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# La biologia # Genetica

Il confronto tra geni e ambiente nella salute

Esplora come genetica e ambiente influiscono sui nostri rischi per la salute.

W. James Gauderman, Yubo Fu, Bryan Queme, Eric Kawaguchi, Yinqiao Wang, John Morrison, Hermann Brenner, Andrew Chan, Stephen B. Gruber, Temitope Keku, Li Li, Victor Moreno, Andrew J Pellatt, Ulrike Peters, N. Jewel Samadder, Stephanie L. Schmit, Cornelia M. Ulrich, Caroline Um, Anna Wu, Juan Pablo Lewinger, David A. Drew, Huaiyu Mi

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Geni vs. Ambiente: Rischi Geni vs. Ambiente: Rischi per la Salute esiti di salute. Svelare l'impatto della genetica sugli
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I geni e l'ambiente giocano ruoli significativi nella nostra salute. A volte, la nostra composizione genetica ci rende più sensibili (o resistenti) a influenze ambientali specifiche. Questa relazione è conosciuta come interazione gene-ambiente, spesso abbreviata in interazione GxE. Immagina i tuoi geni come un libro e l'ambiente come un lettore. A seconda di come il lettore interpreta il testo, il significato può cambiare. In questo caso, alcune esposizioni possono aumentare o diminuire il rischio di sviluppare malattie in base alle nostre predisposizioni genetiche.

Cos'è un Pun score poligenico?

Per misurare come i geni influenzano il nostro rischio di problemi di salute, gli scienziati hanno sviluppato uno strumento chiamato Pun score poligenico (PRS). Puoi pensarci come a una "pagella genetica". Questo punteggio prende in considerazione diverse varianti genetiche—come piccoli segnaposto su una mappa gigantesca del tuo DNA—e le combina per dare un'idea complessiva di quanto è probabile che tu sviluppi un tratto o una malattia specifica. Queste varianti genetiche vengono spesso identificate attraverso ampi studi che cercano legami tra geni e condizioni di salute.

Ad esempio, se ricevi un rapporto sulla salute che dice: "Sei a rischio più alto di ipertensione," è simile a come funziona un PRS – riassume il tuo rischio genetico basato su una collezione di varianti genetiche conosciute.

Analisi dell'interazione gene-ambiente

Un'analisi GxE si concentra sull'identificazione di gruppi di persone con determinati tratti genetici che potrebbero reagire in modo diverso a fattori ambientali specifici. Pensala in questo modo: due persone potrebbero essere esposte alla stessa condizione ambientale, ad esempio, il fumo. Una persona, a causa del proprio background genetico, potrebbe sviluppare problemi respiratori, mentre l'altra passa senza un colpo di tosse.

L'obiettivo di queste analisi è vedere come l'ambiente interagisce con specifici background genetici nel valutare il rischio di malattia. Questo può essere cruciale per sviluppare strategie di prevenzione efficaci.

Il ruolo del PRS negli studi gene-ambiente

Negli ultimi anni, i ricercatori hanno utilizzato il PRS per approfondire queste interazioni GxE in varie condizioni di salute come il cancro ai polmoni, il diabete, l'ADHD e problemi cardiaci. Analizzando come il rischio genetico di una persona interagisce con influenze ambientali, i ricercatori possono meglio identificare chi potrebbe essere a rischio e quali strategie di prevenzione potrebbero funzionare meglio per loro.

Immagina di avere una sfera di cristallo che ti dice non solo che potresti prendere un raffreddore quest'inverno, ma che lo prenderesti più facilmente se circondato da persone che starnutiscono e tossiscono. Questo è il tipo di intuizione che gli scienziati mirano a dare tramite queste analisi.

Sfide nella rilevazione delle Interazioni gene-ambiente con il PRS

Tuttavia, usare il PRS per esplorare queste interazioni non è sempre semplice. Una sfida nasce dal fatto che il PRS standard include una vasta gamma di varianti genetiche, molte delle quali potrebbero non essere direttamente rilevanti per il fattore ambientale specifico studiato.

