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Come i Coronavirus Adattano i Loro Geni nel Tempo

Uno studio rivela come i coronavirus mantengano o perdano geni in base al loro ambiente.

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Coronavirusi eCoronavirusi eAdattamento Geneticoi geni in base alle sfide ambientali.Indagare su come i coronavirus cambiano
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I coronavirus sono un tipo di virus noti per avere genomi RNA grandi, che possono variare da circa 27.000 a 32.000 basi. Una caratteristica unica dei coronavirus è la loro capacità di mantenere l'accuratezza del loro Materiale Genetico durante la replicazione. Questo è dovuto al fatto che hanno un componente speciale nella loro macchinetta di copia dell'RNA che corregge gli errori, qualcosa che non si trova in molti altri virus RNA. Questo alto livello di accuratezza consente ai coronavirus di aggiungere nuove informazioni genetiche, come geni extra, che possono essere ottenuti da altre fonti.

La teoria dell'evoluzione suggerisce che quando i virus RNA come i coronavirus aggiungono nuovi geni, questi geni dovrebbero rapidamente fornire qualche vantaggio al virus. Se non lo fanno, c'è una buona possibilità che il virus se ne liberi. Studi condotti su altri virus hanno dimostrato che il materiale genetico extra viene spesso perso rapidamente se non è utile. Tuttavia, per i coronavirus, non c'è stata abbastanza ricerca per capire completamente come questi virus cambiano il loro patrimonio genetico nel tempo. La maggior parte degli studi si è concentrata su piccole variazioni nel codice genetico del virus piuttosto che su alterazioni più grandi come l'aggiunta o la perdita di geni.

Investigazione del Virus dell'Epatite dei Topi (MHV)

Per indagare come i coronavirus si adattano ai nuovi geni, i ricercatori hanno studiato il virus dell'epatite dei topi (MHV). Questo virus è un esempio comune di betacoronavirus, la stessa famiglia che include virus responsabili di malattie come SARS e MERS. In questo studio, un segmento specifico del codice genetico dell'MHV è stato sostituito con un gene di una cellula che aiuta a combattere le infezioni virali. Facendo questo, i ricercatori volevano vedere cosa sarebbe successo quando questo nuovo gene si sarebbe trovato di fronte a diverse sfide nelle cellule infettate.

Il gene aggiunto è legato a una parte della risposta immunitaria chiamata via OAS-RNase L, che il virus cerca tipicamente di evitare. Inserendo questo gene, i ricercatori potevano simulare un evento in cui un virus acquisisce un nuovo gene da un'altra fonte. Erano particolarmente interessati a come questo nuovo materiale genetico sarebbe stato mantenuto in diversi ambienti.

Risultati dello Studio

I ricercatori hanno scoperto che il nuovo gene è stato rapidamente perso in alcune condizioni in cui il sistema immunitario non stava attivamente mirando al virus. Questo era previsto, poiché si allinea con teorie precedenti sulla tendenza dei virus a liberarsi di informazioni inutili quando non sono utili. Tuttavia, esaminando un'altra parte del genoma dell'MHV che ci si aspettava fosse superflua, hanno trovato che era stranamente trattenuta in tutte le condizioni testate. Questo è stato sorprendente perché suggerisce che non tutto il materiale genetico nei virus si comporta come ci si aspetterebbe.

Infatti, anche quando la parte del genoma che produceva una certa proteina è diventata inattiva, è stata comunque mantenuta nel virus. Questa scoperta è stata confermata in altri coronavirus, come SARS-CoV-2, in cui una sezione del virus è stata mantenuta nonostante avesse perso la sua funzione originale.

Comprendere la Pressione Selettiva sui Virus

Per capire le pressioni che fanno sì che i virus mantengano o perdano geni, i ricercatori hanno testato il loro MHV modificato in diversi tipi di cellule. Hanno notato che in un tipo di cellula immunitaria, il virus modificato con il nuovo gene si replicava bene, mentre in un altro tipo di cellula, il virus faticava a sopravvivere senza di esso. Questo ha indicato che gli ambienti delle cellule giocavano un ruolo significativo nel destino del nuovo gene.

Col passare del tempo, i ricercatori hanno continuato a osservare il virus in entrambi i tipi di cellule. Nelle cellule immunitarie, il nuovo gene è stato preservato, ma nell'altro tipo di cellula, parti di esso hanno iniziato a scomparire. Quello che hanno trovato è stato che la popolazione virale in quelle cellule si è rapidamente adattata al suo ambiente perdendo il nuovo gene. Questa è stata una conclusione chiave: il nuovo materiale genetico è stato mantenuto solo in condizioni specifiche.

