O Papel da Tensão nas Funções do DNA
Analisando como a tensão do DNA afeta a cópia e leitura dos genes.
Michelle D Wang, P. M. Hall, L. M. Mayse, L. Bai, M. B. Smolka, B. F. Pugh
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Índice
O DNA, a molécula que guarda nossas informações genéticas, tem uma estrutura específica que parece uma escada torcida. Essa estrutura pode criar tensão quando o DNA tá sendo copiado ou lido pra fazer proteínas. Essa tensão pode causar problemas pros proteínas que ajudam nesses processos. Uma proteína importante envolvida na leitura do DNA se chama RNA Polimerase. Ela vai se movendo ao longo do DNA, e quando seu movimento é limitado, o DNA se torce. Essa torção cria diferentes tipos de tensão no DNA.
O Papel da Tensão nos Processos do DNA
Quando a RNA polimerase se move, ela cria dois tipos de tensão: negativa e positiva. A tensão negativa acontece atrás da RNA polimerase, enquanto a tensão positiva ocorre na frente dela. Isso pode dificultar o trabalho da RNA polimerase e também pode afetar outras proteínas que ajudam a aliviar essa tensão. As topoisomerases são enzimas que ajudam a aliviar essa tensão. Elas são cruciais pra célula crescer e pro DNA funcionar direito.
Curiosamente, um pouco de tensão pode ser benéfico. A tensão negativa pode ajudar em processos que precisam que o DNA se desenrole, como quando o DNA tá sendo copiado ou reparado. A tensão positiva pode ajudar a remover proteínas que estão no caminho e pode ajudar a organizar o DNA dentro da célula.
Mapeando a Tensão no DNA
Pra estudar os efeitos da tensão no DNA, os cientistas precisam encontrar uma maneira de medi-la com precisão. Isso requer sensores especiais que se ligam ao DNA e podem mostrar quanta tensão tá presente. Um desses sensores se chama TMP. O TMP pode se ligar ao DNA de um jeito que revela a quantidade de tensão com base em como ele se prende ao DNA. Ele pode ser introduzido nas células facilmente, e sua ligação pode ser controlada usando luz.
Mas medir a tensão não é simples. A linha de base, ou nível inicial de tensão, pode variar com base na sequência do DNA e na facilidade que o sensor tem de acessar o DNA. Essa linha de base é importante pra determinar se o DNA tá sob tensão negativa ou positiva. Sem saber essa linha de base, pode ser difícil saber se as medições de tensão são precisas, já que outros fatores podem influenciar os resultados.
Desenvolvendo um Novo Método
Pra resolver o problema de medir a linha de base da tensão, pesquisadores criaram um novo método. Eles prepararam o DNA em um estado onde não havia tensão, mantendo a estrutura do DNA intacta. Essa preparação envolveu fixar o DNA no lugar e depois usar uma enzima pra cortá-lo de um jeito que liberasse a tensão. Depois disso, eles usaram o sensor TMP pra ver como ele se ligava ao DNA. Esse método permitiu que eles criassem um mapa claro mostrando onde a tensão está localizada no DNA durante os processos celulares normais.
Usando essa nova abordagem, eles conseguiram medir a tensão no DNA com precisão e entender como ela muda durante o processo de copiar e ler o DNA. Os resultados mostraram que a tensão negativa é encontrada perto do começo dos genes, enquanto a tensão positiva está nos finais. Esse padrão ajuda a apoiar a ideia de que o DNA se comporta de certa maneira durante processos como a transcrição, onde o DNA é transformado em RNA.
Expressão Gênica
A Relação entre Tensão eA quantidade de tensão no DNA também tá ligada a quão ativo um gene é. Genes que estão sendo copiados mais ativamente tendem a mostrar mais tensão. Pesquisadores analisaram genes com diferentes níveis de atividade e descobriram que genes mais ativos tinham níveis mais altos de tensão perto do começo e do fim. Isso mostra que, conforme a RNA polimerase se move pelo DNA, ela gera mais tensão quando o gene tá sendo expresso.
