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Approfondimenti sulle varianti del virus dell'encefalite equina venezuelana

Uno studio svela le strutture chiave dell'RNA che influenzano la replicazione del VEEV e i focolai.

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Gli alfavirus sono un tipo di virus che hanno uno strato esterno e portano il loro materiale genetico come RNA. Appartengono alla famiglia Togaviridae e si diffondono principalmente tramite insetti come le zanzare. Questi virus possono causare malattie gravi sia negli esseri umani che negli animali. Si trovano in tutto il mondo e possono provocare diversi tipi di malattie, colpendo principalmente le articolazioni o il cervello.

Uno degli alfavirus più noti è il Virus dell'encefalite equina venezuelana (VEEV). Questo virus causa focolai di febbre e infezioni cerebrali in cavalli e umani in regioni come l'America Centrale e Meridionale. Il VEEV di solito si trasmette tra alcuni tipi di zanzare e roditori selvatici come i ratti di cotone. Questi roditori sono i principali ospiti del virus. Tuttavia, il virus può anche mutare per creare nuovi ceppi più dannosi e diffondersi rapidamente tra animali più grandi come i cavalli. Quando ciò accade, gli esseri umani possono essere esposti al virus e soffrire di gravi infezioni cerebrali che possono portare alla morte.

Struttura del VEEV

Il genoma del VEEV è lungo circa 11.500 lettere e ha una struttura speciale a entrambe le estremità. La parte anteriore ha un cappuccio che aiuta il virus a nascondersi dal sistema immunitario, mentre la parte posteriore ha una coda che aiuta alla stabilità del virus. Il genoma ha due principali frame di lettura: la prima parte crea proteine necessarie per il ciclo vitale del virus, mentre la seconda parte aiuta a creare proteine che formano lo strato esterno del virus.

Studi recenti suggeriscono che alcune strutture RNA nel virus potrebbero aiutarlo a sfuggire al sistema immunitario, permettendo una Replicazione più efficace. Queste strutture possono cambiare a seconda del tipo di ceppo, il che può influenzare il comportamento del virus in diverse cellule ospiti.

Comprendere i diversi ceppi di VEEV

Per differenziare tra vari ceppi di VEEV, gli scienziati hanno esaminato da vicino il loro patrimonio genetico e identificato schemi comuni. Alcuni ceppi sono noti per causare malattie lievi, mentre altri portano a sintomi gravi. I ceppi di VEEV possono essere divisi in due categorie principali in base al loro comportamento negli ospiti: enzootici ed epizootici.

I ceppi enzootici si vedono tipicamente nella fauna selvatica e non causano grandi focolai negli esseri umani. I ceppi epizootici possono causare focolai negli animali come i cavalli, che possono poi spillover nella popolazione umana. L'emergere di questi ceppi epizootici coinvolge spesso cambiamenti nella struttura del virus, come mutazioni nelle proteine che aiutano il virus ad attaccarsi ai suoi ospiti.

Cambiamenti nel VEEV nel tempo

L'emergere di nuovi ceppi di VEEV può avvenire attraverso mutazioni che si verificano mentre il virus si replica nei suoi ospiti. Questi cambiamenti possono migliorare la capacità del virus di infettare cavalli e umani, portando a focolai. Ad esempio, specifiche mutazioni nella proteina di attacco virale possono aumentare quanto bene il virus si diffonde tra le zanzare, facilitando l'infezione di più ospiti.

Gli scienziati hanno scoperto che una proteina particolare chiamata E2 è importante per la capacità del virus di diffondersi. Cambiamenti in questa proteina, causati da mutazioni, possono portare a nuovi ceppi con proprietà diverse, inclusa l'efficacia nel sfuggire al sistema immunitario.

Ruolo delle strutture RNA nel comportamento virale

Ricerche recenti hanno evidenziato l'importanza delle strutture RNA nel genoma del VEEV. Queste strutture possono determinare quanto bene il virus si replica e si diffonde in diversi tipi di cellule. Ad esempio, cambiamenti nelle strutture RNA associate alla proteina E1 del virus possono influenzare significativamente quanto bene il virus cresce nei macrofagi, che sono cellule immunitarie che aiutano il corpo a combattere le infezioni.

Concentrandosi su queste specifiche strutture RNA, gli scienziati possono comprendere meglio come il VEEV si adatta e si evolve. L'idea è che le strutture aiutano il virus a evitare la rilevazione da parte del sistema immunitario, permettendo una replicazione più efficace nei suoi ospiti.

Osservazioni sperimentali

Per studiare le differenze tra i ceppi di VEEV, i ricercatori hanno confrontato ceppi strettamente correlati del virus. Hanno identificato regioni chiave nell'RNA che potrebbero avere strutture diverse tra i ceppi enzootici ed epizootici. L'analisi ha rivelato che aree specifiche nell'RNA possono influenzare la capacità del virus di replicarsi in diversi tipi di cellule, come macrofagi e altre cellule immunitarie.

I ricercatori hanno costruito su osservazioni precedenti esaminando i cambiamenti nelle strutture RNA negli esperimenti. Hanno utilizzato uno strumento software per prevedere come l'RNA si sarebbe piegato, fornendo insight sulla stabilità delle diverse strutture trovate in questi ceppi. Questa analisi ha permesso di identificare regioni specifiche nel genoma virale che sono significative per il comportamento virale.

