Conectando Sistemas Vivos a Través de Gráficas
Un nuevo método usa gráficos para comparar modelos de autoorganización en sistemas vivos.
Emmy Brown, Sean T. Vittadello
― 8 minilectura
Tabla de contenidos
- Entendiendo la Auto-Organización
- Las Muchas Teorías de la Vida
- La Necesidad de Diálogo
- Pasando de Procesos a Gráficos
- ¿Qué Son las Habilitaciones?
- Construyendo el Gráfico de Habilitación de Procesos
- El Concepto de Cierre Organizacional
- Diferenciando Procesos y Restricciones
- Comparando Gráficos
- Homorheismos
- Aplicando Nuestro Marco
- Conjuntos Autocatalíticos
- Autopoiesis
- Virus
- Conclusión
- Fuente original
Hay muchas formas de ver los sistemas vivos. Por eso, los modelos de la vida pueden variar mucho, tanto en su apariencia como en lo que incluyen. Para entender realmente de qué se trata un sistema vivo, necesitamos averiguar cómo se conectan estos diferentes modelos entre sí. En esfuerzos anteriores, creamos un marco para comparar cualquier tipo de modelos físicos. En este trabajo, presentamos un método que se enfoca en un aspecto clave de los sistemas vivos: la auto-organización. Usando gráficos, representamos los procesos de auto-organización como ciclos, lo que nos ayuda a identificar cómo los modelos biológicos describen estas características.
Entendiendo la Auto-Organización
Los sistemas vivos están en constante cambio y adaptación. Piensa en un árbol que crece, responde a la luz del sol y pierde sus hojas en otoño. Esta habilidad de cambiar y mantenerse a sí mismo es una característica fundamental de la vida. Nuestro nuevo enfoque utiliza gráficos para mapear cómo diferentes procesos en los sistemas vivos se habilitan entre sí. Este método nos permite ver conexiones y distinciones entre varias teorías biológicas.
Las Muchas Teorías de la Vida
A lo largo de muchos años, pensadores han intentado averiguar qué es la vida. Algunos han propuesto teorías como la autopoiesis y los Conjuntos Autocatalíticos. Estas teorías pueden diferir en detalles, pero todas miran cómo los sistemas vivos se sostienen a sí mismos. La idea es que los organismos vivos deben seguir creando y manteniendo las condiciones necesarias para su existencia.
Algunas personas sugieren que podemos combinar las mejores partes de estas teorías en una gran teoría de la vida. Otros argumentan que no podemos encontrar una única teoría unificadora hasta que encontremos vida más allá de la Tierra. Esta búsqueda de una teoría comprensiva es tentadora, especialmente porque la biología a veces puede parecer un poco caótica. Sin embargo, algunos académicos creen que esperar una sola teoría unificada es poco realista debido a la complejidad de la vida.
En cambio, un enfoque pluralista es más prometedor. Esto significa que deberíamos apreciar las diferentes formas en que podemos modelar los sistemas vivos. Cada modelo tiene sus fortalezas y debilidades, y es a través de la comparación de estos modelos que obtendremos una verdadera comprensión de la vida.
La Necesidad de Diálogo
Crear diferentes modelos está bien, pero necesitamos asegurarnos de que se comuniquen entre sí. Los científicos deben participar en discusiones para ver cómo encajan sus modelos. Deben hacerse preguntas como: ¿Qué muestra tu modelo que el mío no? ¿Cómo podemos entender nuestras diferencias? En lugar de buscar un ganador o una verdad única, deberíamos mantener disponibles perspectivas valiosas. Así, el diálogo continuo puede llevarnos a nuevos conocimientos con el tiempo.
Muchos académicos han comenzado a comparar diferentes teorías sobre la vida. Este documento tiene como objetivo llevar ese espíritu de comparación más allá mediante un método matemático. Al expresar diferentes modelos de manera consistente, podemos compararlos.
Pasando de Procesos a Gráficos
Cada modelo enfatiza diferentes aspectos. Algunos pueden centrarse en procesos biológicos básicos como el metabolismo, mientras que otros pueden concentrarse en las interacciones de los ecosistemas. Queremos mirar más de cerca los procesos que ocurren en los sistemas vivos, usando gráficos dirigidos para representar las relaciones entre estos procesos.
Un gráfico de habilitación de procesos nos ayuda a capturar cómo interactúan diferentes procesos en tiempo real. Por ejemplo, un árbol absorbe luz solar para crecer, demostrando un proceso que permite su supervivencia.
¿Qué Son las Habilitaciones?
Para ver cómo los procesos se apoyan mutuamente, definimos "habilitación". En un sistema, un proceso habilita a otro si el primero crea las condiciones necesarias para que ocurra el segundo. Si quitas el primer proceso, no puede ocurrir el segundo. Esto es crucial para entender cómo los procesos en un sistema vivo influyen entre sí.
Construyendo el Gráfico de Habilitación de Procesos
Ahora, construyamos nuestro gráfico de habilitación de procesos, o gráfico P. Un gráfico P está hecho de procesos que ocurren juntos dentro de un sistema. Las conexiones entre estos procesos muestran cómo se habilitan entre sí. Por ejemplo, en una simple cadena alimentaria, las plantas producen energía a partir de la luz solar, lo que luego permite a los animales comer esas plantas.
Con nuestros gráficos P, podemos representar varios procesos biológicos y sus interacciones de una manera estructurada, lo que permite mejores comparaciones y conocimientos.
