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# Biologia # Biofísica

Avanços nas Formulações de Anticorpos Monoclonais

Cientistas melhoram anticorpos monoclonais com novas técnicas de modelagem pra tratamentos melhores.

Tobias M. Prass, Kresten Lindorff-Larsen, Patrick Garidel, Michaela Blech, Lars V. Schäfer

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Anticorpos Monoclonais (mAbs) são como pequenos soldados especializados no nosso sistema imunológico. Eles são usados para combater várias doenças, como asma, infecções e até câncer. Pense neles como ferramentas bem precisas que conseguem atacar problemas específicos no corpo. Para muitos tratamentos, esses anticorpos são injetados sob a pele, facilitando que os pacientes façam isso em casa. Esse jeito é preferido porque evita idas ao hospital e deixa a vida mais fácil pra geral.

O Desafio da Concentração

Mas tem um porém. Pra serem eficazes, esses anticorpos precisam ser injetados em doses altas - normalmente entre 1 a 10 miligramas pra cada quilo de peso corporal. Ou seja, se você pesa, digamos, 70 kg, a dose pode ser cerca de 700 mg! Pra caber tudo isso numa injeção pequena, os anticorpos precisam ser muito concentrados - geralmente acima de 100 mg por mililitro.

Mas é aí que a coisa complica. Quando muitos desses anticorpos estão aglomerados, eles começam a interagir de um jeito que pode causar problemas. Essa aglomeração gera uma solução mais viscosa, dificultando a injeção. Uma viscosidade alta pode significar mais pressão na hora de empurrar o líquido pela agulha fina, o que pode ser doloroso e deixar a experiência bem desagradável. Ninguém gosta disso!

O Risco do Agregamento

Além disso, quando os anticorpos se agrupam ou grudam em outros componentes da solução, isso pode trazer mais problemas tanto pra eficácia do tratamento quanto pra segurança do paciente. No pior dos casos, isso pode provocar reações alérgicas ou respostas severas como anafilaxia. Nada divertido!

A Situação Atual com as Fórmulas

Atualmente, os cientistas costumam usar métodos de tentativa e erro pra encontrar as melhores combinações de ingredientes pra estabilizar esses medicamentos proteicos. Esses ingredientes - muitas vezes chamados de excipientes - podem incluir sais, aminoácidos e diversos compostos que ajudam a manter a solução estável. Um competidor comum nesse campo é a Arginina, um aminoácido que pode ajudar a reduzir o agrupamento dos anticorpos e a diminuir a espessura da solução.

Mas como a arginina funciona? Bom, pode ser um pouco complicado estudar em uma escala tão pequena, onde essas interações acontecem. Os cientistas muitas vezes usam simulações em computadores pra entender melhor como as coisas se comportam a nível molecular.

O Jogo das Simulações

A simulação de Dinâmica Molecular (MD) é como jogar um videogame onde os cientistas podem observar como as moléculas se movem e interagem ao longo do tempo. Ela dá uma visão dos bastidores do que rola quando você mistura anticorpos com excipientes como a arginina.

A maioria dos estudos que falam da arginina focou em apenas uma parte do anticorpo chamada domínio Fab. Pesquisas mostraram que certas partes dos anticorpos interagem fortemente com a arginina, o que pode levar a uma melhor estabilidade e menos agrupamento. No entanto, fazer simulações que envolvam o anticorpo inteiro pode ser bem exigente e lento, limitando a capacidade dos pesquisadores de explorar mais a fundo.

Pra acelerar o processo, os cientistas podem usar modelos simplificados chamados modelos de grão grosso (CG). Em vez de olhar cada átomo em detalhes, os modelos CG agrupam os átomos em unidades maiores, facilitando e acelerando os cálculos. Assim, os cientistas podem estudar sistemas maiores e ter uma compreensão mais ampla de como as coisas funcionam.

Conheça o Martini

Um modelo CG popular é chamado Martini. Esse modelo já existe há um tempo e ajuda os pesquisadores a estudar proteínas e suas interações com diferentes compostos de maneira mais eficaz. Com o lançamento do Martini 3, o modelo ficou ainda melhor, melhorando a interação entre as proteínas, mas ainda tem espaço pra aprimoramentos.

Embora o modelo Martini seja bom, às vezes ele tem dificuldade com certos comportamentos das proteínas. Por exemplo, quando os cientistas analisam proteínas que não têm uma forma fixa ou têm várias partes, o modelo pode ficar um pouco compacto demais, o que significa que não captura toda a história de como as proteínas se comportam. É como tentar enfiar uma peça quadrada em um buraco redondo - simplesmente não funciona perfeitamente.

Ajustando o Modelo

Pra resolver essas questões, os pesquisadores decidiram criar uma nova abordagem. Eles queriam refinar o modelo Martini pra representar melhor como excipientes específicos, como arginina e Glutamato, interagem com os domínios Fab de anticorpos como o trastuzumabe (também conhecido como Herceptin) e o omalizumabe (conhecido como Xolair).