Ulteriore Analisi del Comportamento Virale

Lo studio ha anche esaminato se i modi in cui i geni cambiano nel tempo siano diversi tra i vari tipi di coronavirus. Hanno trovato alcune somiglianze ma hanno anche notato differenze, suggerendo che certi geni potrebbero avere funzioni nascoste che sono cruciali per la sopravvivenza del virus.

Un dettaglio importante era il diverso grado di stabilità per i vari geni. Ad esempio, un gene nell'MHV è stato mantenuto anche se non serviva più al suo ruolo precedente. Questo solleva la questione di quali altre funzioni potrebbe avere questo gene oltre a fornire istruzioni per la produzione di proteine.

Nel caso del virus SARS-CoV-2, ampiamente studiato, i ricercatori hanno notato che alcune sequenze genetiche sono state mantenute anche dopo che i virus sono mutati per non produrre più certe proteine. Questo evidenzia una complessità nell'evoluzione dei virus, mostrando che possono mantenere geni per motivi diversi dalla loro immediata utilità.

Implicazioni Reali dei Risultati

I risultati di questo studio sono significativi per capire come i virus possano evolversi e adattarsi ai loro ambienti. Sapere quali geni vengono mantenuti o scartati può aiutare i ricercatori a prevedere come un virus potrebbe rispondere a vari trattamenti o vaccini.

Concentrandosi sull'equilibrio tra il mantenimento di certi geni e la perdita di altri, gli scienziati sono meglio attrezzati per affrontare le infezioni virali e sviluppare strategie per controllare le epidemie. Questo potrebbe portare a vaccini e terapie più efficaci in futuro, soprattutto con l'emergere di nuove varianti di virus.

Direzioni Future nella Ricerca Virale

Man mano che i ricercatori continuano a indagare su come i virus aggiustano il loro patrimonio genetico in risposta all'ambiente, sarà essenziale considerare non solo i singoli geni ma anche la struttura complessiva del genoma virale. Questo potrebbe rivelare schemi che informano non solo lo sviluppo di vaccini ma anche la nostra comprensione di come si sviluppano le pandemie.

In conclusione, l'interazione tra geni acquisiti di recente e pressioni selettive nei genomi virali è complessa. Lo studio dell'MHV e di altri coronavirus fa luce sui fattori in gioco nell'evoluzione virale. Combinando esperimenti di laboratorio con analisi genetiche, gli scienziati possono scoprire nuove intuizioni sul comportamento dei virus e sul loro potenziale impatto sulla salute umana.

I ricercatori sono incoraggiati a condurre ulteriori studi per vedere come questi schemi si manifestano in contesti reali e per esplorare le implicazioni di queste scoperte negli sforzi in corso per comprendere e combattere le malattie virali.

Fonte originale

Titolo: Hidden evolutionary constraints dictate the retention of coronavirus accessory genes

Estratto: Coronaviruses exhibit many mechanisms of genetic innovation, including the acquisition of accessory genes that originate by capture of cellular genes or through duplication of existing viral genes. Accessory genes influence viral host range and cellular tropism, but little is known about how selection acts on these variable regions of virus genomes. We used experimental evolution of mouse hepatitis virus (MHV) encoding a cellular AKAP7 phosphodiesterase and an inactive native phosphodiesterase, NS2 to model the evolutionary fate of accessory genes. After courses of serial infection, the gene encoding inactive NS2, ORF2, unexpectedly remained intact, suggesting it is under cryptic constraint uncoupled from the function of NS2. In contrast, AKAP7 was retained under strong selection but rapidly lost under relaxed selection. Experimental evolution also led to altered viral replication in a cell type-specific manner and changed the relative proportions of subgenomic viral RNA in plaque-purified viral isolates, revealing additional mechanisms of adaptation. Guided by the retention of ORF2 and similar patterns in related betacoronaviruses, we analyzed ORF8 of SARS-CoV-2, which arose via gene duplication and contains premature stop codons in several globally successful lineages. As with MHV ORF2, the coding-defective SARS-CoV-2 ORF8 gene remains largely intact, mirroring patterns observed during MHV experimental evolution, challenging assumptions on the dynamics of gene loss in virus genomes and extending these findings to viruses currently adapting to humans.

Autori: Nels C. Elde, S. A. Goldstein, T. M. Feeley, K. M. Babler, Z. A. Hilbert, D. M. Downhour, N. Moshiri

Ultimo aggiornamento: 2024-10-09 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.12.561935

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.12.561935.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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