Nuevo método para medir interacciones entre partículas
Un enfoque nuevo revela cómo interactúan las partículas pequeñas bajo diferentes condiciones.
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Tabla de contenidos
Entender cómo partículas pequeñas, como partículas coloidales o células, interactúan es importante para muchos campos científicos, incluyendo la ciencia de materiales y la biología. Estas interacciones pueden influir en eventos como la formación de colonias de bacterias o cómo se propaga el cáncer. Sin embargo, medir con precisión cómo suceden estas interacciones puede ser complicado y llevar mucho tiempo. A menudo, los científicos necesitan crear condiciones muy diferentes a las que se encuentran en la naturaleza para hacerlo.
La mayoría de los métodos actuales para medir cómo interactúan las partículas se centran en grupos pequeños de partículas que están en reposo. Esto limita lo que los científicos pueden descubrir sobre grupos más grandes o sistemas más complejos.
Nuevo Enfoque de Medición
Se sugiere un nuevo método que observa el movimiento de las partículas interactivas para deducir cómo interactúan entre sí. Este enfoque utiliza los caminos reales que toman las partículas y aplica leyes físicas conocidas para averiguar qué tipo de fuerzas están en juego. Este método funciona tanto para sistemas equilibrados como para los que no lo están, y puede manejar grandes grupos de partículas en condiciones normales. Importante, no asume un tipo específico de fuerza de Interacción entre partículas.
Usando este método, los investigadores pudieron analizar cómo interactúan las esferas coloidales basándose en sus movimientos. Identificaron con éxito el rango y la fuerza de una interacción causada por la depleción, que sucede cuando las partículas están muy juntas.
Perspectivas desde las Mediciones
Medir cómo interactúan las partículas puede revelar nueva información sobre fenómenos físicos. Por ejemplo, los investigadores encontraron que hay interacciones de largo alcance en esferas coloidales cuando hay otras partículas pequeñas presentes. También encontraron atracciones inesperadas entre partículas que tienen cargas similares, lo que puede ayudar a explicar varias interacciones en sistemas complejos.
La medición directa de las interacciones entre partículas ha mejorado procesos como la selección de anticuerpos monoclonales para tratamientos médicos. Más allá de los sistemas físicos, entender estas interacciones puede dar pistas sobre sistemas biológicos complejos. Por ejemplo, cómo se comunican las células puede influir en procesos como la propagación del cáncer y la creación de tejidos.
La forma en que interactúan las partículas también puede ayudar a simplificar la dinámica de sistemas complicados, haciéndolos más fáciles de interpretar o modelar. Si bien las interacciones entre células se han estudiado bien a un nivel pequeño, entender procesos biológicos más amplios ha sido un desafío.
Integración con la Teoría
En lugar de intentar modelar completamente sistemas biológicos intrincados, los investigadores pueden combinar modelos teóricos con las interacciones identificadas a través de las mediciones. Esta integración puede ayudar a crear simulaciones que imiten más de cerca los escenarios de la vida real, reduciendo la necesidad de experimentos costosos. Descripciones precisas de estas interacciones pueden llevar a mejores diseños computacionales para materiales que podrían trabajar con componentes biológicos o imitar procesos naturales.
Además, conocer las interacciones entre partículas puede ayudar a predecir cómo se moverán. Cuando los investigadores incluyeron los nuevos potenciales de interacción medidos en experimentos de seguimiento de partículas, encontraron que sus predicciones se volvieron mucho más precisas. Este avance permite realizar una gama más amplia de experimentos.
Desafíos con los Métodos Actuales
La mayoría de los métodos tradicionales para medir interacciones miran números limitados de partículas controladas estrictamente. Estas partículas a menudo están atrapadas en configuraciones específicas, como estar sujetas en trampas ópticas o unidas a superficies, lo que dificulta simular condiciones naturales. Incluso cuando las partículas pueden moverse libremente, muchos métodos asumen que estos sistemas están equilibrados, lo cual no siempre es el caso en situaciones del mundo real.
