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# Biologia # Biofísica

A Dança do DNA: Como o Ambiente Molda Seus Passos

Descubra como várias substâncias influenciam o comportamento do DNA dentro das células.

Parth Rakesh Desai, John F. Marko

― 7 min ler


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O DNA, a famosa molécula que guarda nosso código genético, não tá lá sozinho. Nas células vivas, ele é influenciado por várias outras moléculas, que podem mudar o jeito que o DNA se comporta. Imagina o DNA como um macarrão espaguete que tá todo torcido, mas quando você joga uns ingredientes a mais na panela, ele muda de forma e como reage ao seu jeito de cozinhar. Nesse caso, esses ingredientes são vários compostos químicos encontrados nas células.

O Que É Superenrolamento de DNA?

Superenrolamento de DNA é um termo chique pra dizer que o DNA tá todo torcido. Pense como se estivesse torcendo um elástico. Quando você torce demais, ele começa a se enrolar sobre si mesmo, criando laços ou nós. O superenrolamento é importante pra que o DNA consiga caber no espacinho minúsculo de uma célula e ajuda em processos como replicação de DNA e expressão gênica.

Agora, o DNA pode ser superenrolado positivamente, onde ele tá torcido numa direção, ou negativamente superenrolado, onde tá torcido na outra. É como decidir se você vai torcer seu elástico no sentido horário ou anti-horário; essas duas formas têm efeitos diferentes sobre como o DNA funciona.

O Ambiente Agitado das Células

Dentro de uma célula, o DNA não fica flutuando sozinho; ele tem uma galera ao redor. Tem proteínas, sais e outras moléculas orgânicas que estão sempre em volta, deixando o ambiente do DNA bem agitado. Essa agitação pode afetar como o DNA se comporta, como quando muitos cozinheiros na cozinha podem estragar o caldo.

Um tipo importante de molécula que afeta o DNA são os solutos. Esses podem ser pensados como ingredientes que podem ajudar ou atrapalhar o desempenho do DNA. Por exemplo, quando a gente adiciona Glicerol ou Etileno glicol numa solução com DNA, isso pode mudar a forma como o DNA torce e gira.

Glicerol: O Desempenhador Astuto

Glicerol é uma substância comum que é frequentemente usada em laboratórios pra manter o DNA estável. Mas, na verdade, ele pode deixar o DNA menos estável quando as temperaturas mudam. Em termos simples, o glicerol pode fazer o DNA ficar mais propenso a abrir e separar suas fitas quando as coisas esquentam. Mas quando se trata de estresse mecânico—como sendo torcido—o glicerol também consegue aumentar a separação das fitas no DNA, ou seja, ele pode fazer o DNA desatar mais facilmente.

Imagina que você tá tentando torcer um elástico, mas seu amigo (o glicerol) fica soltando. Então, enquanto você tenta superenrolar seu elástico, ele não vai ajudar muito como antes.

Etileno Glicol: O Observador Quieto

Depois temos o etileno glicol, que é um primo próximo do glicerol. O legal do etileno glicol é que, enquanto ele também pode mudar a temperatura de fusão do DNA, não tem os mesmos efeitos quando se trata de causar separação de fitas. Sob estresse mecânico, o etileno glicol não impacta significativamente o superenrolamento de DNA. É como aquele amigo que só fica assistindo você torcer o elástico sem tentar ajudar ou atrapalhar.

Polietileno Glicol (PEG): O Transformador

Agora, vamos falar sobre polietileno glicol, ou PEG pra simplificar. O PEG pode, às vezes, fazer o DNA ficar mais compacto, como quando você coloca muita roupa numa mala e fica difícil de fechar. Quando usamos PEG de maior peso molecular, ele gera uma resposta única no DNA. Em vez de causar a separação do DNA, o PEG pode na verdade suprimir a separação local das fitas no DNA negativamente superenrolado.

Isso significa que, quando o PEG tá por perto, o DNA pode ter menos chances de abrir suas fitas, tornando-se mais estável. É como se o PEG fosse o segurança da porta de uma balada, mantendo tudo em ordem e evitando a separação indesejada das fitas.

Como os Cientistas Estudam Isso?

Pra descobrir tudo isso, os cientistas usam uma técnica chamada pinças magnéticas de moléculas únicas. Isso pode soar como algo de um filme de ficção científica, mas é uma maneira inteligente de estudar DNA. As pinças conseguem esticar e torcer uma única molécula de DNA enquanto medem como ela reage.

Usando essa técnica, os cientistas podem medir como o DNA responde a mudanças no seu ambiente, como a presença de agentes que causam aglomeração ou desidratação, como glicerol, etileno glicol ou PEG. Eles conseguem ver se o DNA fica mais longo ou mais curto, quanto ele torce, ou quando ele forma laços.

