Estructuras de ARN y los Orígenes de la Vida
La investigación sobre el RNA revela información sobre los mecanismo de replicación en las primeras formas de vida.
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Tabla de contenidos
- ARN y Síntesis de Círculo Rodante
- Avances en RCS Usando TPR
- Entendiendo las Estructuras de Dímers
- Implicaciones para la Replicación del ARN
- Estabilidad y Función de las Estructuras de Dímers
- El Rol de las Estructuras de Dímers en la Evolución
- Direcciones Futuras en la Investigación del ARN
- Conclusión
- Fuente original
Los orígenes de la vida en la Tierra y los primeros sistemas genéticos todavía son temas de investigación. Una idea interesante es la hipótesis del mundo del ARN, que sugiere que las formas de vida tempranas podrían haberse basado en el ARN, un tipo de molécula que lleva información genética. Esta teoría es atractiva porque es simple y está respaldada por algunas evidencias encontradas en la biología moderna. El ARN juega roles críticos en varios procesos biológicos, como la síntesis de proteínas y la modificación del ARN. Además, los científicos han avanzado bastante en entender cómo el ARN podría haberse formado de manera natural antes de que existiera la vida.
Trabajos recientes han demostrado que es posible crear formas activadas de bloques de construcción de ARN a través de reacciones químicas que podrían haber ocurrido en la Tierra primitiva. Los científicos también han mostrado cómo se puede construir el ARN a través de un proceso llamado Polimerización, donde pequeños fragmentos de ARN se enlazan para formar hebras más largas. Sin embargo, un paso clave en la hipótesis del mundo del ARN, donde el ARN puede replicarse a sí mismo con la ayuda de moléculas de ARN, aún no se ha demostrado completamente. Sin embargo, los investigadores han descubierto moléculas de ARN que pueden actuar como catalizadores para acelerar reacciones químicas, lo cual es una característica importante para la vida.
ARN y Síntesis de Círculo Rodante
A medida que los científicos aprenden más sobre el ARN y cómo funciona, consideran varios métodos sobre cómo podría replicarse el ARN. Un método prometedor se llama síntesis de círculo rodante (RCS). Se cree que este método imita estrategias de Replicación simples vistas en ciertos virus y pequeñas moléculas de ARN infecciosas conocidas como viroides. Sin embargo, estos procesos naturales utilizan proteínas para ayudar a replicar, que probablemente no existían cuando el ARN se estaba formando por primera vez.
La RCS tiene una ventaja única: la energía liberada durante la creación de nuevas hebras de ARN podría usarse para separar las hebras de ARN existentes. Esta conexión entre la plantilla de ARN y el nuevo producto de ARN es vital para la evolución y no requiere compartimentos celulares. En contraste, los métodos tradicionales de replicación de ARN a menudo generan estructuras de doble hebra que necesitan fuerzas externas, como cambios en la temperatura o acidez, para seguir replicándose.
Para emplear la RCS de manera efectiva, los científicos necesitan crear plantillas de ARN circular. Estas plantillas pueden producirse a través de auto-ligación o ciclos de humedecimiento y secado, mostrando que podría haber múltiples formas para que el ARN circular se forme en un ambiente prebiotico.
Avances en RCS Usando TPR
Recientemente, los investigadores mostraron que una molécula de ARN específica llamada ribozima polimerasa de tripletas (TPR) podría realizar RCS utilizando pequeñas plantillas de ARN circulares. El aspecto único de estas plantillas pequeñas es que no se unen fuertemente a sus hebras de ARN en crecimiento si el ARN circular es significativamente más corto que el ARN de doble hebra. Esto significa que a medida que el ARN crece, puede separarse libremente de la plantilla, lo cual es necesario para la RCS.
En estudios, la TPR pudo facilitar la RCS en estas pequeñas plantillas de ARN circulares. Sin embargo, los científicos notaron que después de solamente una ronda de síntesis, el proceso de creación de nuevas hebras de ARN se inhibió en gran medida. Para entender esto mejor, los investigadores examinaron la estructura formada por el ARN circular y la nueva hebra de ARN utilizando técnicas avanzadas de imagen.
Sorprendentemente, encontraron una variedad de estructuras formadas por el ARN circular y sus hebras complementarias. Una estructura notable mostró dos hebras de ARN circular conectadas a dos hebras complementarias, creando un dímero estable. Este dímero parecía bloquear la síntesis adicional de nuevas hebras de ARN, pero se podía reiniciar añadiendo más plantillas de ARN circulares.
Entendiendo las Estructuras de Dímers
El dímero creado a partir del ARN circular fue analizado usando criomicroscopía electrónica, revelando detalles sobre sus componentes y cómo interactúan. Se encontró que el dímero consiste en dos hebras de ARN circular y sus hebras complementarias, formando estructuras de doble hélice estables. La estabilidad de este dímero es significativa porque ayuda a entender cómo el ARN podría haberse formado en las primeras formas de vida.
Además, los investigadores descubrieron que estas estructuras de Dímeros eran bastante eficientes para mantener juntas las hebras de ARN. La forma en que las hebras estaban dispuestas dentro del dímero hacía que no pudieran extenderse más sin plantillas adicionales, lo que destaca un mecanismo de interacción importante.
Implicaciones para la Replicación del ARN
Los hallazgos de estos estudios llevan a algunas posibilidades intrigantes sobre cómo podría haber ocurrido la replicación del ARN en las formas de vida tempranas. El dímero estable podría actuar como una especie de forma de almacenamiento para la información del ARN, mientras también facilita la replicación a través de su estructura única. Los investigadores proponen que podrían ocurrir dos procesos de replicación en círculo rodante juntos, lo que llevaría a la síntesis de nuevas hebras.