Los sistemas de materia activa o aquellos con muchas partículas interactuando de maneras complejas son a menudo ignorados por los métodos estándar.
Enfoque Basado en Datos
Una nueva alternativa es inferir interacciones directamente de los movimientos observados de las partículas. En enfoques anteriores se miraba principalmente el movimiento determinista, pero se prestaba menos atención a sistemas que involucran aleatoriedad. La mayoría de los estudios pasados que tomaron en cuenta el movimiento estocástico se limitaron a solo una o dos partículas y a menudo necesitaban asumir un cierto tipo de fuerza.
En lugar de fijarse en un modelo de interacción específico desde el principio, los investigadores pueden ajustar un potencial de interacción más general usando herramientas como Redes Neuronales de Grafos (GNNs). Estas redes incluyen principios de localización y distancia entre partículas, lo que puede ser útil para extraer información de las interacciones entre partículas. Si bien las GNNs se han adaptado con éxito a sistemas deterministas, no se han aplicado de manera integral a la dinámica estocástica hasta ahora.
Metodología
El nuevo método se basa en maximizar la probabilidad de observar el movimiento de partículas a lo largo del tiempo. Esto significa determinar el mejor modelo potencial que explica las trayectorias de las partículas bajo leyes físicas conocidas. El método puede manejar tanto sistemas equilibrados como no equilibrados y se aplica tanto a grupos pequeños como a partículas en grandes cantidades.
Los investigadores han aplicado este método a Datos Experimentales recogidos de partículas coloidales para extraer las interacciones causadas por la depleción. Validaron sus hallazgos comparando el potencial de interacción inferido con datos previamente conocidos y encontraron que era preciso.
Usando Formas Funcionales Conocidas
El enfoque inicial de este método es determinar parámetros para un potencial de interacción con una forma conocida, como el potencial de Morse. Al definir cómo las partículas cambian de posición con el tiempo, los investigadores pueden calcular la probabilidad de observar toda la trayectoria de las partículas. Para encontrar el mejor ajuste para el potencial, calculan la probabilidad promedio para todas las trayectorias observadas.
Al observar cómo interactúan las partículas a través del Movimiento Browniano, los investigadores pueden usar relaciones conocidas entre posición, velocidad y fuerzas externas para calcular probabilidades de transición. Esto les permite construir un marco que mapea cómo las partículas cambian de posición con el tiempo y así inferir potenciales de interacción.
Entendiendo el Movimiento Browniano
El movimiento browniano trata sobre partículas suspendidas en un fluido. Implica interacciones complejas influenciadas por fuerzas térmicas aleatorias. El nuevo método tiene en cuenta estas fuerzas mientras se basa en estadísticas de cómo las partículas se comportan en este ambiente aleatorio.
Al conocer la física detrás del movimiento browniano, los investigadores pueden determinar qué tan probable es que las partículas se muevan de una posición a otra en función de las fuerzas que actúan sobre ellas. Esto se logra incluso en casos donde los efectos de velocidad no se consideran, centrándose principalmente en cómo las partículas se mueven en relación entre sí.
Generalizando el Enfoque
Si bien ajustar parámetros para potenciales conocidos es informativo, los investigadores reconocen que muchos sistemas complejos pueden no encajar perfectamente en categorías predefinidas. Al usar una Red Neuronal, pueden manejar formas funcionales arbitrarias de potenciales de interacción. Este paso amplía la gama de interacciones potenciales que se pueden analizar.
La red neuronal utilizada se llama NequIP, diseñada para capturar una variedad de formas de interacción. Al entrenar la red con datos disponibles sobre el movimiento de partículas, los investigadores pueden extraer relaciones más complejas sin limitarse a una forma específica de interacción.
Validación a través de Experimentos
Después de demostrar la metodología a través de simulaciones, los investigadores la probaron contra datos del mundo real. Trabajaron con esferas coloidales suspendidas en una solución que contenía ciertos polímeros. En estas condiciones, las partículas coloidales experimentan fuerzas repulsivas debido a sus cargas eléctricas. Sin embargo, la adición de polímeros creó una atracción entrópica, haciendo que las partículas quisieran agruparse.
