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# Biología Cuantitativa# Métodos cuantitativos# Aprendizaje automático

Nueva prueba de sangre para detección rápida de infecciones

Un nuevo enfoque para identificar infecciones usando muestras de sangre y aprendizaje automático.

― 7 minilectura


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En el mundo acelerado de la medicina de emergencias, identificar rápidamente infecciones como la septicemia es clave para los resultados de los pacientes. Los métodos tradicionales para diagnosticar infecciones suelen depender de identificar gérmenes específicos en la sangre, pero este enfoque tiene limitaciones. En muchos casos, no se encuentran gérmenes, lo que deja a los doctores sin información crítica al tomar decisiones de tratamiento. Para enfrentar este desafío, se están desarrollando nuevos métodos que se centran en cómo responde el cuerpo a las infecciones.

La Necesidad de Detección Mejorada

Los pacientes con síntomas de infecciones suelen visitar los departamentos de emergencia. Es fundamental determinar tanto el tipo de Infección-ya sea bacteriana, viral o ninguna-como cuán grave puede ser la condición. Reconocer estos factores puede guiar a los proveedores de salud a ofrecer un tratamiento oportuno y adecuado. Esta necesidad de mejores métodos de detección ha llevado a la exploración del aprendizaje automático, una rama de la inteligencia artificial que puede analizar patrones de Datos complejos.

Aprendizaje Automático y Muestras de Sangre

El enfoque de este nuevo método es en las muestras de sangre. Los investigadores han desarrollado herramientas que pueden analizar el ARN mensajero (ARNm) en la sangre de un paciente. El ARNm contiene instrucciones para fabricar proteínas y refleja cómo las células están respondiendo a una infección. Al medir los niveles de ARNm específicos, los investigadores pueden obtener información valiosa sobre si un paciente tiene una infección bacteriana o viral y la probable gravedad de su enfermedad.

El Sistema de Pruebas

El sistema desarrollado incluye un instrumento que mide la abundancia de 29 ARNm. Los datos recopilados se ingresan en Clasificadores-que son esencialmente algoritmos que categorizan la información-produciendo resultados que indican la probabilidad de varios tipos de infecciones y la posible necesidad de atención médica intensiva.

Cómo Funciona

  1. Recolección de Datos: El instrumento recolecta muestras de sangre y las procesa para medir los niveles de 29 ARNm específicos.
  2. Ingreso de Datos: Los niveles de ARNm sirven como características de entrada para los clasificadores de aprendizaje automático.
  3. Generación de Resultados: Los clasificadores proporcionan un informe de prueba que indica tres probabilidades clave: la chance de una infección bacteriana, la chance de una infección viral y la gravedad de la infección.

Rendimiento de las Pruebas

Las pruebas iniciales del sistema mostraron resultados prometedores. Usando un método llamado AUROC (Área Bajo la Curva de Características Operativas del Receptor), el sistema demostró buena precisión en identificar tipos de infecciones y evaluar la gravedad. Esto indica que la herramienta podría proporcionar información valiosa en entornos de emergencia.

Ventajas Sobre Métodos Tradicionales

Un beneficio significativo de este nuevo enfoque es que no depende únicamente de identificar gérmenes. En cambio, observa cómo está respondiendo el sistema inmunológico. Esto significa que incluso si no se detecta un patógeno, el sistema aún puede proporcionar información diagnóstica. Este cambio podría llevar a una mejor atención al paciente, ya que los doctores tendrán más información sobre la cual basar sus decisiones de tratamiento.

Abordando Desafíos de Datos

Desarrollar clasificadores efectivos de aprendizaje automático requiere datos de alta calidad. En este caso, los investigadores enfrentaron desafíos debido a las variaciones en cómo se recolectaron y procesaron las muestras de sangre en diferentes hospitales. Ajustar estas diferencias-conocidas como efectos de lote-fue crucial para asegurar que los clasificadores pudieran funcionar de manera confiable en diversas poblaciones de pacientes.

Para abordar los problemas de calidad de los datos, los investigadores utilizaron una estrategia llamada validación cruzada agrupada. Al organizar los datos según los métodos de recolección, mejoraron la robustez de los clasificadores. Este enfoque les permitió utilizar una variedad de fuentes de datos mientras aseguraban que los clasificadores pudieran generalizar bien a nuevos pacientes.

Ajustando los Clasificadores

Una parte esencial del desarrollo del sistema involucró ajustar los clasificadores para asegurar que funcionaran con precisión. Los investigadores experimentaron con diferentes algoritmos, buscando la mejor manera de interpretar los datos de ARNm. También trabajaron en la optimización de hiperparámetros, que es un proceso para optimizar la configuración de los modelos de aprendizaje automático para mejorar el rendimiento.