Ad esempio, se pensi al PRS come a una pentola di zuppa, potrebbe contenere molti ingredienti che non si abbinano. Alcuni ingredienti potrebbero diluire il sapore dei gusti che vuoi evidenziare, specialmente quando stai cercando interazioni specifiche. Questo può rendere più difficile identificare quali fattori genetici contano davvero quando si considerano le influenze ambientali sul rischio di malattia.

Da qui i punteggi poligenici di percorso (pPRS)

Per affrontare queste sfide, i ricercatori propongono di utilizzare qualcosa chiamato punteggi poligenici di percorso, o pPRS. Mentre un PRS guarda il quadro generale, un pPRS si concentra su specifici percorsi biologici—pensalo come uno zoom su una sezione particolare della zuppa dove vivono tutti i buoni sapori.

Un pPRS include solo le varianti genetiche che si sa interagire con determinati fattori ambientali. Concentrandosi su questi set specifici di SNP, i ricercatori sperano di identificare meglio le interazioni e aumentare il potere di rilevare queste associazioni.

Analisi basata su percorsi in azione

Per illustrare come funziona, i ricercatori hanno esaminato il cancro colorettale (CRC) utilizzando sia PRS che pPRS. Si sono concentrati su un fattore protettivo noto: l'uso di farmaci anti-infiammatori non steroidei (FANS), spesso venduti senza ricetta (pensa all'ibuprofene).

I ricercatori hanno guardato a un gruppo sostanzioso di persone con CRC e senza. Raccogliendo dati dettagliati sull'uso di FANS e analizzando i dati genetici di questi individui, hanno cercato di capire come i geni possano influenzare l'effetto dei FANS sul rischio di CRC.

Per l'analisi, hanno identificato 204 varianti genetiche legate al CRC da un ampio studio genetico. Hanno poi creato un PRS complessivo basato su queste varianti e un pPRS che attingeva a specifiche varianti genetiche note per essere associate a determinati percorsi biologici.

I risultati dello studio sul CRC

Hanno scoperto che, mentre il PRS generale non mostrava un'interazione significativa con l'uso di FANS, il pPRS sì! In particolare, due percorsi legati a TGF-β e al recettore dell'ormone gonadotropina mostrano un legame significativo con l'uso di FANS nella protezione contro il CRC.

Questo significa che, se hai determinati profili genetici associati a questi percorsi, potresti ottenere più protezione dall'assunzione di FANS contro il cancro colorettale. Pensalo come avere un superpotere contro il CRC se hai la giusta composizione genetica e usi i FANS in modo appropriato!

Impatto della comprensione delle interazioni GxE sulla prevenzione

I risultati di ricerche come questa possono influenzare significativamente il nostro approccio alla medicina preventiva. Riconoscendo fattori genetici specifici che modificano l'impatto delle esposizioni ambientali, i professionisti della salute possono ottimizzare meglio le strategie di prevenzione.

Ad esempio, se il background genetico di una persona suggerisce che è a rischio più alto di sviluppare CRC, anche con l'uso di FANS, i professionisti sanitari potrebbero suggerire strategie di screening più mirate o ulteriori misure protettive.

Direzioni future nella ricerca gene-ambiente

Man mano che i ricercatori continuano su questa linea di indagine, sperano di affinare ulteriormente i loro metodi. Sarebbe utile esplorare diverse varianti genetiche, oltre a quelle associate a malattie, e esaminare come interagiscono con altri fattori ambientali.

Ad esempio, considera come dieta, attività fisica o persino posizione geografica potrebbero intrecciarsi con fattori genetici quando si valuta il rischio di malattia. Comprendere questa complessità può aiutare a costruire un migliore quadro per la medicina personalizzata.