El Concepto de Cierre Organizacional
En este contexto, el cierre organizacional significa que podemos encontrar ciclos en nuestros gráficos que muestran cómo los procesos trabajan juntos para mantener el sistema. Para que un sistema vivo sea funcional, debe asegurarse de que los procesos que lo mantienen vivo estén interconectados de una manera que lo sostenga.
Los ciclos en un gráfico P indican que si sigues los procesos a lo largo de las conexiones, puedes volver al punto de partida, demostrando que el sistema mantiene sus condiciones internas.
Diferenciando Procesos y Restricciones
Es esencial entender la diferencia entre procesos (las actividades que suceden) y restricciones (los límites o reglas que gobiernan esos procesos). Mientras los procesos pueden crear energía y materia, las restricciones simplemente limitan lo que puede suceder.
Entender tanto los procesos como las restricciones es vital al estudiar los sistemas vivos, ya que ayuda a aclarar cómo estos sistemas se organizan.
Comparando Gráficos
Cada gráfico P ofrece una perspectiva de un sistema. Al comparar dos gráficos P diferentes, podemos analizar cómo visualizan el mismo sistema. Por ejemplo, si un biólogo estudia un pájaro, podría crear un gráfico P, mientras que un químico que estudia el mismo pájaro podría crear uno diferente.
Para comparar estos gráficos de manera precisa, buscamos homomorfismos; estos son mapeos que destacan las similitudes entre diferentes gráficos P mientras mantienen sus estructuras únicas.
Homorheismos
Si un mapeo refleja el cierre, lo llamamos un homorheismo. Este mapeo indica que las características vitales de los procesos y ciclos en los dos gráficos corresponden, sugiriendo que estas perspectivas podrían ser representaciones válidas del mismo sistema subyacente.
Aplicando Nuestro Marco
Con nuestro marco en su lugar, podemos analizar diferentes perspectivas a lo largo del paisaje biológico. Vamos a explorar tres ejemplos para ilustrar cómo nuestros gráficos P pueden ayudar a aclarar procesos complejos.
Conjuntos Autocatalíticos
Primero, veamos los conjuntos autocatalíticos, que son sistemas de reacciones químicas que se habilitan a sí mismos para producir más de sus componentes. Dentro de este marco, podemos crear gráficos P para visualizar estas interacciones.
Cuando analizamos estos gráficos, podemos ver cómo ciertas reacciones dependen entre sí, formando ciclos que crean un sistema cerrado. Esto nos ayuda a entender mejor cómo la vida podría haber surgido de procesos químicos simples.
Autopoiesis
A continuación, exploramos el concepto de autopoiesis: sistemas que se mantienen a sí mismos regenerando constantemente sus componentes. En este caso, también podemos crear gráficos P para ilustrar cómo varios procesos dentro de un sistema vivo se apoyan entre sí.
Al examinar los ciclos y conexiones en estos gráficos, podemos obtener conocimientos sobre cómo los organismos vivos mantienen sus límites y sostienen su existencia.
Virus
Los virus presentan un desafío único porque difuminan las líneas entre los sistemas vivos y no vivos. Necesitan un hospedador para reproducirse, pero pueden exhibir comportamientos similares a la vida cuando están dentro de un hospedador. Al crear un gráfico P para un virus y sus interacciones con una célula hospedadora, podemos entender mejor cómo los virus pueden comportarse como sistemas vivos mientras carecen de ciertas características.
Conclusión
En resumen, hemos desarrollado un método que utiliza gráficos de habilitación de procesos como un marco para explorar y comparar diferentes teorías de la vida. Al representar los procesos biológicos de manera estructurada, podemos analizar cómo se habilitan entre sí, mejorando nuestra comprensión de la vida misma.
Al combinar perspectivas de diferentes disciplinas científicas, podemos crear una comprensión más rica de cómo operan los sistemas vivos. Este enfoque ayudará a avanzar nuestro conocimiento sobre los procesos biológicos, los límites de la vida y la interacción entre sistemas vivos y no vivos.
A medida que avanzamos, debemos seguir abrazando la diversidad de perspectivas dentro de la biología, ya que este enfoque pluralista nos guiará hacia una comprensión más profunda de la naturaleza de la vida.
Título: Comparing biological models and theories of life with process-enablement graphs
Resumen: There are many perspectives through which biologists can study a particular living system. As a result, models of biological systems are often quite different from one another, both in form and size. Thus, in order for us to generate reliable knowledge of a particular system, we need to understand how the models that represent it are related. In previous work, we constructed a general model comparison framework to compare models representing any physical system. Here, we develop an alternative methodology that focuses on a fundamental feature of living systems, namely self-organisation. We employ a graph theoretic formalism which captures self-organising processes as cycles within particular kinds of graphs: process-enablement graphs. We then build the mathematical tools needed to compare biological models and their corresponding descriptions of self-organisation in a consistent and rigorous manner. We apply our formalism to a range of classical theories of life to show how they are similar and where they differ. We also investigate examples of putatively abiotic systems which nonetheless still realise primitive forms of self-organisation. While our current framework does not demarcate living systems from nonliving ones, it does allow us to better study the grey area surrounding life's edge.
Autores: Emmy Brown, Sean T. Vittadello
Última actualización: 2024-11-25 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2411.17012
Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2411.17012
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
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