Le Rôle de la Dominance en Génétique
Comprendre la dominance aide à expliquer comment les traits sont hérités et influencent la forme physique.
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Table des matières
- Impact de la dominance sur la forme physique
- Le rôle de la dominance dans les études évolutives
- Paramètres de dominance et leur mesure
- Estimer les paramètres de sélection et de dominance
- L'approche Arabidopsis
- Enquête sur la dominance chez les humains
- Conséquences évolutives de la dominance
- Simuler la variation génétique et le fardeau
- Conclusion
- Source originale
- Liens de référence
La Dominance est une idée super importante en génétique. Ça aide à comprendre comment différentes versions d'un gène, appelées allèles, influencent les traits d'un organisme. En génétique, un individu peut avoir deux allèles différents pour un gène. Ces allèles peuvent être identiques, ce qu'on appelle homozygote, ou différents, ce qu'on appelle Hétérozygote. La manière dont ces allèles interagissent peut influencer comment certains traits sont transmis des parents aux enfants.
Quand on parle de dominance, on fait souvent référence à comment un certain allèle peut masquer l'effet d'un autre allèle. Par exemple, si un allèle est dominant, il va déterminer le trait qui s'exprime, tandis qu'un allèle récessif ne montrera son effet que si les deux copies du gène sont récessives. Cette idée de dominance est cruciale pour comprendre comment différents traits s'expriment chez les organismes et comment les Mutations peuvent impacter la forme physique d'un organisme.
Impact de la dominance sur la forme physique
La forme physique, c'est un terme utilisé en biologie pour décrire à quel point un organisme peut survivre et se reproduire dans son environnement. En génétique, l'effet sur la forme physique d'un génotype hétérozygote peut être comparé à celui des deux génotypes Homozygotes. Selon la dominance d'une mutation, son impact sur la forme physique peut varier énormément.
Quand une mutation est complètement récessive, elle n'a aucun impact sur la forme physique quand un individu est hétérozygote. En revanche, quand la mutation est additive, son effet sur un génotype hétérozygote est exactement entre les deux génotypes homozygotes. Ça veut dire que comprendre si les mutations sont récessives, additives, ou quelque part entre les deux est essentiel pour étudier la génétique évolutive.
Le rôle de la dominance dans les études évolutives
Le concept de dominance est crucial quand on étudie comment la taille de la population affecte les variations nuisibles et la dépression consanguine. C'est important parce que le comportement des mutations nuisibles change selon qu'elles sont très récessives ou partiellement récessives. Par exemple, si une mutation est très récessive, elle peut se comporter très différemment dans une petite population par rapport à une plus grande.
Beaucoup d'études se sont concentrées sur comment les populations humaines portent des mutations nuisibles. Les chercheurs ont examiné comment la migration historique des humains hors d'Afrique a affecté le niveau de variations nuisibles dans différentes populations. Les résultats de ces études suggèrent que les populations non africaines pourraient porter un fardeau plus élevé de variations génétiques nuisibles à cause du goulot d'étranglement qu'elles ont rencontré lors de la migration.
Paramètres de dominance et leur mesure
Malgré l'importance de comprendre la dominance en génétique, les chercheurs n'ont pas bien quantifié les paramètres de dominance chez les humains ou d'autres vertébrés. Il y a très peu d'estimations disponibles, et celles qui existent ne couvrent que de petites parties du génome humain. Ce manque d'informations complique notre compréhension de comment la dominance fonctionne chez les humains.
Dans des milieux de laboratoire, les scientifiques ont étudié la dominance en utilisant des organismes modèles comme les mouches à fruits et la levure. Ces études soutiennent généralement l'idée que les mutations nuisibles sont souvent partiellement récessives, mais soulignent aussi une incertitude significative. De plus, les résultats des études contrôlées en laboratoire ne se traduisent pas toujours bien dans les populations naturelles, surtout chez des organismes plus complexes comme les humains.
Estimer les paramètres de sélection et de dominance
Une autre façon d'estimer les effets de la sélection et de la dominance est d'analyser les motifs de variation génétique. Une méthode courante consiste à utiliser un modèle statistique pour inférer des paramètres basés sur les fréquences observées des allèles dans une population. Cependant, ça peut devenir compliqué quand la distribution des effets de forme physique pour de nouvelles mutations est inconnue.
Beaucoup d'études ont soit ignoré les paramètres de dominance, soit présumé que toutes les mutations sont additives. C'est une grosse erreur, car des recherches récentes suggèrent qu'assumer une seule valeur de dominance pour toutes les mutations pourrait ne pas être précis. Certains chercheurs ont essayé d'adapter des modèles qui tiennent compte des effets non-additifs, mais ces études ont rencontré des défis à identifier clairement la relation entre la dominance et les coefficients de sélection.
L'approche Arabidopsis
Dans une tentative de mieux comprendre la dominance, les chercheurs se sont intéressés aux populations d'Arabidopsis, une plante modèle. En utilisant à la fois des populations autofécondées et des populations issues du croisement, ils ont acquis des éclaircissements sur les paramètres de dominance. Les populations autofécondées fournissent des informations sur la sélection, tandis que les populations issues du croisement éclairent comment les mutations se comportent dans un état hétérozygote.
Ces études ont trouvé des preuves d'une relation entre la dominance et la gravité de la mutation. Des mutations plus nuisibles tendent à être plus récessives, avec certaines montrant même que des mutations modérément nuisibles peuvent être très récessives. Ces résultats contrastent avec ceux d'autres organismes et soulignent le potentiel des paramètres de dominance à varier considérablement d'une espèce à l'autre.