Conclusione

Le interazioni gene-ambiente presentano un affascinante enigma per i ricercatori. Rivelano come la nostra genetica e l'ambiente possono lavorare insieme per influenzare la nostra salute in modi profondi. Utilizzando strumenti come PRS e pPRS, gli scienziati sono meglio equipaggiati per districare queste interazioni e svelare intuizioni che possono alla fine portare a strategie di prevenzione migliorate e risultati di salute.

Man mano che continuiamo su questo cammino, le possibilità di comprendere e mitigare i rischi per la salute crescono, aprendo porte a approcci personalizzati che si adattano ai background genetici individuali. Chissà? Forse un giorno avremo tutti la nostra ricetta per una vita lunga e sana, personalizzata in base ai nostri unici ingredienti genetici!

Fonte originale

Titolo: Pathway Polygenic Risk Scores (pPRS) for the Analysis of Gene-environment Interaction

Estratto: A polygenic risk score (PRS) is used to quantify the combined disease risk of many genetic variants. For complex human traits there is interest in determining whether the PRS modifies, i.e. interacts with, important environmental (E) risk factors. Detection of a PRS by environment (PRS x E) interaction may provide clues to underlying biology and can be useful in developing targeted prevention strategies for modifiable risk factors. The standard PRS may include a subset of variants that interact with E but a much larger subset of variants that affect disease without regard to E. This latter subset will water down the underlying signal in former subset, leading to reduced power to detect PRS x E interaction. We explore the use of pathway-defined PRS (pPRS) scores, using state of the art tools to annotate subsets of variants to genomic pathways. We demonstrate via simulation that testing targeted pPRS x E interaction can yield substantially greater power than testing overall PRS x E interaction. We also analyze a large study (N=78,253) of colorectal cancer (CRC) where E = non-steroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs), a well-established protective exposure. While no evidence of overall PRS x NSAIDs interaction (p=0.41) is observed, a significant pPRS x NSAIDs interaction (p=0.0003) is identified based on SNPs within the TGF-{beta} / gonadotropin releasing hormone receptor (GRHR) pathway. NSAIDS is protective (OR=0.84) for those at the 5th percentile of the TGF-{beta}/GRHR pPRS (low genetic risk, OR), but significantly more protective (OR=0.70) for those at the 95th percentile (high genetic risk). From a biological perspective, this suggests that NSAIDs may act to reduce CRC risk specifically through genes in these pathways. From a population health perspective, our result suggests that focusing on genes within these pathways may be effective at identifying those for whom NSAIDs-based CRC-prevention efforts may be most effective. Author SummaryThe identification of polygenic risk score (PRS) by environment (PRSxE) interactions may provide clues to underlying biology and facilitate targeted disease prevention strategies. The standard approach to computing a PRS likely includes many variants that affect disease without regard to E, reducing power to detect PRS x E interactions. We utilize gene annotation tools to develop pathway-based PRS (pPRS) scores and show by simulation studies that testing pPRS x E interaction can yield substantially greater power than testing PRS x E, while also integrating biological knowledge into the analysis. We apply our method to a large study of colorectal cancer to identify a significant pPRS x NSAIDs interaction (p=0.0003) based on SNPs within the TGF-{beta} / gonadotropin releasing hormone receptor (GRHR) pathway. Our findings suggest that focusing on genetic susceptibility within biologically informed pathways may be more sensitive for identifying exposures that can be considered as part of a precision prevention approach.

Autori: W. James Gauderman, Yubo Fu, Bryan Queme, Eric Kawaguchi, Yinqiao Wang, John Morrison, Hermann Brenner, Andrew Chan, Stephen B. Gruber, Temitope Keku, Li Li, Victor Moreno, Andrew J Pellatt, Ulrike Peters, N. Jewel Samadder, Stephanie L. Schmit, Cornelia M. Ulrich, Caroline Um, Anna Wu, Juan Pablo Lewinger, David A. Drew, Huaiyu Mi

Ultimo aggiornamento: 2024-12-20 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.16.628610

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.16.628610.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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