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# Biología# Microbiología

Gusanos Marinos y Sus Pequeños Aliados

Phoronopsis harmeri y sus socios microbianos moldean los ecosistemas marinos.

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Phoronopsis harmeri, antes conocido como P. viridis, es un tipo de gusano marino que se encuentra en el centro de California, especialmente en lugares como el puerto de Bodega. Estos gusanos pertenecen a un grupo llamado forónidos, que son animales pequeños que viven bajo el agua y son conocidos por sus estructuras de alimentación únicas. Ellos crean tubos usando partículas del sedimento que los rodea, que les sirven como hogar. Al igual que otras criaturas similares, los forónidos ayudan a dar forma a su entorno al construir estas estructuras, que afectan el sedimento circundante y la vida que existe allí.

Phoronopsis harmeri construye tubos orgánicos a partir de partículas de sedimento cercanas. Estos tubos pueden ser de 1 a 3 milímetros de ancho y alcanzar longitudes de hasta 20 centímetros. Aunque los forónidos generalmente se quedan dentro de sus tubos, no están pegados a ellos. Para alimentarse, extienden sus estructuras de alimentación por encima del sedimento, lo que les permite atrapar comida del agua que los rodea. Estos tubos pueden aparecer en grandes cantidades, lo que puede aumentar la variedad de organismos que viven en la misma área.

El papel de los Microbios

En el mundo marino, algunas criaturas, como ciertos gusanos y camarones, juegan un rol importante en sus ecosistemas. Estudios han demostrado que microorganismos diminutos que viven en o alrededor de estos organismos pueden ayudar con procesos como descomponer materiales y ciclar elementos como el Azufre. Los microbios que se encuentran en hábitats específicos a menudo son diferentes de los que están en las áreas circundantes. Por ejemplo, los agujeros hechos por camarones pueden introducir oxígeno en el sedimento alrededor, creando un ambiente más favorable para ciertos microbios.

Los bivalvos, otro tipo de animal marino, a menudo trabajan de cerca con bacterias que oxidan azufre. Estas bacterias producen compuestos ricos en energía que benefician a los bivalvos a cambio de sustancias como el sulfuro de hidrógeno. Hay una sugerencia de que los tubos creados por los forónidos podrían ayudar a protegerlos de sustancias nocivas mientras permiten que el oxígeno fluya, aunque aún no se han confirmado estudios sobre la presencia de microbios específicos que ciclan azufre en los forónidos.

Defensa química contra depredadores

Además de construir tubos, Phoronopsis harmeri es conocido por producir una sustancia natural que puede disuadir a los depredadores. Esta química poco atractiva se encuentra en todo el gusano pero está más concentrada en sus estructuras de alimentación verdes. Aunque los investigadores aún no han podido aislar la química exacta responsable de esta defensa, el desafío radica en su naturaleza inestable. Muchos otros organismos Marinos también producen químicos similares para protegerse, pero aislar estos compuestos suele ser complicado.

Estudios recientes sobre otras criaturas marinas han señalado que estas defensas químicas pueden surgir de relaciones con pequeños microbios. Por ejemplo, se ha encontrado que algunos organismos marinos, como los babosas de mar, dependen de la ayuda de microbios para sus defensas químicas. Estudios microscópicos de los forónidos han mostrado bacterias viviendo dentro de sus estructuras de alimentación, lo que lleva a preguntas sobre si estos microbios juegan un papel en las defensas químicas del gusano.

Estudiando el microbioma de Phoronopsis harmeri

Para entender mejor la comunidad de microorganismos asociada con Phoronopsis harmeri, los investigadores utilizaron varios métodos para analizar muestras. Se recogieron invertebrados marinos durante un estudio más grande enfocado en plantas de pasto marino. Los forónidos fueron uno de los hallazgos accidentales cuando se tomaron muestras de sedimento de los lechos de pasto marino. En total, los investigadores recolectaron muestras de forónidos, sus tubos y el sedimento circundante para su análisis.

Antes de tomar muestras para análisis, los investigadores limpiaron los invertebrados marinos para eliminar cualquier contaminación externa. Luego, extractaron ADN de las muestras limpias para estudiar la genética de los microbios presentes.

Analizando comunidades microbianas

El primer paso para analizar las comunidades microbianas fue amplificar el material genético usando iniciadores específicos diseñados para una parte común del ADN microbiano, conocida como el gen 16S rRNA. Esta parte del ADN ayuda a identificar y clasificar diferentes tipos de bacterias. Después de amplificar el ADN, los investigadores lo limpiaron y prepararon para secuenciación, lo que permite tener una mirada detallada a la comunidad microbiana.

