La amenaza oculta de Enterobacter en el cuidado de la salud
Las especies de Enterobacter representan riesgos serios de infección en hospitales por su resistencia a los medicamentos.
Faith I. Oni, Ayorinde O. Afolayan, Anderson O. Oaikhena, Erkison Ewomazino Odih, Odion O. Ikhimiukor, Veronica O. Ogunleye, Aaron O. Aboderin, Olatunde F. Olabisi, Adewale A. Amupitan, Abayomi Fadeyi, Rasaki A. Raheem, Bashirat A. Olanipekun, Charles J. Elikwu, Oluwadamilola A. Sadare, Phillip O. Oshun, Oyinlola O. Oduyebo, Folashade Ojo, Abolaji T. Adeyemo, Ifeanyi E Mba, Abiodun Egwuenu, Tochi Okwor, Anthony Underwood, Silvia Argimón, Chikwe Ihekweazu, David M. Aanensen, Iruka N. Okeke
― 7 minilectura
Tabla de contenidos
- ¿Dónde Se Pasan?
- El Problema Que Causan
- Complejo Enterobacter cloacae
- Por Qué Es Difícil Identificar
- La Solución: Secuenciación del Genoma Completo
- La Historia Reciente de Enterobacter
- Recolectando Datos
- Re-Identificando a los Bichos
- La Importancia de la Identificación Precisa
- Hallazgos Sobre Resistencia Antimicrobiana
- Diversidad de Especies de Enterobacter
- Clústeres y Brotes
- La Necesidad de Vigilancia
- Distribución Geográfica
- Enterobacter: El Nuevo Desafío Clínico
- El Futuro de la Investigación sobre Enterobacter
- Conclusión
- Fuente original
- Enlaces de referencia
Enterobacter es un grupo de bacterias que se encuentran mayormente en los intestinos de humanos y animales. Pertenecen a una familia más grande de bacterias llamada Enterobacteriaceae. Aunque estos bichos son parte de nuestra población intestinal natural, a veces pueden causar problemas y llevar a infecciones. Podrías pensar en ellos como los invitados no deseados en una fiesta: aparecen sin avisar y pueden armar un buen lío.
¿Dónde Se Pasan?
Puedes encontrar Enterobacter en varios lugares además de nuestros intestinos. Les gusta relajarse en el agua, aguas residuales, suelo e incluso en plantas. Su adaptabilidad los hace muy comunes, y por eso a veces causan infecciones en hospitales y otros lugares.
El Problema Que Causan
Las especies de Enterobacter son conocidas por causar diversas infecciones, especialmente en personas que ya están débiles o enfermas. Estas infecciones pueden aparecer en diferentes partes del cuerpo, como el tracto urinario, heridas, pulmones e incluso en el torrente sanguíneo. Su habilidad para resistir varios medicamentos hace que sean particularmente frustrantes para los doctores que intentan tratar las infecciones que ellos causan. Piensa en ellos como los “chicos malos” del mundo bacteriano, paseando por los hospitales y causando caos.
Complejo Enterobacter cloacae
Entre los diferentes tipos de Enterobacter, hay un grupo en particular conocido como el complejo Enterobacter cloacae, que incluye varias especies. Estas son Enterobacter cloacae, Enterobacter asburiae y algunas otras. Identificar estas especies puede ser bastante complicado, lo que añade dolor de cabeza a los profesionales de la salud. ¡Es como tratar de encontrar una aguja en un pajar, pero la aguja sigue cambiando de forma!
Por Qué Es Difícil Identificar
Identificar estas bacterias con precisión no es tarea fácil. Los métodos tradicionales, como ciertas pruebas bioquímicas, a menudo no logran dar con el tipo específico de Enterobacter involucrado. A veces, pueden ser mal identificadas como algo totalmente diferente. ¡Los sistemas automatizados diseñados para ayudar con la Identificación también pueden confundirse! Esto puede llevar a tratamientos incorrectos, que es lo último que cualquiera quiere.
La Solución: Secuenciación del Genoma Completo
Un remedio moderno para este desafío de identificación es la secuenciación del genoma completo (WGS). Esta técnica permite a los científicos leer todo el material genético de las bacterias. WGS es como tener una lupa de alta tecnología que revela exactamente con qué estás tratando. Usando este método, los investigadores han podido identificar especies ocultas que anteriormente se confundían con otros tipos. Está abriendo un cofre del tesoro de información sobre estas bacterias.
La Historia Reciente de Enterobacter
Un estudio realizado sobre especies de Enterobacter aisladas de infecciones sanguíneas en hospitales nigerianos entre 2014 y 2020 trajo hallazgos sorprendentes. Los investigadores usaron WGS para identificar las bacterias y aprender más sobre ellas. De miles de muestras, un pequeño número fue identificado como especies de Enterobacter, resaltando la importancia de este grupo entre las infecciones hospitalarias.
