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# Ciencias de la Salud# Epidemiología

Mejorando la detección de E. coli resistente a los medicamentos

La investigación revela nuevos métodos para detectar mejor E. coli resistente en el ámbito de la salud.

― 6 minilectura


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La resistencia a los antimicrobianos (RAM) es un problema serio en todo el mundo. Ocurre cuando las bacterias cambian y ya no responden a los medicamentos destinados a matarlas. Un tipo específico de bacteria que causa preocupación es Escherichia Coli (E. coli) que produce Betalactamasas de espectro extendido (ESBL). Estas bacterias resisten muchos antibióticos comunes usados para tratar infecciones. Las infecciones causadas por estas bacterias resistentes pueden llevar a estancias más largas en el hospital y a mayores probabilidades de muerte.

Prevenir estas infecciones es mejor que tratarlas. Para hacer esto bien, es importante saber cómo se propagan estas bacterias. Sin embargo, esto es complicado porque E. coli se encuentra a menudo en humanos sanos y puede también causar enfermedades. Normalmente, las heces de una persona contienen varios tipos diferentes de E. coli en cualquier momento dado. A veces, puede haber muchos más tipos presentes. A medida que las personas envejecen, el número de cepas resistentes de E. coli puede aumentar. Esto significa que los científicos necesitan usar métodos muy detallados para distinguir los diferentes tipos de E. coli.

Para aprender cómo estas bacterias se transmiten en entornos de atención médica, los investigadores necesitan métodos que midan con precisión las diferencias entre las cepas de E. coli. Actualmente, el método más común para probar Muestras de heces en busca de E. coli productoras de ESBL implica cultivar las bacterias en placas especiales y usar pruebas para confirmar su resistencia. Estos métodos ayudan a identificar las bacterias, pero no son lo suficientemente detallados para mostrar cómo se propagan de persona a persona.

Al algunos estudios han intentado mejorar las tasas de detección añadiendo pasos extra en el laboratorio. Esto incluye cultivar las bacterias en un caldo especial antes de sembrarlas en estas placas de agar selectivas. Este método de dos pasos puede ayudar a encontrar más bacterias resistentes. Sin embargo, todavía hay debate en curso sobre qué métodos funcionan mejor, y hay poco acuerdo sobre las condiciones necesarias para obtener resultados óptimos.

Probando Diferentes Métodos

En un esfuerzo por mejorar la detección de estas bacterias resistentes, los investigadores observaron varios tipos de caldos para ver cuál resultaba en el mejor crecimiento. Probaron un conjunto de cepas de referencia de E. coli en cuatro caldos diferentes. Medían el crecimiento cada diez minutos durante 24 horas. El objetivo era averiguar qué tan rápido crecían las bacterias en cada caldo.

Los investigadores también analizaron muestras de heces de voluntarios sanos. Mezclaron las heces en una solución determinada, permitieron que se asentara y luego probaron el sobrenadante. El objetivo era averiguar qué caldo y cuánto tiempo de incubación ayudaría a recuperar la E. coli productora de ESBL de estas muestras.

Otro aspecto del estudio involucró probar qué tan bien diferentes placas de agar selectivo podían recuperar las bacterias después de un pre-enriquecimiento. Descubrieron que diferentes tiempos y condiciones afectaban el número de bacterias resistentes que podían ser detectadas.

Siembra Directa versus Pre-enriquecimiento

Para ver qué tan efectivo era el pre-enriquecimiento, los investigadores lo compararon con la siembra directa en placas de agar. Al mezclar pequeñas cantidades de bacterias resistentes en las heces, pudieron probar la tasa de recuperación usando ambos métodos. Descubrieron que el pre-enriquecimiento mejoró significativamente el límite de detección para las bacterias.

Comparando Métodos de Extracción de ADN

Después de recuperar las bacterias, es necesario extraer el ADN para analizarlo más a fondo. Los investigadores compararon diferentes métodos de extracción de ADN de las cepas de E. coli, evaluando el rendimiento, la calidad y el costo. Probaron varios kits disponibles comercialmente y un método simple de ebullición. Encontraron que el método de ebullición era eficiente en rendimiento, pero puede que no proporcione la calidad necesaria para un análisis detallado.