Un aspecto importante de este proceso es el potencial para que las hebras de ARN se alineen correctamente. Cuando dos hebras están bien alineadas, pueden conectarse y formar una unidad funcional de ARN. Si están desalineadas, la conexión podría ser ineficiente. Esto plantea preguntas interesantes sobre cómo las formas tempranas de vida manejaron la eficiencia en sus procesos de replicación.
Estabilidad y Función de las Estructuras de Dímers
El descubrimiento de estructuras de dímeros estables subraya la importancia de la organización del ARN para las formas de vida tempranas. Esta estabilidad podría proporcionar una función protectora, ya que el ARN en forma de dímero parece ser menos susceptible a la degradación en comparación con las hebras simples. Esta característica habría sido crucial en ambientes donde el ARN podría descomponerse fácilmente.
Los investigadores demostraron a través de experimentos que las hebras de ARN en un dímero eran mucho más resistentes a la hidrólisis, una reacción química que descompone el ARN. Esta resistencia a la descomposición habría favorecido la supervivencia de ciertas estructuras de ARN, influyendo potencialmente en los procesos evolutivos tempranos.
El Rol de las Estructuras de Dímers en la Evolución
La investigación sugiere que las estructuras de dímeros no solo sirven como reservorios para el ARN, sino que también podrían facilitar una replicación más eficiente. La presencia de estos dímeros podría permitir una síntesis coordinada de ARN, permitiendo que las formas de vida replicaran la información genética de manera más efectiva.
La idea de la "corrección de errores" durante la síntesis de ARN también es destacada. Cuando se sintetizan hebras de ARN, existe la posibilidad de incorporar errores. La estructura única del dímero podría ayudar a detectar estos errores a través de mecanismos que detectan emparejamientos incorrectos de bases, mejorando así la fidelidad de la replicación de ARN.
Además, como múltiples hebras de ARN pueden estar involucradas en la estructura del dímero, el fallo de una parte no necesariamente detendría el proceso de replicación para todo el sistema. Esta flexibilidad podría apoyar aún más la supervivencia de las formas de vida tempranas a medida que se adaptaban a sus entornos.
Direcciones Futuras en la Investigación del ARN
A medida que los científicos continúan sus investigaciones sobre el ARN y sus mecanismos de replicación, las implicaciones para entender los orígenes de la vida se hacen más claras. Los estudios sobre estructuras de dímeros y sus roles en la síntesis de ARN proporcionan ideas esenciales sobre cómo los sistemas biológicos tempranos podrían haber emergido y evolucionado.
Futuros experimentos podrían explorar círculos de ARN de diferentes tamaños y formas para entender cómo las alteraciones en la estructura afectan la eficiencia de replicación. Los investigadores también podrían trabajar en desarrollar ribozimas mejoradas que podrían aumentar la eficiencia de la replicación del ARN, arrojando luz sobre cómo la vida podría haber surgido de sistemas biológicos más simples.
Los hallazgos de estos estudios allanan el camino para una comprensión más profunda del mundo del ARN y su importancia en la cronología de los orígenes de la vida. Examinar la interacción entre las estructuras del ARN y sus procesos de replicación puede revelar los principios fundamentales que gobernaron los modos más tempranos de vida en la Tierra.
Conclusión
En resumen, la exploración de estructuras de ARN como los dímeros arroja luz sobre las complejidades de las formas de vida tempranas. A través de procesos de replicación de ARN como la síntesis de círculo rodante, los científicos están comenzando a juntar cómo estas moléculas podrían haber contribuido a la evolución de la vida. La estabilidad y funcionalidad de los dímeros de ARN juegan un papel crítico en la comprensión de los mecanismos genéticos que podrían haber estado presentes en los primeros organismos vivos.
Al investigar estos elementos, los investigadores buscan descubrir los principios subyacentes de la vida que emergieron en la Tierra. A medida que los estudios avanzan, la relación entre la replicación del ARN y la supervivencia seguirá siendo un punto focal en la búsqueda por entender los orígenes de la vida. Este conocimiento fundamental podría proporcionar pistas sobre la biosfera temprana y la transición de moléculas simples a sistemas vivos complejos.
Título: Roles of dimeric intermediates in RNA-catalyzed rolling circle synthesis
Resumen: The RNA world hypothesis is supported by the discovery of RNA polymerase ribozymes that can perform RNA-catalyzed RNA replication processes on different RNA templates. Recently, RNA-catalyzed rolling circle synthesis (RCS) on small circular RNA (scRNA) templates has been demonstrated. However, the structural and dynamic properties of scRNA replication and its products and intermediates have never been explored. Here we have used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to characterize products and intermediates relevant for RCS replication and find that these form an unexpectedly diverse group of RNA nanostructures. The main structural motif observed is a fully hybridized dimeric complex composed of two scRNAs and their complement strands resolved to 5.3 [A]. Cryo-EM also reveals higher order dimer filaments and dimer assembly intermediates suggesting a mechanism for assembly of the observed complexes. We show that the dimer complexes are stable and inhibit RNA-catalyzed RCS, but can be reactivated by addition of more scRNA templates. We propose that dimer formation may be a general property of RCS replication and speculate that the observed dimers might have benefited a primordial RNA genetic system by providing a stable "storage" form of RNA replication products and by coordinating RNA replication on both scRNA template strands.
Autores: Ebbe S Andersen, E. L. Kristoffersen, E. McRae, P. Holliger
Última actualización: 2024-05-15 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.14.594117
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.14.594117.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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