Construindo um Recurso para Imagem do Cérebro de Bebês
Um novo repositório tem como objetivo fornecer imagens de cérebro de alta qualidade para pesquisa.
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Índice
- Necessidade de Imagens de Alta Qualidade do Cérebro em Bebês
- Os Desafios da Segmentação Manual
- Construindo um Repositório de Imagens Cerebrais de Bebês
- O Processo de Segmentação de Imagens Cerebrais de Bebês
- Um Recurso Aberto para Pesquisadores
- Direções Futuras para o Repositório
- Fonte original
- Ligações de referência
Na pesquisa de Neuroimagem, usar diferentes processos para analisar as mesmas imagens do cérebro pode gerar resultados diferentes. Essa inconsistência dificulta a reprodução das descobertas. Diferentes escolhas feitas durante a análise, seja em relação aos aspectos estruturais ou funcionais das imagens do cérebro, podem levar a conclusões variadas. Para melhorar a confiabilidade da pesquisa em neuroimagem, são necessárias normas e práticas claras. Um aspecto crucial é ter imagens de Alta qualidade, definidas manualmente, do tecido cerebral.
Necessidade de Imagens de Alta Qualidade do Cérebro em Bebês
Imagens de alta qualidade são especialmente importantes ao estudar bebês nos seus primeiros 1000 dias de vida. Esse período é marcado por mudanças rápidas no crescimento e desenvolvimento do cérebro. No entanto, a natureza dinâmica dessa fase traz desafios para identificar com precisão as diferentes partes do cérebro, especialmente o córtex e as áreas subcorticais. O cérebro passa por mudanças significativas, incluindo mielinização, no primeiro ano. Isso pode criar diferenças nos sinais de imagem, complicando a análise. Muitos esforços de pesquisa são prejudicados por procedimentos variados e métodos de Segmentação de imagens.
Métodos padronizados de segmentação de imagens são cruciais para programas de pesquisa. Um financiamento significativo já foi destinado a estudos que buscam entender o desenvolvimento cerebral em crianças. Esses estudos têm como objetivo fornecer trajetórias claras de crescimento cerebral, essenciais para determinar conexões entre o desenvolvimento cerebral e os resultados precoces. Imagens precisas do cérebro são necessárias para alcançar esses objetivos, particularmente nos primeiros nove meses de vida.
Os Desafios da Segmentação Manual
Produzir imagens cerebrais precisas e de alta qualidade exige uma segmentação manual habilidosa, que é demorada e requer um profundo entendimento da anatomia cerebral. Muitos estudos atualmente não têm acesso a essas imagens corrigidas manualmente, tornando difícil estabelecer métodos de processamento confiáveis para as imagens do cérebro. Essa falta de recursos limita a capacidade dos pesquisadores de fazer análises precisas ou generalizar descobertas em diferentes populações.
Além disso, pesquisas mostram que os algoritmos existentes para segmentação de imagens cerebrais muitas vezes não cobrem o cérebro todo ou estão limitados a grupos etários específicos. Muitos algoritmos disponíveis também não oferecem acesso aos seus dados de treinamento, complicando ainda mais o desenvolvimento de técnicas aprimoradas. Essa inconsistência entre os pesquisadores em relação a regiões do cérebro leva a desentendimentos e dificulta o crescimento da área.
Tornar as imagens corrigidas manualmente publicamente disponíveis é necessário para melhorar a qualidade da pesquisa. O acesso aberto a essas imagens permite mais revisões e correções, levando a segmentações de melhor qualidade. Essa prática já mostrou sucesso em estudos sobre o cérebro de adultos.
Repositório de Imagens Cerebrais de Bebês
Construindo umUm novo recurso foi desenvolvido para reunir imagens de alta qualidade, revisadas por especialistas, de cérebros de bebês. O objetivo é criar uma coleção dessas imagens que seja fácil de encontrar, acessível e utilizável por pesquisadores. Essa coleção foi projetada para ajudar os pesquisadores a avaliar técnicas existentes e desenvolver novos algoritmos para analisar imagens cerebrais.
As segmentações manuais de imagens de bebês de 1 a 9 meses foram realizadas usando software avançado, com orientação de especialistas durante todo o processo. Essas segmentações manuais foram criadas a partir de 71 visitas de imagem e incluíram a contribuição de vários bebês. A demografia dos bebês envolvidos tendia a um fundo específico, destacando a necessidade de maior diversidade nas contribuições de dados futuras.
A coleção não foi apenas projetada para a pesquisa atual, mas também visa se adaptar e crescer ao longo do tempo, permitindo que novas imagens e atualizações sejam continuamente adicionadas. Os pesquisadores podem refinar as segmentações e contribuir para o repositório, garantindo que todos os novos dados sigam os padrões estabelecidos.
