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# Biología # Microbiología

El Mundo Oculto de los Virus: Más de lo que Parece

Los virus son actores clave en los ecosistemas y la salud, mostrando interacciones complejas.

Ulad Litvin, Spyros Lytras, Alexander Jack, David L Robertson, Joe Grove, Joseph Hughes

― 9 minilectura


Virus: Pequeños pero Virus: Pequeños pero Poderosos en la vida y la salud. Descubre el gran impacto de los virus
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Los virus son entidades súper pequeñas que solo pueden vivir y reproducirse dentro de las células de otros organismos vivos. Piensa en ellos como unos invitados no deseados que montan su base de operaciones dentro de su anfitrión, usando los recursos del anfitrión para multiplicarse. Como los virus son tan chiquitos, pueden infectar desde plantas y animales hasta humanos y bacterias, lo que los convierte en unas de las formas de vida más comunes en el planeta.

¿Cómo Funcionan los Virus?

Los virus funcionan invadiendo una célula huésped y luego secuestrando la maquinaria de la célula para hacer copias de sí mismos. Entran a la célula huésped, liberan su material Genético y engañan a la célula para que produzca partes del virus en lugar de sus productos habituales. Una vez que se hacen suficientes copias, los nuevos virus estallan fuera de la célula, a menudo matándola en el proceso, y van a infectar otras células.

La Evolución de los Virus

Una cosa increíble sobre los virus es lo rápido que pueden cambiar. Pueden adaptarse a nuevos entornos y anfitriones en lo que parece un abrir y cerrar de ojos. Esto los hace difíciles de manejar, especialmente cuando se trata de las enfermedades que causan. Los investigadores creen que los virus han estado aquí durante miles de millones de años, evolucionando junto a los organismos vivos. Es probable que los virus hayan aparecido de manera independiente varias veces a lo largo de la historia de la Tierra, lo que significa que no son solo una gran familia feliz, sino una colección de grupos diversos, cada uno con sus características únicas.

Virus en Nuestras Vidas

Los virus no son solo dañinos; juegan roles importantes en varios ecosistemas. En los océanos, por ejemplo, ayudan a controlar las poblaciones de bacterias, lo cual es crucial para mantener un ecosistema equilibrado. También están involucrados en varios ciclos bioquímicos, ayudando a descomponer materiales orgánicos. En nuestros cuerpos, ciertos virus incluso pueden ayudar a regular el equilibrio de buenas bacterias en nuestro intestino.

Sin embargo, es difícil ignorar el hecho de que muchos virus pueden enfermarnos. Desde el resfriado común hasta enfermedades más serias como el VIH y COVID-19, estos pequeños pueden causar caos. Mientras que algunas personas les gusta pensar en sí mismas como guerreros en la batalla contra los virus, en realidad es más como un juego de escondidas donde los virus siempre parecen estar un paso adelante.

La Abundancia de los Virus

Créelo o no, las partículas virales son las entidades biológicas más abundantes en nuestro planeta. Estudios recientes muestran que superan en número a las bacterias en una proporción de al menos diez a uno. La diversidad genética de los virus es asombrosa; con tantos tipos que hay, es como una gran fiesta donde todos traen sus propios bocadillos únicos. Sin embargo, esta diversidad no se entiende completamente, y los investigadores apenas están comenzando a rascar la superficie de lo que los virus pueden contarnos sobre la vida en la Tierra.

El Reto de Estudiar Virus

A pesar de su importancia, estudiar virus no es fácil. Un gran desafío es que cada virus evoluciona rápidamente, lo que puede complicar a los científicos para clasificarlos o entender sus relaciones entre sí. Esto es un poco como tratar de seguir un baile cuando todos están haciendo lo suyo y cambiando de pasos constantemente.

Para enfrentar este desafío, los investigadores a menudo comparan las Proteínas que producen los virus. Las proteínas de un virus pueden dar pistas sobre su función y cómo interactúa con su huésped. Sin embargo, todavía hay muchos incógnitas. Sorprendentemente, muy pocas estructuras de proteínas virales están catalogadas y disponibles para la investigación, lo que dificulta su estudio en detalle.

