Desafíos y Progreso en el Aprendizaje Profundo para el Análisis de EEG
Este estudio trata sobre las complejidades de usar aprendizaje profundo para el análisis de datos de EEG.
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Automatizar tareas complejas y que consumen mucho tiempo puede ayudar a mejorar la eficiencia, especialmente en campos como el análisis médico. Una de estas áreas es el análisis de EEG, que significa electroencefalograma. Esta tecnología registra la actividad eléctrica en el cerebro y se usa a menudo para detectar diversas condiciones. El aprendizaje profundo, un tipo de inteligencia artificial, ha mostrado promesas para hacer que el análisis de EEG sea más fácil y rápido.
Sin embargo, el uso del aprendizaje profundo en este campo trae desafíos. Es esencial evaluar la efectividad y los riesgos de esta tecnología. Esto incluye examinar cómo los expertos valoran diferentes características en las grabaciones de EEG, centrándose específicamente en detectar descargas epileptiformes (EDs). Estas descargas son actividades cerebrales anormales que pueden indicar epilepsia. A menudo, la efectividad de los Modelos de Aprendizaje Profundo depende de las evaluaciones de los expertos que se usan como etiquetas para entrenar los modelos.
Acuerdo entre Expertos y Desafíos
Actualmente, no hay una forma universalmente aceptada para definir o medir las EDs de manera objetiva. A veces, los expertos, que están entrenados para evaluar grabaciones de EEG, no están de acuerdo sobre si una descarga específica es una ED. Este desacuerdo puede llevar a lo que se conoce como "ruido de etiquetas", donde la inconsistencia entre las etiquetas de los expertos puede afectar negativamente el entrenamiento de los modelos de aprendizaje profundo. Para determinar cuánto están de acuerdo los expertos en identificar EDs, se utilizan varias medidas cuantitativas, incluyendo el porcentaje de acuerdo y varios puntajes kappa. El porcentaje de acuerdo simplemente muestra el porcentaje de casos en los que los expertos están de acuerdo, mientras que los puntajes kappa ayudan a ajustar esto por azar.
Los estudios que han analizado el acuerdo entre expertos al calificar EDs han encontrado que puede haber una considerable variación en sus evaluaciones. En algunos casos, los expertos pueden estar de acuerdo solo parcialmente, lo que sugiere que la clasificación de las EDs es un tanto subjetiva. Al mirar los datos, parece que el acuerdo es generalmente moderado para EDs individuales y más fuerte al evaluar EDs a través de grabaciones completas de EEG.
Dado que estas evaluaciones hechas por expertos se utilizan como etiquetas de entrenamiento para los clasificadores de aprendizaje profundo, cualquier inconsistencia puede llevar a un peor rendimiento en la identificación de EDs. Este desafío resalta la importancia de lograr un alto nivel de acuerdo entre expertos antes de entrenar modelos.
Rendimiento de los Modelos de Aprendizaje Profundo
El rendimiento de los modelos de aprendizaje profundo en la detección de EDs se ha evaluado en muchos estudios. La precisión (ACC) y el área bajo la curva (AUC) se utilizan a menudo para medir qué tan bien funcionan estos modelos. La precisión indica con qué frecuencia el modelo identifica correctamente las EDs, mientras que el AUC proporciona información sobre la capacidad general del modelo para distinguir entre EDs y otras descargas. Muchos estudios han reportado altos valores medianos tanto para precisión como para AUC, mostrando el potencial de estos modelos en entornos clínicos.
Sin embargo, hay una variedad de métricas de rendimiento entre diferentes estudios, lo que hace que las comparaciones directas sean complicadas. Variaciones en el tamaño de los datos, los métodos para calcular la precisión y las diferencias en las evaluaciones de los expertos contribuyen a estas discrepancias. Algunos modelos, como el sistema comercial Persyst 13, se han comparado con evaluaciones de expertos y han mostrado un rendimiento comparable en la detección de EDs, aunque a veces los métodos exactos utilizados no están claros.
