de otros organismos como las moscas de la fruta o los mamíferos que son gobernados por mecanismos circadianos más formales.

Además, el análisis reveló un subconjunto de genes que expresaban un ritmo diferente, siguiendo un ciclo de 16 horas, que no se había observado en estudios anteriores. Esto apunta a la posibilidad de que C. elegans posea ritmos únicos que pueden cumplir funciones diferentes en comparación con los vistos en otros modelos.

El impacto de los factores ambientales

Al comparar los resultados durante los ciclos de luz y temperatura frente a condiciones constantes, los investigadores notaron una diferencia significativa en el número de genes que mostraban expresión rítmica. Más genes eran rítmicos bajo condiciones ambientales, lo que destaca la importancia de los factores ambientales en la configuración de cómo se comportan estos genes.

Además, muchos de los genes rítmicos identificados estaban asociados con procesos biológicos críticos, como la producción de ribosomas, cruciales para la síntesis de proteínas. Esto apunta a la posibilidad de que C. elegans pueda adaptar sus procesos fisiológicos según el entorno circundante.

Explorando investigaciones previas

Para obtener más información, los investigadores revisitaron un conjunto de datos anterior de un estudio relacionado. Encontraron muchas similitudes en los patrones de expresión génica rítmica, pero también observaron diferencias en los tipos de genes identificados como rítmicos. Esto reafirmó la idea de que las metodologías y las condiciones ambientales pueden influir significativamente en los resultados de los estudios sobre ritmos biológicos.

Al reanalizar ambos conjuntos de datos, fue evidente que, aunque muchos genes mostraron expresión rítmica en respuesta a la luz o la temperatura, sus identidades y comportamientos podían diferir notablemente dependiendo de las condiciones experimentales específicas y las metodologías empleadas.

El sistema circadiano único de C. elegans

En última instancia, los hallazgos de esta investigación destacan a C. elegans como un organismo modelo atípico para estudiar ritmos circadianos. Presenta varios ritmos fisiológicos que no se alinean con los mecanismos comúnmente entendidos que rigen a otros organismos. Esta distinción plantea preguntas interesantes sobre cómo se generan y mantienen los ritmos en ausencia de un oscilador transcripcional bien definido.

La identificación novedosa de genes que siguen un patrón de co-expresión de 16 horas apunta a aspectos inexplorados del tiempo biológico en C. elegans. El posible vínculo entre estos patrones y el tiempo reproductivo enfatiza la relevancia de entender cómo operan los ritmos en este modelo.

Conclusión

En resumen, esta investigación arroja luz sobre el complejo mundo de las oscilaciones biológicas en C. elegans. Los patrones observados refuerzan la idea de que, aunque C. elegans no sigue los modelos circadianos tradicionales, aún exhibe ritmos influenciados por cambios ambientales. Esto subraya la necesidad de una comprensión más amplia de cómo diferentes organismos gestionan el tiempo y se adaptan a su entorno.

A medida que la investigación en esta área continúa, puede revelar más sobre los procesos fundamentales que impulsan los ritmos biológicos. Entender estos patrones puede ofrecer información sobre cómo diversos organismos funcionan y se adaptan a sus entornos, lo que tiene implicaciones para la biología evolutiva, la ecología e incluso la salud humana.

Fuente original

Título: The rhythmic transcriptional landscape in Caenorhabditis elegans: daily, circadian and novel 16-hour cycling gene expression revealed by RNA-sequencing

Resumen: The nematode Caenorhabditis elegans is an unconventional model in chronobiology, reported to exhibit physiological and behavioural circadian rhythms while lacking a defined transcriptional oscillator. The extent and importance of circadian rhythms in C. elegans remain uncertain, given a probable lack of functional conservation of key circadian proteins, relatively non-robust reported rhythms and an ambiguous diel ecology. Here, we investigated the temporal coordination of gene expression in C. elegans post-development using RNA sequencing. Over a circadian time series, in which we synchronised nematodes to combined light and temperature cycles, we found clear evidence of daily oscillations in 343 genes using JTK_Cycle. However, rhythms were not well-sustained in constant conditions, with only 13 genes remaining significantly rhythmic. Reanalysis of previous transcriptomic data echoed this finding in identifying far fewer rhythmic genes in constant conditions, while also identifying a greater number of rhythmic genes overall. Weighted gene co-expression network analysis (WGCNA), a hierarchical clustering approach, further confirmed prevalent environmentally driven daily oscillations in the RNA-seq data. This analysis additionally revealed a novel co-expression trend in which over 1000 genes exhibited hitherto unreported 16-hour oscillations, highlighting a new facet of temporal gene expression coordination in C. elegans.

Autores: Sangeeta Chawla, J. Munns, K. Newling, S. R. James, L. Gilbert, S. J. Davis

Última actualización: 2024-07-07 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.602329

Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.602329.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

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