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# Biologie # Biochimie

L'énigme de la latéralité de la vie

Explorer la dominance de la gaucherie dans les éléments fondamentaux de la vie.

Shannon Kim, Marco Todisco, Aleksandar Radakovic, Jack W. Szostak

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Le Mystère Gauchiste de Le Mystère Gauchiste de la Vie molécules gauchères en biologie. Examine la préférence pour les
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Dans le monde des créatures vivantes, il y a une règle un peu bizarre qui régit les éléments fondamentaux de la vie. Tu vois, tout notre ADN est fait de D-nucléotides, et toutes les protéines sont faites d'acides aminés L. C'est comme si tout le monde avait décidé d'utiliser que des chaussures gauches pour une soirée dansante, laissant les droites de côté ! Cette étrange constance soulève des questions sur comment la vie a commencé et pourquoi elle a choisi une saveur plutôt qu'une autre.

C'est quoi le délire avec le gauche et le droit ?

En chimie, les choses peuvent venir en deux formes : gauches et droites, appelées énantiomères. Imagine une paire de gants, un pour la main gauche et l'autre pour la droite. Ils se ressemblent mais ne peuvent pas s'adapter à l’une ou l’autre main. Dans les organismes vivants, les D-nucléotides et les L-acides aminés sont les énantiomères des acides nucléiques et des protéines, qui sont cruciaux pour la vie.

Les premiers jours de la vie devaient être bien faits dès le début : mélanger ces deux types serait comme essayer de mettre un gant gauche sur une main droite. Des études montrent que si tu mélanges les versions D et L, les réactions essentielles nécessaires à la vie deviennent complètement folles. La copie des acides nucléiques s'effondre, et personne n'aime une soirée avec des mouvements de danse cassés.

Le poulet et l'œuf de la vie : Qui est arrivé en premier ?

La question reste : avons-nous eu les D-nucléotides avant les L-acides aminés, ou l'inverse ? Certains scientifiques pensent qu'une fois que l'ARN (le intermédiaire entre l'ADN et les protéines) a trié ses D-nucléotides, cela a influencé la sélection des L-acides aminés pour les protéines. C'est comme si l'ARN était le créateur de tendances de la vie, décidant que les L-acides aminés étaient la voie à suivre.

Mais voici le twist : si l'ARN a eu son mot à dire sur le choix des L-acides aminés, qu'en est-il des autres molécules biologiques comme les lipides ? Pourraient-ils avoir établi leur utilité de manière indépendante ? C'est un peu comme essayer de comprendre si le poulet ou l'œuf a créé cette délicieuse omelette !

La roue tournante de l'homochiralité

Les chercheurs ont passé beaucoup de temps à essayer de percer le mystère du pourquoi la vie est gauchère. Certaines réactions intéressantes qui peuvent créer cette gaucherie incluent la réaction Soai et le mûrissement de Viedma, qui ressemblent aux noms de cocktails chics. Bien que ces réactions montrent des résultats prometteurs pour créer des substances homochirales, elles n'ont pas encore produit de composés essentiels qui pourraient lancer la vie.

Une idée récente implique d'utiliser un aimant chanceux pour aider à séparer les énantiomères. Les scientifiques ont montré qu'on peut utiliser des surfaces polarisées magnétiquement pour séparer les L- et D-acides aminés, ce qui semble magique mais est très scientifique. Cette méthode a eu plus de succès avec les nucléotides qu'avec les acides aminés. Si nous parvenons à bien organiser les D-nucléotides, ils pourraient mener directement à la formation d'ARN et d'ADN, aidant ainsi la vie à suivre son chemin enjoué.

Le rôle de l'ARN en tant que créateur de tendances

En restant dans la tradition, les chercheurs ont observé que l'ARN-D semble mieux s'associer avec les L-acides aminés. Quelques expériences intelligentes ont montré que lorsque l'ARN-D interagit avec des acides aminés, les versions L obtiennent un traitement de faveur. Si tu considères l'aminoacylation (un mot chic pour attacher des acides aminés à l'ARN), il s'avère que le processus favorise les L-acides aminés. C'est comme donner les meilleurs partenaires de danse uniquement aux chaussures gauches !

Par exemple, les scientifiques ont conçu des moyens astucieux de faire en sorte que l'ARN attrape des acides aminés. Ils ont utilisé différents types de structures d'ARN pour voir à quel point elles s'associent bien avec divers acides aminés. Les résultats ? Les L-acides aminés ont fait leur entrée sur la piste de danse beaucoup plus vite que les D-acides aminés.

La danse de la Ligation et de l'Hydrolyse

Maintenant, c'est quoi ce délire avec la ligation et l'hydrolyse ? Pense à la ligation comme à la réunion de deux partenaires de danse, tandis que l'hydrolyse est la rupture désordonnée qui peut se produire pendant la danse. Dans ce cas, l'ARN et les acides aminés sont les partenaires. Quand les chercheurs ont mis ensemble de l'ARN aminoacylé (c'est-à-dire de l'ARN avec un partenaire acide aminé) et des brins activés, ils ont observé que les partenaires gauchers semblaient toujours prendre la vedette.

