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# Biologie # Génomique

Le Souris des Champs Rayée : La Petite Merveille de la Nature

Un regard de plus près sur la souris des champs rayée et son importance génétique.

Franc Janžekovič, Elena Buzan, Aja Bončina, Nuria Escudero, Rosa Fernández, Astrid Böhne, Rita Monteiro, Laura Aguilera, Marta Gut, Francisco Câmara Ferreira, Fernando Cruz, Jèssica Gómez-Garrido, Tyler S. Alioto, Leanne Haggerty, Fergal Martin, Diego De Panis

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Secrets du mulot rayé Secrets du mulot rayé un petit rongeur. Découvrez la recherche percutante sur
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Le mulot rayé, ce petit animal mignon qui fait partie du genre Apodemus, est dans la grande famille des rongeurs, les Muridae. Ce mulot a un terrain de chasse assez vaste, on le trouve un peu partout en Europe et en Asie de l'Est. On peut dire qu’il a un faible pour les beaux paysages, vivant dans des endroits comme les forêts, les prairies, les marais, et même les champs de maïs. Il s'est bien adapté à divers environnements, que ce soit en pleine nature ou dans les jardins des quartiers résidentiels.

Habitat et Alimentation

Ces mulots sont diurnes, donc ils sont actifs le jour. Ils aiment une grande variété d'habitats, surtout les zones humides. Tu pourrais les voir courir autour des lisières des bois, dans les prairies, ou même dans les jonchères. Ils ne sont pas très difficiles-s'il y a de la terre, ils vont creuser. Leur alimentation est assez variée, se nourrissant de racines, de grains, de graines, et parfois d'insectes. Ils ont même une petite obsession pour les baies et les noix. Dans le grand cercle de la vie, les mulots rayés jouent un rôle clé en étant une source de nourriture pour les oiseaux de proie et les petits carnivores. Oui, chaque mulot a son prédateur !

Efforts de Recherche

Ces dernières années, les scientifiques ont fait des avancées dans l'étude de ce petit animal. Des projets spéciaux comme l'initiative Biodiversity Genomics Europe visent à rassembler et analyser des infos génétiques pour aider à protéger et restaurer la biodiversité. Les chercheurs utilisent des technologies avancées comme le séquençage long et le séquençage d'ARN pour mieux comprendre la composition génétique du mulot rayé. C'est un peu comme si on faisait un check-up complet au mulot-juste avec plus d'ordinateurs et moins de moustaches.

Collecte et Préservation

Un jour frais d'octobre 2022, deux mulots rayés mâles adultes ont été capturés en Slovénie. Ils ont été soigneusement identifiés à l’aide de clés illustrées et dichotomiques, donc aucun mulot n’a été mal nommé. Pour la collecte des spécimens, pas besoin de permis dans ce cas, ce qui facilite un peu les choses pour les chercheurs. Après leur capture, leurs tissus ont été rapidement congelés pour préserver leur matériel génétique afin d'extraire l'ADN et l'ARN.

Où Vont-Ils ?

Les preuves physiques de ces mulots capturés ont trouvé un nouveau chez-soi au Musée d'Histoire Naturelle de Slovénie. Les chercheurs gardent ces spécimens comme référence-pense à ça comme un musée de mulots, pour la science ! Ça aide les scientifiques à comparer les futures découvertes et à suivre les changements au fil du temps.

Le Côté Génétique

On estime que le Génome du mulot fait environ 3,11 milliards de paires de bases, ce qui est assez grand pour une petite créature. L'espèce a un génome diploïde, ce qui signifie qu'elle a deux ensembles de Chromosomes, un de chaque parent. Ça donne au mulot rayé un total de 48 chromosomes, y compris la paire XY trouvée chez les mâles. En gros, ils ont pas mal d'infos génétiques dans leur petit corps.

Extraction de l'ADN et de l'ARN

Pour approfondir l'étude de la génétique du mulot, les scientifiques ont extrait de l'ADN à partir des tissus rénaux et de l'ARN à partir des tissus testiculaires. Ils ont utilisé des kits spéciaux pour faciliter et améliorer la précision de ce processus. Ces kits aident à séparer l'ADN pur et l'ARN du reste du tissu, ce qui permet de les analyser sans le "fuzzy" supplémentaire. Une fois les matériaux génétiques extraits, ils se sont assurés de les conserver à la bonne température pour éviter toute dégradation. C'est un peu comme mettre des documents précieux dans un coffre-personne ne veut que ses papiers importants deviennent tout froissés et déchirés !

