Sci Simple

New Science Research Articles Everyday

# Biologia # Genómica

Decifrando o Código do Fungos da Ferrugem do Trigo

Cientistas tão revelando os segredos do genoma do fungo da ferrugem estriada do trigo pra proteger as colheitas.

Rita Tam, Mareike Möller, Runpeng Luo, Zhenyan Luo, Ashley Jones, Sambasivam Periyannan, John P. Rathjen, Benjamin Schwessinger

― 9 min ler


Segredos Genéticos do Segredos Genéticos do Fungos da Ferrugem do Trigo do trigo. ameaças do fungo da ferrugem estriada Novas descobertas ajudam a combater as
Índice

No mundo dos fungos, tem um pequeno encrenqueiro conhecido como o fungo da ferrugem da faixa do trigo, que cientificamente se chama Puccinia striiformis f. sp. tritici (vamos chamar de PST pra simplificar). Esse fungo já deu bastante dor de cabeça pros agricultores, estragando as plantações de trigo. Ele tem uma habilidade única de se reproduzir misturando material genético de diferentes fontes, o que complica a vida dos cientistas que tentam entender seus segredos. Recentemente, teve avanços empolgantes na tecnologia usada pra decifrar e entender seu código genético, revelando uma imagem mais clara de como ele funciona.

A Importância da Montagem do Genoma Completo

Uma montagem completa do genoma é como montar um quebra-cabeça onde todas as peças finalmente se encaixam. Antes, os cientistas tinham dificuldade em ver a imagem completa do genoma do Pst por causa de lacunas e dados incompletos. Mas, com a chegada de novas tecnologias de sequenciamento, os pesquisadores agora conseguem montar o genoma do fungo pedaço por pedaço, revelando detalhes que estavam escondidos.

Por que isso é importante? Entender o genoma completo permite aos cientistas responder perguntas importantes sobre como o fungo opera, sua evolução e como interage com as plantas. É como finalmente descobrir como o mágico tira um coelho da cartola.

Montagens Telômero a telômero

Uma ferramenta muito sofisticada na pesquisa genética é a montagem do genoma telômero a telômero (T2T). Esse método fornece uma visão completa de todo o material genético, desde as extremidades (telômeros) até o coração (genes). Isso revolucionou a forma como os cientistas olham não só pra fungos, mas também pra plantas e animais. O T2T permite uma visão de regiões complexas no genoma que antes eram mal compreendidas ou ignoradas.

Uma das razões pelas quais o T2T é tão legal é que ele produz imagens mais claras de áreas importantes no genoma, como os centrômeros—os pontos onde os cromossomos são mantidos juntos e divididos durante a reprodução. Compreender essas áreas ajuda os pesquisadores a aprender mais sobre como as espécies desenvolvem diferentes características e sobrevivem em ambientes variados. Centromeros são como os semáforos do genoma do fungo, direcionando o fluxo de informação genética.

O Enigma do Estado Dicário

Os fungos, como o Pst, podem ter uma configuração especial chamada estado dicário. Imagine dois colegas de quarto dividindo um apartamento, cada um com seu próprio quarto, mas vivendo juntos em harmonia. Nesse caso, os dois núcleos—cada um contendo seu próprio material genético—cooperam durante a divisão celular. Esse arranjo leva a uma grande diversidade, permitindo que o fungo se adapte e sobreviva em condições que mudam.

Apesar das claras vantagens dessa configuração, ainda tem muito a aprender sobre como ela funciona, especialmente em relação aos fungos. O mistério está em como esses dois conjuntos de informações genéticas interagem e influenciam o comportamento do fungo.

Desvendando o Genoma Fúngico

Pesquisadores recentemente avançaram bastante na compreensão do genoma do Pst. Eles descobriram que as áreas importantes para a reprodução do fungo não eram tão simples quanto se pensava antes. Usando tecnologias de sequenciamento avançadas, conseguiram mapear os genes ligados ao acasalamento e reprodução, que são como a linha de código que executa um programa de computador.

Essa compreensão pode ajudar a direcionar genes específicos responsáveis pela capacidade do fungo de infectar o trigo. Sabendo quais genes estão envolvidos, dá pra desenvolver estratégias pra combater o fungo e proteger as colheitas.

