Revelando el desarrollo de las efímeras a través de la investigación genética
Nuevos hallazgos iluminan la regulación genética de las efímeras durante las etapas de desarrollo.
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Tabla de contenidos
- Cómo Evolucionaron los Insectos
- Avances en la Investigación Genética
- Enfoque en Efímeras
- Hallazgos de los Estudios de Efímeras
- Cambios en la Accesibilidad de la cromatina
- Seguimiento de las Etapas de Desarrollo
- Expresión y Regulación de Genes
- Conclusión: Importancia de los Hallazgos
- Fuente original
- Enlaces de referencia
Los insectos son el tipo de animales más numeroso y variado en la Tierra. Se pueden encontrar en muchos ambientes diferentes y tienen una amplia gama de características que les ayudan a sobrevivir. Hay más de treinta tipos de insectos, llamados órdenes, que se pueden encontrar en todo el mundo. Esta diversidad proviene de su capacidad para cambiar y adaptarse a lo largo del tiempo.
Cómo Evolucionaron los Insectos
Las muchas formas y estilos de vida de los insectos son resultado de cambios en las redes de genes que controlan su crecimiento y desarrollo. Estas redes ayudan a determinar cuándo y dónde los genes están activos durante las etapas cruciales del desarrollo. Elementos específicos del ADN llamados elementos reguladores juegan un gran papel en cómo los cuerpos de los insectos cambian con el tiempo. Estos elementos también son importantes en otros grupos de animales.
No solo son los cambios en estos elementos reguladores los que importan; los cambios en las regiones codificadoras de ciertos genes también contribuyen a la variedad de rasgos diferentes que se ven en los animales. Ambos tipos de cambios son esenciales para entender por qué los insectos, y los animales en general, lucen y actúan como lo hacen.
Avances en la Investigación Genética
Estudios recientes han utilizado nuevos métodos para analizar estos elementos reguladores. Algunos métodos permiten a los científicos ver qué partes del ADN están abiertas y activas, facilitando la identificación de regiones importantes que controlan la actividad genética. Como resultado, se han creado muchos conjuntos de datos en la última década. Sin embargo, la mayoría de este trabajo se ha centrado en un pequeño número de especies de insectos comunes. Muchos otros tipos de insectos aún no han sido estudiados.
Enfoque en Efímeras
Un grupo de insectos que no ha sido explorado mucho son las efímeras. Estos insectos pertenecen a un grupo más antiguo de insectos alados. Son cruciales para estudiar la evolución temprana de los insectos porque están estrechamente relacionados con otros insectos. Al estudiar las efímeras, los científicos pueden aprender más sobre cómo han evolucionado y desarrollado los insectos.
Para conocer más sobre las efímeras, los investigadores realizaron experimentos en seis etapas diferentes de desarrollo. Estas etapas ayudan a los científicos a identificar las regiones importantes del ADN que están activas durante estos puntos en el ciclo de vida de la efímera. Esta información ayuda a entender qué pasa durante el crecimiento inicial de estos insectos.
Hallazgos de los Estudios de Efímeras
Los investigadores encontraron muchas regiones en el ADN de la efímera que están activas durante el desarrollo. Encontraron un total de más de cincuenta mil Regiones Activas a través de las diferentes etapas de crecimiento. Algunas de estas regiones fueron activas de manera constante, mientras que otras cambiaron su actividad a medida que la efímera crecía.
Los científicos también observaron dónde se ubican estas regiones activas en relación con los genes. Descubrieron que la mayoría de las regiones activas se encontraban cerca de los puntos de inicio de los genes, lo que significa que probablemente juegan un gran papel en el control de la actividad genética. Este patrón de distribución fue similar al que se encontró en otras especies invertebradas, pero bastante diferente de algunos vertebrados.
Accesibilidad de la cromatina
Cambios en laLos investigadores notaron cambios en la accesibilidad de la cromatina, lo que significa cuán abiertas o cerradas estaban áreas específicas del ADN. Esta apertura puede influir enormemente en cómo se expresan los genes. Observaron que las transiciones entre ciertas etapas de desarrollo llevaron a cambios significativos en la accesibilidad de la cromatina, indicando mucha actividad reguladora durante estas fases.
En particular, se produjo un cambio importante entre dos etapas de crecimiento específicas, lo que sugiere un cambio significativo en la forma en que se estaban regulando los genes durante ese tiempo. Esta gran transición también coincidió con el desarrollo de estructuras importantes en la efímera, resaltando cuán conectado está el regulación genética al desarrollo físico.