O Processo de Segmentação de Imagens Cerebrais de Bebês
Para criar o repositório, a equipe usou um processo manual para segmentar as imagens. Isso envolveu passar as segmentações iniciais por várias pipelines automatizadas antes de corrigi-las manualmente. O objetivo era criar segmentações de alta qualidade que representassem com precisão as estruturas do cérebro. Duas pipelines diferentes foram usadas para estabelecer uma base para essas edições manuais.
Durante a segmentação, os especialistas examinaram cuidadosamente as imagens para definir várias regiões do cérebro. Foi dada atenção cuidadosa a como o cérebro se desenvolve durante esse período crítico, garantindo que limites precisos fossem estabelecidos. As segmentações abordaram várias estruturas cerebrais, incluindo o córtex e as regiões subcorticais. Um processo definido foi seguido para garantir consistência e precisão ao longo do projeto.
As segmentações iniciais frequentemente incluíam erros. Isso incluía padrões de dobras do cérebro incorretos e áreas de matéria branca não mielinizada que foram negligenciadas. Edições manuais melhoraram significativamente os resultados iniciais, demonstrando o valor desse recurso para treinar técnicas automatizadas.
Um Recurso Aberto para Pesquisadores
O repositório faz parte de uma iniciativa para incentivar práticas de ciência aberta na pesquisa. Os pesquisadores podem acessar facilmente as imagens curadas e usá-las para seus próprios projetos. Essa abertura ajuda a garantir que questões relacionadas à reprodutibilidade em estudos de neuroimagem possam ser abordadas.
O repositório está hospedado em um formato amigável que permite que os pesquisadores baixem e usem os dados. Ele suporta a documentação clara de quaisquer mudanças ou contribuições feitas às imagens. Isso significa que qualquer pessoa pode refinar as segmentações, garantindo que permaneçam precisas e alinhadas com as práticas atuais.
Direções Futuras para o Repositório
O repositório continuará a se expandir à medida que mais segmentações forem adicionadas, proporcionando recursos mais abrangentes para os pesquisadores. A qualidade e a quantidade de dados ajudarão a apoiar estudos futuros que examinam o desenvolvimento cerebral desde a infância e além. Embora o conjunto de dados atual se concentre em bebês de 1 a 9 meses, há planos para incluir faixas etárias e contextos mais diversos no futuro.
Esforços também se concentrarão em incluir segmentações de estruturas e regiões adicionais do cérebro. Isso aumentará a precisão dos algoritmos de segmentação automatizados, tornando-os mais aplicáveis a necessidades de pesquisa mais amplas.
À medida que o campo da neuroimagem infantil continua a crescer, o acesso a dados de qualidade e padronizados será vital para pesquisadores que buscam desenvolver novas técnicas e melhorar a compreensão do desenvolvimento cerebral.
No geral, esse esforço para criar um recurso mais consistente e aberto para a pesquisa em neuroimagem promete avançar o estudo do desenvolvimento cerebral em bebês, beneficiando nossa compreensão do cérebro humano em suas primeiras fases.
Título: Baby Open Brains: An Open-Source Repository of Infant Brain Segmentations
Resumo: Reproducibility of neuroimaging research on infant brain development remains limited due to highly variable protocols and processing approaches. Progress towards reproducible pipelines is limited by a lack of benchmarks such as gold standard brain segmentations. Addressing this core limitation, we constructed the Baby Open Brains (BOBs) Repository, an open source resource comprising manually curated and expert-reviewed infant brain segmentations. Markers and expert reviewers manually segmented anatomical MRI data from 71 infant imaging visits across 51 participants, using both T1w and T2w images per visit. Anatomical images showed dramatic differences in myelination and intensities across the 1 to 9 month age range, emphasizing the need for densely sampled gold standard manual segmentations in these ages. The BOBs repository is publicly available through the Masonic Institute for the Developing Brain (MIDB) Open Data Initiative, which links S3 storage, Datalad for version control, and BrainBox for visualization. This repository represents an open-source paradigm, where new additions and changes can be added, enabling a community-driven resource that will improve over time and extend into new ages and protocols. These manual segmentations and the ongoing repository provide a benchmark for evaluating and improving pipelines dependent upon segmentations in the youngest populations. As such, this repository provides a vitally needed foundation for early-life large-scale studies such as HBCD.
Autores: Eric J Feczko, S. M. Stoyell, L. A. Moore, D. Alexopoulos, M. Bagonis, K. Barrett, B. Bower, A. Cavender, T. A. Chamberlain, G. Conan, T. K. Day, D. Goradia, A. Graham, L. Heisler-Roman, T. J. Hendrickson, A. Houghton, O. Kardan, E. A. Kiffmeyer, E. G. Lee, J. T. Lundquist, C. Lucena, T. Martin, A. Mummaneni, M. Myricks, P. Narnur, A. J. Perrone, P. Reiners, A. R. Rueter, H. Saw, M. Styner, S. Sung, B. Tiklasky, J. L. Wisnowski, E. Yacoub, B. Zimmermann, C. D. Smyser, M. D. Rosenberg, D. A. Fair, J. T. Elison
Última atualização: 2024-10-14 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.02.616147
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.02.616147.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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