O Papel da Montagem Resolvida por Haplótipos

Vamos supor que você tenha dois irmãos gêmeos idênticos. Eles podem ter a mesma aparência, mas suas personalidades e preferências podem ser bem diferentes. Na genética, essas variações são chamadas de haplótipos. Quando os pesquisadores conseguem diferenciar entre os dois haplótipos do Pst, podem estudar como essas diferenças afetam o comportamento do fungo e sua interação com as plantas.

Por exemplo, certas mudanças no código genético podem levar a respostas diferentes quando o fungo tenta invadir uma planta. Compreender essas variações ajuda os cientistas a identificar pontos fracos onde podem aplicar contra-medidas, como encontrar fendas em uma armadura.

Elementos Transponíveis: Os Elementos Genéticos Móveis

Dentro do genoma do fungo, certas partes podem se mover, parecido com pequenos dançarinos nervosos numa festa. Esses são os elementos transponíveis (ETs). Eles compõem uma parte significativa do genoma e desempenham papéis críticos na sua evolução e adaptabilidade. Quando os ETs pulam de um lugar para outro, eles podem alterar como os genes funcionam ou até criar novas combinações genéticas.

No caso do Pst, os pesquisadores encontraram diferentes tipos de ETs enriquecendo o genoma, o que provavelmente contribui pra capacidade do fungo de se adaptar ao longo das gerações. Eles podem ajudar o fungo a sobreviver em vários ambientes ou torná-lo mais virulento contra as plantas.

Entendendo os Centromeros no Pst

Os centrômeros são as regiões cruciais dos cromossomos que os mantêm juntos durante a divisão celular. Eles podem ser excêntricos nos fungos, às vezes levando a comportamentos inesperados. No caso do Pst, os cientistas descobriram centrômeros grandes e bem incomuns que são ricos em elementos transponíveis. É como descobrir que sua pizzaria favorita tem um cardápio totalmente novo que você nunca suspeitou que existia.

Os pesquisadores também notaram que os centrômeros no Pst são altamente diversos, com cada haplótipo tendo suas características únicas. Essa variação pode impactar como o fungo se replica e interage com o ambiente. Entendendo essas peculiaridades, os cientistas podem prever melhor como o fungo pode evoluir ou se adaptar.

A Magia dos Arranjos de RDNA

Os arranjos de DNA ribossomal (rDNA) são as partes do genoma que ajudam a produzir os blocos de construção das proteínas. No Pst, os pesquisadores descobriram que os arranjos de rDNA são muito mais complicados do que o esperado, com variações entre seus dois haplótipos. Isso significa que os dois núcleos do fungo podem estar criando receitas diferentes, resultando em subtipos de rDNA distintos.

Entender como esses arranjos de rDNA funcionam pode oferecer insights sobre o crescimento do organismo, sua reprodução e interação com o ambiente. É como saber as receitas secretas de um chef, dando uma vantagem estratégica na cozinha.

Expressão Específica de Alelos: O Talento Oculto

Um aspecto importante da pesquisa genética é entender como diferentes alelos são expressos. Em termos mais simples, é sobre descobrir quais genes estão ativos e como isso afeta as características do organismo. No caso do Pst, os pesquisadores descobriram que certos genes relacionados à infecção eram expressos de maneira diferente entre os dois haplótipos.

Essa descoberta lança luz sobre por que algumas cepas de Pst podem ser mais prejudiciais do que outras. Identificando quais alelos estão ativamente envolvidos durante momentos-chave—como quando o fungo invade uma planta—os cientistas podem direcionar esses genes pra desenvolver melhores estratégias de defesa.

O Impacto do Ambiente na Expressão de Alelos

Assim como qualquer ser vivo, o ambiente pode impactar significativamente como os genes são expressos. No Pst, foi notado que a quantidade de umidade no solo, temperatura e o tipo de planta hospedeira poderiam influenciar quais alelos eram ativados e quão fortemente eram expressos. Isso lembra a ideia de uma planta sendo uma comedora exigente, ativando apenas certos genes quando servida nas condições certas.

Entendendo esses gatilhos ambientais, os pesquisadores podem criar modelos pra prever como o Pst se comportará em situações específicas, permitindo estratégias de proteção de colheitas mais eficazes.

