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Eradicazione del vaiolo: Lezioni per oggi

Esaminando l'eradicazione del vaiolo e le implicazioni per i virus emergenti.

Katie K. Tseng, Heather Koehler, Daniel J. Becker, Rory Gibb, Colin J. Carlson, Maria del Pilar Fernandez, Stephanie N. Seifert

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L'eredità del vaiolo e le L'eredità del vaiolo e le minacce virali rischi dei virus emergenti. Esplorando la storia del vaiolo e i
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Il Vaiolo, causato dal virus variola, ha un posto importante nella storia umana. Questa malattia contagiosa era famosa per la sua capacità di diffondersi rapidamente, causando malattie gravi e alte mortalità. Prima di essere finalmente eradicato, il vaiolo ha fatto ammalare molte persone e ha creato paura diffusa. Tuttavia, la lotta contro questo virus ha portato a un importante traguardo medico: lo sviluppo del primo vaccino efficace.

L'Ascesa e la Caduta del Vaiolo

Il vaiolo è diventato famoso secoli fa, attaccando popolazioni in tutto il mondo. Le epidemie erano così gravi che hanno lasciato molte persone con cicatrici e hanno mietuto innumerevoli vite. Questa situazione ha costretto scienziati e dottori a prendere provvedimenti, portando alla scoperta dei metodi di Vaccinazione. Il primo vaccino efficace è stato creato utilizzando un virus correlato ma più mite, che forniva un certo livello di protezione contro il vaiolo.

Nel 1980, abbiamo raggiunto un traguardo quando l'Organizzazione Mondiale della Sanità ha dichiarato il vaiolo ufficialmente estinto. Questo successo è stato in gran parte attribuito agli sforzi coordinati in tutto il mondo per vaccinare le persone contro il virus. Ciò che ha reso questo traguardo ancora più notevole è che non c'erano riserve animali che potessero mantenere il virus vivo al di fuori delle popolazioni umane. Se ci fossero stati animali che potevano ospitare il virus, avrebbe potuto continuare a rappresentare una minaccia.

Dopo l'eradicazione riuscita del vaiolo, gli sforzi di vaccinazione sono diminuiti. Di conseguenza, l'immunità delle persone contro virus correlati è diminuita. Nonostante questo calo nell'immunità, gli scienziati sanno che i virus appartenenti alla stessa famiglia di quello del vaiolo esistono ancora e circolano tra gli animali. Questo significa che c'è ancora la possibilità che alcuni di questi virus possano riprendere a infettare gli esseri umani, portando a nuove preoccupazioni sanitarie.

Comprendere gli Orthopoxvirus

Gli Orthopoxvirus, la famiglia a cui appartiene il virus variola, sono interessanti per la loro capacità di infettare vari mammiferi. Anche se sappiamo che molti di questi virus possono infettare gli animali, la lista completa degli ospiti animali è ancora in gran parte sconosciuta. Una ragione di questo mistero è che questi virus hanno molti geni accessori che li aiutano a evitare di essere catturati dai sistemi immunitari dei loro ospiti. Alcuni di questi geni potrebbero influenzare come un virus interagisce con diversi tipi di animali.

Man mano che questi virus evolvono, alcuni geni possono andare persi o guadagnati nel tempo, il che potrebbe influenzare il modo in cui si adattano ai loro ospiti. Per esempio, una versione modificata del vaccino per il vaiolo, chiamata virus vaccinia modificato Ankara, ha perso una quantità significativa del suo materiale genetico. Questa perdita significa che non interagisce in modo così ampio con gli ospiti come i suoi parenti più virulenti.

Altri Orthopoxvirus, come il virus mpox (ex virus monkeypox) e il virus della vaccinia, hanno un range di ospiti più ampio. La recente diffusione del virus mpox in diverse regioni ha sollevato allarmi sulla possibilità che possa saltare avanti e indietro tra animali e umani. Eventi recenti coinvolgenti cervi dalla coda bianca e SARS-CoV-2 evidenziano quanto velocemente i virus possono adattarsi e diffondersi.

Virus Emergenti e Interazione con gli Ospiti

Gli scienziati hanno cercato di prevedere quali animali potrebbero essere ospiti per questi virus emergenti. Tuttavia, molti modelli si basano su caratteristiche ecologiche degli ospiti e ignorano le importanti caratteristiche molecolari dei virus. A volte, gli scienziati potrebbero pensare che un certo tipo di animale possa infettarsi in base alle sue caratteristiche, solo per rimanere scioccati nel scoprire che non può essere infettato quando viene testato.