Os Resultados: Descobertas Surpreendentes

A parte divertida de toda essa exploração é o que os cientistas descobriram. O glicerol, que já sabemos que ajuda na estabilidade térmica, também solta as coisas sob estresse mecânico. Quando o glicerol tá presente, ele aumenta a separação local das fitas tanto no DNA superenrolado positivamente quanto negativamente. Isso mostra o quanto esse composto influencia nosso amado DNA.

Por outro lado, o etileno glicol foi meio sem graça. Ele não impactou significativamente o superenrolamento do DNA sob estresse. Comportou-se como aquele amigo que não contribui muito pra diversão de um passeio em grupo.

Em contraste, o PEG foi a estrela do show. Ele suprimiu a separação local das fitas no DNA negativamente superenrolado e facilitou pra que o DNA mantivesse sua estrutura. Isso mostra que diferentes agentes têm papéis únicos quando se trata do ambiente do DNA.

Aplicações na Vida Real

Entender como co-solutos afetam o DNA é importante por várias razões. Primeiro, isso pode ajudar os cientistas a entenderem melhor como o DNA se comporta em organismos vivos. Como as células vivas estão cheias de diferentes tipos de moléculas, o que vemos em testes em laboratório com DNA pode não se aplicar sempre ao que acontece na vida real.

Pra os pesquisadores, as descobertas podem ajudar a melhorar experimentos envolvendo DNA e proteínas. Se o DNA age de forma diferente sob condições aglomeradas, os cientistas devem considerar isso ao usar estudos in vitro (em tubos de ensaio) pra fazer previsões sobre o que acontece in vivo (em organismos vivos).

A Visão Geral

No fim das contas, o estudo de como diferentes substâncias afetam o superenrolamento do DNA destaca a complexidade da biologia molecular. O DNA não é afetado só por si mesmo, mas por todo o ambiente ao seu redor. Essas interações e dinâmicas importam pra uma compreensão adequada de como o DNA funciona e como interage com outras moléculas.

Então, da próxima vez que você pensar em DNA, não o veja só como uma dupla hélice simples. Pense nele como um dançarino em uma sala cheia, respondendo às músicas tocadas por seus vários companheiros. Com a quantidade certa de glicerol ou PEG, a performance pode ser suave ou desajeitada, dependendo do clima do momento. E é isso que torna o estudo do DNA tão empolgante!

Fonte original

Título: Molecular Crowding Suppresses Mechanical Stress-Driven DNA Strand Separation

Resumo: Molecular crowding influences DNA mechanics and DNA - protein interactions and is ubiquitous in living cells. Quantifying the effects of molecular crowding on DNA supercoiling is essential to relating in-vitro experiments to in-vivo DNA supercoiling. We use single molecule magnetic tweezers to study DNA supercoiling in the presence of dehydrating or crowding co-solutes. To study DNA supercoiling, we apply a stretching force of 0.8 pN to the DNA and then rotate one end of the DNA to induce supercoiling. In a 200 mM NaCl buffer without co-solutes, negatively supercoiled DNA absorbs some of the tortional stress by forming locally melted DNA regions. The base-pairs in these locally melted regions are believed to adopt a configuration where nucleotide base pairing is disrupted. We find that the presence of dehydrating co-solutes like glycerol and ethylene glycol results in further destabilization of base-pairs in negatively supercoiled DNA. The presence of polyethylene glycol, commonly used as crowding agents, suppresses local strand separation and results in plectoneme formation even when DNA is negatively supercoiled. The results presented in this letter suggest many further directions for studies of DNA supercoiling and supercoiled DNA - protein interactions in molecular conditions that approximate in-vivo molecular composition. SIGNIFICANCEAccurate modelling of DNA mechanics is central to interpreting results of single molecule studies of DNA mechanics and DNA-protein interactions. While the effect of molecular conditions on short and relaxed DNA has been studied, the influence of molecular conditions on DNA supercoiling has not been explored. We present the first single molecule study of DNA supercoiling in presence of crowding and dehydrating co-solutes. We observe that co-solutes can increase or completely suppress stress-driven local strand separation in negatively supercoiled DNA. This change of DNA supercoiling is likely to significantly affect the function of DNA-binding proteins. Our results motivate the need for systematic exploration of DNA supercoiling in presence of co-solutes to accurately relate in-vitro DNA-protein interactions to in-vivo DNA-protein interactions.

Autores: Parth Rakesh Desai, John F. Marko

Última atualização: 2024-12-12 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.11.628023

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.11.628023.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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