La Necesidad de Estudios de Acuerdo entre Evaluadores
Para entender mejor cómo los clasificadores de aprendizaje profundo aprenden de las evaluaciones de los expertos, es crucial evaluar el nivel de acuerdo entre ellos. Se realizó un estudio piloto utilizando datos de EEG donde dos neurofisiólogos expertos anotaron EDs de manera independiente. Estos datos sirvieron como base para entrenar diferentes clasificadores y evaluar qué tan bien podían coincidir con las anotaciones de los expertos. El estudio también buscó visualizar los resultados usando una nueva técnica de agrupamiento, que agrupa descargas similares.
Los datos de EEG utilizados en este estudio se seleccionaron porque contenían varias EDs potenciales. Esta variedad proporcionó un conjunto de datos robusto tanto para la anotación como para el posterior entrenamiento del modelo. Se instruyó a los expertos para que se centraran únicamente en identificar descargas con características epileptiformes claras. No se les dieron definiciones específicas, lo que permitió interpretaciones individuales de lo que constituía una ED.
Metodología
Recolección de Datos de EEG
La grabación de EEG elegida duró unos 78 minutos e incluyó datos de varios electrodos posicionados según un sistema de colocación estándar. El EEG representó un caso con descargas periódicas continuas de diferentes formas, con un subconjunto clasificado como epileptiforme. Esto permitió un suficiente volumen de datos para analizar y entrenar clasificadores.
Para preparar los datos para el análisis, se filtraron y normalizaron para asegurar consistencia en toda la grabación. Luego, el EEG fue anotado por dos neurofisiólogos experimentados que marcaron independientemente las descargas que identificaron como EDs.
Proceso de Anotación
Los expertos utilizaron una interfaz gráfica de usuario (GUI) diseñada para facilitar la visualización del EEG. Marcaron los picos de cada descarga de manera independiente sin más directrices. Este proceso tomó alrededor de dos horas, generando un número considerable de anotaciones. Los resultados de ambos expertos se compararon para evaluar el nivel de acuerdo en sus anotaciones.
Los investigadores también analizaron las descargas periódicas (PDs) en el EEG. Tenían la intención de tratar las descargas epileptiformes como un subconjunto de las descargas periódicas. Esta diferenciación era esencial para asegurar que las etiquetas finales reflejaran una verdadera representación de los datos subyacentes.
Entrenamiento del Modelo y Aprendizaje Profundo
Se desarrollaron modelos de aprendizaje profundo para clasificar los datos de EEG basándose en las anotaciones proporcionadas por los expertos. Los modelos se construyeron utilizando una arquitectura específica que contenía varias capas y se entrenaron para minimizar la diferencia entre sus predicciones y las anotaciones de los expertos. El proceso de entrenamiento involucró ajustar umbrales para detectar EDs para alinearse estrechamente con las evaluaciones de los expertos.
Los modelos fueron sometidos a un riguroso proceso de evaluación que incluyó validación cruzada. Los datos se dividieron en diferentes segmentos para asegurar que todas las áreas del EEG fueran evaluadas de manera justa. Los hiperparámetros y configuraciones de entrenamiento se eligieron cuidadosamente para maximizar el rendimiento sin sobreajustar los modelos a los datos de entrenamiento.
Métricas de Evaluación del Rendimiento
Para asegurar una evaluación integral, se emplearon una variedad de métricas de rendimiento, como precisión equilibrada, el coeficiente de correlación de Matthew y recall. Estas métricas proporcionaron una visión multifacética de qué tan bien funcionaron los clasificadores en comparación con las evaluaciones de expertos.
Resultados
Acuerdo entre Expertos
El estudio encontró que los dos expertos identificaron un total de 1,709 y 1,430 EDs, respectivamente, con solo 886 de esos casos acordados. Esto destacó la variabilidad inherente que puede existir incluso entre profesionales capacitados. El nivel de acuerdo, medido a través de puntajes kappa, indicó una correlación moderada entre las evaluaciones de los expertos. Al comparar las salidas del clasificador con las anotaciones de los expertos, surgieron patrones de acuerdo similares.
Rendimiento del clasificador
El rendimiento de los clasificadores fue mixto, pero mayormente moderado basado en las métricas de evaluación utilizadas. Los clasificadores identificaron un número de EDs, pero muchos de estos eran falsos positivos provenientes de descargas periódicas, lo que señala la necesidad de un mayor refinamiento. Si bien los clasificadores lograron una alta precisión general, su sensibilidad, que indica qué tan bien pueden detectar las EDs reales, fue algo más baja.
