El papel de los repeticiones en tándem en la genética
Los repeticiones en tándem revelan información importante sobre las variaciones genéticas y su impacto en la salud.
― 7 minilectura
Tabla de contenidos
- ¿Qué Son las Repeticiones en Tándem?
- La Extensión de las Repeticiones en Tándem
- ¿Por Qué Son Importantes los TRs?
- Nuevos Métodos para Genotipar TRs
- La Conexión entre los TRs y los Trastornos Genéticos
- Descubrimientos Recientes
- Construyendo un Catálogo de TRs
- Descubrimiento de TR Polimórficos: Cómo Funciona
- Caracterizando TRs a Través de Células Inmunitarias
- TRs Causales Candidatos: ¿Qué Son?
- La Importancia del Contexto
- Perspectivas sobre Enfermedades
- Reflexiones Finales
- Fuente original
- Enlaces de referencia
Las variaciones genéticas juegan un papel enorme en cómo funcionan nuestros cuerpos y responden a enfermedades. Recientemente, los científicos han hecho algunos progresos emocionantes en el estudio de estas variaciones, especialmente en el contexto de algo llamado Repeticiones en tándem (TRs). Estas son tramos de ADN que se repiten y pueden variar en número de persona a persona. Entonces, ¿cuál es el gran lío con los TRs? ¡Vamos a sumergirnos en esta aventura exploratoria!
¿Qué Son las Repeticiones en Tándem?
Las repeticiones en tándem son secuencias en nuestro ADN donde un pequeño conjunto de nucleótidos se repite, como una canción que se te queda en la cabeza. Estas repeticiones vienen en dos tipos principales: repeticiones en tándem cortas (STRs), que están hechas de 1 a 6 pares de bases, y repeticiones en tándem de número variable (VNTRs), que consisten en motivos más largos. Estos tramos repetitivos constituyen una parte significativa de nuestro material genético y son más variables que otros tipos de cambios genéticos, lo que los hace interesantes para los investigadores.
La Extensión de las Repeticiones en Tándem
¿Sabías que hay más de dos millones de loci TR polimórficos en el genoma humano? Este número increíble ocupa entre el 3% y el 5% de nuestro ADN total. ¡Eso es más que los genes codificantes que le dicen a nuestras células cómo hacer proteínas! De hecho, los TRs son notablemente mutables, lo que significa que pueden cambiar más fácilmente que las variantes de un solo nucleótido (SNVs), convirtiéndolos en una rica fuente de variación genética.
¿Por Qué Son Importantes los TRs?
Los TRs no son solo secuencias al azar; pueden afectar cómo se expresan los genes en nuestros cuerpos. Esto significa que pueden influir en todo, desde nuestra respuesta a una enfermedad hasta cómo se comportan nuestras células. Pueden hacer esto afectando dónde y cómo se unen las proteínas que ayudan a regular nuestros genes al ADN, o cambiando la estructura del ADN a su alrededor. A pesar de su importancia, los científicos no han estudiado los TRs tanto como otras variaciones genéticas. Esto se debe principalmente a los desafíos para identificarlos con precisión durante la investigación.
Nuevos Métodos para Genotipar TRs
Con la mejora de la tecnología, los investigadores han comenzado a volverse mejores en identificar y estudiar TRs con precisión. Los métodos más recientes pueden ayudar a superar los desafíos anteriores que hacían que el estudio de estas regiones fuera tan complicado. A medida que los investigadores se vuelven más hábiles identificando los TRs, probablemente veremos aún más descubrimientos emocionantes sobre cómo estas variaciones pueden impactar nuestra salud.
La Conexión entre los TRs y los Trastornos Genéticos
Algunas expansiones raras de repeticiones en TRs se saben que son responsables de ciertos trastornos genéticos. Por ejemplo, la enfermedad de Huntington y el síndrome del cromosoma frágil son causados por expansiones significativas en repeticiones específicas. Sin embargo, los investigadores ahora están comenzando a ver que las variaciones comunes de TR también podrían jugar un papel en rasgos y enfermedades más complejas. Esto significa que los TRs podrían ser claves importantes para entender cómo se heredan y expresan una variedad de enfermedades.