Recolectando Datos
Los investigadores recolectaron muestras de seis hospitales, examinando cultivos de sangre que se habían tomado de pacientes. Recopilaron metadatos, o información básica, sobre cada aislado. A pesar de la variedad de muestras, muchas estaban mal etiquetadas. Esto destaca la importancia de una identificación cuidadosa para prevenir brotes potenciales.
Re-Identificando a los Bichos
Después de aislar las cepas de Enterobacter, los investigadores las limpiaron y las reidentificaron usando métodos modernos. También verificaron cuán sensibles eran estas cepas a varios Antibióticos. Usar sistemas actualizados ayudó a asegurar que la información recolectada fuera precisa. ¡Los resultados eran más claros que un día soleado!
La Importancia de la Identificación Precisa
Descubrir la verdadera identidad de las especies de Enterobacter involucradas es crucial porque afecta las decisiones de tratamiento. Conocer los detalles sobre qué bacterias están presentes ayuda a los profesionales de la salud a elegir los medicamentos adecuados para luchar contra ellas. ¡Imagina ir a un restaurante y pedir el "plato especial del chef", solo para descubrir que no tienen los ingredientes! Eso es lo que pasa cuando identificas mal a las bacterias.
Hallazgos Sobre Resistencia Antimicrobiana
Una de las preocupaciones clave para Enterobacter es su resistencia a los antibióticos. El estudio identificó múltiples genes que contribuyen a esta resistencia. Esto puede complicar mucho más el tratamiento de las infecciones. La presencia de estos genes de resistencia es una señal de que Enterobacter puede ser un cliente complicado, especialmente en lo que respecta a medicación.
Diversidad de Especies de Enterobacter
El estudio descubrió una diversidad significativa entre las cepas de Enterobacter. Encontraron varios tipos e incluso algunas cepas nuevas que no habían sido documentadas previamente. Cada hospital tenía su propia mezcla única de especies de Enterobacter, lo que muestra la complejidad de estas bacterias.
Clústeres y Brotes
Se detectaron dos clústeres potenciales de brote en el estudio. Esto indica que las bacterias se estaban propagando entre pacientes en los mismos hospitales, lo cual es alarmante. Identificar tales clústeres es esencial para tomar medidas y prevenir la propagación de más infecciones.
La Necesidad de Vigilancia
Los errores que ocurrieron al identificar Enterobacter destacan la necesidad de mejores prácticas en los laboratorios. No se trata solo de leer un resultado; se trata de entender lo que esos resultados significan para el cuidado del paciente. Con métodos mejorados, los hospitales pueden proteger mejor a sus pacientes y prevenir la propagación de infecciones.
Distribución Geográfica
La investigación también examinó cómo se distribuyen las especies de Enterobacter en Nigeria. Resulta que diferentes áreas tienen mezclas distintas de estas bacterias, lo que hace que algunas regiones sean más vulnerables a infecciones específicas. Mapear dónde prosperan estas bacterias ayuda a los profesionales de la salud a prepararse y responder de manera efectiva.
Enterobacter: El Nuevo Desafío Clínico
La importancia de abordar las especies de Enterobacter en entornos clínicos no puede subestimarse. A medida que más cepas se vuelven resistentes a los antibióticos, la lucha contra estas bacterias requerirá vigilancia constante e innovación. ¡No podemos bajar la guardia, o podríamos encontrarnos en un buen lío!
El Futuro de la Investigación sobre Enterobacter
Los hallazgos de esta investigación sugieren la necesidad de una vigilancia continua de las especies de Enterobacter en la atención médica. Comprender cómo estas bacterias evolucionan y se propagan es esencial para desarrollar mejores tratamientos y métodos de prevención. Es una batalla que no se ganará fácilmente, pero con determinación y las herramientas adecuadas, podemos avanzar.
Conclusión
Las especies de Enterobacter son bacterias sigilosas que pueden causar problemas significativos, especialmente en entornos de atención médica. Son capaces de burlar los métodos de diagnóstico tradicionales, lo que hace que la identificación precisa sea un verdadero desafío. Pero con técnicas modernas como la secuenciación del genoma completo, los investigadores están comenzando a iluminar a estos personajes complicados. El camino por delante requiere atención continua y adaptabilidad para combatir la amenaza siempre presente que representan estas bacterias. ¡Solo recuerda que mantener un ojo en la pandilla de Enterobacter es crucial para un entorno de atención médica más seguro!
Título: Whole genome Sequencing Reveals Enterobacter hormaechei as a key Bloodstream Pathogen in six tertiary care hospitals in southwestern Nigeria.