Impatto sui tipi di cellule

Confrontando la replicazione di diversi ceppi di VEEV in vari tipi di cellule, i ricercatori hanno trovato che le strutture RNA alterate portavano a differenze significative in quanto bene il virus poteva replicarsi. Nei macrofagi, che sono le cellule immunitarie che aiutano a eliminare le infezioni, i ceppi con specifiche strutture RNA mostrano una replicazione potenziata. Questo suggerisce che la struttura RNA può influenzare significativamente la risposta immunitaria dell'ospite al virus.

Curiosamente, gli stessi ceppi non hanno mostrato gli stessi vantaggi di replicazione in altri tipi di cellule come i fibroblasti o le cellule dendritiche. Questa specificità evidenzia l'importanza di comprendere come diversi ceppi virali interagiscono con vari tipi di cellule.

Implicazioni per l'evoluzione virale

I risultati di questi studi hanno importanti implicazioni per comprendere come il VEEV evolve nel tempo. I dati suggeriscono che non solo i cambiamenti delle proteine, ma anche i cambiamenti delle strutture RNA giocano un ruolo cruciale nella capacità del virus di adattarsi a nuovi ambienti e ospiti. Mentre il virus muta, potrebbe acquisire la capacità di infettare nuove specie o aumentare la sua patogenicità.

Studiare questi cambiamenti potrebbe fornire agli scienziati informazioni su come controllare meglio i focolai di VEEV, specialmente nei cavalli, e gestire i rischi per la salute umana. Questa conoscenza potrebbe aprire la strada allo sviluppo di vaccini e strategie terapeutiche che mirano efficacemente e controllano il VEEV e altri virus correlati.

Conclusione

L'emergere di nuovi ceppi di VEEV sottolinea la necessità di ricerche continuative sulla biologia genetica e strutturale del virus. Comprendendo il ruolo delle strutture RNA e il loro impatto sul comportamento del virus, i ricercatori possono sviluppare nuove strategie per la prevenzione e il trattamento. Questo è particolarmente importante data la potenzialità del virus di causare focolai che possono influenzare gravemente sia le popolazioni animali che umane.

In sintesi, lo studio del VEEV e delle sue complesse interazioni con le cellule ospiti evidenzia la natura intricata dell'evoluzione virale. Svelando queste relazioni, gli scienziati sono meglio attrezzati per affrontare le sfide poste dagli alfavirus e la loro potenziale diffusione all'interno e attraverso le popolazioni.

Capire come il virus adatta le sue strategie di replicazione, in particolare attraverso i cambiamenti delle strutture RNA, sarà fondamentale per sviluppare interventi di successo in futuro. Il viaggio per scoprire questi meccanismi non arricchisce solo la nostra conoscenza scientifica, ma aiuta anche a proteggere la salute pubblica contro le minacce virali in evoluzione.

Fonte originale

Titolo: {-}{-}{-}{-}{-}{-}{-}{-}RNA structures within Venezuelan equine encephalitis virus E1 alter macrophage replication fitness and contribute to viral emergence

Estratto: Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) is a mosquito-borne +ssRNA virus belonging to the Togaviridae. VEEV is found throughout Central and South America and is responsible for periodic epidemic/epizootic outbreaks of febrile and encephalitic disease in equines and humans. Endemic/enzootic VEEV is transmitted between Culex mosquitoes and sylvatic rodents, whereas epidemic/epizootic VEEV is transmitted between mosquitoes and equids, which serve as amplification hosts during outbreaks. Epizootic VEEV emergence has been shown to arise from mutation of enzootic VEEV strains. Specifically, epizootic VEEV has been shown to acquire amino acid mutations in the E2 viral glycoprotein that facilitate viral entry and equine amplification. However, the abundance of synonymous mutations which accumulate across the epizootic VEEV genome suggests that other viral determinants such as RNA secondary structure may also play a role in VEEV emergence. In this study we identify novel RNA structures in the E1 gene which specifically alter replication fitness of epizootic VEEV in macrophages but not other cell types. We show that SNPs are conserved within epizootic lineages and that RNA structures are conserved across different lineages. We also identified several novel RNA-binding proteins that are necessary for altered macrophage replication. These results suggest that emergence of VEEV in nature requires multiple mutations across the viral genome, some of which alter cell-type specific replication fitness in an RNA structure-dependent manner. AUTHOR SUMMARYUnderstanding how viral pathogens emerge is critical for ongoing surveillance and outbreak preparedness. However, our understanding of the molecular mechanisms that drive viral emergence are still not completely understood. Emergence of the mosquito-borne virus Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV) is known to require mutations in the viral attachment protein (E2), which drive viremia and transmission. We have observed that emergent strains (epizootic VEEV) also accumulate many silent mutations, suggesting that other determinants independent of protein sequence also contributes to emergence. In this study we identify novel RNA secondary structures associated with epizootic VEEV that alters viral replication in a cell-type dependent manner. We show that these RNA structures are conserved across epizootic viruses and identify host proteins that specifically bind these RNAs. These findings imply that viral emergence requires multiple mutations, a number of which likely alter viral structure in a manner that benefits viral replication and transmission.

Autori: Jennifer Hyde, S. E. Hickson

Ultimo aggiornamento: 2024-04-09 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.09.588743

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.09.588743.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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