Séquençage et Assemblage

Avec les matériaux extraits prêts, les chercheurs ont préparé des bibliothèques pour le séquençage. Ça veut dire qu'ils ont mis en place les échantillons pour être lus par des machines capables de décoder les infos génétiques. Le but est d'obtenir une image complète du génome du mulot. Ils ont combiné diverses technologies pour s'assurer de rassembler le plus de données possible. C'est comme ramasser des pièces de puzzle de différentes boîtes pour créer l'image ultime du mulot rayé.

Après avoir rassemblé toutes les données, ils ont dû les assembler. Ça impliquait beaucoup de travail sur ordinateur, où ils ont organisé les infos génétiques en séquences cohérentes. C'est là que la magie opère : les scientifiques assemblent le puzzle pour créer une carte complète du génome du mulot. Une fois assemblé, ils ont soigneusement vérifié s'il manquait des pièces ou s'il y avait des erreurs pour s'assurer que tout était parfait.

Ce Que Comprend un Génome ?

Dans l'assemblage final, les scientifiques ont découvert une mine d'infos. Le génome du mulot comprend environ 20 679 gènes codant pour des protéines et une pléthore de gènes d'ARN non codants. En gros, ces gènes donnent toutes les instructions nécessaires pour que le mulot grandisse, se développe et fonctionne. Ils fabriquent tout, des protéines aux composants du système immunitaire !

Les chercheurs ont évalué la complétude de leurs découvertes, ce qui est une façon élégante de dire qu'ils ont vérifié combien de parties importantes du génome ils ont réussi à trouver. Ils sont repartis avec des chiffres impressionnants, prouvant que leurs efforts ont produit une richesse d'infos génétiques précieuses.

Comprendre le Processus d'Assemblage

Une partie clé du processus d'assemblage est de vérifier la qualité des résultats. Les scientifiques ont des outils qui leur permettent de voir à quel point leur assemblage est précis. Pense à ça comme à une vérification de ton projet scolaire avant de le rendre-c'est crucial de s'assurer que tout est en ordre. En vérifiant l'assemblage, ils ont trouvé que la majorité des infos étaient précises, ce qui signifie que leur travail acharné a porté ses fruits !

Qu'est-ce Qui Suit ?

Alors que les chercheurs continuent d'étudier le mulot rayé, ils espèrent en apprendre encore plus sur ses traits uniques et sur la façon dont il interagit avec son environnement. Cette recherche aidera non seulement à comprendre ce mulot spécifique, mais pourrait aussi fournir des infos sur d'autres Espèces de la famille Muridae. Et soyons sincères-c'est plutôt cool de penser qu'il y a tout un monde de petites créatures là dehors qui n'attendent qu'à être étudiées.

Conclusion

En résumé, le mulot rayé est plus qu'un adorable petit rongeur. Il joue un rôle crucial dans son écosystème et est maintenant un sujet de recherche scientifique. Grâce à diverses techniques innovantes et à des chercheurs dévoués, on est en train de dévoiler petit à petit les couches de l'histoire génétique de ce mulot. Qui aurait cru que quelque chose d'aussi petit pouvait cacher de si grands secrets ?

Source originale

Titre: ERGA-BGE Reference Genome of the Striped Field Mouse (Apodemus agrarius), a Widespread and Abundant Species in Central and Eastern Europe

Résumé: The reference genome of Apodemus agrarius provides a valuable resource for phylogenetic studies of rodents, particularly mice, and for understanding factors that influence the geographical distribution of the species across East Asia and East Europe. A total of 25 contiguous chromosomal pseudomolecules were assembled from the genome sequence (23 autosomes and 2 sex chromosomes). This chromosome-level assembly encompasses 2.6 Gb, composed of 242 contigs and 60 scaffolds, with contig and scaffold N50 values of 35 Mb and 119 Mb, respectively.

Auteurs: Franc Janžekovič, Elena Buzan, Aja Bončina, Nuria Escudero, Rosa Fernández, Astrid Böhne, Rita Monteiro, Laura Aguilera, Marta Gut, Francisco Câmara Ferreira, Fernando Cruz, Jèssica Gómez-Garrido, Tyler S. Alioto, Leanne Haggerty, Fergal Martin, Diego De Panis

Dernière mise à jour: 2024-12-07 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.04.626796

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.04.626796.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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