La Llegada del Aprendizaje Automático

En los últimos años, los científicos han comenzado a usar el aprendizaje automático para predecir las estructuras de proteínas virales a partir de sus secuencias genéticas. Esto es como enseñar a una computadora a identificar diferentes razas de perros en función de sus formas y tamaños. Al analizar grandes cantidades de datos, el aprendizaje automático puede ayudar a llenar los vacíos donde faltan datos experimentales.

La Base de Datos Estructural AlphaFold es un ejemplo de cómo el aprendizaje automático puede crear una colección masiva de estructuras de proteínas predichas. Esta base de datos ya contiene millones de modelos para varias proteínas, pero curiosamente, muchas proteínas virales no fueron incluidas en las predicciones iniciales. Esto dejó un vacío notable en nuestra comprensión de las estructuras virales.

Llenando los Vacíos

Los investigadores reconocieron este problema y tomaron cartas en el asunto. Generaron 170,000 nuevas predicciones para estructuras de proteínas virales utilizando sistemas avanzados como ColabFold y ESMFold. Se enfocaron tanto en virus humanos como en virus animales, aumentando drásticamente los datos disponibles sobre estructuras de proteínas virales.

Sus esfuerzos son como añadir nuevos sabores a una heladería de la que todos los niños se han quejado. Los nuevos datos ayudan a los científicos a entender mejor cómo funcionan las proteínas virales, lo que puede ser crucial para desarrollar terapias y vacunas. Con esta nueva riqueza de información, los investigadores buscan estar más preparados para futuros brotes virales.

Creando una Base de Datos para Virología

Para hacer toda esta información accesible, los científicos crearon una nueva plataforma en línea llamada Viro3D. Piensa en ello como una biblioteca virtual para los entusiastas de la virología. Esta base de datos permite a los investigadores buscar proteínas virales, visualizar sus estructuras e incluso explorar proteínas similares entre diferentes virus. Entonces, ya seas un científico curioso o solo alguien interesado en cómo funcionan los virus, Viro3D es como un buffet all-you-can-eat de conocimiento viral.

Agrupar y Entender Proteínas Virales

Un enfoque interesante que tomaron los investigadores fue agrupar los nuevos datos de proteínas. Al agrupar proteínas en función de sus secuencias y estructuras, crearon una manera más organizada de entender la diversidad de proteínas virales. Este método no solo ayudó a visualizar las relaciones entre proteínas virales, sino que también facilitó anotar sus funciones.

Imagina una gran fiesta donde todos llevan una etiqueta con su nombre, y los camareros están tratando de averiguar quién pertenece a qué grupo. Al agrupar proteínas, los investigadores pueden identificar rápidamente cuáles proteínas virales son más similares y probablemente tengan funciones parecidas.

La Importancia del Intercambio Genético

Otra característica destacada de los virus es su capacidad para intercambiar material genético con sus huéspedes y entre sí. Este intercambio genético puede conducir a nuevas formas virales que podrían estar mejor adaptadas para infectar nuevos anfitriones o evadir respuestas inmunológicas. Es como si estuvieran constantemente compartiendo recetas en una cena potluck, a veces los resultados son deliciosos, y otras veces son un poco picantes para su propio bien.

Esta capacidad para intercambiar genes también complica nuestra comprensión de la evolución viral. Esto significa que los virus pueden adquirir nuevas características rápidamente, lo que hace aún más difícil para los científicos rastrear sus cambios a lo largo del tiempo. Este fenómeno es una de las razones por las que algunas enfermedades pueden reemerger a pesar de los esfuerzos previos para controlarlas o eliminarlas.