L'équipe a réalisé une série de tests montrant que pour quatre acides aminés différents (alanine, leucine, lysine et proline), les L-acides aminés étaient beaucoup plus rapides à s'associer à l'ARN que leurs homologues de droite. En regardant de plus près, l'équipe a remarqué que, tandis que la rupture (hydrolyse) ne montrait pas beaucoup de biais, la réunion (ligation) en avait sûr.

Pour un peu de soulagement comique, imagine une compétition de danse où tous les danseurs gauchers se pointent en tuxedos, tandis que les droitiers arrivent en pyjamas. Évidemment, les tuxedos surpassent les pyjamas !

D'autres facteurs en jeu ?

Bien que les résultats soient excitants, les chercheurs sont restés prudents. Il est important de ne pas supposer que tout est dû à la chiralité seule. Ils ont découvert que différentes structures d'ARN influençaient les résultats, un peu comme le type de piste de danse peut changer la performance des danseurs. Certaines structures d'ARN facilitaient la brillance des L-acides aminés.

L'équipe voulait également éliminer d'autres variables qui pourraient perturber leurs résultats. Ils ont veillé à suivre les taux d'hydrolyse séparément pour voir s'ils pouvaient expliquer les différences. Il s'avère que l'effet de l'acide aminé sur la structure de l'ARN joue un rôle, mais les séparer n'était pas la raison principale des résultats déséquilibrés.

Le jeu des chaises musicales

Au fur et à mesure que les chercheurs exploraient ces réactions, ils ont remarqué un thème récurrent : quand l'ARN se fait maquiller avec des L-acides aminés, il se met vraiment au travail. Il en va de même lorsque l'ARN-L est utilisé ; il semble favoriser les D-acides aminés ! Imagine un jeu de chaises musicales où les règles changent selon qui se pointe pour danser !

Cette soirée dansante est la métaphore parfaite de la façon dont l'appariement initial de l'ARN-D et des L-acides aminés pourrait ramener à une fondation où les protéines ne sont constituées que d'acides aminés gauchers. Imagine un monde où toutes les protéines ne sont que des chaussures gauches dansant ensemble, laissant les droites dehors dans le froid !

La quête du lien manquant

Même avec toutes ces découvertes, des questions demeurent. Alors que les scientifiques démêlent la relation entre l'ARN-D et les L-acides aminés, ils recherchent les pièces manquantes de ce puzzle. Bien qu'il soit clair que certaines réactions conduisent à une préférence pour les L-acides aminés, comment cela s'est-il produit ? Certaines réactions anciennes ont-elles préparé le terrain pour la fête gauchère que nous voyons aujourd'hui ?

Malgré les recherches en cours, le processus de sélection initial des L-acides aminés reste un peu compliqué. Une chose semble claire : le charme de l'ARN-D a laissé une empreinte.

Conclusion : Mettre les pièces ensemble

Alors que les chercheurs continuent d'étudier la danse des nucléotides et des acides aminés, le puzzle de la gaucherie de la vie reste captivant. Avec l'ARN sous les projecteurs, la relation entre l'ARN-D et les L-acides aminés a peut-être préparé le terrain pour la riche diversité de la vie que nous voyons aujourd'hui.

Dans un monde où la gaucherie règne, il est fascinant de considérer comment ce biais s'est instauré et ce que cela signifie pour notre compréhension des origines de la vie. Rappelle-toi juste que les danseurs gauchers pourraient avoir quelques secrets à partager-si nous pouvons seulement déchiffrer le code !

À la fin, que tu préfères des chaussures gauches ou droites, tout le monde peut apprécier le rythme de la vie et le mystère de son commencement. Continue de danser au rythme de la science, et qui sait quelles nouvelles découvertes nous attendent !

Source originale

Titre: Stereoselectivity of Aminoacyl-RNA Loop-closing Ligation

Résumé: The origin of amino acid homochirality remains an unresolved question in the origin of life. The requirement of enantiopure nucleotides for nonenzymatic RNA copying strongly suggests that homochirality of nucleotides and RNA arose early. However, this leaves open the question of whether and how homochiral RNA subsequently imposed biological homochirality on other metabolites including amino acids. Previous studies have reported moderate stereoselectivity for various aminoacyl-RNA transfer reactions. Here we examine aminoacyl-RNA loop-closing ligation, a reaction that captures aminoacylated RNA in a stable phosphoramidate product, such that the amino acid bridges two nucleotides in the RNA backbone. We find that the rate of this reaction is much higher for RNA aminoacylated with L-amino acids than D-amino acids. We present an RNA sequence that near-exclusively captures L-amino acids in loop-closing ligation. Finally, we demonstrate that ligation of aminoacyl-L-RNA results in inverse stereoselectivity for D-amino acids. The observed stereochemical link between D-RNA and L-amino acids in the synthesis of RNA stem-loops containing bridging amino acids constitutes a stereoselective structure building process. We suggest that this process led to a selection for the evolution of aminoacyl-RNA synthetase ribozymes that were selective for L-amino acids, thereby setting the stage for the subsequent evolution of homochiral peptide and ultimately protein synthesis.

Auteurs: Shannon Kim, Marco Todisco, Aleksandar Radakovic, Jack W. Szostak

Dernière mise à jour: 2024-11-28 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.26.625528

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.26.625528.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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