Descubrimientos Recientes
Estudios recientes han vinculado variaciones comunes de TR con varios rasgos y condiciones, incluyendo la Expresión Génica e incluso la susceptibilidad al cáncer. Sin embargo, comparar diferentes estudios ha sido un desafío debido a la falta de definiciones estándar para estos loci. Algunas investigaciones también utilizaron suposiciones basadas en otros marcadores genéticos, lo que no siempre es confiable.
Un aspecto crucial de la investigación sobre TR es los estudios de loci de rasgos cuantitativos de expresión (eQTL), que ayudan a explorar cómo las variaciones genéticas afectan la expresión génica. Mientras que los estudios tradicionales usaban datos masivos de tejidos, las nuevas técnicas permiten a los investigadores observar la secuenciación de ARN de célula única, proporcionando una vista más clara de cómo se comportan los TRs en diferentes células.
Construyendo un Catálogo de TRs
Los investigadores han creado un catálogo significativo de TRs, lo que les permite ver cómo estas variantes influyen en la expresión génica a través de varios tipos de Células inmunitarias. Este trabajo es esencial ya que ayuda a identificar TRs específicos asociados con cambios en la expresión génica. Al examinar muestras de diferentes individuos, los científicos pueden comenzar a entender cómo estas variaciones podrían influir en diferentes rasgos a través de la población.
Descubrimiento de TR Polimórficos: Cómo Funciona
Para descubrir la relación entre los TRs y la expresión génica, los científicos examinan el ADN de muchas personas. Al identificar loci TR polimórficos, pueden determinar qué variaciones podrían ser prevalentes y cómo afectan ciertos rasgos. Este proceso implica estrategias de secuenciación avanzadas y un análisis cuidadoso de datos para obtener resultados confiables.
Caracterizando TRs a Través de Células Inmunitarias
Descubrimientos recientes se centraron en cómo los TRs interactúan con la expresión génica en células inmunitarias. Esta parte de la investigación examinó una amplia gama de células inmunitarias para entender mejor cómo las variaciones de TR influyen en la expresión génica. Al hacerlo, los científicos identificaron TRs específicos que podrían estar vinculados a varios rasgos, arrojando luz sobre sus roles en la salud y la enfermedad.
TRs Causales Candidatos: ¿Qué Son?
Entre los TRs descubiertos, los investigadores identificaron TRs causales candidatos que muestran fuertes asociaciones con la expresión génica. Estos TRs pueden verse como los 'sospechosos' en un caso, donde los investigadores intentan conectarlos con resultados específicos en el comportamiento génico. Este proceso ayuda a resaltar qué TRs pueden tener un papel más significativo en influir en la expresión génica.
La Importancia del Contexto
Es esencial entender que los TRs pueden actuar de manera diferente en varios contextos. Por ejemplo, una variación de TR podría promover la actividad de un gen en un tipo de célula inmunitaria pero suprimirla en otra. Esta complejidad sugiere que los TRs tienen roles matizados y variados en la regulación genética, lo que hace que su estudio sea más intrincado pero también más gratificante.
Perspectivas sobre Enfermedades
A medida que los investigadores continúan conectando los TRs con la expresión génica y la enfermedad, están descubriendo perspectivas cruciales sobre cómo estas variaciones pueden impulsar rasgos complejos. Por ejemplo, entender cómo ciertos TRs se asocian con enfermedades puede informar investigaciones futuras y potencialmente llevar a nuevos tratamientos o medidas preventivas.
Reflexiones Finales
El fascinante mundo de las repeticiones en tándem y su impacto en nuestra genética sigue desarrollándose. Con la investigación en curso y los avances en tecnología, hay mucho más por aprender sobre cómo los TRs contribuyen a nuestra salud y desarrollo. Ya sea que actúen como reguladores clave de la expresión génica o desempeñen un papel en la heredabilidad de enfermedades, los TRs están demostrando ser un área emocionante de estudio en el campo de la genética en constante evolución.
