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Avanços nos Métodos de Produção de RNA Circular

Um novo método melhora a estabilidade e produção de circRNA para uso médico.

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mRNA, ou RNA mensageiro, tem um papel super importante em como nossos corpos fazem Proteínas. Ele carrega as instruções genéticas do DNA e ajuda a produzir as proteínas necessárias para várias funções nos organismos vivos. Apesar de ser tão importante, o mRNA é bem delicado e pode se quebrar facilmente dentro do corpo. Essa quebra é principalmente causada por enzimas especiais que atacam o RNA, o que torna difícil usar mRNA em terapias.

O Desafio da Estabilidade do mRNA

Um dos principais problemas de usar mRNA em tratamentos médicos é a sua estabilidade. Os cientistas precisam encontrar maneiras de manter o mRNA intacto tempo suficiente para fazer seu trabalho. Uma maneira de proteger o mRNA é mudando sua estrutura para uma forma circular, conhecida como CircRNA. Essa estrutura circular ajuda a proteger contra enzimas que normalmente destruiriam o mRNA linear. Os pesquisadores descobriram que o circRNA pode durar mais no corpo e produzir proteínas por mais tempo do que suas contrapartes lineares.

Métodos para Fazer CircRNA

Existem algumas maneiras de criar circRNA. Alguns métodos envolvem reações químicas ou enzimáticas, enquanto outros podem usar tipos específicos de sequências de RNA que podem ajudar a formar um círculo sozinhas. Métodos químicos tradicionais costumam produzir comprimentos de circRNA mais curtos porque dependem do uso de pedaços menores de RNA. De forma alternativa, enzimas chamadas ligases podem ser usadas para ligar as extremidades do RNA, mas essa abordagem pode ser complicada devido à sua dependência do comprimento e da sequência do RNA.

Alguns pesquisadores têm usado sequências especiais de RNA que podem cortar e se recombinar para criar formas circulares. No entanto, esses métodos ainda enfrentam problemas, especialmente quando Modificações como a metilação são introduzidas. Além disso, os métodos de RNA circular existentes não funcionam bem com certas modificações que ajudam o mRNA a funcionar corretamente.

Uma Nova Abordagem para a Produção de CircRNA

Neste estudo, foi desenvolvido um novo método químico para fazer circRNA. O método foca em reduzir as etapas necessárias para criar e modificar o RNA, facilitando a integração nas técnicas de produção de mRNA atuais. A abordagem inovadora usa reações químicas específicas para conseguir a Circularização de forma eficiente.

O processo começa com a criação de um RNA linear que foi modificado de uma certa maneira. Esse RNA é então transformado em RNA circular usando uma simples reação química em duas etapas. O método é acessível e pode ser aplicado a RNA de vários comprimentos e sequências.

Os Benefícios do Novo Método

Esse novo método pode produzir RNAs circulares que são muito mais longos do que aqueles feitos com técnicas anteriores. O circRNA resultante pode incluir modificações que eram difíceis de conseguir antes, como certas “caps” que ajudam na tradução. A pesquisa mostrou que esse novo método de circularização funciona bem até mesmo em células vivas, mantendo a estabilidade e funcionalidade.

Testando o Novo CircRNA

Os pesquisadores testaram o novo circRNA para verificar quão estável ele era e quão bem conseguia produzir proteínas dentro das células. Eles usaram vários tipos de células para ver como essas formas circulares funcionavam em ambientes reais. Compararam o novo circRNA com versões já estabelecidas para ver como se saíam em termos de produção de proteínas.

Curiosamente, o novo método químico de circularização produziu circRNA que funcionou tão bem quanto os métodos padrões, tanto em termos de estabilidade quanto de atividade nas células. Essa descoberta é significativa, pois sugere que o novo método pode ser integrado nos protocolos existentes para a produção de mRNA sem perda de eficiência.

O Papel das Modificações

O estudo também analisou como diferentes modificações no RNA afetavam seu desempenho. Por exemplo, uma parte chave da função do RNA é uma estrutura chamada cap, que ajuda no processo de tradução. Os pesquisadores exploraram como adicionar essa cap ao RNA circular influenciava sua capacidade de produzir proteínas.