Cientistas também investigaram como as topoisomerases estão envolvidas com a tensão no DNA. Essas enzimas ajudam a aliviar a tensão gerada durante a transcrição. A pesquisa mostrou que conforme a tensão aumenta, a presença de topoisomerases também aumenta, sugerindo que essas enzimas são atraídas pra áreas com mais tensão.
Entendendo a Tensão Entre Genes Vizinhos
A tensão no DNA não fica isolada a um gene só. Ela pode influenciar genes vizinhos. Por exemplo, a tensão negativa pode se acumular entre os começos de dois genes vizinhos que estão orientados um longe do outro. Por outro lado, a tensão positiva pode se acumular entre os finais de dois genes vizinhos que estão orientados um em direção ao outro. Cientistas mapearam esses comportamentos e encontraram padrões que sugerem que a tensão entre genes pode afetar como eles são expressos e como interagem.
Conectando Tensão e Estrutura do Genoma
Manter uma estrutura tridimensional adequada de DNA dentro da célula é vital pra sua função. Pesquisas mostraram que áreas com pares de genes convergentes podem criar laços no DNA durante a divisão celular. Esses laços parecem estar relacionados a regiões de tensão positiva, sugerindo que a tensão pode ajudar a organizar a estrutura do DNA. Ao analisar dados de diferentes experimentos que estudaram esses laços, os pesquisadores descobriram que áreas com mais tensão correspondiam a esses laços.
A Importância da Medição Precisa da Tensão
Medir a tensão do DNA é essencial pra entender esses processos. Ao estabelecer a tensão de linha de base e usar os novos métodos desenvolvidos, os pesquisadores podem obter insights sobre como o DNA se comporta sob diferentes condições. Esse conhecimento pode levar a uma melhor compreensão de várias funções celulares e de como a expressão gênica é regulada.
Conclusão
Resumindo, a tensão no DNA tem um papel significativo em como os genes são copiados e lidos. Os novos métodos desenvolvidos pra medir essa tensão com precisão oferecem insights valiosos sobre processos celulares. À medida que os pesquisadores continuam a explorar esses padrões, eles vão descobrir mais sobre as complexas relações entre a tensão do DNA, a expressão gênica e a função celular. Esse entendimento pode abrir caminhos pra avanços na pesquisa genética e possíveis abordagens terapêuticas no futuro.
Fonte original
Título: High-Resolution Genome-Wide Maps Reveal Widespread Presence of Torsional Insulation
Resumo: Torsional stress in chromatin plays a fundamental role in cellular functions, influencing key processes such as transcription, replication, and chromatin organization. Transcription and other processes may generate and be regulated by torsional stress. In the genome, the interplay of these processes creates complicated patterns of both positive (+) and negative (-) torsion. However, a challenge in generating an accurate torsion map is determining the zero-torsion baseline signal, which is conflated with chromatin accessibility. Here, we introduce a high-resolution method based on the intercalator trimethylpsoralen (TMP) to address this challenge. We describe a method to establish the zero-torsion baseline while preserving the chromatin state of the genome of S. cerevisiae. This approach enables both high-resolution mapping of accessibility and torsional stress in chromatin in the cell. Our analysis shows transcription-generated torsional domains consistent with the twin-supercoiled-domain model of transcription and suggests a role for torsional stress in recruiting topoisomerases and in regulating 3D genome architecture via cohesin. Significantly, we reveal that insulator sequence-specific transcription factors decouple torsion between divergent promoters, whereas torsion spreads between divergent promoters lacking these factors, suggesting that torsion serves as a regulatory mechanism in these regions. Although insulators are known to decouple gene expression, our finding provides a physical explanation of how such decoupling may occur. This new method provides a potential path forward for using TMP to measure torsional stress in the genome without the confounding contribution of accessibility in chromatin.
Autores: Michelle D Wang, P. M. Hall, L. M. Mayse, L. Bai, M. B. Smolka, B. F. Pugh
Última atualização: 2025-01-04 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.11.617876
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.11.617876.full.pdf
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