Seguimiento de las Etapas de Desarrollo
Los investigadores utilizaron varios métodos para analizar cómo funciona la regulación genética a lo largo del tiempo. Descubrieron que algunas regiones activas solo estaban activas durante etapas de crecimiento específicas, mientras que otras permanecieron activas durante más tiempo. Esto ayudó a los investigadores a mapear cuándo diferentes regiones del ADN estaban regulando genes específicos en varias etapas de desarrollo.
Los resultados destacaron dos fases principales de desarrollo: la embriogénesis temprana y tardía. Durante el Desarrollo Temprano, muchos genes asociados con el crecimiento y la estructura celular estaban activos. En las etapas posteriores, los genes involucrados en el desarrollo de órganos y otros procesos críticos se volvieron más prominentes.
Expresión y Regulación de Genes
Los científicos también observaron cómo la accesibilidad del ADN se relaciona con la Expresión Génica. Midieron cuánto se expresaban genes específicos en las mismas etapas estudiadas en el experimento de ATAC-seq. Curiosamente, encontraron un patrón claro donde grupos de genes se agrupaban según si eran más activos durante etapas tempranas o tardías de desarrollo.
Un gen que destacó fue elav, conocido por estar involucrado en el desarrollo de estructuras del sistema nervioso. Los investigadores notaron que la expresión de este gen cambiaba significativamente a través de diferentes etapas de crecimiento, mostrando cómo la regulación y la actividad génica están conectadas.
Conclusión: Importancia de los Hallazgos
La investigación realizada sobre las efímeras proporciona una gran cantidad de información sobre cómo se desarrollan los insectos y cómo funciona la regulación genética. Las regiones activas identificadas ofrecen un punto de partida para entender el desarrollo de otros insectos también. Esto puede ayudar a los investigadores a responder preguntas sobre cómo los insectos evolucionaron y se adaptaron, y cómo sus cuerpos han cambiado con el tiempo.
A medida que aprendemos más sobre la regulación genética en los insectos, obtenemos ideas que van más allá de la entomología, iluminando los procesos fundamentales de la vida en diversas especies. El conjunto de datos generado por este estudio servirá como un recurso vital para la comunidad científica, abriendo posibilidades para futuras investigaciones en biología del desarrollo y evolutiva. Este estudio no solo resalta la complejidad del desarrollo de los insectos, sino que también enfatiza la interconexión de la regulación genética, el desarrollo embrionario y la evolución.
Título: Gene regulatory dynamics during the development of a paleopteran insect, the mayfly Cloeon dipterum
Resumen: The evolution of insects has been marked by the appearance of key body plan innovations and novel organs that promoted the outstanding ability of this lineage to adapt to new habitats, boosting the most successful radiation in animals. To understand the origin and evolution of these new structures, it is essential to investigate which are the genes and gene regulatory networks participating during the embryonic development of insects. Great efforts have been made to fully understand, from a gene expression and gene regulation point of view, the development of holometabolous insects, in particular Drosophila melanogaster, with the generation of numerous functional genomics resources and databases. Conversely, how hemimetabolous insects develop, and which are the dynamics of gene expression and gene regulation that control their embryogenesis, are still poorly characterized. Therefore, to provide a new platform to study gene regulation in insects, we generated ATAC-seq (Assay for transposase-Accessible Chromatin using sequencing) for the first time during the development of the mayfly Cloeon dipterum. This new available resource will allow to better understand the dynamics of gene regulation during hemimetabolan embryogenesis, since C. dipterum belongs to the paleopteran order of Ephemeroptera, the sister group to all other winged insects. These new datasets include six different time points of its embryonic development and identify accessible chromatin regions corresponding to both general and stage-specific promoters and enhancers. With these comprehensive datasets, we characterised pronounced changes in accessible chromatin between stages 8 and 10 of embryonic development, which correspond to the transition from the last stages of segmentation to organogenesis and appendage differentiation. The application of ATAC-seq in mayflies has contributed to identify the epigenetic mechanisms responsible for embryonic development in hemimetabolous insects and it will provide a fundamental resource to understand the evolution of gene regulation in winged insects.
Autores: Maria Rossello, J. Pallares-Albanell, L. Ortega-Flores, T. Senar-Serra, A. Ruiz, J. F. Abril, I. Almudi
Última actualización: 2024-05-17 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.14.594094
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.14.594094.full.pdf
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