Per esempio, si pensava che i maiali domestici potessero essere ospiti potenziali per un virus in base alle loro caratteristiche. Eppure, quando testati nella vita reale, non si sono infettati affatto. Allo stesso modo, alcuni pipistrelli erano stati previsti come ospiti per il virus Nipah, ma di nuovo, non hanno supportato l'infezione nei test. La connessione tra il virus e il suo potenziale Ospite può essere complicata e richiede più di semplici caratteristiche ecologiche per essere compresa.

I virus sono anche noti per evolversi nel tempo, a volte cambiando il loro range di ospiti. Un esempio tipico è la variante Omicron di SARS-CoV-2, che è riuscita a infettare una gamma più ampia di animali rispetto ai suoi predecessori. Studiando i genomi dei virus, i ricercatori possono raccogliere indizi sulla compatibilità potenziale degli ospiti, il che può migliorare i modelli predittivi.

Un Nuovo Approccio per Predire le Associazioni Ospite-Virus

Per affrontare questi problemi, gli scienziati hanno sviluppato nuovi metodi utilizzando algoritmi avanzati. Hanno usato un modello noto come alberi di regressione potenziati (BRT), che è utile nella ricerca ecologica ed evolutiva. Questo modello combina sia le caratteristiche degli ospiti che quelle dei virus per prevedere quali mammiferi potrebbero essere associati a specifici Orthopoxvirus.

Nella loro ricerca, hanno creato due modelli. Il primo modello ha esaminato le interazioni ospite-virus conosciute, mentre il secondo ha combinato tratti ecologici e dati genomici virali. Questo ha permesso di prevedere quali generi animali erano più propensi a essere infettati da specifici Orthopoxvirus.

Usando entrambi gli approcci, i ricercatori hanno valutato come diversi metodi di rilevamento influenzassero le loro previsioni. Hanno combinato dati provenienti da varie tecniche di rilevamento per avere una visione più completa dei potenziali ospiti.

Performance dei Modelli

I modelli che si sono concentrati solo sui tratti degli ospiti hanno mostrato una ragionevole accuratezza predittiva. Tuttavia, quelli che hanno combinato sia informazioni sugli ospiti che sui virus hanno ottenuto un successo ancora maggiore. Quando si esaminava la performance predittiva, i ricercatori hanno scoperto che includere caratteristiche genetiche virali aiutava a identificare accoppiamenti ospite-virus più accurati.

Un risultato notevole è stata la scoperta di schemi riguardo ai tipi di ospiti che erano più suscettibili agli Orthopoxvirus. Non sorprende che certe famiglie di animali, come i gatti, fossero più propense a ospitare questi virus, mentre altre, come i conigli e i roditori, erano meno propense. Queste informazioni illuminano potenziali vie per capire come questi virus potrebbero trasferirsi nelle popolazioni umane.

Squilibrio di Classe e Tecniche di Ottimizzazione

Una delle sfide che i ricercatori affrontano frequentemente è lo squilibrio di classe, il che significa che il numero di ospiti nel loro dataset può distorcere i risultati. I ricercatori devono essere consapevoli di questo problema per evitare di trarre conclusioni errate. Per affrontare questa sfida, i ricercatori hanno esplorato diversi metodi di soglia per classificare accuratamente i potenziali ospiti.

Regolando la soglia per cercare una maggiore sensibilità, potevano catturare più potenziali ospiti, anche se ciò significava accettare alcuni falsi positivi. L'obiettivo era minimizzare il rischio di perdere eventuali veri ospiti mantenendo comunque un numero gestibile di previsioni.

Questo aggiustamento si è rivelato vantaggioso per capire quali animali potrebbero ospitare gli Orthopoxvirus. Per esempio, quando la soglia era fissata all'80%, il numero di generi ospiti previsti aumentava drasticamente. Una tendenza simile è stata osservata quando la soglia è stata aumentata al 90%. Questa flessibilità consente agli scienziati di personalizzare le loro previsioni in base alla situazione.