Selección de Características

Elegir las características correctas-o ARNm a analizar-fue otro paso crítico. Los investigadores inicialmente identificaron 29 genes basándose en estudios previos. Probaron estos genes para asegurarse de que pudieran amplificarse bien usando las nuevas técnicas de medición. Cualquier gen que no funcionara adecuadamente fue reemplazado por otros que sí lo hicieran. Este paso aseguró que los genes seleccionados proporcionarían información diagnóstica útil.

Validación y Pruebas

Después de desarrollar los clasificadores, los investigadores probaron rigurosamente su rendimiento. Usaron varios conjuntos de datos, incluyendo datos públicos y privados, para evaluar qué tan bien funcionaron los clasificadores. Este proceso de validación fue vital para asegurar que los modelos pudieran clasificar de manera confiable nuevas muestras de pacientes.

Las pruebas finales indicaron que los clasificadores eran efectivos. Lograron tasas de precisión significativas, lo que sugiere que podrían ser herramientas útiles para los equipos médicos de emergencia. Las pruebas también mostraron que un alto porcentaje de pacientes caía en las categorías más indicativas de sus condiciones, ayudando a eliminar resultados ambiguos.

Utilidad Clínica y Pasos Futuros

El desarrollo de estos clasificadores marca un paso significativo hacia adelante en el uso de la tecnología en la medicina. Al centrarse en los niveles de ARNm y la respuesta inmune del cuerpo, los proveedores de salud pueden recibir información crítica sobre la condición de un paciente rápidamente. Este diagnóstico rápido es particularmente importante en entornos de emergencia donde el tiempo es esencial.

Mirando hacia el futuro, la siguiente fase de esta investigación implica realizar ensayos clínicos más grandes. Al recopilar más datos en entornos del mundo real, los investigadores esperan confirmar la efectividad de los clasificadores y abordar cualquier pregunta restante sobre su rendimiento en diversas poblaciones.

Caminos Regulatorios

En Estados Unidos, introducir nuevos dispositivos médicos implica un proceso regulatorio exhaustivo. Los dispositivos desarrollados en este estudio han recibido aprobación preliminar de la FDA, que reconoce su potencial para mejorar la atención al paciente. El trabajo continuo se centrará en cumplir con todos los estándares regulatorios necesarios para asegurar que los dispositivos sean seguros y efectivos para un uso generalizado.

Conclusión

Llevar el aprendizaje automático al ámbito de los diagnósticos médicos representa un avance prometedor en la atención médica. La capacidad de evaluar infecciones de manera rápida y precisa puede mejorar las decisiones de tratamiento, mejorar los resultados de los pacientes y optimizar el proceso general de atención médica en los departamentos de emergencia. A medida que avanza la investigación, el objetivo sigue siendo claro: aprovechar la tecnología para una atención médica mejor, más rápida y más informada. Con estudios y mejoras en curso, el potencial de estos clasificadores para cambiar el panorama del diagnóstico y tratamiento de infecciones sigue siendo brillante.

Fuente original

Título: Development of Machine Learning Classifiers for Blood-based Diagnosis and Prognosis of Suspected Acute Infections and Sepsis

Resumen: We applied machine learning to the unmet medical need of rapid and accurate diagnosis and prognosis of acute infections and sepsis in emergency departments. Our solution consists of a Myrna (TM) Instrument and embedded TriVerity (TM) classifiers. The instrument measures abundances of 29 messenger RNAs in patient's blood, subsequently used as features for machine learning. The classifiers convert the input features to an intuitive test report comprising the separate likelihoods of (1) a bacterial infection (2) a viral infection, and (3) severity (need for Intensive Care Unit-level care). In internal validation, the system achieved AUROC = 0.83 on the three-class disease diagnosis (bacterial, viral, or non-infected) and AUROC = 0.77 on binary prognosis of disease severity. The Myrna, TriVerity system was granted breakthrough device designation by the United States Food and Drug Administration (FDA). This engineering manuscript teaches the standard and novel machine learning methods used to translate an academic research concept to a clinical product aimed at improving patient care, and discusses lessons learned.

Autores: Ljubomir Buturovic, Michael Mayhew, Roland Luethy, Kirindi Choi, Uros Midic, Nandita Damaraju, Yehudit Hasin-Brumshtein, Amitesh Pratap, Rhys M. Adams, Joao Fonseca, Ambika Srinath, Paul Fleming, Claudia Pereira, Oliver Liesenfeld, Purvesh Khatri, Timothy Sweeney

Última actualización: 2024-07-02 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2407.02737

Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2407.02737

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

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