Análisis de Cluster
Se realizó un análisis de cluster para visualizar las distribuciones de las descargas identificadas. Los resultados mostraron que tanto los expertos como los clasificadores tendían a agrupar descargas similares, indicando un entendimiento compartido de dónde podrían ocurrir las EDs. Sin embargo, existían diferencias en cómo se identificaron, sugiriendo que los umbrales internos para puntuar variaban.
Discusión
Los hallazgos de este estudio piloto enfatizan la importancia de lograr un acuerdo consistente entre expertos antes de confiar en sus insumos para entrenar modelos de aprendizaje profundo. La variabilidad en las calificaciones de los expertos puede llevar a ruido de etiquetas, afectando negativamente el rendimiento del modelo.
El uso de aprendizaje profundo en el análisis de EEG muestra promesas; sin embargo, no está exento de desafíos. Los clasificadores entrenados con etiquetas inconsistentes pueden tener dificultades para producir salidas confiables, subrayando la necesidad de definiciones claras y protocolos de entrenamiento.
A medida que más datos de EEG estén disponibles y más expertos se incluyan en el proceso de anotación, lograr un amplio consenso sobre lo que constituye una ED será crucial para mejorar la precisión del modelo. Los estudios futuros deberían buscar replicar estos hallazgos en diferentes conjuntos de datos y grupos más grandes de expertos, lo que podría ayudar a validar los resultados y asegurar que los modelos sean robustos.
Conclusión
A medida que la automatización en el análisis de EEG continúa evolucionando, es esencial equilibrar el uso de tecnologías sofisticadas con evaluaciones de expertos de alta calidad. Asegurar un acuerdo consistente entre expertos será clave para aprovechar todo el potencial del aprendizaje profundo en este campo. La investigación continua y la colaboración entre expertos facilitarán el desarrollo de herramientas más precisas y confiables para su uso clínico, beneficiando en última instancia la atención al paciente.
Título: Interrater agreement of annotations of epileptiform discharges and its impact on deep learning: A pilot study
Resumen: 1.BackgroundExpert interrater agreement for epileptiform discharges can be moderate. This reasonably will affect the performance when developing classifiers based on annotations performed by experts. In addition, evaluation of classifier performance will be difficult since the ground truth will have a variability. In this pilot study, these aspects were investigated to evaluate the feasibility of conducting a larger study on the subject. MethodsA multi-channel EEG of 78 minutes duration with abundant periodic discharges was independently annotated for epileptiform discharges by two experts. Based on this, several deep learning classifiers were developed which in turn produced new annotations. The agreements of all annotations were evaluated by pairwise comparisons using Cohens kappa and Gwets AC1. A cluster analysis was performed on all periodic discharges using a newly developed version of parametric t-SNE to assess the similarity between annotations. ResultsThe Cohens kappa values were 0.53 for the experts, 0.52-0.65 when comparing the experts to the classifiers, and 0.67-0.82 for the classifiers. The Gwets AC1 values were 0.92 for the experts, 0.92-0.94 when comparing the experts to the classifiers, and 0.94-0.96 for the classifiers. Although there were differences between all annotations regarding which discharges that had been selected as epileptiform, the selected discharges were mostly similar according to the cluster analysis. Almost all identified epileptiform discharges by the classifiers were also periodic discharges. ConclusionsThere was a discrepancy between agreement scores produced by Cohens kappa and Gwets AC1. This was probably due to the skewed prevalence of epileptiform discharges, which only constitutes a small part of the whole EEG. Gwets AC1 is often considered the better option and the results would then indicate an almost perfect agreement. However, this conclusion is questioned when considering the number of differently classified discharges. The difference in annotation between experts affected the learning of the classifiers, but the cluster analysis indicates that all annotations were relatively similar. The difference between experts and classifiers is speculated to be partly due to intrarater variability of the experts, and partly due to underperformance of the classifiers. For a larger study, in addition to using more experts, intrarater agreement should be assessed, the classifiers can be further optimized, and the cluster method hopefully be further improved.
Autores: Mats Svantesson, A. Eklund, M. Thordstein
Última actualización: 2024-04-12 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.04.10.24305602
Fuente PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.04.10.24305602.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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