Una vez obtenidos los datos de secuenciación, los investigadores los procesaron usando varias herramientas de software para analizar los tipos de microbios presentes en las muestras. Buscaron patrones en la abundancia relativa de diferentes grupos bacterianos en los forónidos, sus tubos y los sedimentos circundantes.

Diferencias en las comunidades microbianas

Los resultados indicaron que las comunidades de microbios encontradas en forónidos y sus tubos difieren de las del sedimento cercano. Los investigadores midieron la diversidad de la vida microbiana usando una métrica conocida como el índice de Shannon. Este análisis mostró que las comunidades microbianas en forónidos y tubos eran menos diversas que las del sedimento circundante.

Al comparar las estructuras de la comunidad microbiana, los investigadores encontraron diferencias significativas entre las muestras de forónidos y el sedimento. Notablemente, la vegetación del área circundante, como los lechos de pasto marino, también influyó en los tipos de microbios encontrados, sugiriendo que los factores ambientales locales juegan un rol crucial en dar forma a estas comunidades.

Análisis metagenómico y hallazgos

Además de estudiar el gen 16S rRNA, los investigadores también realizaron un análisis metagenómico, que implica observar el conjunto completo de material genético en una muestra. Este análisis más profundo reveló que los grupos microbianos dominantes asociados con los forónidos y sus tubos eran similares a los encontrados en otros organismos marinos.

El análisis metagenómico sugirió que los microbios hallados en forónidos y sus estructuras podrían jugar un papel en el ciclo del azufre. El ciclo del azufre es vital para muchos ecosistemas marinos, y ciertos grupos microbianos son conocidos por estar involucrados en este proceso. Por ejemplo, se reconoce que ciertas bacterias tienen la capacidad de oxidar o reducir compuestos de azufre, contribuyendo a la salud general del ambiente marino.

Hallazgos clave y futuras investigaciones

Se identificaron cinco genomas preliminares a partir del análisis metagenómico, insinuando las posibles funciones de los microbios asociados. Estos genomas estaban mayormente relacionados con procesos de ciclado de azufre, con algunos microbios mostrando capacidades de oxidar compuestos de azufre o participar en la reducción de sulfatos. Aunque la completitud de estos genomas era baja, proporcionaron valiosos conocimientos sobre el potencial funcional de la comunidad microbiana.

Los hallazgos indican que los forónidos y sus tubos crean hábitats únicos que pueden fomentar el crecimiento de comunidades microbianas específicas. Este estudio establece la base para una exploración adicional sobre las interacciones entre los forónidos y sus socios microbianos.

Conclusión

La investigación sobre Phoronopsis harmeri revela la importancia de las comunidades microbianas en los ecosistemas marinos. Estos microorganismos diminutos no solo ayudan a los forónidos a prosperar, sino que también contribuyen al funcionamiento general de su entorno. Entender estas relaciones puede proporcionar información valiosa sobre los roles que juegan los organismos marinos en sus ecosistemas. Las investigaciones futuras podrían desentrañar aún más las formas en que estos microorganismos impactan a los forónidos, incluidas sus mecanismos de defensa y posibles beneficios para la salud y supervivencia general de los gusanos.

Fuente original

Título: Phoronids and their tubes harbor distinct microbiomes compared to surrounding sediment

Resumen: Phoronids are a phylum of animals with only [~]12 described species, all of which are marine filter feeders that build external tubes for shelter and produce chemical deterrents against predators. Many tube-building invertebrates host distinct microbial communities and even have obligate symbionts for survival in sulfur-rich marine sediments. However, the microbiome of phoronids has yet to be comprehensively described. To address this, we surveyed the composition of the microbiome of the phoronid, Phoronopsis harmeri, using 16S rRNA gene amplicon and metagenomic sequencing. We found that the phoronid microbiome was dominated by members of the orders Campylobacterales, Desulfobulbales, and Desulfobacterales. We also found that the microbiomes of tubes and phoronids were less diverse than that of surrounding sediment, and that the microbiomes of phoronids, tubes and surrounding sediment were all distinctly structured. Based on analysis of metagenomic data, and even though we were only able to recover low quality MAGs of abundant taxa, we found preliminary evidence that taxa associated with phoronids and their tubes likely participate in sulfur cycling pathways. Future work should perform more robust metagenomic sequencing and chemical analysis to assess if there is a link between known phoronid chemical defenses and microorganisms. Overall, this study provides foundational insight into the microbial communities associated with phoronids and these initial findings suggest that these communities may play an important role in sulfur cycling in marine sediments.

Autores: Cassandra L Ettinger, J. A. Eisen

Última actualización: 2024-05-28 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.28.596327

Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.28.596327.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

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