Uma Abordagem “Dois em Um” pra Entender Infecções Fúngicas

Estudando ambos os haplótipos em profundidade, os pesquisadores têm uma melhor compreensão do potencial completo do fungo da ferrugem da faixa do trigo. Eles podem analisar como variações no genoma contribuem para a patogenicidade—essencialmente, quão bem o fungo pode infectar plantas. Essa abordagem dupla dá aos cientistas uma imagem mais clara de como combater essa ameaça agrícola.

Quando os cientistas entendem ambos os lados da moeda genética, conseguem criar estratégias mais eficazes pra proteger as colheitas de trigo, garantindo que os agricultores tenham uma chance de lutar contra esse fungo problemático.

O Futuro da Genômica Fúngica

Com o avanço da tecnologia, o futuro da genômica fúngica parece promissor. Os pesquisadores esperam descobrir ainda mais segredos escondidos nos genomas de organismos como o Pst. Montando esses quebra-cabeças complexos, eles podem fornecer aos agricultores e especialistas agrícolas as ferramentas necessárias pra combater doenças de forma mais eficaz.

Essa jornada contínua no mundo dos fungos não só melhorará nossa compreensão desses organismos, mas também levará à segurança alimentar e práticas agrícolas sustentáveis. Embora o caminho possa ser cheio de obstáculos, é um caminho que vale a pena explorar.

Conclusão

O mundo dos fungos, especialmente o fungo da ferrugem da faixa do trigo, pode parecer complexo e intimidador, mas com as ferramentas e abordagens certas, os cientistas estão fazendo progressos notáveis. Usando tecnologias de sequenciamento avançadas pra explorar o genoma, eles estão iluminando os aspectos ocultos desse organismo.

Desde entender seus centrômeros e arranjos de rDNA até as diferenças entre haplótipos e suas expressões, cada nova peça de conhecimento nos aproxima de gerenciar efetivamente o impacto desse fungo nas colheitas de trigo. À medida que olhamos pro futuro, certamente haverá muito mais pra aprender, e espero que menos falhas nas colheitas devido aos nossos pequenos amigos fúngicos!

Fonte original

Título: Long-read genomics reveal extensive nuclear-specific evolution and allele-specific expression in a dikaryotic fungus

Resumo: Phased telomere to telomere (T2T) genome assemblies are revolutionising our understanding of long hidden genome biology "dark matter" such as centromeres, rDNA repeats, inter-haplotype variation, and allele specific expression (ASE). Yet insights into dikaryotic fungi that separate their haploid genomes into distinct nuclei is limited. Here we explore the impact of dikaryotism on the genome biology of a long-term asexual clone of the wheat pathogenic fungus Puccinia striiformis f. sp. tritici. We use Oxford Nanopore (ONT) duplex sequencing combined with Hi-C to generate a T2T nuclear-phased assembly with >99.999% consensus accuracy. We show that this fungus has large regional centromeres enriched in LTR retrotransposons, with a single centromeric dip in methylation that suggests one kinetochore attachment site per chromosomes. The centromeres of chromosomes pairs are most often highly diverse in sequence and kinetochore attachment sites are not always positionally conserved. Each nucleus carries a unique array of rDNAs with >200 copies that harbour nucleus-specific sequence variations. The inter-haplotype diversity between the two nuclear genomes is caused by large-scale structural variations linked to transposable elements. Nanopore long-read cDNA analysis across distinct infection conditions revealed pervasive allele specific expression for nearly 20% of all heterozygous gene pairs. Genes involved in plant infection were significantly enriched in ASE genes which appears to be mediated by elevated CpG gene body methylation of the lower expressed pair. This suggests that epigenetically regulated ASE is likely a previously overlooked mechanism facilitating plant infection. Overall, our study reveals how dikaryotism uniquely shapes key eukaryotic genome features.

Autores: Rita Tam, Mareike Möller, Runpeng Luo, Zhenyan Luo, Ashley Jones, Sambasivam Periyannan, John P. Rathjen, Benjamin Schwessinger

Última atualização: 2024-12-12 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.11.628074

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.11.628074.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

Obrigado ao biorxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.

Artigos semelhantes