Los investigadores recopilaron datos de sus experimentos y utilizaron el nuevo método para analizar cómo estas partículas interactuaron. Encontraron un rango de interacciones consistente con modelos existentes, validando el enfoque a través de datos simulados y experimentales.
Desafíos en Datos Reales
Al observar datos reales, los investigadores notaron que había algo de ruido y variabilidad presente, lo que complicaba más las conclusiones exactas. Sin embargo, incluso con este ruido, el método pudo recuperar con precisión características importantes de las interacciones.
Si bien hubo algunas discrepancias en los datos-probablemente debido a la naturaleza compleja de las interacciones en la vida real-los resultados generales indicaron que el método capturó con éxito las características esenciales de las interacciones de partículas.
Comparando Métodos
Los potenciales de interacción derivados del nuevo método se compararon con resultados de otros enfoques, como el Algoritmo de Inversión de Boltzmann Iterativo. Este método tradicional implica empezar con un potencial y refinarlo en función de las correlaciones observadas en los datos. Sin embargo, tiene limitaciones en situaciones no equilibradas y puede verse influenciado por cómo se categoriza la información.
En contraste, el nuevo método se centra exclusivamente en los datos recopilados sin imponer suposiciones previas, lo que lo hace más robusto y flexible. Captura las relaciones directas de las posiciones de las partículas durante el movimiento y proporciona resultados precisos independientemente de las condiciones de los datos subyacentes.
Perspectivas Futuras
El nuevo enfoque para medir potenciales de interacción abre posibilidades para estudiar una gama más amplia de sistemas. Desde entender procesos biológicos complejos hasta profundizar en aplicaciones de ciencia de materiales intrincadas, el potencial para descubrimientos es sustancial.
A medida que mejoran las técnicas computacionales y evolucionan las redes neuronales, este método probablemente se volverá aún más eficiente. Se puede aplicar a sistemas activos, como enjambres de partículas o grupos de células, mejorando nuestra comprensión de cómo las interacciones moldean comportamientos en varios campos.
Conclusión
En general, la nueva metodología para inferir potenciales de interacción a partir de trayectorias de partículas representa un avance significativo en la medición de interacciones complejas. Al combinar principios físicos establecidos con métodos computacionales modernos, los investigadores pueden obtener una mejor comprensión de cómo se comportan e interactúan las partículas en sus entornos. Este conocimiento podría conducir a avances en muchas disciplinas científicas, abriendo el camino a soluciones y diseños innovadores en sistemas materiales y biológicos.
Título: Inferring interaction potentials from stochastic particle trajectories
Resumen: Accurate interaction potentials between microscopic components such as colloidal particles or cells are crucial to understanding a range of processes, including colloidal crystallization, bacterial colony formation, and cancer metastasis. Even in systems where the precise interaction mechanisms are unknown, effective interactions can be measured to inform simulation and design. However, these measurements are difficult and time-intensive, and often require conditions that are drastically different from in situ conditions of the system of interest. Moreover, existing methods of measuring interparticle potentials rely on constraining a small number of particles at equilibrium, placing limits on which interactions can be measured. We introduce a method for inferring interaction potentials directly from trajectory data of interacting particles. We explicitly solve the equations of motion to find a form of the potential that maximizes the probability of observing a known trajectory. Our method is valid for systems both in and out of equilibrium, is well-suited to large numbers of particles interacting in typical system conditions, and does not assume a functional form of the interaction potential. We apply our method to infer the interactions of colloidal spheres from experimental data, successfully extracting the range and strength of a depletion interaction from the motion of the particles.
Autores: Ella M. King, Megan C. Engel, Caroline Martin, Alp M. Sunol, Qian-Ze Zhu, Sam S. Schoenholz, Vinothan N. Manoharan, Michael P. Brenner
Última actualización: 2024-06-03 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2406.01522
Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2406.01522
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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