Il Ruolo della Distribuzione Geografica

Mentre i ricercatori si addentravano deeper nei loro risultati, hanno anche mappato le posizioni geografiche degli animali previsti come ospiti per gli Orthopoxvirus. Questa mappatura ha rivelato aree con alte densità di potenziali ospiti, spesso situate in regioni dove i tassi di vaccinazione contro il vaiolo erano bassi. Tali risultati indicavano un rischio che questi virus potessero tornare, specialmente in regioni con limitata protezione dai vaccini.

Aree come gli Himalaya orientali, l'Africa Centrale e alcune isole sono state notate per il loro potenziale nell'ospitare questi virus. Riconoscere questi hotspot è cruciale per monitorare possibili focolai e consentire sforzi di sorveglianza mirati.

Comprendere i Geni Accessori

Un aspetto interessante dello studio riguardava i geni accessori, che possono svolgere un ruolo significativo in come i virus interagiscono con i loro ospiti. I ricercatori hanno identificato quali geni erano più influenti nella determinazione della compatibilità con l'ospite.

Attraverso l'analisi dei componenti principali, hanno raggruppato questi geni accessori per identificare schemi che potessero spiegare come certi virus potessero infettare con successo vari ospiti. I geni associati con l'evitamento immunitario o interazioni con le cellule ospiti erano particolarmente significativi nel modellare le relazioni tra diversi virus e i loro ospiti mammiferi.

Sfide e Limitazioni

Mentre i ricercatori hanno fatto significativi progressi, hanno anche riconosciuto alcune sfide. Una delle principali limitazioni è la dipendenza dai dati disponibili, il che potrebbe portare a lacune nella comprensione delle interazioni ospite-virus. Inoltre, il fatto che alcune funzioni dei geni non siano ancora ben caratterizzate pone una barriera a conclusioni più chiare.

Lo studio ha anche evidenziato l'importanza della collaborazione nella raccolta di informazioni sui virus e sui loro ospiti. Integrando dati provenienti da diverse specie e regioni, i ricercatori possono creare un quadro più completo delle potenziali minacce poste dai virus emergenti.

Il Futuro della Ricerca sui Virus Zoonotici

Con il mondo sempre più interconnesso, la possibilità che i virus saltino dagli animali agli esseri umani è sempre presente. La crescente frequenza di focolai ci fa ripensare come affrontiamo la salute pubblica e il monitoraggio della fauna selvatica. Alla luce di ciò, le previsioni sui potenziali ospiti sono più cruciali che mai.

Continuando a perfezionare i modelli per includere dati genomici, i ricercatori possono ampliare la loro comprensione di come i virus potrebbero diffondersi. Tale conoscenza può aiutare le autorità a sviluppare strategie di monitoraggio migliori, così da mitigare i rischi posti da patogeni emergenti come quelli della famiglia Orthopoxvirus.

In sintesi, mentre la battaglia contro il vaiolo è stata vinta, la guerra contro i virus emergenti continua. È importante rimanere vigili e informati mentre nuovi studi aprono la strada alla comprensione di come questi patogeni interagiscono con il regno animale. E chissà? Forse un giorno saremo in grado di prevedere il prossimo cattivo virus prima che abbia la possibilità di dire: "Sorpresa!"

Fonte originale

Titolo: Viral genomic features predict orthopoxvirus reservoir hosts

Estratto: Orthopoxviruses (OPVs), including the causative agents of smallpox and mpox have led to devastating outbreaks in human populations worldwide. However, the discontinuation of smallpox vaccination, which also provides cross-protection against related OPVs, has diminished global immunity to OPVs more broadly. We apply machine learning models incorporating both host ecological and viral genomic features to predict likely reservoirs of OPVs. We demonstrate that incorporating viral genomic features in addition to host ecological traits enhanced the accuracy of potential OPV host predictions, highlighting the importance of host-virus molecular interactions in predicting potential host species. We identify hotspots for geographic regions rich with potential OPV hosts in parts of southeast Asia, equatorial Africa, and the Amazon, revealing high overlap between regions predicted to have a high number of potential OPV host species and those with the lowest smallpox vaccination coverage, indicating a heightened risk for the emergence or establishment of zoonotic OPVs. Our findings can be used to target wildlife surveillance, particularly related to concerns about mpox establishment beyond its historical range.

Autori: Katie K. Tseng, Heather Koehler, Daniel J. Becker, Rory Gibb, Colin J. Carlson, Maria del Pilar Fernandez, Stephanie N. Seifert

Ultimo aggiornamento: 2024-12-12 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.26.564211

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.26.564211.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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