Así que, la próxima vez que escuches sobre variaciones genéticas, recuerda que estas secuencias repetitivas pueden guardar algunos de los secretos más significativos sobre nuestra biología.
Título: Polymorphic tandem repeats shape single-cell gene expression across the immune landscape
Resumen: Tandem repeats (TRs) - highly polymorphic, repetitive sequences dispersed across the human genome - are crucial regulators of gene expression and diverse biological processes. Yet, due to historical challenges in their accurate calling and analysis, TRs have remained underexplored compared to single nucleotide variants (SNVs). Here, we introduce a cell type-specific resource exploring the impact of TR variation on human gene expression. Leveraging whole genome and single-cell RNA sequencing, we catalog over 1.7 million polymorphic TR loci and their associations with gene expression across more than 5 million blood-derived cells from 1,790 individuals. We identify over 58,000 single-cell expression quantitative trait TR loci (sc-eTRs), 16.6% of which are specific to one of 28 distinct immune cell types. Further fine-mapping uncovers 6,210 sc-eTRs as candidate causal drivers of gene expression in 21% of genes tested genome-wide. We show through colocalization that TRs are likely regulators of over 2,000 GWAS loci associated with immune-mediated and hematological traits, and further identify novel TRs warranting investigation in rare disease cohorts. TRs are pivotal, yet long-overlooked, contributors to cell type-specific gene expression, with promising implications for understanding rare disease pathogenesis and the genetic architecture of complex traits.
Autores: Hope A. Tanudisastro, Anna S.E. Cuomo, Ben Weisburd, Matthew Welland, Eleanor Spenceley, Michael Franklin, Angli Xue, Blake Bowen, Kristof Wing, Owen Tang, Michael Gray, Andre L.M. Reis, Jonathan Margoliash, Edibe Nehir Kurtas, Jeffrey Pullin, Arthur S. Lee, Harrison Brand, Michael Harper, Katalina Bobowik, Michael Silk, John Marshall, Vivian Bakiris, Bindu Swapna Madala, Caitlin Uren, Caitlin Bartie, Anne Senabouth, Harriet Dashnow, Liam Fearnley, Egor Dolzhenko, Zhen Qiao, Stuart Grieve, Tung Nguyen, Michael Talkowski, Stephen I. Alexander, Owen M. Siggs, Leonhard Gruenschloss, Hannah R. Nicholas, Jennifer Piscionere, Cas Simons, Chris Wallace, Melissa Gymrek, Ira W. Deveson, Alex W. Hewitt, Gemma A. Figtree, Katrina M. de Lange, Joseph E. Powell, Daniel G. MacArthur
Última actualización: 2024-11-04 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.02.621562
Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.02.621562.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.
Gracias a biorxiv por el uso de su interoperabilidad de acceso abierto.
Enlaces de referencia
- https://github.com/hail-is/hail
- https://github.com/Illumina/DRAGMAP
- https://queenslandgenomics.org/qldgenomics-updated/wp-content/uploads/2021/02/NAGIM-Blueprint-v20201010-Final-v1.2.2.pdf
- https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/data/pembertonEtAl2009/combinedmicrosats_627loci_1048indivs_numRpts.stru
- https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/data/pembertonEtAl2009/Pemberton_Addition
- https://github.com/lh3/sgdp-fermi
- https://stephenslab.github.io/mashr/articles/eQTL_outline.html
- https://hgdownload.soe.ucsc.edu/gbdb/hg38/encode3/ccre/encodeCcreCombined.bb
- https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/MANE/MANE_human/
- https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.01.22.24301630v1.supplementary-material
- https://www.dropbox.com/scl/fi/9yyfkpa09x2bm3s56q1t2/liu-2022-east-asian-gwas.tar.gz?rlk
- https://www.ebi.ac.uk/gwas/studies/GCST003156
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