Os pesquisadores criaram uma nova abordagem de mapeamento onde representaram partes dos aminoácidos de forma mais precisa no modelo CG. Essa nova abordagem permite modelar interações nobres de uma maneira melhor, o que é crucial pra obter os resultados certos.

A Fase de Testes

Uma vez que o novo modelo estava em prática, eles realizaram testes usando três soluções diferentes. Fizeram questão de incluir as quantidades certas de arginina e glutamato, com alguns íons adicionais pra manter as coisas equilibradas. Em seguida, usaram simulações MD pra monitorar como as interações rolaram ao longo do tempo.

Depois das simulações, os pesquisadores compararam os resultados que obtiveram usando o novo modelo com os modelos atomísticos detalhados originais. Eles queriam ver se o novo método poderia prever com precisão como os excipientes interagiam com os anticorpos.

Encontrando Correlações

Quando analisaram os dados, descobriram que o novo modelo fez um bom trabalho ao se alinhar com os resultados das simulações de todos os átomos. Pra arginina, os números de contato eram bem parecidos, com um bom coeficiente de correlação, o que significa que as previsões eram confiáveis.

No entanto, os resultados pra glutamato foram um pouco mais misturados. As interações não eram tão fortes e o modelo teve dificuldade em capturar o comportamento específico do glutamato em todas as situações. Mas, de forma geral, o novo modelo ainda melhorou as previsões tanto pra arginina quanto pra glutamato.

Implicações Futuras

Esse novo modelo ajustado abre uma avenida empolgante pra estudos futuros. Ao afinar os parâmetros de interação, os pesquisadores podem explorar como diferentes formulações podem impactar o desempenho dos anticorpos monoclonais. Isso pode levar a tratamentos melhores, processos de fabricação mais eficientes e, em última análise, pacientes mais saudáveis.

Conclusão

Resumindo, enquanto os anticorpos monoclonais são incrivelmente úteis no tratamento de várias doenças, suas formulações podem ser complexas e desafiadoras. Os cientistas estão se empenhando pra entender e melhorar essas formulações usando vários métodos, incluindo simulações avançadas.

O novo modelo CG que eles desenvolveram é um passo na direção certa, permitindo prever interações de forma mais precisa e desenvolver medicamentos melhores. Então, embora o caminho à frente possa ter alguns obstáculos, parece que a ciência está pronta pra enfrentar os desafios das formulações de anticorpos, uma simulação de cada vez!

E quem sabe, um dia esses soldados minúsculos estarão marchando pra combater doenças com ainda mais precisão e eficácia - tudo graças às mentes curiosas que tentam desvendar os mistérios das proteínas e suas formulações!

Fonte original

Título: Optimized Protein-Excipient Interactions in theMartini 3 Force Field

Resumo: High drug dosages required for biotherapeutics, such as monoclonal antibodies (mAbs), and the small volumes that can be administered to patients via subcutaneous injections pose challenges due to high-concentration formulations. The addition of excipients such as arginine to high-concentration protein formulations can increase solubility and reduce the tendency of protein particle formation. Studying high-concentration mAb systems with molecular dynamics (MD) simulations can provide microscopic insights into the mode of action of excipients but requires large system sizes and long time scales that are currently out of reach at the fully atomistic level. Computationally efficient coarse grained models such as the Martini 3 force field can tackle this challenge but require careful parametrization, testing, and validation. This study extends the popular Martini 3 force field towards realistic protein-excipient interactions of arginine and glutamate excipients, using the Fab domains of the therapeutic mAbs trastuzumab and omalizumab as model systems. A novel Martini 3 mapping of the amino acid excipients is introduced, which explicitly captures the zwitterionic character of the backbone. The Fab-excipient interactions of arginine and glutamate are characterized at the single-residue level concerning molecular contacts. The Martini 3 simulations are compared with results from all-atom simulations as a reference. Our findings reveal an overestimation of Fab-excipient contacts in the original Martini 3 force field, suggesting a too strong attraction between protein surface residues and excipients. Therefore, we reparametrized the protein-excipient interaction parameters in Martini 3 against all-atom simulations. The excipient interactions obtained with the new Martini 3 mapping and Lennard-Jones (LJ) interaction parameters, coined Martini 3-exc, agree closely with the all-atom reference data. This work presents an improved parameter set for mAb-arginine and mAb-glutamate interactions in the Martini 3 coarse grained force field, enabling large-scale simulations of high-concentration mAb formulations and the stabilizing effect of the excipients.

Autores: Tobias M. Prass, Kresten Lindorff-Larsen, Patrick Garidel, Michaela Blech, Lars V. Schäfer

Última atualização: 2024-12-03 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.29.626008

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.29.626008.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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