Entendiendo las Glucoproteínas de Fusión de Clase-I

Las glucoproteínas de fusión de clase-I son un grupo particularmente fascinante de proteínas que se encuentran en muchos virus importantes, incluidos el VIH y la influenza. Estas proteínas juegan un papel clave en cómo los virus entran en las células huésped, lo que puede dar a los científicos ideas sobre cómo bloquear la infección viral. Es como identificar la puerta principal de una mansión elegante; si puedes cerrarla con llave, puedes mantener a los invitados fuera.

Las investigaciones muestran que estas proteínas tienen una historia evolutiva complicada. Probablemente surgieron de un ancestro común, pero han cambiado significativamente con el tiempo. Los científicos han podido usar análisis estructurales y técnicas de agrupación para entender mejor estas proteínas y sus relaciones entre sí.

Un Vistazo al Futuro

La base de datos en expansión de estructuras de proteínas virales y las nuevas técnicas que se están desarrollando pueden llevar a descubrimientos emocionantes en el futuro. A medida que los investigadores continúan investigando proteínas virales, podríamos encontrar nuevas estrategias para vacunas y tratamientos que podrían salvar vidas durante los brotes.

¡Imagínate si algún día pudiéramos predecir cómo se comportaría un nuevo virus antes de que siquiera aparezca! Con los datos y la tecnología adecuados, esto podría convertirse en una realidad, proporcionando al mundo una mejor defensa contra las amenazas virales.

Conclusión

Los virus, a pesar de su pequeño tamaño, juegan enormes roles en los ecosistemas y la salud humana. Son entidades fascinantes y complejas que desafían nuestra comprensión de la biología. Con nuevas herramientas y métodos que están surgiendo, incluido el aprendizaje automático y grandes Bases de datos, los científicos están ganando una perspectiva más clara sobre estos pequeños invasores.

A medida que sigamos estudiando los virus, podríamos descubrir nuevos conocimientos sobre su comportamiento y cómo interactúan con varios anfitriones. Este conocimiento podría ayudarnos a prepararnos y responder a futuros brotes virales de manera más efectiva. Así que, aunque a veces los virus pueden ser una molestia, también brindan a los científicos la oportunidad de aprender y entender la vida a un nivel que nunca antes hemos visto. ¿Y quién sabe? Tal vez algún día tengamos una relación amistosa con estos pequeños problemáticos, como compartir un café con ese vecino molesto que siempre pide prestado tu cortadora de césped.

Fuente original

Título: Viro3D: a comprehensive database of virus protein structure predictions

Resumen: Viruses are intracellular parasites of organisms from all domains of life. They infect and cause disease in humans, animals and plants but also play crucial roles in the ecology of microbial communities. Tolerance to genetic change, high-mutation rates, adaptations to hosts and immune escape has driven high divergence of viral genes, hampering their functional annotation and phylogenetic inference. The protein structure is more conserved than sequence and can be used for searches of distant homologs and evolutionary analysis of divergent proteins. Structures of viral proteins are traditionally underrepresented in public databases, but recent advances in protein structure prediction allows us to address this issue. Combining two state-of-the-art approaches, AlphaFold2-ColabFold and ESMFold, we predicted models for 85,000 proteins from 4,400 human and animal viruses, expanding the structural coverage for viral proteins by 30 times compared to experimental structures. We also performed structural and network analyses of the models to demonstrate their utility for functional annotation and inference of distant phylogenetic relationships. Taking this approach, we examined the deep evolutionary history of viral class-I fusion glycoproteins, gaining insights on the origins of coronavirus spike protein. To enable further discoveries, we have created Viro3D (https://viro3d.cvr.gla.ac.uk/), a virus species-centred protein structure database. It allows users to search, browse and download protein models from a virus of interest and explore similar structures present in other virus species. This resource will facilitate fundamental molecular virology, investigation of virus evolution, and may enable structure-informed design of therapies and vaccines.

Autores: Ulad Litvin, Spyros Lytras, Alexander Jack, David L Robertson, Joe Grove, Joseph Hughes

Última actualización: 2024-12-20 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.19.629443

Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.19.629443.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

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