Réponse au Covid-19 à Brasília : Une étude

Le COVID-19 a commencé en Chine fin 2019 et s'est rapidement répandu à travers le monde, y compris aux États-Unis et en Amérique du Sud, infectant plein de gens. Le 11 mars 2020, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré une urgence de santé publique de portée internationale (USPPI) à cause de sa forte contagion. En date du 5 mai 2023, le Covid-19 est mieux contrôlé, et l'OMS a levé l'alerte USPPI.

Pour gérer et réduire l'impact du Covid-19, plusieurs stratégies ont été mises en place. Ça incluait le port de masques, le maintien de la distance sociale, la gestion des ressources de santé, l'investissement dans la recherche, le développement de traitements, la création de vaccins et l'assurance de Tests en temps voulu.

Une stratégie clé était le dépistage de la population, qui a aidé au diagnostic précoce et a assisté dans la planification des quarantaines et d'autres actions nécessaires. Le test de Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) est devenu la méthode standard pour confirmer les cas de Covid-19 et a été largement utilisé dans les labos de santé publique. Au Brésil, les premiers cas de Covid-19 confirmés en laboratoire sont apparus en février 2020, et en mars, les tests se sont étendus à l'échelle nationale avec une formation fournie aux labos de santé locaux.

#Réponse du système de santé

Au Brésil, le Réseau de soins de santé (RAS) est responsable de fournir des services de santé complets. Les laboratoires LACEN ont joué un rôle important dans cette crise sanitaire, car ils font partie de la structure de santé de soutien. Ils offrent une assistance diagnostique et thérapeutique, essentielle pour une bonne planification de la santé.

Cette étude examine comment le système de diagnostic a réagi au Covid-19 et comment la Surveillance Génomique du virus a été réalisée pendant la période USPPI à Brasília, la capitale du Brésil. Elle est basée sur les données publiques disponibles et couvre la pandémie de mars 2020 à mai 2023.

Les données sur les cas et les décès liés au Covid-19 ont été obtenues auprès du ministère de la Santé, tandis que les stats de vaccination pour Brasília viennent du portail Covid-19 Vacinometer. L'étude a analysé les données diagnostiques du département de santé local et examiné le temps nécessaire pour publier les résultats de laboratoire.

Pour suivre les variants du virus, des données génomiques des patients de Brasília ont été récupérées d'une base de données mondiale. L'étude a évalué le total des génomes séquencés par divers laboratoires de mars 2020 à mai 2023.

Les données ont été organisées sur Excel, et une analyse statistique a été réalisée à l'aide de Stata pour comprendre la relation entre les temps de publication des résultats de laboratoire, le nombre d'échantillons, l'avancement de la vaccination et les taux de mortalité.

#Tendances des tests et de la vaccination

Le laboratoire LACEN à Brasília a testé plus de 500 000 échantillons en utilisant la méthode RT-PCR, avec le plus grand nombre de tests réalisés en 2021. Le volume des tests a fluctué tout au long de la pandémie. En 2020, les tests ont atteint un pic à mi-année puis ont diminué, pour remonter avec l'apparition du variant Alpha en décembre 2020. La montée du variant Gamma en janvier 2021 a montré une corrélation directe avec l'augmentation des cas de Covid-19.

En janvier 2022, l'émergence du variant Omicron a conduit à un nombre record de cas, submergeant la capacité du laboratoire à répondre. Malgré l'augmentation des cas, la production du laboratoire était insuffisante, les résultats des tests étant en dessous du nombre de cas enregistrés.

Tout au long de 2023, les tests et le nombre de cas ont diminué à Brasília, reflétant une tendance nationale. Les décès dus au Covid-19 ont également varié, atteignant un pic en avril 2021 lors de la montée du variant Gamma. Après un pic des tests ce même mois, le nombre de décès a chuté de manière significative.

#Impact de la vaccination

En 2023, avec une population de plus de 3 millions, Brasília a vu une grande partie de ses résidents se faire vacciner. Quand la couverture vaccinale a atteint 50 % en septembre 2021, il y a eu une chute marquée des cas. L'administration de doses de rappel a également contribué à cette baisse.

Dans l'ensemble, les efforts de vaccination semblaient corrélés à des taux de mortalité plus bas, malgré l'absence de lien positif entre vaccination et nombre de cas. Au fur et à mesure que les Vaccinations avançaient, le nombre de cas et de décès a généralement diminué.

Le temps moyen qu'il fallait au LACEN pour publier les résultats des tests était le plus long en juillet 2020, prenant environ huit jours. Cependant, en 2021, cette moyenne a diminué de manière drastique, avec des résultats souvent disponibles en moins d'un jour.

#Comprendre les résultats et les variants

Une étude des données provenant de différentes sources a révélé que la plupart du séquençage génétique du virus a été réalisé par des laboratoires privés, tandis que le LACEN de Brasília a séquencé un nombre plus limité d'échantillons. Cela montre l'importance de la collaboration entre les entités publiques et privées dans la gestion de la pandémie.

Le séquençage du virus a montré une participation significative des labos privés et des institutions de santé publique locales. Les résultats ont confirmé que le virus a subi plusieurs mutations, conduisant à l'émergence de nouveaux variants.

La réponse à la pandémie à Brasília a vu des pics de tests RT-PCR coïncidant avec la montée de différents variants. Le variant Omicron est apparu quand les efforts de vaccination étaient en cours, marquant une phase critique dans la lutte contre le virus.

À partir de septembre 2021, la demande pour le test RT-PCR a diminué, probablement à cause de l'introduction de tests rapides antigéniques. L'augmentation de l'utilisation de ces tests a permis des résultats plus rapides et une approche différente de la gestion de la pandémie. Bien que les tests rapides aient été bénéfiques, ils ont aussi posé des défis, certains résultats n'étant pas enregistrés dans le système de santé centralisé.

#Limitations et conclusions

Cette étude met en avant les défis liés à l'utilisation de données secondaires, qui peuvent être incomplètes ou inexactes. Elle ne fournit pas non plus de taux spécifiques d'incidence de la maladie ou de mortalité à cause de sa nature exploratoire.

La capacité du laboratoire à répondre au Covid-19 était directement liée au nombre de cas et de décès. Alors que la vaccination ne se corrélait pas directement avec le nombre de cas et de décès, elle a joué un rôle crucial dans la réduction de la propagation du virus et des décès.

Au fil du temps, le LACEN de Brasília a maintenu un bon délai de réponse pour les résultats de tests, tandis que la demande pour les tests RT-PCR a diminué. La majorité du séquençage génomique provenait des laboratoires privés, soulignant le besoin d'une meilleure collaboration lors de futures crises de santé publique.

Globalement, cette étude démontre que la réponse diagnostique de Brasília au SARS-CoV-2 a été efficace, fournissant des insights qui pourraient aider à améliorer les réponses sanitaires futures tant au Brésil qu'à l'international. Les résultats soulignent l'importance de la préparation des laboratoires face aux défis sanitaires présents et futurs.