La calidad del ADN es crucial cuando se trata de pruebas adicionales y de entender los patrones de resistencia de estas bacterias. Se necesita ADN de alta calidad para identificar pequeños cambios, conocidos como variantes de nucleótido único (SNVs), en el código genético de las bacterias. Usando estas variantes, los científicos pueden entender mejor cómo estas bacterias se propagan y evolucionan.

Validando el Flujo de Trabajo

Para asegurar que sus métodos estaban funcionando efectivamente, los investigadores probaron su flujo de trabajo optimizado al añadir cepas conocidas a muestras de heces. También analizaron muestras de pacientes ya confirmados como portadores de E. coli productora de ESBL. En cada caso, los métodos permitieron la identificación precisa de las bacterias.

Al analizar múltiples colonias de cada muestra, pudieron revelar diferencias entre cepas. Este fue un paso importante para demostrar que su método optimizado podía detectar de manera confiable variaciones que indican patrones de transmisión.

Implicaciones para el Cuidado de la Salud

Los resultados de este estudio son significativos para los entornos de atención médica. Al asegurarse de que existan métodos para detectar e identificar bacterias resistentes, los hospitales pueden gestionar mejor los brotes. Esto es crucial para prevenir la propagación de infecciones causadas por bacterias resistentes.

Actualmente, E. coli constituye un pequeño porcentaje de las bacterias en el intestino humano. Esto hace que sea complicado detectar estas cepas resistentes usando métodos de prueba convencionales. Sin embargo, este estudio mostró que el pre-enriquecimiento de las muestras antes de la prueba puede mejorar enormemente las tasas de detección.

El estudio también enfatizó la importancia de un flujo de trabajo simplificado. Un método más rápido permite resultados más rápidos, lo que puede llevar a intervenciones más rápidas para prevenir la propagación de infecciones en entornos de atención médica.

A medida que las infecciones resistentes a los medicamentos continúan aumentando a nivel global, entender cómo se propagan estas bacterias es esencial. Este conocimiento puede ayudar a crear estrategias de prevención específicas que interrumpan la transmisión.

En general, los hallazgos destacan la necesidad de una detección y monitoreo efectivos de las bacterias resistentes. La investigación futura puede basarse en estos resultados para refinar aún más los métodos y ampliar su aplicabilidad más allá de solo E. coli para incluir otras bacterias resistentes presentes en muestras clínicas.

Fuente original

Título: Optimised methods for the targeted surveillance of extended-spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli in human stool

Resumen: Understanding transmission pathways of important opportunistic, drug resistant pathogens, such as extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) producing Escherichia coli, is essential to implementing targeted prevention strategies to interrupt transmission and reduce the number of infections. To link transmission of ESBL-producing E. coli (ESBL-EC) between two sources, single nucleotide resolution of E. coli strains as well as E. coli diversity within and between samples is required. However, the microbiological methods to best track these pathogens are unclear. Here we compared different steps in the microbiological workflow to determine the impact different pre-enrichment broths, pre-enrichment incubation times, selection in pre-enrichment, selective plating, and DNA extraction methods had on recovering ESBL-EC from human stool samples, with the aim to acquire high quality DNA for sequencing and genomic epidemiology. We demonstrate that using a 4-hour pre-enrichment in Buffered Peptone Water, plating on cefotaxime supplemented MacConkey agar and extracting DNA using Lucigen MasterPure DNA Purification kit improves the recovery of ESBL-EC from human stool and produced high-quality DNA for whole genome sequencing. We conclude that our optimised workflow can be applied for single nucleotide variant analysis of an ESBL-EC from stool.

Autores: Fabrice E Graf, S. Gallichan, S. Forrest, E. Picton-Barlow, C. McKeown, M. Moore, E. Heinz, N. A. Feasey, J. M. Lewis

Última actualización: 2024-04-12 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.04.02.24305201

Fuente PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.04.02.24305201.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

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