Resumen: Enterobacter spp. are an important cause of healthcare-associated bloodstream infections uncommonly reported in Africa. This study used whole genome sequencing (WGS) to characterise Enterobacter spp. from hospitals in Nigerias antimicrobial resistance (AMR) surveillance system. Blood-culture isolates of Enterobacter from six such tertiary-care hospitals recovered between 2014 and 2020 were re-identified and antimicrobial susceptibility-tested using VITEK2. Illumina technology provided whole genome sequences for genome nomenclature, antimicrobial resistance gene prediction, Single Nucleotide Polymorphism (SNP) phylogeny, and multi-locus sequence typing via publicly available bioinformatics pipelines. Initial biochemical delineation often misclassified Enterobacter, necessitating whole-genome sequencing for accurate classification. Among 98 Enterobacter received, Enterobacter hormaechei subspecies xiangfangensis predominated (43), followed by other E. hormachei subspecies (18), E. cloacae (26), E. roggenkampii (4), E. bugandensis (3), E. kobei (2), E. asburiae (1) and E. cancerogenous (1). Cephalosporins, aminoglycoside, chloramphenicol, macrolide, and carbapenem resistance in E. hormaechei was attributed to known resistance genes. They belonged to clusters III, IV, and VIII based on hsp60 typing and clades A, B, C, and D according to Sutton and Cos nomenclature. These isolates and other Enterobacter species recently reported from Nigeria reveal extensive E. hormaechei diversity, as well as clusters representing potential outbreaks. Enterobacter hormaechei, often misidentified and rarely reported from Nigeria, is this studys most common blood culture isolated Enterobacter spp. Uncovering underappreciated species as important bloodstream pathogens and retrospective detection of likely outbreaks emphasise the value of genomic surveillance in resource-limited settings. DATA SUMMARYAll sequence reads were submitted to the European Nucleotide Archive (ENA) under the project ID PRJEB29739 (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB29739). Accessions can be found in Table S1. IMPACT STATEMENTAccurate identification of Enterobacter is essential in healthcare settings as misidentification can lead to selecting antimicrobials to the genus is intrinsically resistant resistant before susceptibility testing results are available. Also, misidentification can compromise microbiology support for infection prevention and control. We show that E. hormaechei, which is never reported from clinical laboratories in Nigeria, is frequently misidentified using conventional methods like tube- or strip biochemical testing and VITEK systems. Whole genome sequence data demonstrates that E. hormaechei and E. cloacae are the most common Enterobacter isolated from bloodstream infections in Nigeria. Enhanced identification methods for surveillance play pivotal roles in improving patient care, optimising antibiotic stewardship, and combating the evolving challenges posed by this pathogen. Overall, this study reveals the effectiveness of WGS in correctly identifying this important pathogen.
Autores: Faith I. Oni, Ayorinde O. Afolayan, Anderson O. Oaikhena, Erkison Ewomazino Odih, Odion O. Ikhimiukor, Veronica O. Ogunleye, Aaron O. Aboderin, Olatunde F. Olabisi, Adewale A. Amupitan, Abayomi Fadeyi, Rasaki A. Raheem, Bashirat A. Olanipekun, Charles J. Elikwu, Oluwadamilola A. Sadare, Phillip O. Oshun, Oyinlola O. Oduyebo, Folashade Ojo, Abolaji T. Adeyemo, Ifeanyi E Mba, Abiodun Egwuenu, Tochi Okwor, Anthony Underwood, Silvia Argimón, Chikwe Ihekweazu, David M. Aanensen, Iruka N. Okeke
Última actualización: 2024-12-02 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.02.626058
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.02.626058.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.
Gracias a biorxiv por el uso de su interoperabilidad de acceso abierto.
Enlaces de referencia
- https://www.protocols.io/view/ghru-genomic-surveillance-of-antimicrobial-resista-bp2l6b11kgqe/v4
- https://gitlab.com/antunderwood/bactinspector
- https://pathogen.watch/
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP017183.1
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009756.1
- https://arxiv.org/abs/1303.3997
- https://github.com/samtools/bcftools
- https://gitlab.com/antunderwood/fastadist
- https://www.protocols.io/view/ghru-genomic-surveillance-of-antimicrobial-resista-bpn6mmhe
- https://github.com/karubiotools/hsp60ECCtool
- https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SAMEA7472464?show=reads
- https://github.com/ParBLiSS/FastANI
- https://pubmlst.org/bigsdb?db=pubmlst_ecloacae_seqdef
- https://itol.embl.de/tree/197211635839451656920611#
- https://github.com/TongZhou2017/itol.toolkit
- https://docs.ropensci.org/naijR/articles/nigeria-maps.html
- https://cran.r-project.org/web/packages/sf/index.html
- https://cran.r-project.org/web/packages/tmap/index.html
- https://cran.r-project.org/web/packages/feather/index.html