Enquête sur la dominance chez les humains
Pour mieux comprendre la dominance chez les humains, les scientifiques ont commencé à examiner à quel point différents modèles de dominance correspondent aux motifs de variation génétique dans les populations humaines. Puisqu'il est difficile de séparer les effets de la sélection et de la dominance uniquement sur la base des données génétiques, les chercheurs ont contraint leurs modèles à refléter des scénarios de dominance réalistes.
Leurs analyses ont montré qu'une gamme de modèles de dominance peut s'adapter aux données de variation génétique humaine. Certains modèles suggèrent un lien entre les allèles dominants et les mutations délétères, ce qui pourrait avoir des implications importantes pour comprendre la diversité génétique humaine et l'histoire de notre espèce.
Conséquences évolutives de la dominance
Les implications de ces résultats vont au-delà des humains. Dans les espèces non humaines, particulièrement celles menacées d'extinction, comprendre la dominance et son rôle dans la variation nuisible peut aider à prédire la viabilité des populations. Beaucoup d'études ont déjà commencé à explorer comment les effets des variations génétiques récessives peuvent impacter la survie de petites populations isolées.
Par exemple, les chercheurs ont découvert que des changements dans les tailles de population historiques peuvent affecter significativement les risques d'extinction, surtout lorsque des allèles nuisibles très récessifs sont présents. Ce domaine de recherche est crucial car il peut contribuer aux efforts de conservation pour les espèces en danger.
Simuler la variation génétique et le fardeau
Les scientifiques ont mené des simulations pour mieux comprendre comment différents modèles de dominance affectent le fardeau des variations nuisibles dans les populations humaines. Ces simulations peuvent fournir des insights sur la façon dont divers modèles de variation génétique et de dominance influencent la santé et la forme physique globales des populations.
Dans leurs simulations, les chercheurs ont trouvé que le fardeau des variations génétiques nuisibles pouvait varier selon le modèle de dominance utilisé. Par exemple, certains modèles ont indiqué que les populations non africaines pourraient avoir un fardeau génétique légèrement plus élevé, tandis que d'autres ont suggéré des bénéfices potentiels dans certaines conditions.
Conclusion
En résumé, la dominance joue un rôle vital en génétique et en biologie évolutive, affectant comment les traits s'expriment et comment les populations s'adaptent à leur environnement. Bien que beaucoup de progrès ait été réalisé dans la compréhension de la dominance et de ses implications, des défis subsistent, en particulier dans la mesure des paramètres de dominance chez les humains et d'autres vertébrés.
La recherche continue dans ce domaine peut aider à clarifier les mécanismes par lesquels la dominance influence la variation génétique, la dynamique des populations, et même les efforts de conservation des espèces. À mesure que nous en apprenons plus sur les relations complexes entre la dominance, la mutation et la forme physique, nous pouvons acquérir une compréhension plus profonde des processus évolutifs qui façonnent la diversité de la vie sur Terre.
Titre: Constraining models of dominance for nonsynonymous mutations in the human genome
Résumé: Dominance is a fundamental parameter in genetics, determining the dynamics of natural selection on deleterious and beneficial mutations, the patterns of genetic variation in natural populations, and the severity of inbreeding depression in a population. Despite this importance, dominance parameters remain poorly known, particularly in humans or other non-model organisms. A key reason for this lack of information about dominance is that it is extremely challenging to disentangle the selection coefficient (s) of a mutation from its dominance coefficient (h). Here, we explore dominance and selection parameters in humans by fitting models to the site frequency spectrum (SFS) for nonsynonymous mutations. When assuming a single dominance coefficient for all nonsynonymous mutations, we find that numerous h values can fit the data, so long as h is greater than [~]0.15. Moreover, we also observe that theoretically-predicted models with a negative relationship between h and s can also fit the data well, including models with h=0.05 for strongly deleterious mutations. Finally, we use our estimated dominance and selection parameters to inform simulations revisiting the question of whether the out-of-Africa bottleneck has led to differences in genetic load between African and non-African human populations. These simulations suggest that the relative burden of genetic load in non-African populations depends on the dominance model assumed, with slight increases for more weakly recessive models and slight decreases shown for more strongly recessive models. Moreover, these results also demonstrate that models of partially recessive nonsynonymous mutations can explain the observed severity of inbreeding depression in humans, bridging the gap between molecular population genetics and direct measures of fitness in humans. Our work represents a comprehensive assessment of dominance and deleterious variation in humans, with implications for parameterizing models of deleterious variation in humans and other mammalian species. Author SummaryThe dominance coefficient (h) of a mutation determines its impact on organismal fitness when heterozygous. For instance, fully recessive mutations (h=0) have no effects on fitness when heterozygous whereas additive mutations (h=0.5) have an effect that is intermediate to the two heterozygous mutations. The extent to which deleterious mutations may be recessive, additive, or dominant is a key area of study in evolutionary genetics. However, dominance parameters remain poorly known in humans and most other organisms due to a variety of technical challenges. In this study, we aim to constrain the possible set of dominance and selection parameters for amino acid changing mutations in humans. We find that a wide range of models are possible, including models with a theoretically-predicted relationship between h and s. We then use a range of plausible selection and dominance models to explore how deleterious variation may have been shaped by the out-of-Africa bottleneck in humans. Our results highlight the subtle influence of dominance on patterns of genetic load in humans and demonstrate that models of partially recessive mutations at amino-acid-changing sites can explain the observed effects of inbreeding on mortality in humans.
Auteurs: Kirk E Lohmueller, C. C. Kyriazis
Dernière mise à jour: 2024-02-26 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.25.582010
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.25.582010.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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