Eles descobriram que incorporar uma estrutura de cap especial no RNA circular aumentava significativamente sua capacidade de gerar proteínas. Isso demonstra que, enquanto os métodos tradicionais podem se concentrar apenas na circularização, aplicar modificações pensadas pode trazer resultados ainda melhores.

O Impacto do Comprimento e Estrutura

Uma parte do estudo focou em como o comprimento e a estrutura do RNA afetam seu processo de circularização. Os pesquisadores descobriram que sequências de RNA mais curtas tendem a circularizar de forma mais eficaz do que as mais longas. Eles também notaram que a presença de certas sequências, como caudas de poliA, dificultava a formação de círculos pelo RNA.

Para contornar esse desafio, introduziram splints-fitas curtas de DNA projetadas para ajudar a aproximar as extremidades do RNA. Usando esses splints, melhoraram a eficiência da circularização, especialmente para sequências de RNA mais longas ou mais complexas.

Explorando a Eficiência de Tradução

Os pesquisadores analisaram ainda mais quão bem o circRNA produzido poderia ser traduzido em proteínas em diferentes tipos de células. Eles compararam o novo circRNA tanto com RNA linear quanto com RNA circular produzido por métodos tradicionais. Os resultados indicaram que o novo circRNA manteve sua capacidade de produzir proteínas de forma eficaz, mostrando os benefícios de usar essa abordagem química.

Conclusão e Direções Futuras

O estudo apresenta um novo método químico para criar circRNA que pode ser aplicado ao mRNA de tamanho completo. O circRNA resultante demonstra estabilidade e funcionalidade que poderiam torná-lo útil como uma ferramenta terapêutica. É importante ressaltar que esse método permite que os cientistas integrem várias modificações no circRNA de maneira fácil, ampliando significativamente os potenciais usos dessa forma de RNA em terapia.

À medida que os pesquisadores continuam a inovar no campo das terapias com RNA, este trabalho estabelece as bases para o desenvolvimento de medicamentos baseados em RNA mais eficazes que poderiam ajudar no tratamento de uma variedade de doenças. Estudos futuros provavelmente se concentrarão em ajustar ainda mais esse método para otimizar as estruturas e modificações do RNA, visando aproveitar todo o potencial do circRNA em aplicações terapêuticas.

Fonte original

Título: Chemical circularization of in vitro transcribed RNA opens new avenues for circular mRNA design

Resumo: Circularization is at the frontier of therapeutic messenger RNA (mRNA) enhancements. Currently available enzymatic and ribozymatic methods for generating circular RNAs (circRNAs) face several challenges related to sequence limitations, purification, and sub-optimal biological activity. The chemical circularization of synthetic RNA fragments potentially overcomes these limitations but is applicable only to extremely short sequences. Here, we report a novel approach for accessing circular RNAs based on the chemical circularization of in vitro transcribed RNA. We efficiently accessed chemically circularized RNAs (chem-circRNAs) by making in vitro transcribed precursor RNAs modified at the 5' end with an ethylenediamine moiety, which undergoes an intramolecular reaction with the periodate-oxidized RNA 3' end under reductive amination conditions. We demonstrate that this method is modification-compatible and applicable to various sequences. Additionally, we report methods for the effective separation of chem-circRNAs from their linear precursors. Using this approach, we prepared multiple chemically-obtained circular RNAs (chem-circRNAs; 35-1500 nt long) with circularization efficiencies reaching up to 60%. We show that protein-coding chem-circRNAs are translationally active in living cells and exhibit increased durability, similar to enzymatically circularized mRNAs. We also demonstrate that this approach enables unprecedented access to chemically modified circRNAs, such as circ-mRNAs incorporating a functional endocyclic N7-methylguanosine cap or modified with N1-methylpseudouridine within the RNA body. Notably, circRNAs containing an endocyclic cap structure engage in the most efficient, cap-dependent mechanism of translation. Our approach makes chemically-modified circularized full-length protein-coding RNAs easily accessible, thereby opening new avenues for the design, modification, and functionalization of circular mRNAs.

Autores: Joanna Kowalska, A. Mamot, M. Wasinska-Kalwa, K. Czubak, K. Frankowska, T. Spiewla, M. Warminski, D. Nowis, J. Golab, J. Jemielity

Última atualização: 2024-10-10 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.10.617555

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.10.617555.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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